View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8500_high_7 (Length: 470)

Name: NF8500_high_7
Description: NF8500
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8500_high_7
NF8500_high_7
[»] chr6 (17 HSPs)
chr6 (13-451)||(2929619-2930059)
chr6 (13-451)||(2996703-2997141)
chr6 (14-451)||(2934909-2935349)
chr6 (27-451)||(2937770-2938194)
chr6 (52-451)||(2927470-2927869)
chr6 (28-451)||(2974317-2974740)
chr6 (69-451)||(3003174-3003552)
chr6 (22-451)||(2983176-2983605)
chr6 (13-451)||(2964819-2965280)
chr6 (27-451)||(2658311-2658753)
chr6 (69-451)||(2952243-2952624)
chr6 (13-117)||(2954726-2954829)
chr6 (127-451)||(2979201-2979521)
chr6 (318-394)||(2985695-2985771)
chr6 (177-236)||(2954666-2954725)
chr6 (21-72)||(2986421-2986472)
chr6 (28-60)||(2952657-2952689)
[»] scaffold0024 (2 HSPs)
scaffold0024 (14-451)||(34573-35010)
scaffold0024 (284-448)||(44532-44696)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (14-451)||(3339335-3339775)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (69-451)||(49613746-49614128)
chr3 (70-438)||(49618735-49619102)
chr3 (80-194)||(49617650-49617758)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 322; Significance: 0; HSPs: 17)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 322; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2930059 - 2929619
Alignment:
Q  13 gataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatca--cttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagt 110  Q
    |||||||  |||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||  || |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2930059 gataataagaataacaataattatgaactcaacaataaaagaaatcaagctaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagt 2929960  T
Q  111 gagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattc 210  Q
    ||||| ||||||||| | ||| |||| |||||||||||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2929959 gagaaaaagtagtaagaatccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagtacttcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattc 2929860  T
Q  211 ttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacag 310  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2929859 taacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaaatgaggactgatattagaatgtataatatatttgcaaaaaccattaaacatgttagccacag 2929760  T
Q  311 aatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatc 410  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2929759 aatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatatcggcgtccttaccagtatttataagaaaatccataatagtaacataatc 2929660  T
Q  411 aagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  2929659 aagaatatatgactcatgagggtaatgaaactgctccaaag 2929619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Original strand, 2996703 - 2997141
Alignment:
Q  13 gataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtga 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||  |||||||    
T  2996703 gataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaataaaagtga 2996802  T
Q  113 gaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattctt 212  Q
    |||||||||||| |||||| |||| |||||||||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  2996803 gaacaagtagtacaattccagcaaaggaagcagcagcttgccaaggagtcttgccataatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccaaggattcct 2996902  T
Q  213 acaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaa 312  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| | ||||| || |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  2996903 acaaaaagcatttaagtccttgcaaagaatagagaattgagaactgatattggtatgtacaacatttatgcaaagaccattaaacaagttagccacagaa 2997002  T
Q  313 tgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaa 412  Q
    | | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||| ||  | ||||||||||| ||||||||| |||||| || || ||||||||||     
T  2997003 tcactgtctccaagccaattttccagtatttctttgtgaacaagtatatcaacatccttaccagtgtttataaggtaatccaaaacagaaacataatcag 2997102  T
Q  413 gaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
     ||||||  |||  | || ||||||| ||||||||||||    
T  2997103 taatatataacttgttagtgtaatgaaactgctccaaag 2997141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 247; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2935349 - 2934909
Alignment:
Q  14 ataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgt---actacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagt 110  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||   || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  2935349 ataatactaatagaaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagt 2935250  T
Q  111 gagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattc 210  Q
    ||||| ||||||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2935249 gagaaaaagtagtaagattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccaaggattc 2935150  T
Q  211 ttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacag 310  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||||||||    
T  2935149 ttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaaatgagaactgatattagattgtgtaacatttttccaaagaccattaaacaagttagccacag 2935050  T
Q  311 aatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatc 410  Q
    ||| | | ||  ||| |  ||| | ||||||||| ||| ||| |||||| || || ||| ||||||||||||||||| ||||||| | || |||||||||    
T  2935049 aatcactatccgcaagcatattatgcagtatttcgttccgaacaagtatatcagcatccgtaccagtatttataaggtaatccatgacagcaacataatc 2934950  T
Q  411 aagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    |   ||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2934949 agtgatatatgaatcatcagggtaatgacactgctccaaag 2934909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 241; E-Value: 1e-133
Query Start/End: Original strand, 27 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2938194 - 2937770
Alignment:
Q  27 caataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaa 126  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  2938194 caataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaataagtagtaag 2938095  T
Q  127 attcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcattta 226  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  | || ||||||||||    
T  2938094 attccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgccataatcacgcctcagagtagccttcaacttatgccaaggattactgcagaaagcattta 2937995  T
Q  227 agtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaa 326  Q
    | |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| || || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||| | |||||||||     
T  2937994 attctttgcaaagaatagagaattgagaactgatatcagaatatacaacatttttgcaaagaccattaaacaaattagccacagaatcactgtctccaag 2937895  T
Q  327 ccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactca 426  Q
    |||||||||||||||||  |||  || ||||||  |||| |||||||| |||||||||||| |||||| || |  ||||||||||  |||||| ||||||    
T  2937894 ccaattttccagtattttgttccaaacaagtatacccgcatccttaccggtatttataaggtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactca 2937795  T
Q  427 taagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    | |||||||||||||||||||||||    
T  2937794 tgagggtaatgacactgctccaaag 2937770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 224; E-Value: 1e-123
Query Start/End: Original strand, 52 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2927869 - 2927470
Alignment:
Q  52 agaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgt 151  Q
    |||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||| |    
T  2927869 agaaatcactaggaggcttgtacaacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaagattcccgcaatggaagcagcagttt 2927770  T
Q  152 gccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattg 251  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |  |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  2927769 gccaaggagttttgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacttatgtcgtggattcttacaataagcatttaagtctttgcaaagaatagagaattg 2927670  T
Q  252 agaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctga 351  Q
    |||||||||  ||||| || ||| |||||| | |||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||| |  |||||||||||||||  |||||    
T  2927669 agaactgattgtagaacgtgtaacatttttaccaagaccattaaacaagttagccacagaatcaccgtctccaagcatattttccagtatttccctctga 2927570  T
Q  352 ataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    | |||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| || || |  |||||||  |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  2927569 acaagtatatccacatccttaccagtatttataaggtaatccaaaacagaacgataatcagtaatatatgaatcatcagggtaatgacactgctccaaag 2927470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 28 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2974740 - 2974317
Alignment:
Q  28 aataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaa 127  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||  ||||| || ||||||||||||||| ||||    
T  2974740 aataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggatgcttgtactacttgcaagacagaacaaactctttgaattatagtgagaacaagtagaaaaa 2974641  T
Q  128 ttcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaa 227  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||    
T  2974640 ttccagcaatggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgccttagagcagccttcaacctatgccaaggattcctacaataagcattcaa 2974541  T
Q  228 gtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaac 327  Q
     |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||  | |||||||||||| | | |||| ||||||| | ||||||||| |    
T  2974540 ttctttgcaaagaatagagaaatgagaactgatattagaatttgtaatattttctccaagaccattaaataagatagcaacagaatcactgtctccaagc 2974441  T
Q  328 caattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcat 427  Q
    ||||||| |||||| |   || ||| |||||| ||| | ||| ||| ||||||||||||| |||||| ||||  |  |||||||| |||||| |||| ||    
T  2974440 caattttgcagtatattgctccgaacaagtatatccacatccgtactagtatttataaggtaatccaaaataaaatgataatcaataatatatgactgat 2974341  T
Q  428 aagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    ||||||||||||||||||||||||    
T  2974340 aagggtaatgacactgctccaaag 2974317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 69 - 451
Target Start/End: Original strand, 3003174 - 3003552
Alignment:
Q  69 ttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaa 168  Q
    |||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||| |||| |||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  3003174 ttgtactacttgcaaga----acaaactgtttgaagtaaagtgagagcaaggagtaagattccagcaatggaagcagcagtttgccagggagttttgcaa 3003269  T
Q  169 taatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaat 268  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||  |||||     
T  3003270 taatcacgcctgagagtagccttcaacttatgccatggattcttacaataagcatttaagtctttgccaagaatagagaattgagaactgattgtagaac 3003369  T
Q  269 gtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtc 368  Q
    ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||| |  |||||||||||||||  |||||| |||||| ||| | ||    
T  3003370 gtataatatctttgccaagaccattaaacaagttagccacagaatcactgtctccaagcatattttccagtatttcgctctgaacaagtatatccacatc 3003469  T
Q  369 cttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    |||| |||||||||||||| |||||| || || |  ||||||   |||||| || |||| |||||||||||||||||||||||    
T  3003470 cttagcagtatttataaggtaatccaaaacagaacgataatcggtaatatatgaatcatcagggtaatgacactgctccaaag 3003552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 170; E-Value: 5e-91
Query Start/End: Original strand, 22 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2983605 - 2983176
Alignment:
Q  22 aatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagta 121  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| ||| |||||||||| ||||||||| |||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  2983605 aataacaataattatgaactcaacaatgaaagaaatgactaggatgcttgtactatttgcaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaacaagta 2983506  T
Q  122 gtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagc 221  Q
    |||| | ||| ||||||||||||||| | | |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| || |||||| |||||||||||    
T  2983505 gtaagactccagcaacggaagcagcaattttccaaggagtattgccataatcacgcctgagagtggccttcaacttattcctaggattattacaaaaagc 2983406  T
Q  222 atttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtct 321  Q
    ||  || || ||| | ||| |   ||| ||| ||||||  ||||| | || || ||||||||||||||||||||||| | |||||| ||| |||  ||||    
T  2983405 atccaattcattggaaagacttacgaaatgataactgagtttagattttacaacatttttgcaaagaccattaaacaagatagccatagattgaccgtct 2983306  T
Q  322 ccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatatagg 421  Q
    |||| | | ||||| |||||||  |||||||||||||  ||| | ||||||||| ||||||||||| |||||| || |  |||||||||||||||||| |    
T  2983305 ccaagcaagttttctagtatttgcttctgaataagtacatccacatccttaccattatttataaggtaatccaaaacaagaacataatcaagaatatatg 2983206  T
Q  422 actcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    |||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  2983205 actcatgagggtaatgacaatgctccaaag 2983176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 153; E-Value: 7e-81
Query Start/End: Original strand, 13 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2965280 - 2964819
Alignment:
Q  13 gataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggc---------ttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaa 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||| ||         |||||||||||||||||    |||||||| |||||    
T  2965280 gataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaagcattaggttgttgtactacttgcaaga----acaaactgtttgaa 2965185  T
Q  104 gtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacct------ 197  Q
     ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||  |||||||||||| |||| ||||||||| | ||||| | ||||||| |          
T  2965184 ttaaagtgagaacaagtagtaagattccagcaaaggaagcagcagcttgccaaggagtactgcagtaatcacgcatcagagtggacttcaacttcaacgt 2965085  T
Q  198 ----at--------gccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaa 285  Q
        ||        |||||||||||  |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||| || |||| ||    
T  2965084 caacattaactggcgccaaggattcccacaaaaagcattcaaatctttgcaaagaatagagaattgaagactgatattagaatgtataacatatttggaa 2964985  T
Q  286 agaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataa 385  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| | | ||||||| |  ||||||||||||||  ||||||| |||||| ||| | ||||| |||||||||||||    
T  2964984 agaccattaaacaagttagccacagaatcactatctccaagcatattttccagtattttgttctgaacaagtatatccacatccttgccagtatttataa 2964885  T
Q  386 ggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    || |||||| || || |||||| |||  |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2964884 ggtaatccaaaacagcaacatagtcagtaatatatgactcataagggtaacgacactgctccaaag 2964819  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 143; E-Value: 6e-75
Query Start/End: Original strand, 27 - 451
Target Start/End: Original strand, 2658311 - 2658753
Alignment:
Q  27 caataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggc------ttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagt 120  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||| |||| |      |||||||||||| ||||| |||||||||| ||||| || |||||||| ||||    
T  2658311 caataattatgaaccgaacaatgaaagaaatcactaggagccattaggttgtactacttgaaagacagaacaaactgtttgaattatagtgagaataagt 2658410  T
Q  121 agtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagc------------cttcaacctatgccaaggat 208  Q
    ||||| ||||| |||| ||||||| |||  | |||||||||| |||||||||||||||| |||||  |            ||| ||| || |||||||||    
T  2658411 agtaagattccagcaaaggaagcaccagctttccaaggagtactgcaataatcacgcctcagagtgccaatcaatgagtacttaaacttaggccaaggat 2658510  T
Q  209 tcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccac 308  Q
    || |||||||| | ||||||||||  || ||||||| ||| |||| |||| ||||| ||||  ||| |||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  2658511 tcctacaaaaatcttttaagtcttcacaaagaatagtgaaatgaggactgctattacaatgagtaacatttttgcaaagaccagtaaacaagttagccac 2658610  T
Q  309 agaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataa 408  Q
    ||||| | ||||||||| |||||||||||||||||  ||  ||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||| |||||| || || |||||||    
T  2658611 agaatcactgtctccaagccaattttccagtattttgtttggaacaagtatatccacatccttaccagtatttataaggtaatccaaaacagcaacataa 2658710  T
Q  409 tcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    |||  |||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2658711 tcagtaatatatgactcataagggtaatgacattgctccaaag 2658753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 69 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2952624 - 2952243
Alignment:
Q  69 ttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaa 168  Q
    |||||||||||||||||    |||||||| |||||||||||||||| |||| ||||  ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||| |||| |    
T  2952624 ttgtactacttgcaaga----acaaactgtttgaagtaaagtgagagcaaggagtacgattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagttttgcca 2952529  T
Q  169 taatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaat 268  Q
    ||||||||||| ||||| || |||||| ||| |||||||||  ||||||| |||||||  |||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2952528 taatcacgcctcagagtggctttcaacttattccaaggattactacaaaatgcatttatttctttgccaataatagagaattgagaactgatattagaat 2952429  T
Q  269 gtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaat---gattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgc 365  Q
     || || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||    | | ||||||| |  ||| || ||||| ||  || ||| |||||| ||| |    
T  2952428 atacaacatttttgcaaataccattaaacctgttagccacagaatcactactttctccaagcatattatctagtatatccctccgaacaagtatatccac 2952329  T
Q  366 gtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
     ||  ||||||||||||||| | |||||| || |  ||||||||||  |||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  2952328 atcggtaccagtatttataatgtaatccaaaacaacaacataatcagcaatatatgactcctcagggtaatgacactgctccaaag 2952243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 13 - 117
Target Start/End: Complemental strand, 2954829 - 2954726
Alignment:
Q  13 gataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtga 112  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||    
T  2954829 gataatactaatagcaataat-atgaactcaacattgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaattgattgaagtaaagtga 2954731  T
Q  113 gaaca 117  Q
     ||||    
T  2954730 taaca 2954726  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 127 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 2979521 - 2979201
Alignment:
Q  127 attcccgcaacggaagcagcagtgtgccaagga--gtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacct------atgccaaggattcttacaaaa 218  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||| ||||  |||||||||  |||| ||||||||| |||||||||  |      ||||||||||||  || ||||    
T  2979521 attccagcaacggaagcagcaatttgcctaggatcgtattgcaacgatcatgcctgagagaagccttcaagttcaactcatgccaaggattactataaaa 2979422  T
Q  219 agcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattg 318  Q
    | ||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||         ||| ||||| ||||||| |||||||||  |||||  |||||||| ||    
T  2979421 atcatttaaatctttgcaaagaatagagaaatgagaactgatat---------taacattttcgcaaagatcattaaacaatttagcagcagaatgactg 2979331  T
Q  319 tctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatat 418  Q
    ||||||| | |||||||||||||||   || ||| |||||| ||| | ||| |||| |||||||||||| |||| |  |    ||||||||||  |||||    
T  2979330 tctccaagcaaattttccagtattttgctccgaacaagtatatccacatccgtaccggtatttataaggtaatcgaaga---caacataatcagtaatat 2979234  T
Q  419 aggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    | ||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  2979233 atgactcatgagggtaataacactgctccaaag 2979201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 318 - 394
Target Start/End: Complemental strand, 2985771 - 2985695
Alignment:
Q  318 gtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatcca 394  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  2985771 gtctcgaaaccaattttccagtatttggttctgaacaagtatatccgcatccttactagtatttataaggtaatcca 2985695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 7e-16
Query Start/End: Original strand, 177 - 236
Target Start/End: Complemental strand, 2954725 - 2954666
Alignment:
Q  177 cctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgca 236  Q
    ||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||    
T  2954725 cctgagagtagccttcaacttacgccaaggattcctacaaaaagcatttaattctttgca 2954666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 21 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 2986472 - 2986421
Alignment:
Q  21 taatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgt 72  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2986472 taataacaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgt 2986421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000007
Query Start/End: Original strand, 28 - 60
Target Start/End: Complemental strand, 2952689 - 2952657
Alignment:
Q  28 aataattatgaactaaacaatgaaagaaatcac 60  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2952689 aataattatgaactcaacaatgaaagaaatcac 2952657  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024 (Bit Score: 282; Significance: 1e-158; HSPs: 2)
Name: scaffold0024
Description:

Target: scaffold0024; HSP #1
Raw Score: 282; E-Value: 1e-158
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Original strand, 34573 - 35010
Alignment:
Q  14 ataatactaatagcaataattatgaactaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgag 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||    
T  34573 ataatactaatagcaataattatgaactcaacaatgaaagaaatcactaggaggcttgtactacttgcaagacagaacaaactgattgaagcaaagtgag 34672  T
Q  114 aacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattctta 213  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||  ||    
T  34673 aacaagtagtaaaattccagcaacggaagcagcagtttgccaaggagttttgccataatcacgcctgagagaagccttcaacctattccaaggattacta 34772  T
Q  214 caaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaat 313  Q
    ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||| |||||||||||||||  |||||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  34773 caaaatgcatttaagtttttgcaaagaatagagaaatgagaactgatattatgatgtataacatttttgcaaagacgattaaacaagttagccacagaat 34872  T
Q  314 gattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaag 413  Q
     | ||||||||| | ||||   ||||||||||||| ||| |||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| || |  ||||||||||      
T  34873 cactgtctccaagcaaattagtcagtatttctttccgaacaagtatatccgcatccttaccagtatttataaggaaatccaaaacaacaacataatcagt 34972  T
Q  414 aatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34973 aatatatgactcataagggtaatgacactgctccaaag 35010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0024; HSP #2
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 284 - 448
Target Start/End: Original strand, 44532 - 44696
Alignment:
Q  284 aaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttat 383  Q
    ||||| |||||||||  ||||||||| ||||| ||||||||| | |||||||||||||||   || ||| | |||| || || |||||||||||||||||    
T  44532 aaagatcattaaacaaattagccacataatgactgtctccaagcaaattttccagtattttgctccgaacatgtatatctgcatccttaccagtatttat 44631  T
Q  384 aaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctcca 448  Q
    |||| |||||| ||||| |||||||| || |||||| || |||| |||||||||| ||| |||||    
T  44632 aaggtaatccaaaatagcaacataattaataatatatgattcattagggtaatgatactactcca 44696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 251; Significance: 1e-139; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 14 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 3339775 - 3339335
Alignment:
Q  14 ataatactaatagcaataattatga---actaaacaatgaaagaaatcacttggaggcttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagt 110  Q
    |||||||||| ||||||||||||||   ||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3339775 ataatactaagagcaataattatgatgaactcaacaaagaaagaaatcactaggaggcctgtactacttgcaagacagaacaaactgattgaagtaaagt 3339676  T
Q  111 gagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattc 210  Q
    |||||||||||||| |||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  3339675 gagaacaagtagtacaattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagtattgcaataatcacgcctgagagtggccttcaacctatgccaaggattc 3339576  T
Q  211 ttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatgtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacag 310  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||| ||| |||||||| | | ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||  ||||||||||    
T  3339575 ttacaaaaatcatttaagtctttgccaagagtagggaaatgagaacttacactagaatgcataacatttttgcaaagaccattaaacaatttagccacag 3339476  T
Q  311 aatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtccttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatc 410  Q
    ||| | ||||| ||| ||||||||| ||||||||  ||| || |||||| ||| | ||| ||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||    
T  3339475 aatcactgtctgcaagccaattttctagtatttcgctcttaacaagtatatccacatccatactagtatttataaggaaatccaaaaaagcaacataatc 3339376  T
Q  411 aagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  3339375 aataatatatgactcatcagggtaatgacactgctccaaag 3339335  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 155; Significance: 4e-82; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 69 - 451
Target Start/End: Complemental strand, 49614128 - 49613746
Alignment:
Q  69 ttgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaa 168  Q
    |||||| |||||||| |||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||| |||||||||||| ||||||||| | ||||||    
T  49614128 ttgtacaacttgcaacactgcacaaactgattgaagtaaagagagaataagtagtaaaattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggactgttgcaa 49614029  T
Q  169 taatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaat 268  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||  | ||||||| |||| |||||||  |||||||||||| | |||||||||| ||   |||    
T  49614028 taatcacgtctgagagtcgccttcaatctatgccaaggatcatgacaaaaaccattcaagtcttcacatagaatagagtactgagaactgaaatacaaat 49613929  T
Q  269 gtataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtc 368  Q
    || ||| |||||| ||||||| |||||||| |||||||||||||| | | || |||| ||||||  |||||||||  ||||||| |||||| ||| | ||    
T  49613928 gtgtaacatttttccaaagactattaaacaagttagccacagaatcactatccccaagccaattcaccagtattttcttctgaacaagtatatccacatc 49613829  T
Q  369 cttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatgacactgctccaaag 451  Q
    ||| |||||||| ||||||||||||| || || |||||||||   ||| |||||||||  |||||| ||||| ||||||||||    
T  49613828 cttgccagtattaataaggaaatccaaaacagcaacataatccgtaatgtaggactcactagggtagtgacattgctccaaag 49613746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 70 - 438
Target Start/End: Complemental strand, 49619102 - 49618735
Alignment:
Q  70 tgtactacttgcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaat 169  Q
    ||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||| ||| ||    
T  49619102 tgtacaacttgcaagatagaacaaactgattgaagtaaagagagaacaagtagtaaaattccagcaatggaagcagcagtttgccaaggagtactgccat 49619003  T
Q  170 aatcacgcctgagagtagccttcaacctatgccaaggattcttacaaaaagcatttaagtctttgcatagaatagagaattgagaactgatattagaatg 269  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||| ||||||||| || | ||||||||    |||| | |||| |||||||||| |||   |||    
T  49619002 aatcacgcctgagagtagccttcagtttatgccaaggattattacaaaaacca-tcaagtctttaggaagaagacagaaatgagaactgaaatttatatg 49618904  T
Q  270 tataatatttttgcaaagaccattaaacatgttagccacagaatgattgtctccaaaccaattttccagtatttctttctgaataagtatgtccgcgtcc 369  Q
    |  || |||||| |||||||||||| ||| ||| |||||||||| | ||||| ||| |  ||| ||| ||||| || |||||| |||||| ||||| |||    
T  49618903 tgaaacatttttccaaagaccattatacaagtttgccacagaatcactgtctgcaagcatattatcctgtattcctctctgaacaagtatatccgcatcc 49618804  T
Q  370 ttaccagtatttataaggaaatccataatagtaacataatcaagaatataggactcataagggtaatga 438  Q
     ||||  ||||||||||| |||||| || || || |||||||  ||||||||| |||| ||||||||||    
T  49618803 ctaccgatatttataaggtaatccaaaacagaaatataatcataaatataggaatcatgagggtaatga 49618735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 80 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 49617758 - 49617650
Alignment:
Q  80 gcaagactgaacaaactgattgaagtaaagtgagaacaagtagtaaaattcccgcaacggaagcagcagtgtgccaaggagtattgcaataatcacgcct 179  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||   | || ||||| ||||| ||||    
T  49617758 gcaagacagaataaactgattgaagtaaag--agaataagtagtaaaattccagcaacagaagcagctgt-tgcca---actagtgcaaaaatcatgcct 49617665  T
Q  180 gagagtagccttcaa 194  Q
    |||||||||||||||    
T  49617664 gagagtagccttcaa 49617650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University