View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8503_high_5 (Length: 456)

Name: NF8503_high_5
Description: NF8503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8503_high_5
NF8503_high_5
[»] chr5 (10 HSPs)
chr5 (20-449)||(10872543-10872972)
chr5 (20-449)||(10877614-10878043)
chr5 (20-449)||(10882685-10883114)
chr5 (20-449)||(10867340-10867769)
chr5 (20-449)||(10886600-10887029)
chr5 (150-449)||(10047088-10047387)
chr5 (150-449)||(39676883-39677182)
chr5 (20-153)||(39677330-39677463)
chr5 (149-364)||(37950226-37950441)
chr5 (20-153)||(10048284-10048417)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (150-436)||(30707963-30708249)
chr8 (84-139)||(30707637-30707692)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 394; Significance: 0; HSPs: 10)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Original strand, 10872543 - 10872972
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872543 tgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 10872642  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872643 gcaagttgtgtgccccctcctactgtgcccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 10872742  T
220 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
10872743 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagc 10872842  T
320 accagccatggctgaacccgtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10872843 accagccatggctgaaccggtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 10872942  T
420 acagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10872943 acagcctcacacaccactgatttccctctc 10872972  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Original strand, 10877614 - 10878043
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877614 tgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 10877713  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877714 gcaagttgtgtgccccctcctactgtgcccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 10877813  T
220 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
10877814 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagc 10877913  T
320 accagccatggctgaacccgtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10877914 accagccatggctgaaccggtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 10878013  T
420 acagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10878014 acagcctcacacaccactgatttccctctc 10878043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 394; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Original strand, 10882685 - 10883114
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10882685 tgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 10882784  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10882785 gcaagttgtgtgccccctcctactgtgcccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 10882884  T
220 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
10882885 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagc 10882984  T
320 accagccatggctgaacccgtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10882985 accagccatggctgaaccggtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 10883084  T
420 acagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10883085 acagcctcacacaccactgatttccctctc 10883114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 10867769 - 10867340
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867769 tgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 10867670  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10867669 gcaagttgtgtgccccctcctactgtgcccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 10867570  T
220 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagc 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || ||||||||    
10867569 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattaaagccgccaagagc 10867470  T
320 accagccatggctgaacccgtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
10867469 accagccatggctgaaccggtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacctcttccttaatt 10867370  T
420 acagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10867369 acagcctcacacaccactgatttccctctc 10867340  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 382; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 449
Target Start/End: Original strand, 10886600 - 10887029
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10886600 tgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 10886699  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 219  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
10886700 gcaagttgtgtgccccctcctactgtacccacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtca 10886799  T
220 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagc 319  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || || ||||| ||    
10886800 tacagtgagaactttcaacattctgagcaggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcgttaaagccgccaagtgc 10886899  T
320 accagccatggctgaacccgtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaatt 419  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
10886900 accagccatggctgaaccggtaaggttttttagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacctcttccttaatt 10886999  T
420 acagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    ||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10887000 acagcctcacacaccactgatttccctctc 10887029  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 150 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 10047387 - 10047088
Alignment:
150 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 249  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||| |||||||| || || |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
10047387 acctcaatggaaggcatagtaacagagatgtgaaggtctttgccatcattcacagcttccatcatggtcatacattgagaactctcaacattctgagcag 10047288  T
250 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagcaccagccatggctgaacccgtaaggttttt 349  Q
    ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
10047287 gatcttgacctgtagccaagtaaatagcagaaacaatattactagcatgtgcattgaatccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 10047188  T
350 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||    
10047187 taacatgttaagctcaaccaaagactccacactaatcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacacaccactgatttccctctc 10047088  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 216; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 150 - 449
Target Start/End: Complemental strand, 39677182 - 39676883
Alignment:
150 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 249  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||    
39677182 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtccttgccatcattaacagcttccatcatggtcatacaatgagaactctcaacattttgagcag 39677083  T
250 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagcaccagccatggctgaacccgtaaggttttt 349  Q
    ||||||| ||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
39677082 gatcttgacctgttgccaagtaaactgctgaaacaatattactagcatgtgcattgaagccaccaagagcaccagccatggctgaaccagtaagattttt 39676983  T
350 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccactgatgtccatctc 449  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||    
39676982 aagcatgttaagctcaaccaaagactccacgctagtcttcaacactttcttcaccacctcttccttaattacagcctcacaaaccactgatttccctctc 39676883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 20 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 39677463 - 39677330
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    ||||||||||||||||||||||| || | | || |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||     
39677463 tgaaccagctactatagttgccaattgcctagagtttgctcctggactctctttactagctcccttaactccaagtaaattaagacaagctgattgagat 39677364  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacct 153  Q
    ||||||||||| |||||||| ||||| |||||||    
39677363 gcaagttgtgtaccccctccaactgtacccacct 39677330  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 149 - 364
Target Start/End: Complemental strand, 37950441 - 37950226
Alignment:
149 cacctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagca 248  Q
    |||||||||||| ||||| || ||||| |||||||||||  | || ||||| |||||||||||||| || || || || |||||||||||||| |||||     
37950441 cacctcaatggatggcattgtcactgaaatatgaaggtctctcccatcatttacggcttccatcattgttatgcaatgggaactttcaacattttgagct 37950342  T
249 ggatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagcaccagccatggctgaacccgtaaggtttt 348  Q
    |||||||| || || || |   |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||  ||||| |  || ||||| | ||||||||    
37950341 ggatcttgaccagtggctataaaaatggcagaaacaatgttactagcatgggcattgaatccaccaagagtgccagcaacagcagaaccagcaaggtttt 37950242  T
349 ttagcatgttaagctc 364  Q
    | |||||||| |||||    
37950241 tgagcatgtttagctc 37950226  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 20 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 10048417 - 10048284
Alignment:
20 tgaaccagctactatagttgccagtttcatggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgac 119  Q
    |||||| ||||| |||||||||| || | | ||||||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| | |||||||||||| ||     
10048417 tgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactagcacccttaacaccaagtaaattcaaacaagctgattgtgat 10048318  T
120 gcaagttgtgtgccccctcctactgtccccacct 153  Q
    ||||| |||||||| ||||| ||||| |||||||    
10048317 gcaagctgtgtgcctcctccaactgtacccacct 10048284  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 135; Significance: 4e-70; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 150 - 436
Target Start/End: Original strand, 30707963 - 30708249
Alignment:
150 acctcaatggaaggcatagtgactgagatatgaaggtcctttccgtcattcacggcttccatcatggtcatacagtgagaactttcaacattctgagcag 249  Q
    ||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||| || |||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||    
30707963 acctcaatggaaggcatggtgacagaaatgtgaaggtccttgccatcattcacagcttccatcatggtaatacaatgagaactctccacattctgagcag 30708062  T
250 gatcttgtcctgtagccaagtaaattgcagaaacaatattactagcatgtgcattgaaaccaccaagagcaccagccatggctgaacccgtaaggttttt 349  Q
    ||||||| || || || | ||| |  ||||| ||||| || |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | |||||| || || ||||| ||    
30708063 gatcttgaccagtggctatgtagacagcagagacaatgttgctagcatgagcattgaacccaccaagagcaccagcaagggctgatccagttaggttctt 30708162  T
350 tagcatgttaagctcaaccaaagactccacactagtcttcagcactttcttcaccacatcttccttaattacagcctcacacaccac 436  Q
     |||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||    
30708163 aagcatgttaagctcaaccagtgcctccacactagtcttcaacactttcttcacaacctcttccttaataacagcctcacacaccac 30708249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 84 - 139
Target Start/End: Original strand, 30707637 - 30707692
Alignment:
84 ttaacaccaagtaaatttagacaagctgattgcgacgcaagttgtgtgccccctcc 139  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||| || || ||||||||||| ||||||||    
30707637 ttaacaccaagtaaattaagacaagctgactgagatgcaagttgtgttccccctcc 30707692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University