View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8501_low_6 (Length: 472)

Name: NF8501_low_6
Description: NF8501
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8501_low_6
NF8501_low_6
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (16-457)||(1460621-1461062)
chr1 (16-454)||(1498277-1498715)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (16-454)||(26788190-26788628)
chr8 (329-381)||(973837-973889)
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (20-450)||(50274442-50274872)
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (43-450)||(53076753-53077160)
chr4 (132-411)||(48438625-48438904)
chr4 (341-425)||(44531003-44531087)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (130-454)||(15867456-15867780)
chr2 (143-417)||(45198932-45199206)
chr2 (263-450)||(21981974-21982161)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (132-300)||(3153247-3153415)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (338-408)||(48660473-48660543)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 422; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 422; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 457
Target Start/End: Original strand, 1460621 - 1461062
Alignment:
16 gaagggtgagattgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacacttt 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1460621 gaagggtgagattgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacacttt 1460720  T
116 caacaagtgcttacagcaattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagt 215  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1460721 caacaagtgcttacagcaattggaaatttctgtatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagt 1460820  T
216 atagagatggaatcgacaatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcatag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
1460821 atagagatggaatcgacaatcttttggtgcttttgataggtggaattccaattgcaatgccaactgttttgtctgtcactatggctattggttctcatag 1460920  T
316 gctttcacagcaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1460921 gctttcacagcaaggtgcaattacaaaaagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttg 1461020  T
416 aataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggtgttttct 457  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
1461021 aataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggtgttttct 1461062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 327; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Complemental strand, 1498715 - 1498277
Alignment:
16 gaagggtgagattgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacacttt 115  Q
    ||||||||||||||||||| ||||   ||| |||||||| || || |||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
1498715 gaagggtgagattgaagcagttgttattgctactggtgtgcatacttttttcggtaaagcggctcatttggttgatagtactaatcaagttggacacttt 1498616  T
116 caacaagtgcttacagcaattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagt 215  Q
    ||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||| |||||||| |  ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
1498615 cagaaagtgcttacagcaattggaaacttctgcatttgttcaatcgctattggaatattggttgagcttatagtgatgtatccgatacaacaccgcaagt 1498516  T
216 atagagatggaatcgacaatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcatag 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
1498515 atagagatggaatcgacaatcttttggtgcttttgattggtggaattccaattgcaatgccaactgttttgtctgtcactatggctattggttctcatag 1498416  T
316 gctttcacagcaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
1498415 gctttcacagcaaggtgcaattacaaaaagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactctg 1498316  T
416 aataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggtgttt 454  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||    
1498315 aataagcttagtgttgatagaaacttgattgaagtgttt 1498277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 347; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 347; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 454
Target Start/End: Original strand, 26788190 - 26788628
Alignment:
16 gaagggtgagattgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacacttt 115  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||    
26788190 gaagggtgagatcgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggaaaagcagctcatttggttgacagtactaatcaagttggacacttt 26788289  T
116 caacaagtgcttacagcaattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagt 215  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |    
26788290 caaaaagtgcttacagcaattggaaatttctgcatctgttcaattgcagttggaatactcgttgagattattgtgatgtatccgatacaacatcgcaact 26788389  T
216 atagagatggaatcgacaatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcatag 315  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||||||| ||    
26788390 atagagatggaattgataatcttttggtgctcttgatcggtggaattccaattgcaatgccaactgtattatctgttactatggctattggttctcacag 26788489  T
316 gctttcacagcaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttg 415  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
26788490 gctttcacagcaaggtgcaataacaaaaagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctctgcagtgataaaacaggaactctcactttg 26788589  T
416 aataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggtgttt 454  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
26788590 aataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggtgttt 26788628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 329 - 381
Target Start/End: Complemental strand, 973889 - 973837
Alignment:
329 ggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgt 381  Q
    ||||| || |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||    
973889 ggtgctataacaaagagaatgactgctattgaagaaatggctggaatggatgt 973837  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 203; Significance: 1e-110; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-110
Query Start/End: Original strand, 20 - 450
Target Start/End: Original strand, 50274442 - 50274872
Alignment:
20 ggtgagattgaagcaattgtgtatgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacactttcaac 119  Q
    ||||||||||||||| ||||   ||| ||||| || ||||| ||||| || ||||| |||||||||||||| || || || |||||||| ||||||||      
50274442 ggtgagattgaagcagttgtaattgctactggagtgcacacattttttggtaaagctgctcatttggttgacagcaccaatcaagttggtcactttcaga 50274541  T
120 aagtgcttacagcaattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatag 219  Q
    |||| || ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||  |  |||| |||||||||||||||||||||||||||||    
50274542 aagtcctaacagcaattggtaatttctgcatttgctcaattgctgttggaatactgattgaactcgttgtcatgtatccgatacaacaccgcaagtatag 50274641  T
220 agatggaatcgacaatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctt 319  Q
    ||| ||||| |||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || ||     
50274642 agacggaattgacaatcttttggttctattgattggaggaattccaattgctatgccaactgttttgtctgttactatggctattggttctcacagactc 50274741  T
320 tcacagcaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaata 419  Q
    || || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||    
50274742 tctcaacaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggcagggatggatgttctctgtagtgacaaaaccggaactctgactttaaata 50274841  T
420 agcttagtgttgatacaaacttgattgaggt 450  Q
    || |   |||||| | |||||||||||||||    
50274842 agttatctgttgacaaaaacttgattgaggt 50274872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 124; Significance: 1e-63; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 43 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 53077160 - 53076753
Alignment:
43 tgcaactggtgtccacacctttttcggcaaagcagctcatttggttgatagtactaaccaagttggacactttcaacaagtgcttacagcaattggaaat 142  Q
    |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||  | || || ||||| ||||||||||| || |||||  | |||||||| |||||||||||     
53077160 tgcaactggtgtccacacatttttcgggaaagcagctcaccttgtggacagtaccaaccaagttgggcattttcagaaggtgcttactgcaattggaaac 53077061  T
143 ttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatagagatggaatcgacaatcttttgg 242  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||  |   |||||| || || ||||| || || || ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
53077060 ttctgcatttgttcgattgcagttggtatgttggctgagatcatagtcatgtacccaattcagcaccgcaagtacagagatggaattgacaatcttttgg 53076961  T
243 tgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctttcacagcaaggtgcaattacaaa 342  Q
    | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| || ||||| |||||||| ||  |||| || || |||||||| || || ||    
53076960 tccttttgatcggaggaattcccattgctatgcctactgtgttgtctgtaacaatggccatcggttcacaccggctctctcaacaaggtgctatcaccaa 53076861  T
343 gagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaataagcttagtgttgatacaaacttg 442  Q
      | ||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| || || || || |||||  | || ||||| ||||| || |  ||||||    
53076860 acgtatgactgctattgaagaaatggctggtatggatgtgctttgtagtgacaagacaggtaccctcacacttaacaagctgagtgtcgacaagaacttg 53076761  T
443 attgaggt 450  Q
    ||||||||    
53076760 attgaggt 53076753  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 132 - 411
Target Start/End: Complemental strand, 48438904 - 48438625
Alignment:
132 caattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatagagatggaatcga 231  Q
    |||||||||| ||||| || || || ||||| || |||||  | |||||||||||||||||||| || || |||||  |    |||||||| || || ||    
48438904 caattggaaacttctgtatctgctccattgcagtaggaatgttgattgagattattgtgatgtacccaatccaacaaagatcatatagagaaggtattga 48438805  T
232 caatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctttcacagcaaggt 331  Q
    |||| |  |||| ||| | ||||| || || || || || ||||| || ||||||||||| || |||||||| || |||||  |  | || ||||||||     
48438804 caatttgctggttcttctcatcggaggtatcccgatcgccatgccaacagttttgtctgtgaccatggctattggatctcaccgtttgtctcagcaagga 48438705  T
332 gcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcac 411  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||    
48438704 gctattaccaagaggatgacagctattgaagaaatggccgggatggatgttctctgcagtgacaagactggaaccctcac 48438625  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 341 - 425
Target Start/End: Original strand, 44531003 - 44531087
Alignment:
341 aagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaataagctta 425  Q
    ||||| |||||||| ||||| || ||||| || |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||    
44531003 aagaggatgacagccattgaagagatggcaggcatggatgtgctgtgcagtgataagactggaactctaacattaaataagctta 44531087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 117; Significance: 2e-59; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 454
Target Start/End: Original strand, 15867456 - 15867780
Alignment:
130 agcaattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatagagatggaatc 229  Q
    |||||||||||| || || |||||||| ||||| ||||| ||  |   |||||| || || ||||||||||| ||||||||||| ||| | || ||||||    
15867456 agcaattggaaacttttgtatttgttccattgcagttggtatgttggctgagatcatagtcatgtatccgatccaacaccgcaaatatcgtgaaggaatc 15867555  T
230 gacaatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctttcacagcaag 329  Q
    ||||| ||||| || ||||||||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| ||||||||||  ||| | || ||||    
15867556 gacaaccttttagtccttttgatcggaggaattcctattgctatgccaactgttttgtctgtgacaatggctattggttctcataaacttgctcaacaag 15867655  T
330 gtgcaattacaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaataagcttagtgt 429  Q
    |||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| || || ||||| |||||  | || ||  | |||||    
15867656 gtgctattacaaagagaatgactgccattgaagaaatggctggtatggatgttctttgcagtgacaagacaggaacactcacacttaacaaattgagtgt 15867755  T
430 tgatacaaacttgattgaggtgttt 454  Q
    |||||  ||||||||||||||||||    
15867756 tgataggaacttgattgaggtgttt 15867780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 143 - 417
Target Start/End: Complemental strand, 45199206 - 45198932
Alignment:
143 ttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatagagatggaatcgacaatcttttgg 242  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||  |||| |||||| |||| ||||||||||| || | ||||||||||||   |||||| |||||||| ||||    
45199206 ttctgcatttgctcaattgctgtgggaatggtcatcgagattgttgtcatgtatccgattcagcgccgcaagtataggagtggaattgacaatctattgg 45199107  T
243 tgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctttcacagcaaggtgcaattacaaa 342  Q
    ||||| | || || || ||||| ||||||||||| || || ||||| || || |||||||| ||||| |||||| | || || |||||||| || |||||    
45199106 tgcttctcattggagggattcctattgcaatgccaacagtgttgtcagtgacaatggctattggttcacataggttgtctcaacaaggtgctatcacaaa 45199007  T
343 gagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaa 417  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| | || ||||| || ||||||||||| || |||||    
45199006 gagaatgacagccattgaggaaatggctgggatggatgttttatgtagtgacaagactggaactctaacattgaa 45198932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 263 - 450
Target Start/End: Complemental strand, 21982161 - 21981974
Alignment:
263 ccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggctatcggttctcataggctttcacagcaaggtgcaattacaaagagaatgacagctattgagg 362  Q
    |||||||| ||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||  | ||||| |||||||| || || || ||||| |||||||| || || |    
21982161 ccaattgctatgccaactgtcttgtctgtgaccatggctattggatctcaccgcctttctcagcaaggagctatcaccaagaggatgacagccatcgaag 21982062  T
363 aaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactctcactttgaataagcttagtgttgatacaaacttgattgaggt 450  Q
    ||||||| |||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||| | || ||||||| ||| || |  ||||||||||||||    
21982061 aaatggcaggaatggatgttctatgcagtgacaagactggaactctcactcttaacaagcttactgtggacaagaacttgattgaggt 21981974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 49; Significance: 8e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 8e-19
Query Start/End: Original strand, 132 - 300
Target Start/End: Original strand, 3153247 - 3153415
Alignment:
132 caattggaaatttctgcatttgttcaattgctgttggaatactcattgagattattgtgatgtatccgatacaacaccgcaagtatagagatggaatcga 231  Q
    ||||||| || || ||||| |||||||||||| |||||||  |  ||||||| ||||| |||||||| || |||||| | || ||| |   |||||||||    
3153247 caattgggaacttttgcatatgttcaattgctattggaatgattgttgagatcattgtcatgtatccaattcaacacaggaaatatcgtcctggaatcga 3153346  T
232 caatcttttggtgcttttgatcggtggaattccaattgcaatgcctactgttttgtctgtcactatggc 300  Q
    ||||||  | |||||| | || ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||    
3153347 caatctacttgtgcttctcattggtggaattcctattgccatgcctactgttttgtcagtcacaatggc 3153415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 338 - 408
Target Start/End: Original strand, 48660473 - 48660543
Alignment:
338 acaaagagaatgacagctattgaggaaatggctggaatggatgttctttgcagtgataaaactggaactct 408  Q
    ||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||| || |||||||| ||||| || |||||    
48660473 acaaaaagaatgacagcaattgaagaaatggcaggcatggatgtcctatgcagtgacaaaacgggtactct 48660543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University