View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8484_low_4 (Length: 282)

Name: NF8484_low_4
Description: NF8484
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8484_low_4
NF8484_low_4
[»] chr6 (5 HSPs)
chr6 (5-266)||(17905799-17906060)
chr6 (93-189)||(8560329-8560425)
chr6 (7-123)||(1394007-1394124)
chr6 (182-266)||(8560809-8560893)
chr6 (59-138)||(3591108-3591187)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (7-266)||(11642447-11642706)
chr7 (7-266)||(45286267-45286526)
chr7 (7-245)||(16375761-16375999)
chr7 (7-203)||(45418595-45418791)
chr7 (7-222)||(9141314-9141528)
chr7 (15-174)||(18415482-18415641)
chr7 (11-138)||(45823704-45823831)
chr7 (74-138)||(7893265-7893329)
chr7 (74-138)||(7893640-7893704)
chr7 (74-138)||(22006489-22006553)
chr7 (104-156)||(44584518-44584570)
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (7-266)||(14164530-14164789)
chr5 (7-266)||(19123007-19123266)
chr5 (7-233)||(31486312-31486538)
chr5 (91-266)||(7782034-7782209)
chr5 (7-82)||(31487327-31487402)
chr5 (15-174)||(21000842-21001001)
chr5 (74-138)||(32674781-32674845)
[»] chr1 (10 HSPs)
chr1 (7-269)||(23480979-23481241)
chr1 (1-266)||(38685253-38685518)
chr1 (25-196)||(5429191-5429362)
chr1 (89-266)||(11930837-11931014)
chr1 (11-200)||(23263815-23264003)
chr1 (11-94)||(38508646-38508729)
chr1 (86-177)||(41531758-41531849)
chr1 (8-83)||(41863063-41863138)
chr1 (74-180)||(37891686-37891792)
chr1 (74-138)||(2045400-2045464)
[»] scaffold0013 (2 HSPs)
scaffold0013 (7-266)||(104483-104742)
scaffold0013 (7-266)||(127132-127391)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (7-266)||(1199354-1199613)
chr8 (10-164)||(604192-604346)
chr8 (10-164)||(44434240-44434394)
chr8 (7-126)||(30437166-30437285)
chr8 (20-164)||(44429483-44429627)
chr8 (62-164)||(44430676-44430778)
chr8 (152-260)||(30437280-30437388)
chr8 (7-78)||(1852217-1852288)
chr8 (11-174)||(4969601-4969764)
chr8 (11-174)||(9885687-9885850)
chr8 (56-135)||(18208071-18208150)
chr8 (20-67)||(44433316-44433363)
[»] chr4 (10 HSPs)
chr4 (1-266)||(29968075-29968335)
chr4 (7-266)||(2479356-2479615)
chr4 (7-266)||(41851191-41851451)
chr4 (7-266)||(18000597-18000856)
chr4 (7-164)||(47428099-47428256)
chr4 (7-160)||(10466643-10466787)
chr4 (11-180)||(56475937-56476106)
chr4 (15-174)||(50232099-50232259)
chr4 (74-138)||(41860024-41860088)
chr4 (74-138)||(52682242-52682306)
[»] scaffold0059 (1 HSPs)
scaffold0059 (7-266)||(71323-71582)
[»] chr3 (15 HSPs)
chr3 (7-269)||(2701964-2702229)
chr3 (72-265)||(14604146-14604339)
chr3 (7-179)||(53047236-53047408)
chr3 (8-105)||(17757668-17757765)
chr3 (8-105)||(19058988-19059085)
chr3 (128-180)||(29692956-29693008)
chr3 (128-180)||(29693370-29693422)
chr3 (21-180)||(2470088-2470247)
chr3 (11-174)||(21799779-21799944)
chr3 (86-180)||(29679394-29679488)
chr3 (74-138)||(18201256-18201320)
chr3 (23-138)||(12813242-12813357)
chr3 (74-138)||(18198600-18198664)
chr3 (74-138)||(26951029-26951093)
chr3 (74-138)||(36091579-36091643)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (7-266)||(20640125-20640384)
chr2 (92-174)||(27534469-27534551)
chr2 (12-94)||(28404797-28404879)
chr2 (74-138)||(13907771-13907835)
[»] scaffold1155 (1 HSPs)
scaffold1155 (7-160)||(805-959)
[»] scaffold0345 (1 HSPs)
scaffold0345 (7-160)||(9258-9412)
[»] scaffold0105 (1 HSPs)
scaffold0105 (7-160)||(29568-29722)
[»] scaffold0296 (1 HSPs)
scaffold0296 (104-156)||(974-1026)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 218; Significance: 1e-120; HSPs: 5)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 218; E-Value: 1e-120
Query Start/End: Original strand, 5 - 266
Target Start/End: Original strand, 17905799 - 17906060
Alignment:
Q  5 tgtagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgact 104  Q
    ||||||| |||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17905799 tgtagtcattcttttgatgtaactgttgaaacaacaacatacaactgtctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgact 17905898  T
Q  105 gcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagt 204  Q
    |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17905899 gcccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcgtagttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagt 17905998  T
Q  205 ttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    | |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17905999 tagcatggatacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 17906060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 93 - 189
Target Start/End: Original strand, 8560329 - 8560425
Alignment:
Q  93 gtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatc 189  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8560329 gtttaagcgactgcccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatc 8560425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 9e-39
Query Start/End: Original strand, 7 - 123
Target Start/End: Complemental strand, 1394124 - 1394007
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1394124 tagtccttctctagatgtaactcttgaaacaataacatacaactgtccgtgagaaaatataggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagtgactgc 1394025  T
Q  107 ccttga-tttttgttaat 123  Q
     ||||| |||||||||||    
T  1394024 tcttgactttttgttaat 1394007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 182 - 266
Target Start/End: Original strand, 8560809 - 8560893
Alignment:
Q  182 ctgacatctgaaggcgatatagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    ||||||||||||||| ||| || | |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||| |||||| ||| |||||    
T  8560809 ctgacatctgaaggcaatagagatagcatggatacaaaaacctaaccaccaacattacttctggaaataaccctctcctcaatga 8560893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 59 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 3591187 - 3591108
Alignment:
Q  59 gaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    ||||| ||||| | ||||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  3591187 gaaaaaacaggagatggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagttattgcaaatga 3591108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 11642447 - 11642706
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11642447 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 11642546  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |     
T  11642547 ccttgaattttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacctaaatggaatcctgacatctgaaggcgatatagata 11642646  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||||||||||| |||||    
T  11642647 gcctggatacaaaaacttgatcaccaacattattttcggaaatgaccctcccctcaatga 11642706  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 45286526 - 45286267
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45286526 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 45286427  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    | || | ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |     
T  45286426 ctttaacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatccttacatctgaaggcgatatagata 45286327  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||| |||||    
T  45286326 acatggatacaaaaacctgatcaccaacattagtttcggaaatgacccacccctcaatga 45286267  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 2e-82
Query Start/End: Original strand, 7 - 245
Target Start/End: Original strand, 16375761 - 16375999
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16375761 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacaacatcatacaattgtccttgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 16375860  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
     ||||| |||| |||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||| || |     
T  16375861 gcttgactttttttaattgtcattgcaaatgataaagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctaacatctgaaggcaatagagata 16375960  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccgg 245  Q
    |  |||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16375961 gactggaaacaaaaacctgatcaccaacattacttccgg 16375999  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 7 - 203
Target Start/End: Original strand, 45418595 - 45418791
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||     
T  45418595 tagtccttcgctggatgtaactcttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacatcatcatgtttaagcgactgg 45418694  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatag 203  Q
     ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45418695 acttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaagcaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatag 45418791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 7 - 222
Target Start/End: Original strand, 9141314 - 9141528
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||| || || |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  9141314 tagtccttctctagatgtaacttttgaaacagcaacatagaaatgtccatgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgcttaagtgactgc 9141413  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| |     
T  9141414 ccttgacttttgttaattatcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaaggaaatcctgacatctaaaggc-atatagata 9141512  T
Q  207 gcatgggtacaaaaac 222  Q
    || ||| |||||||||    
T  9141513 gcttggatacaaaaac 9141528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Original strand, 18415482 - 18415641
Alignment:
Q  15 ctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatt 114  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || | ||||||||| ||||| |  || |||||||| ||||||| ||  || || || |||||| |    
T  18415482 ctctagatgtaactctcgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaaaacaggcgccgggagatatactccaacattttgtagtgattgtccttgact 18415581  T
Q  115 tttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
     ||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  18415582 cttgttgattgtcattgcaaatgatacagccaaaggaaattgttttctttgaaatttaaa 18415641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 11 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 45823831 - 45823704
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccctt 110  Q
    |||| |||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||| |  |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||   || || |||||||    
T  45823831 ccttgtcttgacgtaactcttgaaacagctacatataactgtccatgagaaaatacaggcgttggtaggtatacaccaacatgtccgagtgattgccctt 45823732  T
Q  111 gatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    || ||||||| || || |||||||||||    
T  45823731 gacttttgttgatagtcattgcaaatga 45823704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 7893329 - 7893265
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  7893329 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 7893265  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 7893704 - 7893640
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  7893704 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 7893640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 22006553 - 22006489
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  22006553 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 22006489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 104 - 156
Target Start/End: Complemental strand, 44584570 - 44584518
Alignment:
Q  104 tgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattg 156  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  44584570 tgcccttgacttttattaatagtcattgcaaatgaaacagtcaaaggaaattg 44584518  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 188; Significance: 1e-102; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 14164530 - 14164789
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |    
T  14164530 tagtccttctctggatgtaacttttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaacaacatgtttaagcgactac 14164629  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| |     
T  14164630 ccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacattcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatccttacatttgaaggcgatatagata 14164729  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    |  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14164730 gtctggatacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctcaatga 14164789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 19123266 - 19123007
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19123266 tagtccttctctggatataactcttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 19123167  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||       
T  19123166 ccttgacttttgttaactgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaatttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagaga 19123067  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  19123066 gcctggatacaaaaacttgatcaccaacattacttccgaaaatgaccctcccctcaatga 19123007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 151; E-Value: 6e-80
Query Start/End: Original strand, 7 - 233
Target Start/End: Original strand, 31486312 - 31486538
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| | | |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  31486312 tagtccttctctggatgtaactcttgaaaaagcaacatacaactgtccgcgagaaaatacaggtgttggtagatatacacaaacatgtttaagcgactgc 31486411  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||| |     
T  31486412 ccttgacttttgttaattgtcatttcaaatgatacagtcaaagaaaattatcttcgttgaaactttaagggaatactgacatctgaaggcgatatagata 31486511  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaa 233  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||    
T  31486512 gcctggatacaaaaacctgatcaccaa 31486538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 8e-64
Query Start/End: Original strand, 91 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 7782209 - 7782034
Alignment:
Q  91 atgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatct 190  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7782209 atgtttaagcgaatgcccttgacttttgttaattatcattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatct 7782110  T
Q  191 gaaggcgatatagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    |||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||||    
T  7782109 gaaggcgatagagataacatggatacaaaaacctgatcaccaacattactttcggaaataaccctctcctcaatga 7782034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 82
Target Start/End: Original strand, 31487327 - 31487402
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatat 82  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||    
T  31487327 tagtccttctttggatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatat 31487402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 52; E-Value: 7e-21
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Original strand, 21000842 - 21001001
Alignment:
Q  15 ctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatt 114  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || | ||||||||| ||||| |  || |||||||| ||||||| ||  || || || |||||| |    
T  21000842 ctctagatgtaactctcgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaaaacaggcgccgggagatatactccaacattttgtagtgattgtccttgact 21000941  T
Q  115 tttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
     ||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  21000942 cttgttgattgtcattgcaaatgatacaggcaaaggaaattgttttctttgaaatttaaa 21001001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 32674845 - 32674781
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  32674845 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 32674781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 187; Significance: 1e-101; HSPs: 10)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 187; E-Value: 1e-101
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Original strand, 23480979 - 23481241
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23480979 tagtccttctctggatgtaactcttgaaatagcaacatacaactgtccttgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 23481078  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || || |     
T  23481079 ccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacaatcaaaggaatttgtcttcgttgaaacttaaaggggatcctgacatctgaaggcggtagagata 23481178  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatgatgt 269  Q
    || ||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  23481179 gcctggatacaaaaaccggatcaccaacattacttccggaaatgtccctcccctcaatgatgt 23481241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 2e-98
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 38685518 - 38685253
Alignment:
Q  1 tatttgtagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagc 100  Q
    ||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||   ||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  38685518 tatttttagtccttctctggatgtaactctttaaacaacaacatacaactgttcgtgagaaaatacaggcgttggtagatataaaccaacatgtttaagc 38685419  T
Q  101 gactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgata 200  Q
    |||||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  38685418 gactgcccttgacttttgttgattgtcattgcaaatgatacagtcaaagaaaattatcttcgttgaaacttaaagggaatcatgacatctgaaggcgata 38685319  T
Q  201 tagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    ||| | || ||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||    
T  38685318 tagatagcctggatacaaaaacctgatcaccaacattacatccggaaatgaccctcccctcaatga 38685253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 136; E-Value: 5e-71
Query Start/End: Original strand, 25 - 196
Target Start/End: Complemental strand, 5429362 - 5429191
Alignment:
Q  25 aactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaatt 124  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  5429362 aactcttgaaacagcaacgtacaactgtctatgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgacttttgttaatt 5429263  T
Q  125 gttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggc 196  Q
    || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  5429262 gtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaattctaacatctgaaggc 5429191  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 134; E-Value: 8e-70
Query Start/End: Original strand, 89 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 11931014 - 11930837
Alignment:
Q  89 acatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacat 188  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  11931014 acatgtttaagcgactgcccttgacttttgttaattatcattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacat 11930915  T
Q  189 ctgaaggcgatatagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    |||||||||||| || |  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||    
T  11930914 ctgaaggcgatagagataacatggatacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaataaccctctcctcaatga 11930837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 46; E-Value: 3e-17
Query Start/End: Original strand, 11 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 23264003 - 23263815
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccctt 110  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||| ||| |||||| ||  |||||||||| ||| | ||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||| |||    
T  23264003 ccttccctagatgtaactctctaaacagcaatatacaattgtatgtgagaaaa-acatgcgttgggagatacgctccaacatgcttaagtgactgctctt 23263905  T
Q  111 gatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgata 200  Q
    || |||||||||| || ||||||||||| |||   ||||| | |||| |||||||||| ||||| |||||   |||||||||||| ||||    
T  23263904 gacttttgttaatagtcattgcaaatgacacagctaaaggtacttgttttcgttgaaatttaaaaggaattacgacatctgaaggagata 23263815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 38508729 - 38508646
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgt 94  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| ||||| || || |  || ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||    
T  38508729 ccttctcttgatgtaactctcgacacaaccacatataattgtccatgtgaaaagacaggcgttggtagatatacaccgacatgt 38508646  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 177
Target Start/End: Original strand, 41531758 - 41531849
Alignment:
Q  86 ccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaaggg 177  Q
    |||||||| |||||||||||||||||| |||| || || || || || || || |||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||    
T  41531758 ccaacatgattaagcgactgcccttgacttttattgatagtcatagcgaacgaaacaaccagtggaaattgccttcgttgaaacttaaaggg 41531849  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 8 - 83
Target Start/End: Original strand, 41863063 - 41863138
Alignment:
Q  8 agtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatata 83  Q
    |||| |||||| |||||||||||||| ||||||||||| || || |  || |||||||||| |||||| |||||||    
T  41863063 agtctttctctggatgtaactcttgagacaacaacatataattgtccatgtgaaaatacagatgttgggagatata 41863138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 180
Target Start/End: Original strand, 37891686 - 37891792
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaa 173  Q
    |||||||| |||||||||| ||| |  ||||| || ||| | |||||||| || ||||||||||| |||  ||| ||||| |||||||||| |||||| |    
T  37891686 ggtagatagacaccaacatttttcaaagactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatgagacagacaacggaaactgtcttcgtttaaacttga 37891785  T
Q  174 agggaat 180  Q
    | |||||    
T  37891786 acggaat 37891792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Original strand, 2045400 - 2045464
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  2045400 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 2045464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 2)
Name: scaffold0013
Description:

Target: scaffold0013; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 104742 - 104483
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  104742 tagtccttctctggatgttactcttgaaacaataacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 104643  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  104642 ccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgttttcgttgaaacttaaaggcaatcctgacatctgaaggtgatatagata 104543  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||||| |||||    
T  104542 gcctggatacaaaaacctgatcaccaacattactttaggaaatgactctcccctcaatga 104483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0013; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 127391 - 127132
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  127391 tagtccttctctggatgttactcttgaaacaataacatacaactgtctgtgagaaaatataggtgttggtagatatacatcaacatgtttaagcgactgc 127292  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| |     
T  127291 ccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaatggtctttgttgaaacttaaatgcaatcctgacatctgaaggcgatatagata 127192  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||| ||||||||||||||| || |||||||||| ||||||| |||||    
T  127191 gcctggatacaaaaacttgatcaccaacattattttcggaaatgactctcccctcaatga 127132  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 1199613 - 1199354
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1199613 tagtacttctctggatgtaactcttgaaacagcaacatacaactgttcgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacacaaacatgtttaagcgactgc 1199514  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
     || || ||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  1199513 tctagacttttgttaattgtcattgcaaatgatatagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagata 1199414  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  1199413 gcctggatacaaaaacctgatcaccaaccttacttccggaaatgaccctcccctcaatga 1199354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 164
Target Start/End: Original strand, 604192 - 604346
Alignment:
Q  10 tccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccct 109  Q
    ||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  604192 tccttctttggatgtaactcttgaaacagcaacatacaactgtccgtaagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatatttaagcgactgccct 604291  T
Q  110 tgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgtt 164  Q
    ||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  604292 tgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgtt 604346  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 10 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 44434394 - 44434240
Alignment:
Q  10 tccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccct 109  Q
    ||||||| | |||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44434394 tccttctttggatgtaactcttgaaataacaacatacaactgtccgtgagaaagtacaagtgttgatagatatacaccaacatgtttaagcgactgccct 44434295  T
Q  110 tgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgtt 164  Q
    ||| ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  44434294 tgacttttgttaattttcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgtt 44434240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 7 - 126
Target Start/End: Original strand, 30437166 - 30437285
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30437166 tagtccttctctggatgtaactcttgaaatagcaacatacaactgtctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 30437265  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgt 126  Q
    |||||| |||||||||||||    
T  30437266 ccttgacttttgttaattgt 30437285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 20 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 44429627 - 44429483
Alignment:
Q  20 gatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   ||||||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||    
T  44429627 gatgtaactcttgaaacaacaacatacaattgtgcgtgagaaaatacaagtgttgatagatatataccaacatgtttaagcgaccgcccttgacttttgt 44429528  T
Q  120 taattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgtt 164  Q
    ||||| | ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  44429527 taattttcattgcaaatgatacagtcaaaggaatttgtcttcgtt 44429483  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 79; E-Value: 6e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 44430778 - 44430676
Alignment:
Q  62 aatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttc 161  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  44430778 aatacaggtgttgatagatatacaccaacatgtttaagcgaccgcccttgacttttgttaattttcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttc 44430679  T
Q  162 gtt 164  Q
    |||    
T  44430678 gtt 44430676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 152 - 260
Target Start/End: Original strand, 30437280 - 30437388
Alignment:
Q  152 aattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatga 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  | | | ||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  30437280 aattgtcttctttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagataaccttgatacaaaaacctgatcaccaacattacttccataaatga 30437379  T
Q  252 ccctcccct 260  Q
    |||||||||    
T  30437380 ccctcccct 30437388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 7 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 1852288 - 1852217
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtag 78  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||||||    
T  1852288 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccatgagaaaatacaggtgttggtag 1852217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 4969764 - 4969601
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccctt 110  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |   | |||||||| || |  |||||||| ||||| | ||| | ||| || || ||||||||||| ||||| ||||    
T  4969764 ccttctcttgaagtaactcttgacaatgccacatacaattgaccatgagaaaaaacaggcgatggcaaataaactcccacatgtttaagagactggcctt 4969665  T
Q  111 gatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
     | |||||||||| || |||||||| || |||  ||| |||||||| |||| | ||||||||||    
T  4969664 aacttttgttaatagtcattgcaaaagaaacagccaatggaaattgccttcttcgaaacttaaa 4969601  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Original strand, 9885687 - 9885850
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccctt 110  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |   | |||||||| || |  |||||||| ||||| | ||| | ||| || || ||||||||||| ||||| ||||    
T  9885687 ccttctcttgaagtaactcttgacaatgccacatacaattgaccatgagaaaaaacaggcgatggcaaataaactcccacatgtttaagagactggcctt 9885786  T
Q  111 gatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
    || |||||||||| || | |||||| || |||  ||| |||||||| |||| | ||||||||||    
T  9885787 gacttttgttaatagtcactgcaaaagaaacagccaatggaaattgccttcttcgaaacttaaa 9885850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 56 - 135
Target Start/End: Complemental strand, 18208150 - 18208071
Alignment:
Q  56 tgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaa 135  Q
    ||||| || |||||| |||  |||||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| |||||||||| |||||||||||    
T  18208150 tgagagaacacaggttttgagagatatactccaacttgtttgagagactggccttgacttttgttaatagttattgcaaa 18208071  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 20 - 67
Target Start/End: Complemental strand, 44433363 - 44433316
Alignment:
Q  20 gatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaataca 67  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||    
T  44433363 gatgtaactcttgaaacaacaacatacaattgtgcgtgagaaaataca 44433316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 178; Significance: 5e-96; HSPs: 10)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 5e-96
Query Start/End: Original strand, 1 - 266
Target Start/End: Complemental strand, 29968335 - 29968075
Alignment:
Q  1 tatttgtagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagc 100  Q
    ||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||     ||||||||||||||||||||||    
T  29968335 tatttttagtccttctttggatgtaactcttgaaacaacaacatacaattgtccgtgagaaaatacaggtgtt-----atatacaccaacatgtttaagc 29968241  T
Q  101 gactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgata 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29968240 gactgcccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaagaaaattgtctttgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgata 29968141  T
Q  201 tagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    ||| | || ||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29968140 tagatagcctggatacaaaaatctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctcaatga 29968075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 2479356 - 2479615
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    ||||| |||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  2479356 tagtcattctctggatgtaactcttgaaacagtaacatacaactgtgcgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaggcgactgc 2479455  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  2479456 ccttggcttttgttaattgtcattgcaaatgatacaaccaaaggaaattttcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagata 2479555  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || |   ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||    
T  2479556 gcctatatacaaaaacctgatcaccaacattacttctggaaatgaccttcccctcaatga 2479615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 1e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 41851191 - 41851451
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacacc-aacatgtttaagcgactg 105  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||     
T  41851191 tagtccttctctagatgtaactcttgaaacatcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttagtagatatacacccaacatgtttaagcgacta 41851290  T
Q  106 cccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagtt 205  Q
    ||| | | ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  41851291 cccctaacttttgttaattatcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcttgacatctgaaggcgatatagat 41851390  T
Q  206 tgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
     || ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  41851391 agcctgaatacaaaaatctgatcaccaacattacttccggaaatgaccttcccctcaatga 41851451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 18000597 - 18000856
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  18000597 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacagcaatatacaactgtccgtaagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgaatgc 18000696  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  18000697 ccttgacttttcttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaagagaattgtcttcgttaaaacttaaaggaaatcctgacatctgaaggtgatatagata 18000796  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  18000797 gcctggatacaaaaacctgatcaccaacattacttctgaaaatgaccctcccctcaatga 18000856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 7 - 164
Target Start/End: Original strand, 47428099 - 47428256
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  47428099 tagtccttctttggatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccgtgaaaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 47428198  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgtt 164  Q
      |||| |||||||||  || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  47428199 atttgacttttgttaacggtcattgcaaatgatacagtcaaaagaaattgtcttcgtt 47428256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 10466787 - 10466643
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||| | ||| || ||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  10466787 tagtccttctttggatctagctcttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaacaacatgtttaagcgactgc 10466688  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtctt 160  Q
             ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||    
T  10466687 ---------ttgttaattgtcattgaaaatgatacaatcaaaggaacttgtctt 10466643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000007
Query Start/End: Original strand, 11 - 180
Target Start/End: Original strand, 56475937 - 56476106
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccctt 110  Q
    ||||| || |||||||||||  ||||| ||| |||||| ||  |||||||||| ||| | ||||| |||||  | |||||||| ||||| |||||| |||    
T  56475937 ccttccctagatgtaactctcaaaacagcaatatacaattgtatgtgagaaaaaacatgcgttgggagatacgctccaacatgcttaagtgactgctctt 56476036  T
Q  111 gatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaat 180  Q
    || |||||||||| || ||||||||||| |||   || || | |||| |||||||||| ||||| |||||    
T  56476037 gacttttgttaatagtcattgcaaatgacacagctaacggtacttgttttcgttgaaatttaaaaggaat 56476106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000003
Query Start/End: Original strand, 15 - 174
Target Start/End: Original strand, 50232099 - 50232259
Alignment:
Q  15 ctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgtt-ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgat 113  Q
    |||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || | ||||||||| ||||| |   || |||||||| ||||||| ||  || || || ||||||     
T  50232099 ctctagatgtaactctcgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaaaacaggcgcacgggagatatactccaacattttgtagtgattgtccttgac 50232198  T
Q  114 ttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
    | ||||| ||||| || ||||||||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||    
T  50232199 tcttgttgattgtcatcgcaaatgatacagccaaaggaaattgttttctttgaaatttaaa 50232259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Original strand, 41860024 - 41860088
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  41860024 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 41860088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 52682306 - 52682242
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  52682306 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 52682242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0059 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 1)
Name: scaffold0059
Description:

Target: scaffold0059; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 71323 - 71582
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    ||||| |||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  71323 tagtctttctctggatgttactcttgaaacaataacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacatcaacatgtttaagcgactgc 71422  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||| ||||| | |||||| ||||||||||||||||||| |     
T  71423 ccttgacttttgttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaatagtcttagttgaaaattaaaagcaatcctaacatctgaaggcgatatagata 71522  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||    
T  71523 gcctggatacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgactctcccctcaatga 71582  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 172; Significance: 2e-92; HSPs: 15)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 7 - 269
Target Start/End: Complemental strand, 2702229 - 2701964
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaa---gcgac 103  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||    
T  2702229 tagtccttctctagatgtaactcttgaaacagcaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacatcaacatgtttaataagcgac 2702130  T
Q  104 tgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatag 203  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  2702129 tgcccttgacttttgataattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtctttgtcgaaacttaaagggaatcatgacatctgaaggcgatatag 2702030  T
Q  204 tttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatgatgt 269  Q
     | || ||| |||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||    
T  2702029 atagcctggatacaaaaatctgatcaccaacattactttcgaaaatgaccctcccctcaatgatgt 2701964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 72 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 14604339 - 14604146
Alignment:
Q  72 ttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaactt 171  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||| |||||||||    
T  14604339 ttggtagatatacaccaacatgtttaagcgacagcccttgacttttattaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgttttcattgaaactt 14604240  T
Q  172 aaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagtttgcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatg 265  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| | || ||| ||||||||||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  14604239 aaagggaatcctgacatctaaaggcgatatagatagcctggatacaaaaacctgatcaccaacattacttttgtaaatgaccctcccctcaatg 14604146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 7 - 179
Target Start/End: Original strand, 53047236 - 53047408
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| | |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53047236 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacagcaacatacatctgtccgtgagaaaatacatttgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 53047335  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaa 179  Q
     ||||| |||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  53047336 tcttgacttttgttaattgtcgttgcaaatgatacagtccaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaaaggaa 53047408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 17757765 - 17757668
Alignment:
Q  8 agtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactg 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17757765 agtccttctctagatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactg 17757668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 86; E-Value: 4e-41
Query Start/End: Original strand, 8 - 105
Target Start/End: Complemental strand, 19059085 - 19058988
Alignment:
Q  8 agtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactg 105  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19059085 agtccttctctagatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgtccgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactg 19058988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 128 - 180
Target Start/End: Original strand, 29692956 - 29693008
Alignment:
Q  128 attgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaat 180  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29692956 attgcaaatgagacaaccaaaggaaattgtcttcgttgaaacttgaaaggaat 29693008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000006
Query Start/End: Original strand, 128 - 180
Target Start/End: Original strand, 29693370 - 29693422
Alignment:
Q  128 attgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaat 180  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| || |||||    
T  29693370 attgcaaatgagacaaccaaaggaaattgtcttcgttgaaacttgaaaggaat 29693422  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000003
Query Start/End: Original strand, 21 - 180
Target Start/End: Complemental strand, 2470247 - 2470088
Alignment:
Q  21 atgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgtt 120  Q
    |||||||||| |||||| |||||||||| || ||||||||||| |||||  |||| ||||| || |||||||| || || || || | |||| | || ||    
T  2470247 atgtaactctcgaaacagcaacatacaattgtctgtgagaaaaaacaggaattgggagatacactccaacatgctttagtgattgtcattgactcttctt 2470148  T
Q  121 aattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaat 180  Q
    ||| || ||||||||||| ||||  || | |||  ||||| ||||||| ||||| |||||    
T  2470147 aatagtcattgcaaatgacacaactaacgaaaaccgtctttgttgaaatttaaaaggaat 2470088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 11 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 21799944 - 21799779
Alignment:
Q  11 ccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgag--aaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgccc 108  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||| |||||||||| || | |||||  |||| ||||| |  || |||||||| ||||||| ||  || || || ||    
T  21799944 ccttctctagatgtaactctcgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaaaaaacaggcgccgggagatatactccaacattttgtagtgattgtcc 21799845  T
Q  109 ttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
    | || | ||||| ||||| ||||||||| |||||  ||||| ||||||| ||| |||||| |||||    
T  21799844 tcgactcttgttgattgtcattgcaaatcatacagccaaagaaaattgttttctttgaaatttaaa 21799779  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 180
Target Start/End: Original strand, 29679394 - 29679488
Alignment:
Q  86 ccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaat 180  Q
    ||||||| |||||| || |||| |||  | || ||||| || ||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||| || |||||    
T  29679394 ccaacatttttaagtgattgccattggctcttattaatagtcattgcaaatgagacaaccaaaggaaattttcttcgttgaaacttgaaaggaat 29679488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 18201320 - 18201256
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| ||||||||||||||    
T  18201320 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagttattgcaaatga 18201256  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000006
Query Start/End: Original strand, 23 - 138
Target Start/End: Original strand, 12813242 - 12813357
Alignment:
Q  23 gtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaa 122  Q
    ||||||||||||||| | ||||| ||||| |  || ||||||||  | |||||||| |||||||||||||||   || || ||| ||||| ||||||| |    
T  12813242 gtaactcttgaaacagctacatataactgtccatgtgaaaatacttgcgttggtaggtatacaccaacatgtccgagtgattgctcttgacttttgttga 12813341  T
Q  123 ttgttattgcaaatga 138  Q
    | || |||||||||||    
T  12813342 tagtaattgcaaatga 12813357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 18198664 - 18198600
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    ||||| || |||||||||||||  |||||||| |||||| | |||||||| || |||||||||||    
T  18198664 ggtaggtagacaccaacatgttctagcgactgaccttgactcttgttaatagtcattgcaaatga 18198600  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 26951093 - 26951029
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  26951093 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 26951029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Original strand, 36091579 - 36091643
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  36091579 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 36091643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 168; Significance: 4e-90; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 168; E-Value: 4e-90
Query Start/End: Original strand, 7 - 266
Target Start/End: Original strand, 20640125 - 20640384
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgc 106  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||| ||| ||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  20640125 tagtccttctctggatgtaactcttgaaacagcaatatacaactgtccgtaagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagcgaatgc 20640224  T
Q  107 ccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaagggaatcctgacatctgaaggcgatatagttt 206  Q
    |||||| |||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||| |     
T  20640225 ccttgacttttcttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaagagaattgtcttcgttaaaacttaaaggaaatcctgacatctgaaggtgatatagata 20640324  T
Q  207 gcatgggtacaaaaacctgatcaccaacattacttccggaaatgaccctcccctaaatga 266  Q
    || ||| ||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||    
T  20640325 gcctggatacaaaaacctgatcaccaacattacttctgaaaatgaccctcccctcaatga 20640384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 92 - 174
Target Start/End: Complemental strand, 27534551 - 27534469
Alignment:
Q  92 tgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtcttcgttgaaacttaaa 174  Q
    |||||||| ||||| |||| | |||||||||| || |||||||| || |||| ||| ||||||||||||| |  |||||||||    
T  27534551 tgtttaagagactggccttaacttttgttaatagtcattgcaaaagaaacaaccaatggaaattgtcttcttctaaacttaaa 27534469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 12 - 94
Target Start/End: Complemental strand, 28404879 - 28404797
Alignment:
Q  12 cttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgt 94  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |  || ||||| ||| | ||||| || |||||||||||||||    
T  28404879 cttctctggatgtaactctggaaacaaccacatataactgtccatgtgaaaagacatgggttgggaggtatacaccaacatgt 28404797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 74 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 13907835 - 13907771
Alignment:
Q  74 ggtagatatacaccaacatgtttaagcgactgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatga 138  Q
    |||||||| |||||||||||||| | |||||| || ||| | |||||||| || |||||||||||    
T  13907835 ggtagataaacaccaacatgtttcaacgactgaccctgactcttgttaatagtcattgcaaatga 13907771  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1155 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold1155
Description:

Target: scaffold1155; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Original strand, 805 - 959
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagc-gactg 105  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  805 tagtcattctccggatgtaactcttgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaatacagatgttggtagatatacaccaacatgtttaagcggactg 904  T
Q  106 cccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtctt 160  Q
    || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  905 cctttgactttttttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtctt 959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0345 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0345
Description:

Target: scaffold0345; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 9412 - 9258
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagc-gactg 105  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  9412 tagtcattctccggatgtaactcttgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaatacagatgttggtagatatacaccaacatgtttaagcggactg 9313  T
Q  106 cccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtctt 160  Q
    || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  9312 cctttgactttttttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtctt 9258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0105 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0105
Description:

Target: scaffold0105; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 7 - 160
Target Start/End: Original strand, 29568 - 29722
Alignment:
Q  7 tagtccttctcttgatgtaactcttgaaacaacaacatacaactgcctgtgagaaaatacaggtgttggtagatatacaccaacatgtttaagc-gactg 105  Q
    ||||| |||||  |||||||||||||||||| |||||||||| || | |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  29568 tagtcattctccggatgtaactcttgaaacagcaacatacaattgtccgtgagaaaatacagatgttggtagatatacaccaacatgtttaagcggactg 29667  T
Q  106 cccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattgtctt 160  Q
    || |||| |||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  29668 cctttgactttttttaattgtcattgcaaatgatacagtcaaaggaaattgtctt 29722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0296 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0296
Description:

Target: scaffold0296; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 104 - 156
Target Start/End: Original strand, 974 - 1026
Alignment:
Q  104 tgcccttgatttttgttaattgttattgcaaatgatacaatcaaaggaaattg 156  Q
    ||||||||| |||| ||||| || ||||||||||| ||| |||||||||||||    
T  974 tgcccttgacttttattaatagtcattgcaaatgaaacagtcaaaggaaattg 1026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University