View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8503_low_15 (Length: 469)

Name: NF8503_low_15
Description: NF8503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8503_low_15
NF8503_low_15
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (20-459)||(37640414-37640853)
chr5 (20-459)||(37712166-37712605)
chr5 (20-459)||(37703210-37703649)
chr5 (20-459)||(37824437-37824876)
chr5 (20-459)||(37533642-37534081)
chr5 (20-459)||(37594866-37595305)
chr5 (20-459)||(37697329-37697768)
chr5 (20-459)||(37399991-37400430)
chr5 (20-459)||(37436249-37436688)
chr5 (20-368)||(37392140-37392485)
chr5 (78-312)||(37412513-37412747)
chr5 (20-459)||(37381514-37381953)
chr5 (20-256)||(37429486-37429722)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (19-459)||(16842054-16842494)
chr4 (20-448)||(24216919-24217347)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (19-271)||(14553768-14554020)
chr3 (347-459)||(14553652-14553764)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 368; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 368; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37640853 - 37640414
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37640853 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttga 37640754  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37640753 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcagattgcaatttagatgggat 37640654  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640653 ggttcctctatctttgtggaacctcacccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaatggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37640554  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||| || ||    
T  37640553 cacctcattcattgtgatcttggatttaataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttacttta 37640454  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37640453 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37640414  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 340; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37712605 - 37712166
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37712605 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgg 37712506  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
     ||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  37712505 tcctctcttcctctgctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcacattgcaattttgatgggat 37712406  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712405 ggttcctctatctttgtggaatctcacccaactaacacatttggacctttcattgaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37712306  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  37712305 cacctcattcattgttatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattgaaatatttagcactttcctcta 37712206  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37712205 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37712166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37703649 - 37703210
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| || ||||||| ||||||     
T  37703649 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcattcaattataaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagctctcctctaagatacttga 37703550  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||||||||| ||    
T  37703549 acctctcttcctctgctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagacctttcacattgcaatttagatgggat 37703450  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703449 ggttcctctatctttgtggaatctcacccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37703350  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37703349 cacctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggaggcatcccaattgtttatggaaatttaaacaaattggaatatttatcactttcctcta 37703250  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37703249 acaagctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37703210  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37824876 - 37824437
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37824876 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgg 37824777  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||  ||  |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||||||||| ||||| ||    
T  37824776 acctctcttcctctgctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagacctttcatattgcaattttgatgggat 37824677  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
     |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||   ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824676 tgttcctctatctttgtggaacctcacccaactaacatatttggacctttcacaaaataagcttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37824577  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824576 cacctcattcattgtgatcttgcagagaataactttagcggtagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 37824477  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37824476 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37824437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37534081 - 37533642
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37534081 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatctaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgg 37533982  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
     ||||  ||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||   |||||||| ||||||||    
T  37533981 tcctctctttctctgctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagtcctttcattctgcaattttgatggaat 37533882  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533881 ggttcctctatctttgtggaacctcacccaactaacatatttggatctttcacataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37533782  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||||| |||||| ||  ||||||||||| | ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  37533781 cacctcattcattgtgatcttggattgaataactttagtgctagcatcccaaatgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttatcactttcctcta 37533682  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37533681 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37533642  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 324; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37595305 - 37594866
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||     
T  37595305 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaacttgagcactcctctaaggtacttga 37595206  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||   |||||   ||| |||||||||| ||    
T  37595205 acctccgtttatctgctttttcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtatcttactcgattagatttttcatggtgccatttagatgggat 37595106  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37595105 ggttcctctatctttgtggaacctcacccaactaacatatttgagtctttcatataataagcttgacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37595006  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||| | ||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  37595005 cacctcattcattatgatcttacagataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttccttta 37594906  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37594905 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37594866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 320; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37697768 - 37697329
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||      
T  37697768 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttag 37697669  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||  ||   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||  ||||   |||||   |||||||| ||||| ||    
T  37697668 acctctcttacactgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtatcttactcgattagatttttcatggtgcaattttgatgggat 37697569  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697568 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttggatctttcaaataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37697469  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697468 cacctcattgattgtaatcttgcaaataataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 37697369  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37697368 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37697329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Original strand, 37399991 - 37400430
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37399991 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttgg 37400090  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
     ||||  ||  |||||||| |||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||  ||||   |||||   |||||||||||||| ||    
T  37400091 tcctctcttcctctgctttttcaggtgaaattccctattccataggccaattgaagtatcttactcgattagatttttcacggtgcaatttagatgggat 37400190  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400191 ggttcctctatctttgtggaacctcacccaactaacatatttggacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 37400290  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400291 cacctcattcattgtgatcttggatttaataactttagtagtagcatcccaattgtttatggaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 37400390  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37400391 acaacctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37400430  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 312; E-Value: 1e-176
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 37436688 - 37436249
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  37436688 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatcaaaaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcactcctctaaggtacttga 37436589  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| || ||||||||| ||||| ||    
T  37436588 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcaattagaccttttaggttgcaattttgatgggat 37436489  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |    
T  37436488 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttggacctttcaagaaataaacttaacagtgagatttcaccattactttcaaacccctca 37436389  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||||| ||||| | |||| |||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| |    
T  37436388 cacctcatttattgtgaccttggatataataactttagcggtagcattccaaatgtttatcaaaatttaaccaaattggaatatttatcactttcctcca 37436289  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    ||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  37436288 acagcctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 37436249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 160; E-Value: 4e-85
Query Start/End: Original strand, 20 - 368
Target Start/End: Original strand, 37392140 - 37392485
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||| | |||||||||  ||||||    ||||| ||| |||||||||| || |||||||||||| ||||||||||||||     
T  37392140 ctctctttacctaatcttcaaagactagatttgtcaaataatgaa---cttagcggtaaacttccaaaatcaaactggagcactcctctaaggtacttgg 37392236  T
Q  120 acctccgttt-atctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaa 218  Q
    ||||   |   |||  |||||||||||||||||||  | || ||||| || ||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| |    
T  37392237 acctatctggcatca-ctttctcaggtgaaattcccaaatctataggccatttgaagtatcttactcaattagtcctttcatattgcaatttagatggga 37392335  T
Q  219 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||||||||||||||||||||| |||  ||||||||    
T  37392336 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacacatttggacctttcacaaaataaacttaacggtgagatctcaccattatttttgaacctcaa 37392435  T
Q  319 acccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcc 368  Q
    || ||||||||||||| |||||| ||||||| |||||||||||| |||||    
T  37392436 acacctcattcattgtgatcttggatataattactttagcggtaacatcc 37392485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 91; E-Value: 7e-44
Query Start/End: Original strand, 78 - 312
Target Start/End: Original strand, 37412513 - 37412747
Alignment:
Q  78 aacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgtacctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtc 177  Q
    ||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||| | |||  |||| ||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  37412513 aacttccaatgttcaactggagcactcctctaaggtacttggatctctctttaacttttttctcaggtgaaattccttattccataggtcagttgaagtc 37412612  T
Q  178 tcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaatggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaat 277  Q
    ||| |  || |||   |||  ||  ||  ||||  ||||| || |||||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||     
T  37412613 tctcaaccagttatcgcttaaagcatgtgatttgcatggattgattcctcaatctttatggaacctcactcaactaacacatttggacctttcatttaac 37412712  T
Q  278 aaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaa 312  Q
    |||||||||||||| ||| || |||||||||||||    
T  37412713 aaacttaacggtgaaatcccatcattactttcaaa 37412747  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 88; E-Value: 4e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 459
Target Start/End: Original strand, 37381514 - 37381953
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    ||||||||||||||||| |||| | | ||||| |||| |||| |  | || ||  |||||||||| || ||||||||||||||| || | |||||||||     
T  37381514 ctctctttacctaatctccaaacactagatttatcatctaataaatatctgagcagtcaacttccgaaatccaactggagcactcctttgaggtacttgg 37381613  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||  |    |  ||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| ||||| |||| ||||  |   |||||||| || ||  |    
T  37381614 acctctctcgcacccctttctcaggtgaaattccttattccataggccagttgaagtctctaactcaattagaccttgaaatgtgcaattttgacgggtt 37381713  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
    | |||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||  |||  | ||  |   || || ||||| ||||||||| || ||| ||||||||| || | |    
T  37381714 gattcctccatctttggggaacctcactcaactcacatccttgttctttcaaagcaacaatcttaaaggtgagatcccatcatcactttcaaaacttaca 37381813  T
Q  320 cccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctcta 419  Q
    | ||||| | | | | |||||   |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||| | | |||  ||    
T  37381814 cacctcacttactttgatcttcagtataataactttagcggtagcatcccaaatgtttttgaaaatttaatcaaattagaatatttaggattctccggta 37381913  T
Q  420 acaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    | || ||||  |||| ||||||||||||||| ||| ||||    
T  37381914 ataatctaagtggcctagttccatcatcactgtttaatct 37381953  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 69; E-Value: 9e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 256
Target Start/End: Complemental strand, 37429722 - 37429486
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    ||||||||||| |||||||||  | | |||||||| ||||||||  ||||||||||  ||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  37429722 ctctctttaccaaatcttcaagaactagatttgtcttttaatgaggaccttagtgggaaacttccactgtccaactggagcactcccctaaggtacttgg 37429623  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||   |   | || ||||| | ||||||||| |||||||||||  | ||||||| |||||| ||||||| ||||||| | || |||||  |||   |    
T  37429622 acctctcatacaccgccttctcggatgaaattccctattccataggcaatttgaagtatcttacacatttaggcctttcaaactgtaatttctatgctgt 37429523  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaaca 256  Q
      |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37429522 tcttcctctatctttgtggaacctcactcaactaaca 37429486  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 269; Significance: 1e-150; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 19 - 459
Target Start/End: Original strand, 16842054 - 16842494
Alignment:
Q  19 actctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttg 118  Q
    |||||||||  | |||||||||||| | |||||||||  |||| |  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  16842054 actctctttgtcaaatcttcaaagactagatttgtcacataatcaagaccttagtggtcaacttccaaaatccaactggagcactcctctaaggtacttg 16842153  T
Q  119 tacctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaa 218  Q
    ||||||  |    ||||||||||||| |||||  | ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  ||||||||| ||||| |    
T  16842154 tacctctctcatactgctttctcaggagaaatctcctattccataggtcaattaaagtctcttactcatttagtcctttcattttgcaattttgatggga 16842253  T
Q  219 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaa 318  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842254 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttggatctttcaaataataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaa 16842353  T
Q  319 acccctcattcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctct 418  Q
    || ||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| |||||| || |||||||||||    
T  16842354 acacctcattcattgtgatcttgtatttaataactttagcggtagcatcccaattgtttatggaaatttaagcaaattagaatatctatcactttcctct 16842453  T
Q  419 aacaacctaacgggccaagttccatcatcactttttcatct 459  Q
    ||||  ||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  16842454 aacagtctaacaggccaagttccatcatcactttttcatct 16842494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 20 - 448
Target Start/End: Original strand, 24216919 - 24217347
Alignment:
Q  20 ctctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttgt 119  Q
    ||||||||||| |||||||||| | | ||||||||||  ||| |  ||||| ||||| || |||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||     
T  24216919 ctctctttaccaaatcttcaaaaactagatttgtcatcgaatcaagaccttcgtggtaaatttccaacgtccaactggagcactcccctaaggtacttgg 24217018  T
Q  120 acctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaat 219  Q
    |||||  ||| |||| |||||||||||||||| | || || || ||||| ||||||| |||| |||| |||  |||| | |  ||||| || |||||| |    
T  24217019 acctctctttctctggtttctcaggtgaaatttcatactctattggtcagttgaagtttcttgctcacttatcccttacggggtgcaaatttgatggatt 24217118  T
Q  220 ggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttcatttaataaacttaacggtgagatctcaccattactttcaaacctcaaa 319  Q
     ||||||  |||||||||||| ||||||||||| ||||  || | |||||||   || || ||||| || |||||| || |||||||||||||||||| |    
T  24217119 tgttccttcatctttgtggaagctcactcaactcacattcttaagcctttcaaacaacaatcttaaaggcgagatcccatcattactttcaaacctcaca 24217218  T
Q  320 cccctca-ttcattgtaatcttgcatataataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctct 418  Q
    | ||||| ||| ||   |||||  |  |||||||||||  |||| |||||||| ||||| ||||||||||||||||||  | | |||||||||||| | |    
T  24217219 cacctcacttcctt-agatcttcaaattaataactttaatggtaacatcccaaatgtttttgaaaatttaatcaaattaaactttttagcactttctttt 24217317  T
Q  419 aacaacctaacgggccaagttccatcatca 448  Q
    || |  ||||  |||||| |||||||||||    
T  24217318 aatagtctaagtggccaaattccatcatca 24217347  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 169; Significance: 2e-90; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 169; E-Value: 2e-90
Query Start/End: Original strand, 19 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 14554020 - 14553768
Alignment:
Q  19 actctctttacctaatcttcaaagattggatttgtcatttaatgataaccttagtggtcaacttccaaagtccaactggagcacttctctaaggtacttg 118  Q
    ||||||||| || |||||||||| | | ||||||  |  |||||||   |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||    
T  14554020 actctctttgccaaatcttcaaaaactagatttggtaggtaatgatggtcttagtggtcaacttccaaaatccaactggagtactcctctaaggtacttg 14553921  T
Q  119 tacctccgtttatctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggaa 218  Q
    ||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  14553920 tacctccattactctgctttctcaggtgaaattccttattccataggtcaattgaagtctcttactcatttagtcctttcagattgcaatttagatggga 14553821  T
Q  219 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacatatttgaacctttca 271  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||    
T  14553820 tggttcctctatctttgtggaacctcactcaactaacacatttggacctttca 14553768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 347 - 459
Target Start/End: Complemental strand, 14553764 - 14553652
Alignment:
Q  347 aataactttagcggtagcatcccaattgtttatgaaaatttaatcaaattggaatatttagcactttcctctaacaacctaacgggccaagttccatcat 446  Q
    |||||||| ||| | |||||||||  ||||| || |||||||||||||||||||||||||   |||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  14553764 aataacttaagctggagcatcccagatgtttgtggaaatttaatcaaattggaatatttataccttttctctaacaacctagcaggccaagttccatcat 14553665  T
Q  447 cactttttcatct 459  Q
    |||||||| ||||    
T  14553664 cactttttaatct 14553652  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University