View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8491_low_28 (Length: 347)

Name: NF8491_low_28
Description: NF8491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8491_low_28
NF8491_low_28
[»] chr3 (13 HSPs)
chr3 (51-332)||(23477460-23477741)
chr3 (51-329)||(23497909-23498187)
chr3 (51-329)||(23446160-23446438)
chr3 (71-329)||(23350877-23351135)
chr3 (74-329)||(23471318-23471573)
chr3 (71-317)||(23401093-23401339)
chr3 (57-329)||(23452942-23453214)
chr3 (151-329)||(23382522-23382700)
chr3 (151-329)||(23462285-23462463)
chr3 (161-329)||(23438869-23439037)
chr3 (151-328)||(23467888-23468066)
chr3 (78-329)||(23403593-23403844)
chr3 (71-133)||(23467821-23467883)
[»] scaffold0201 (1 HSPs)
scaffold0201 (108-329)||(10387-10608)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (99-144)||(16120553-16120598)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 266; Significance: 1e-148; HSPs: 13)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 51 - 332
Target Start/End: Original strand, 23477460 - 23477741
Alignment:
Q  51 aaaagggtctttagagtatatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttatt 150  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23477460 aaaagggtctttagagaaaatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtatccagataagtgcaattaatgccactcaaagttatt 23477559  T
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 250  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23477560 agggatgacggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 23477659  T
Q  251 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcattcat 332  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23477660 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcattcat 23477741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 51 - 329
Target Start/End: Original strand, 23497909 - 23498187
Alignment:
Q  51 aaaagggtctttagagtatatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttatt 150  Q
    |||||||||||||||| | |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  || |    
T  23497909 aaaagggtctttagagaagatttgtactatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatggcactcaaacataat 23498008  T
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 250  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||    
T  23498009 agggatggcggaagctctgttagagacacaagtttcctgcaatcatctaaaactagccattttagcattgaatggtttcgtatgttctcagggacacatt 23498108  T
Q  251 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||  |||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23498109 ccaagttgcaacaatcttgcaatgagagccgtttcaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 23498187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 179; E-Value: 1e-96
Query Start/End: Original strand, 51 - 329
Target Start/End: Original strand, 23446160 - 23446438
Alignment:
Q  51 aaaagggtctttagagtatatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttatt 150  Q
    |||||||| ||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |    
T  23446160 aaaagggtatttagagaagatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatggcactcaaagataat 23446259  T
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 250  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| | || | ||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||    
T  23446260 agggatggcggaagctctgttacagacacaagtttcctgcaatcatctaaagctagactttttagcattgaatggttttgtatgttctcggggagacatt 23446359  T
Q  251 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    ||| |||||||||||| || ||||  |||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23446360 ccatgttgcaacactcatgcaatgagagccattttaaagactgtatgccatcaaggatagaccacagacttaatgcatt 23446438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 4e-75
Query Start/End: Original strand, 71 - 329
Target Start/End: Original strand, 23350877 - 23351135
Alignment:
Q  71 tttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggatggcggaagttctgt 170  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||  |||||||||||| |||| |||| | |  |||||  ||  |||||||| ||||| ||||     
T  23350877 tttgtaccatgttctcaagcaataaccgttgagtggagttcgtgtccagataattgcagttaacggctttcaaatataacagggatggtggaagctctgc 23350976  T
Q  171 tagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgcaacactcttgt 270  Q
    ||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||      
T  23350977 tagggacactagtttcctgcaatcatctaaatcaagccgttttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattctaagttgcaacactctttc 23351076  T
Q  271 aatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    ||| |||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  23351077 aattttagtcgttttaaagactgtatgccatcaaggatggaccacagacttagtgcatt 23351135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 120; E-Value: 2e-61
Query Start/End: Original strand, 74 - 329
Target Start/End: Original strand, 23471318 - 23471573
Alignment:
Q  74 gtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggatggcggaagttctgttag 173  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||   |  | |||  ||  |||||||||||||| ||| | ||    
T  23471318 gtaccatgttttcaagcaatgaccattgtgtggaatctgtgtccagataagtgcaattaacagctttaaaatataacagggatggcggaagctctatcag 23471417  T
Q  174 agacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgcaacactcttgtaat 273  Q
    || ||| || ||||||||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||  |||    
T  23471418 agtcacgaggttcctgcaatcatctaattcaagccattctagcattgaatggttttggatattctctgggagactttctaagttgcaacactctttcaat 23471517  T
Q  274 gttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
     |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  23471518 tttagctgttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacaaacttaatgcatt 23471573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 119; E-Value: 9e-61
Query Start/End: Original strand, 71 - 317
Target Start/End: Original strand, 23401093 - 23401339
Alignment:
Q  71 tttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggatggcggaagttctgt 170  Q
    |||||| |||||| | || ||||||| ||||| |||||| |||||||| |||||||||||||| | | ||||||  ||  |||||||| ||||| |||||    
T  23401093 tttgtaacatgttattaaaaaatgacggttgaatggagtatgtgtccatataagtgcaattaacggctctcaaatataacagggatggtggaagctctgt 23401192  T
Q  171 tagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgcaacactcttgt 270  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||||||||| |||| || |||||||||  ||  ||||||||||||||||      
T  23401193 tagagacacaagtttcctgcaatcatctaaatcaagtcattctagcattgaatggttttggatgttgtcagggagaacttataagttgcaacactctttc 23401292  T
Q  271 aatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacag 317  Q
    ||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  23401293 aattttagtccttttaaagactgtatgccatcaaggatggaccacag 23401339  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 57 - 329
Target Start/End: Original strand, 23452942 - 23453214
Alignment:
Q  57 gtctttagagtatatttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggat 156  Q
    |||||||||| |  || |||||||||||||||| ||| |||||||||||||||   | ||||||||| |||| ||||   |  |||||  ||  ||||||    
T  23452942 gtctttagagaaagttcgtaccatgttctcaagcaataaccgttgagtggagttcatatccagataattgcagttaacagctgtcaaatataacagggat 23453041  T
Q  157 ggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagt 256  Q
    |  ||||| |||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||| ||| ||||    
T  23453042 gctggaagctctgctagagacacaagtttcctgcaatcatctaaatcaagccattttaggattgaatggttttggatattctcggggagactttctaagt 23453141  T
Q  257 tgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    |||| ||||| |  ||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  23453142 tgcagcactcattcaatattagctgttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccaaagacttaatgcatt 23453214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 151 - 329
Target Start/End: Original strand, 23382522 - 23382700
Alignment:
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 250  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |||| || |||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||    
T  23382522 agggatggcggaagctctgtcagagacacaagtttcctgcaatcatccaattcaagccattctagcattgaatggtttcgcatgttctctgggagacatt 23382621  T
Q  251 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    | ||||||  |||||| |  ||| |||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23382622 ctaagttgacacactcattcaattttagccgttttaaagactgtataccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 23382700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 151 - 329
Target Start/End: Original strand, 23462285 - 23462463
Alignment:
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacatt 250  Q
    |||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||   ||||| |||||||||| |||||||||||||||| | || |||| |||||||||||    
T  23462285 agggatggcggaatctctgttagagacacaagtttcctgcaattgtctaattcaagccattctagcattgaatggttttgtatgttcttagggagacatt 23462384  T
Q  251 ccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    | |||||||||||||| |  ||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  23462385 ctaagttgcaacactcattcaattttagccgttttaaagattgtatgccatcaaggatggacgacagacttattgcatt 23462463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 161 - 329
Target Start/End: Original strand, 23438869 - 23439037
Alignment:
Q  161 gaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgca 260  Q
    |||| ||||| ||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||| |||||||  ||||||| | || ||||||||||||||||| ||||||||    
T  23438869 gaagctctgtcagagacacaagtttcctgcaatcgtctaattcaagccattctagcattatatggttttgtatgttctcagggagacattctaagttgca 23438968  T
Q  261 acactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    |||||| |  ||| |||||| |||||||||| |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  23438969 acactcattcaattttagccgttttaaagatcgtataccatcaagtatggaccatagacttaatgcatt 23439037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 151 - 328
Target Start/End: Original strand, 23467888 - 23468066
Alignment:
Q  151 agggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccatttt-agcattgaatggtttcggatattctcagggagacat 249  Q
    |||||||| ||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||   | ||||||||||||| ||||||| || ||||||       
T  23467888 agggatggtggaagctctgttagagacacaattttcctgcaatcatctaaatcaagccattcccaacattgaatggttttggatattgtcggggagaaca 23467987  T
Q  250 tccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcat 328  Q
    || ||||||||||||||||  ||| |||||| ||||||||| | ||| ||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  23467988 tctaagttgcaacactctttcaattttagccgttttaaagactatataccatcgaggatggaccacagacttaatgcat 23468066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 76; E-Value: 4e-35
Query Start/End: Original strand, 78 - 329
Target Start/End: Original strand, 23403593 - 23403844
Alignment:
Q  78 catgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggatggcggaagttctgttagagac 177  Q
    |||||| ||||  |||||||| || || | || ||||||||||||||||||||||| | |  | |||  ||  | |||||||||||| ||||| ||||||    
T  23403593 catgttgtcaaagaatgaccgctgtgtagtgtatgtgtccagataagtgcaattaacggctttaaaatctaacaaggatggcggaagctctgtcagagac 23403692  T
Q  178 acaagtttcctgcaaccatctaaatcaagccattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgcaacactcttgtaatgtta 277  Q
    ||||||||||||||| |||| || ||||||||||  |||| |||||| ||||  || ||||| |||||||| || ||||||  |||||| |  ||| |||    
T  23403693 acaagtttcctgcaatcatccaattcaagccattcaagcaatgaatgctttcccatgttctctgggagacactctaagttgacacactcattcaatttta 23403792  T
Q  278 gcccttttaaagattgtatgccatcaaggatggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    ||| ||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  23403793 gccgttttaaagactgtataccatcaagtatggaccacagacttgatgcatt 23403844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 71 - 133
Target Start/End: Original strand, 23467821 - 23467883
Alignment:
Q  71 tttgtaccatgttctcaagaaatgaccgttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaa 133  Q
    |||||| |||||| | || ||||||| ||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  23467821 tttgtaacatgttattaaaaaatgacggttgaatggagtatgtgtccagataactgcaattaa 23467883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0201 (Bit Score: 106; Significance: 5e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0201
Description:

Target: scaffold0201; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 5e-53
Query Start/End: Original strand, 108 - 329
Target Start/End: Original strand, 10387 - 10608
Alignment:
Q  108 gtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaagttattagggatggcggaagttctgttagagacacaagtttcctgcaaccatctaaatcaagc 207  Q
    |||||||||||||||||||||||| | | |  | |||  ||  |||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  10387 gtctgtgtccagataagtgcaattgacggcttttaaatataacagggatggcggaatgtctgttacagacacaagtttcctgcaatcatctaattcaagc 10486  T
Q  208 cattttagcattgaatggtttcggatattctcagggagacattccaagttgcaacactcttgtaatgttagcccttttaaagattgtatgccatcaagga 307  Q
    ||||  ||||||||||||||| | || ||| ||||||||||||| ||||||||||||   |  |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  10487 cattcaagcattgaatggttttgtatgttcacagggagacattctaagttgcaacacctattcaatgttagccgttttaaagaatgtatgccatcaagga 10586  T
Q  308 tggaccacagacttaatgcatt 329  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  10587 tggaccacagacttaatgcatt 10608  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 99 - 144
Target Start/End: Original strand, 16120553 - 16120598
Alignment:
Q  99 ttgagtggagtctgtgtccagataagtgcaattaatgccactcaaa 144  Q
    |||| |||||| |||||||||||||||||| |||||| ||||||||    
T  16120553 ttgaatggagtttgtgtccagataagtgcagttaatggcactcaaa 16120598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University