View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8499_low_19 (Length: 269)

Name: NF8499_low_19
Description: NF8499
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8499_low_19
NF8499_low_19
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (24-222)||(21440143-21440341)
chr8 (32-249)||(4890905-4891122)
chr8 (22-250)||(4702830-4703055)
chr8 (22-250)||(4714166-4714391)
chr8 (32-261)||(4725608-4725834)
chr8 (22-242)||(4904954-4905171)
chr8 (22-261)||(4680700-4680936)
chr8 (32-261)||(4745079-4745305)
chr8 (32-250)||(4995637-4995852)
chr8 (24-220)||(4875927-4876120)
chr8 (24-214)||(4925826-4926013)
chr8 (22-247)||(4688334-4688556)
chr8 (24-250)||(10446083-10446309)
chr8 (22-220)||(4777136-4777331)
chr8 (32-215)||(4914096-4914276)
chr8 (32-235)||(4736080-4736283)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 24 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 21440341 - 21440143
Alignment:
Q  24 taaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataat 123  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||    
T  21440341 taaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctccaatgcatcacacatcactatcaaggagattat 21440242  T
Q  124 ttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatac 222  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||||||||||    
T  21440241 ttacactccatcagtagattacataaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagccatagaattgagggctatgaacaatac 21440143  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 32 - 249
Target Start/End: Complemental strand, 4891122 - 4890905
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||| ||| ||| || ||||||||||    
T  4891122 ccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcactcttcacattcagggaaatcatttacactc 4891023  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatacagcttatgt 231  Q
    | |   |||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4891022 cgtcgctagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggcctttgaacaatacagcttatgt 4890923  T
Q  232 cacacactcagctaaatc 249  Q
    |||| |||||||||||||    
T  4890922 cacatactcagctaaatc 4890905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Original strand, 4702830 - 4703055
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||| ||   | |||||||||||| |  |||| | | ||||||     
T  4702830 tttaaatgatcccccagaatttgatcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaactt---ccccaatgcatcactcgtcacatttatggagatc 4702926  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaata 221  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  4702927 atttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttattgaattgaggactttgaacaata 4703026  T
Q  222 cagcttatgtcacacactcagctaaatca 250  Q
     ||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  4703027 aagcttatgtcacatattcatctaaatca 4703055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 22 - 250
Target Start/End: Original strand, 4714166 - 4714391
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  |    |||  |||||||| ||||  ||  |||||     
T  4714166 tttaaatgagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaact---aatatatcacacatcacagacagtgagatc 4714262  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaata 221  Q
    || ||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  4714263 atatacactccattattagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatg 4714362  T
Q  222 cagcttatgtcacacactcagctaaatca 250  Q
     || |||||||||| ||||||||||||||    
T  4714363 aagtttatgtcacaaactcagctaaatca 4714391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 124; E-Value: 7e-64
Query Start/End: Original strand, 32 - 261
Target Start/End: Original strand, 4725608 - 4725834
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || ||   | |||||  ||| | || ||||| ||  ||||| ||||||||||    
T  4725608 ccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaactt---caccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcatttacactc 4725704  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatacagcttatgt 231  Q
    ||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | |||||||    
T  4725705 catcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataaaacttatgt 4725804  T
Q  232 cacacactcagctaaatcatcagtattatc 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4725805 cacacactcagctaaatcatcagtattatc 4725834  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 123; E-Value: 3e-63
Query Start/End: Original strand, 22 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 4905171 - 4904954
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||   | | | |||||||| ||| ||||||||||||||     
T  4905171 tttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaattgcatcactcactacaatcaaggagatc 4905075  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaata 221  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||||    
T  4905074 atttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagccatagaattgaggcctttgaacaata 4904975  T
Q  222 cagcttatgtcacacactcag 242  Q
     ||||||||||||| ||||||    
T  4904974 gagcttatgtcacaaactcag 4904954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 22 - 261
Target Start/End: Original strand, 4680700 - 4680936
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||| |||||   | | |||  ||||| ||  ||||||||||||||     
T  4680700 tttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatc 4680796  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaata 221  Q
    || |||||||||| | |||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||    
T  4680797 atatacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcagccatagaattgaggactttggataata 4680896  T
Q  222 cagcttatgtcacacactcagctaaatcatcagtattatc 261  Q
     ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  4680897 aagcttatgtcacatacgcagctaaatcatcagtattatc 4680936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 32 - 261
Target Start/End: Original strand, 4745079 - 4745305
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||   | |||||| ||||  ||||||||  | |||||| ||||||||||    
T  4745079 ccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtgaattt---ccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagatcatttacactc 4745175  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatacagcttatgt 231  Q
    ||| | |||||||||||  |||||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||     
T  4745176 catcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcagcaggactccattcatttcagctatagaattgaggagtttgaacaatacagcttatgg 4745275  T
Q  232 cacacactcagctaaatcatcagtattatc 261  Q
    || | |||||| ||||||||||||||||||    
T  4745276 caaatactcagataaatcatcagtattatc 4745305  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 32 - 250
Target Start/End: Original strand, 4995637 - 4995852
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||   | ||| |  |||||||| ||||  ||  ||||| || |||||||    
T  4995637 ccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagtt---cgccagtctatcacacatcacagacagtgagatcatatacactc 4995733  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatacagcttatgt 231  Q
    ||| | ||||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  4995734 catcactagattacattcaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttctgctattgaattgaggcctttgaacaatacagcttatat 4995833  T
Q  232 cacacactcagctaaatca 250  Q
    |||| ||||| ||||||||    
T  4995834 cacatactcacctaaatca 4995852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 103; E-Value: 3e-51
Query Start/End: Original strand, 24 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 4876120 - 4875927
Alignment:
Q  24 taaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataat 123  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||   | | |||  ||||| |||||||||||||||||| ||    
T  4876120 taaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagtt---cacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 4876024  T
Q  124 ttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaat 220  Q
     |||||||||| | |||| ||||||  |||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4876023 atacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaat 4875927  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 101; E-Value: 4e-50
Query Start/End: Original strand, 24 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 4926013 - 4925826
Alignment:
Q  24 taaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataat 123  Q
    ||||||| |||||| |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||   ||||  ||||||||||||| | |||||||||||||||| ||    
T  4926013 taaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacggtg---ttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcat 4925917  T
Q  124 ttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttg 214  Q
    ||||| ||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||    
T  4925916 ttacattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaaaacaggcaaagggactccattcatttcaactatagaattgaggactttg 4925826  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 100; E-Value: 2e-49
Query Start/End: Original strand, 22 - 247
Target Start/End: Original strand, 4688334 - 4688556
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    |||||| || |||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||   | | |||  ||||| || | ||| ||  |||||     
T  4688334 tttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagtt---cacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatc 4688430  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaata 221  Q
    ||||||||||||| |  ||||||||||  |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||    
T  4688431 atttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcatttcatctatagaattgaggactttgaacaata 4688530  T
Q  222 cagcttatgtcacacactcagctaaa 247  Q
    | |||||||||||| ||||| |||||    
T  4688531 ctgcttatgtcacaaactcaactaaa 4688556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 24 - 250
Target Start/End: Original strand, 10446083 - 10446309
Alignment:
Q  24 taaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataat 123  Q
    |||||||  ||||| | |||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||| ||||||||||  | |     | || |||||||||| ||    
T  10446083 taaatgaaacaccacagtttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgacgttctcctccaatgatttagggttcgcattcaaggagatcat 10446182  T
Q  124 ttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaataca 223  Q
     |||||||||| |  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||      
T  10446183 atacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggattccattcatttcagctatagaattgaggactttgaacaataat 10446282  T
Q  224 gcttatgtcacacactcagctaaatca 250  Q
     |||||  |||||||||||||||||||    
T  10446283 acttataccacacactcagctaaatca 10446309  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 22 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 4777331 - 4777136
Alignment:
Q  22 tttaaatgacccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagata 121  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||   | ||||||||||||  |  | | |||| |||||     
T  4777331 tttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagtt---ccccaatgcatcacgtatgagattcaatgagatc 4777235  T
Q  122 atttacactccattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaat 220  Q
    ||||||| ||||| |  ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||    
T  4777234 atttacagtccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcatttcggctatagaattgaggcctttgaacaat 4777136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 32 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 4914276 - 4914096
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||   | | |||| ||||  || |||| |||||||||| || |||||||    
T  4914276 ccaccagaatttgatctacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagtt---cactaatgtatcaggcatcacactcaaggagatcatatacactc 4914180  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttga 215  Q
    ||| |  |||| |||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4914179 catcacaagatcacatacaaccatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcatttcagttttagaattgaggactttga 4914096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 32 - 235
Target Start/End: Original strand, 4736080 - 4736283
Alignment:
Q  32 ccaccagaatttgatcttcattttggagctaatgtatgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcacacaccacaatcaaggagataatttacactc 131  Q
    |||||| |||||||||||||||||||| |||||||   || |||||||| ||| |||  | || ||||||||  ||||  || ||| || ||||| ||||    
T  4736080 ccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaaatcatttatactc 4736179  T
Q  132 cattattagattacataacaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaatacagcttatgt 231  Q
    ||| |  ||||||||||  ||||||| ||||||||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4736180 catcacaagattacatacaaccatgttttgttaacacaggaaacggaactccattcatttcagttatagaattgaggactttgaacaacacagcttatgt 4736279  T
Q  232 caca 235  Q
    ||||    
T  4736280 caca 4736283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University