View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8491_low_4 (Length: 656)

Name: NF8491_low_4
Description: NF8491
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8491_low_4
NF8491_low_4
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (18-643)||(41735479-41736103)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 606; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 606; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 643
Target Start/End: Original strand, 41735479 - 41736103
Alignment:
Q  18 gttggaagaacagaaagctcgaaaatattattctaccatatgcctttgttgtcgaaccctcactgaggagttacatggatcatgaaaggattacaagaat 117  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735479 gttggaagaacagaaagc-cgaaaatattattctaccatatgcctttgttgtcgaaccctcactgagaagttacatggatcatgaaaggattacaagaat 41735577  T
Q  118 cagttgaaacagaagtaatcaccattgataaatcttatcacaaaaaaggcttaacaaaagaggtaagatcacataccatgcgacaattatgttcctcgtg 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735578 cagttgaaacagaagtaatcaccattgataaatcttatcacaaaaaaggcttaacaaaagaggtaagatcacataccatgcgacaattatgttcctcgtg 41735677  T
Q  218 ttactatgcccgcctttgtggtaagccaggtcatcatgcacctcagtgcaaacatcgcaagaggaaagacaatcctcttaaagctaacttgactgaatga 317  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735678 ttactatggccgcctttgtggtaagccaggtcatcatgcacctcagtgcaaacatcgcaagaggaaagacaatcctcttaaagctaacttgactgaatga 41735777  T
Q  318 ggtgacactattgatgtggttaattataaattgtttggaatgggagctgggaggtgcatgatgatatggattaccacaaacataactaattttcttttgc 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735778 ggtgacactattgatgtggttaattataaattgtttggaatgggagctgggaggtgcatgatgatatggattaccacaaacataactaattttcttttgc 41735877  T
Q  418 aggtgagattaataacatgaggaacataattgttattactattgtgattaggcttgtgatcatgactctttttgtgagaattattatgagtcttcagatt 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735878 aggtgagattaataacatgaggaacataattgttattactattgtgattaggcttgtgatcataactctttttgtgagaattattatgagtcttcagatt 41735977  T
Q  518 ttcttggtagctaaagccttcgccttgacagccttgctcttctttcagttggtaccttcgaaactcacgtggaaaataatatttttcatgtttgaattct 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41735978 ttcttggtagctaaagccttcgccttgacagccttgctcttctttcagttggtaccttcgaaactcacgtggaaaataatatttttcatgtttgaattct 41736077  T
Q  618 tccaacagtttgtggtaattgttgat 643  Q
    ||||||||||||||||||||||||||    
T  41736078 tccaacagtttgtggtaattgttgat 41736103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University