View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8491_low_12 (Length: 511)

Name: NF8491_low_12
Description: NF8491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8491_low_12
NF8491_low_12
[»] chr2 (18 HSPs)
chr2 (1-493)||(32174402-32174894)
chr2 (2-215)||(32182489-32182702)
chr2 (4-212)||(32118709-32118917)
chr2 (2-193)||(32110443-32110634)
chr2 (2-193)||(32206826-32207017)
chr2 (4-190)||(32211904-32212090)
chr2 (7-195)||(32156632-32156820)
chr2 (267-493)||(32182707-32182933)
chr2 (4-190)||(32157739-32157925)
chr2 (315-493)||(32119073-32119245)
chr2 (366-493)||(32205930-32206057)
chr2 (211-493)||(32156933-32157217)
chr2 (366-493)||(32158508-32158635)
chr2 (2-87)||(32152554-32152639)
chr2 (342-493)||(32211651-32211808)
chr2 (366-485)||(32534305-32534430)
chr2 (366-493)||(32111096-32111223)
chr2 (4-59)||(2821156-2821211)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 477; Significance: 0; HSPs: 18)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 477; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 493
Target Start/End: Original strand, 32174402 - 32174894
Alignment:
Q  1 gacaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174402 gacaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttg 32174501  T
Q  101 tgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacattatc 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174502 tgatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacattatc 32174601  T
Q  201 aacaaacgttaatttcttggctaaattatgactatagttaaatgtatctacactagaatcatgtacgctcatatacttctaaatcttttcttgttcttat 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174602 aacaaacgttaatttcttggctaaattatgactatagttaaatgtatctacactagaatcatgtacgctcatatacttctaaatcttttcttgttcttat 32174701  T
Q  301 gcatcccaatgatattttagtatgaatgaaacccaaatattaatgatatatttgaagaatgatatataccttattgtatccattatcaaccacgtcttta 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174702 gcatcccaatgatattttagtatgaatgaaacccaaagattaatgatatatttgaagaaaaatatataccttattgtatccattatcaaccacgtcttta 32174801  T
Q  401 tcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgcttgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32174802 tcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcactagtatagaacgcttgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 32174894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 2 - 215
Target Start/End: Original strand, 32182489 - 32182702
Alignment:
Q  2 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgt 101  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  32182489 acaaccaattgcttaaaaccagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttagcagagcaggatcaagcctttctttgt 32182588  T
Q  102 gatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacattatca 201  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32182589 gatttgttgtgaaaacaattatgtgttcctctccacaacatgaccaaagaccatctgtcgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacattatca 32182688  T
Q  202 acaaacgttaattt 215  Q
    ||||||||||||||    
T  32182689 acaaacgttaattt 32182702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 4 - 212
Target Start/End: Original strand, 32118709 - 32118917
Alignment:
Q  4 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgtga 103  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32118709 aaccaatttcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatgtgcttgtccattctaccaggtcttaatagagcaggatcaagcctgtctttgtga 32118808  T
Q  104 tttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacattatcaac 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32118809 tttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccgcagcatgaccaaagaccatcaacagcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgacaatatcaac 32118908  T
Q  204 aaacgttaa 212  Q
    |||||||||    
T  32118909 aaacgttaa 32118917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 168; E-Value: 8e-90
Query Start/End: Original strand, 2 - 193
Target Start/End: Original strand, 32110443 - 32110634
Alignment:
Q  2 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgt 101  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  32110443 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttagcagagcaggatcaagtctgtctttgt 32110542  T
Q  102 gatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttga 193  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  32110543 gatttgttgtgaaaacaattatgtgttcttctccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcatctgttga 32110634  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 2 - 193
Target Start/End: Complemental strand, 32207017 - 32206826
Alignment:
Q  2 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgt 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||||||||    
T  32207017 acaaccaattgcttcaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggtcttagcagagcaggatcaagcttgtctttgt 32206918  T
Q  102 gatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttga 193  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  32206917 gatttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaacagtcctgaaagtgtcacctgttga 32206826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 159; E-Value: 2e-84
Query Start/End: Original strand, 4 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 32212090 - 32211904
Alignment:
Q  4 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgtga 103  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  32212090 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctttctttgtga 32211991  T
Q  104 tttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgt 190  Q
    ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  32211990 tttgttgtgacaacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcccgaaagtgtcatctgt 32211904  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 157; E-Value: 3e-83
Query Start/End: Original strand, 7 - 195
Target Start/End: Original strand, 32156632 - 32156820
Alignment:
Q  7 caattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgtgattt 106  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  32156632 caatttcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatctgcttgtctattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctttctttgtgattt 32156731  T
Q  107 gttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgaca 195  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32156732 gttgtgaaaacaattatgtgttcttctccacagcatgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgttgaca 32156820  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 151; E-Value: 1e-79
Query Start/End: Original strand, 267 - 493
Target Start/End: Original strand, 32182707 - 32182933
Alignment:
Q  267 gctcatatacttctaaatcttttcttgttcttatgcatcccaatgatattttagtatgaatgaaacccaaatattaatgatatatttgaagaatgatata 366  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |||||    
T  32182707 gctcatatacttctaaatcttttctagtttttatgcatcccaatgacattttagtatgaatgaaactcaaatattaatggtatatttgaagaaaaatata 32182806  T
Q  367 taccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgcttg 466  Q
    ||||||||||| |||||||| ||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||    
T  32182807 taccttattgtctccattattaacaacttctttctcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagcacggttg 32182906  T
Q  467 ggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    |  |||   ||||||||||||||||||    
T  32182907 gacatgctgagaataagttgcttcaag 32182933  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 147; E-Value: 3e-77
Query Start/End: Original strand, 4 - 190
Target Start/End: Original strand, 32157739 - 32157925
Alignment:
Q  4 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatcaagcctgtctttgtga 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  32157739 aaccaatttcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtccattctaccaggccttaatagagcaggatcaagcctgtctttgtga 32157838  T
Q  104 tttgttgtgaatacaattatgtgttcttctccacagcacgaccaaagaccatctactgcattcaatagtcctgaaagtgtcacctgt 190  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||   |||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  32157839 tttgttgtgaaaacaattatgtgttcttctccacagcacgaccagagaccatctgtcgcattcaatagtcccgaaagtgtcatctgt 32157925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 100; E-Value: 3e-49
Query Start/End: Original strand, 315 - 493
Target Start/End: Original strand, 32119073 - 32119245
Alignment:
Q  315 ttttagtatgaatgaaacccaaatattaatgatatatttgaagaatgatatataccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggtt 414  Q
    |||||||||||||||||| |||| || |||||||||||||| ||   ||  |||||||||||| |||||||      || ||||| ||||||||||||||    
T  32119073 ttttagtatgaatgaaactcaaagatgaatgatatatttgacgagaaatgcataccttattgtctccatta------acttctttctcttcttctcggtt 32119166  T
Q  415 ctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgcttgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32119167 ctgcaaatttatattgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgattgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 32119245  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 96; E-Value: 7e-47
Query Start/End: Original strand, 366 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 32206057 - 32205930
Alignment:
Q  366 ataccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgctt 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32206057 ataccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggttttgcaaatttatagtgcaatcgatatcctctatcacaagtatagaacggtt 32205958  T
Q  466 gggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||  ||  |||||||||| |||||||||    
T  32205957 ggacataccaagaataagctgcttcaag 32205930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 211 - 493
Target Start/End: Original strand, 32156933 - 32157217
Alignment:
Q  211 aatttcttggctaaattatgactatagttaaatgtatctacactagaatcatgtacgctcatatacttctaaatcttttcttgttcttatgcatcccaat 310  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||||  ||||| ||||||| | |   ||  || | ||| | |||| ||| |||||||||    |    
T  32156933 aatttgttggctaaattatgactgtagttaaatatatctaagctagattcatgtagggttgaattatttttaatatcttctagtt-ttatgcatctgtgt 32157031  T
Q  311 gatattttagtatgaatgaaacccaaatattaatgatatatttgaagaatgatatataccttat---tgtatccattatcaaccacgtctttatcttctt 407  Q
    || ||||||||| ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||  ||||| |||||||   ||| ||||||||||||  | ||||| |||||||    
T  32157032 gacattttagtacgaatgaaactcaaagattaatgatatatttgaagaaaaatatacaccttatcattgtctccattatcaacagcttctttctcttctt 32157131  T
Q  408 ctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgcttgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||  |||   ||||| ||||||||||||    
T  32157132 ctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatcgcacggttggacatgctgagaattagttgcttcaag 32157217  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 84; E-Value: 1e-39
Query Start/End: Original strand, 366 - 493
Target Start/End: Original strand, 32158508 - 32158635
Alignment:
Q  366 ataccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgctt 465  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||||||||||||||| ||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32158508 ataccttattgtatccattatcaacaatttcttcatcttcttctcggttttgcaattttacggtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgatt 32158607  T
Q  466 gggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||  ||||||||||||||||||||||||    
T  32158608 ggacatgtcaagaataagttgcttcaag 32158635  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 2 - 87
Target Start/End: Original strand, 32152554 - 32152639
Alignment:
Q  2 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtccattctaccaggccttaacagagcaggatc 87  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  32152554 acaaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaaatgaatttgcttgtccattttaccaggccttaacagagcatgatc 32152639  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 342 - 493
Target Start/End: Complemental strand, 32211808 - 32211651
Alignment:
Q  342 aatgatatatttgaagaatgatatataccttattgtatccattatcaaccacgtctttat------cttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatc 435  Q
    |||||||||||| |||||  ||| ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||      ||||||||||||||||||  || |||||||||||    
T  32211808 aatgatatatttaaagaaaaatacataccttattgtatccattatcaacaacttcttcattttcatcttcttctcggttctgcaggttaatagtgcaatc 32211709  T
Q  436 aatatcctctatcacaagtatagaacgcttgggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||| ||||  ||  |||  |||||||||||||||    
T  32211708 aatgtcctctatcacaagtatagaacggttggacataccaatgataagttgcttcaag 32211651  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 59; E-Value: 9e-25
Query Start/End: Original strand, 366 - 485
Target Start/End: Original strand, 32534305 - 32534430
Alignment:
Q  366 ataccttattgtatccattatcaaccacgtctttat------cttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtataga 459  Q
    ||||||||||||||||||||||||| || |||| ||      ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  32534305 ataccttattgtatccattatcaacaacttcttcattttcatcttcttctcggttctgcaggttaatagtgcaatcaatgtcctctatcacaagtataga 32534404  T
Q  460 acgcttgggaatgtcaagaataagtt 485  Q
    ||| ||||  ||| ||||||||||||    
T  32534405 acggttggacatgccaagaataagtt 32534430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 366 - 493
Target Start/End: Original strand, 32111096 - 32111223
Alignment:
Q  366 ataccttattgtatccattatcaaccacgtctttatcttcttctcggttctgcaaatttatagtgcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacgctt 465  Q
    |||| |||||||  ||||||| ||| || |||| ||||||||||||||| ||||| ||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  32111096 atacattattgtggccattatgaacaacttcttcatcttcttctcggttttgcaattttacggagcaatcaatatcctctatcacaagtatagaacggtt 32111195  T
Q  466 gggaatgtcaagaataagttgcttcaag 493  Q
    ||  |||   ||||||||||||||||||    
T  32111196 ggacatgctgagaataagttgcttcaag 32111223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 4 - 59
Target Start/End: Complemental strand, 2821211 - 2821156
Alignment:
Q  4 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgtttgtcca 59  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2821211 aaccaattgcttaaaagcagaaaagttgcaatatgacaagtgaatttgcttgtcca 2821156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University