View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8503_low_7 (Length: 611)

Name: NF8503_low_7
Description: NF8503
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8503_low_7
NF8503_low_7
[»] scaffold0251 (1 HSPs)
scaffold0251 (17-585)||(2476-3040)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (17-541)||(13783178-13783698)
chr7 (259-290)||(5609979-5610010)
chr7 (531-584)||(33972360-33972413)
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (34-585)||(13065700-13066246)
chr5 (17-585)||(8723973-8724537)
chr5 (366-406)||(42764733-42764773)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (17-585)||(15789306-15789870)
chr3 (351-395)||(34934606-34934650)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (249-583)||(20089499-20089829)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (347-516)||(7994512-7994681)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (127-175)||(10515825-10515873)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (121-184)||(11644471-11644534)
chr1 (531-583)||(25595563-25595615)
chr1 (357-421)||(36077658-36077722)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (366-406)||(27071816-27071856)
chr2 (351-403)||(31425906-31425958)


Alignment Details
Target: scaffold0251 (Bit Score: 428; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: scaffold0251
Description:

Target: scaffold0251; HSP #1
Raw Score: 428; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 585
Target Start/End: Original strand, 2476 - 3040
Alignment:
Q  17 acatcaacagagcacaacggagagaaacatgtgattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcacaaaccaatcttgttgttga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2476 acatcaacagagcacaacggagagaaacacatgatttttgatcggacatgggatcctgttgaatctctaatacacatgcccaaaccaatcttgttgttga 2575  T
Q  117 cgtctgaaaaggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgatt 216  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2576 cgtctgaaaaagaggcatcaacattacacttgagtctgccacttctaggtttcctccatcggatgtttgaatctccatctactacctggttagtgtgatt 2675  T
Q  217 gtgaggaagagtggtagcaatgttactttgatttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgatt 316  Q
    | |||||||||||||| |||||| ||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2676 gcgaggaagagtggtatcaatgtgactatgattagacggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgatt 2775  T
Q  317 gtcgtgggtgagtctgtcacttgttacttaccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgta 416  Q
    || || | ||| |||||||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2776 gttgtcgttgaatctgtcacttg----ttgccacaacttaaggtttctagctttccagatactccaaataatagtgacaatattctctatctgggttgta 2871  T
Q  417 gacaatattcgcaacaaatggaatatgatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 516  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2872 gacaatattctcaacaaatggaatataatatctgatgtattatcaaacaggaccaaagatggagatatcaggtgccaaacattagccgcattccacacat 2971  T
Q  517 tgacagccgccttacaatgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacacaat 585  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||    
T  2972 cgacagccgccttacaatgaaacaaaatatgataactgtcttcatgtggatcttcacacataacacaat 3040  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 424; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 424; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 541
Target Start/End: Complemental strand, 13783698 - 13783178
Alignment:
Q  17 acatcaacagagcacaacggagagaaacatgtgattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcacaaaccaatcttgttgttga 116  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13783698 acatcaacagagcacaacggagagaaacacataattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcccaaaccaatcttgttgttga 13783599  T
Q  117 cgtctgaaaaggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgatt 216  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13783598 cgtctgaaaaggaggcatcaacgttacacttgagtctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgatt 13783499  T
Q  217 gtgaggaagagtggtagcaatgttactttgatttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgatt 316  Q
    | |||||||||||||| |||||| ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  13783498 gcgaggaagagtggtatcaatgtgactttgattagacggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatcatt 13783399  T
Q  317 gtcgtgggtgagtctgtcacttgttacttaccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgta 416  Q
    || |||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13783398 gttgtgggtgaatctgtcacttg----ttgccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgta 13783303  T
Q  417 gacaatattcgcaacaaatggaatatgatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 516  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13783302 gacaatattctcaacaaatggaatataatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatatcaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 13783203  T
Q  517 tgacagccgccttacaatgaaacaa 541  Q
     ||||||||||||||| ||||||||    
T  13783202 cgacagccgccttacagtgaaacaa 13783178  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 259 - 290
Target Start/End: Original strand, 5609979 - 5610010
Alignment:
Q  259 ttgcttacgattagcacttctccaaccttcta 290  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5609979 ttgcttacgattagcacttctccaaccttcta 5610010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 531 - 584
Target Start/End: Complemental strand, 33972413 - 33972360
Alignment:
Q  531 caatgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacacaa 584  Q
    |||||||| | |||||||||||| ||||||||||| |||| |||| ||||||||    
T  33972413 caatgaaagagaatatgataactatcttcatgggggtcttcacacctaacacaa 33972360  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 399; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 399; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 34 - 585
Target Start/End: Original strand, 13065700 - 13066246
Alignment:
Q  34 cggagagaaacatgtgattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcacaaaccaatcttgttgttgacgtctgaaaaggaggca 133  Q
    ||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  13065700 cggagagaaacacatgatttttgatcggacatggaatccttttgaatctctaatacacatgcccaaaccaatcttgttgttgacgtctgaaaaagaggca 13065799  T
Q  134 tcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgattgtgaggaagagtggtag 233  Q
    ||||  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||     
T  13065800 tcaatgttacacttgagtctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttagtgtgattgcgaggaagagtggtat 13065899  T
Q  234 caatgttactttgatttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgattgtcgtgggtgagtctgt 333  Q
    |||||| ||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||    
T  13065900 caatgtgactatgattagacggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgattgttgtggttgaatctgt 13065999  T
Q  334 cacttgttacttaccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgtagacaatattcgcaacaa 433  Q
    ||||||    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||    
T  13066000 cacttg----ttgccacaacttaaggtttctagctttccagatactccaaataatagtgacaatattctctatttgggttgtagacaatattctcaacaa 13066095  T
Q  434 atggaatatgatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacattgacagccgccttacaa 533  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||     
T  13066096 atggaatataatatctgatgcattatcaaacaggaccaaagatggagatatcaggtgccaaacattagccgcattccaaacatcgacagctgccttacag 13066195  T
Q  534 tgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacacaat 585  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  13066196 tgaaacaaaatatgataattgtcttcat-gggatcttcacacataacacaat 13066246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 376; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 8724537 - 8723973
Alignment:
Q  17 acatcaacagagcacaacggagagaaacatgtgattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcacaaaccaatcttgttgttga 116  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  8724537 acatccacatagcacaacggagagaaaaacatgattttggatcggacatgggatcctgttgaatctctaatacatatgcccaaaccaatcttgttgttga 8724438  T
Q  117 cgtctgaaaaggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgatt 216  Q
    | |||||||| || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  8724437 cttctgaaaatgatgcatcaacgttacacttgagtctaccacttctaggtttcctccatctgatgttagaaactccatctactacctggatattgtggtt 8724338  T
Q  217 gtgaggaagagtggtagcaatgttactttgatttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgatt 316  Q
      ||||||| |||||| |||||| ||||||||| |  |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  8724337 acgaggaagggtggtatcaatgtgactttgattaggaggattttgtttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatgggtagctcttaccaagatt 8724238  T
Q  317 gtcgtgggtgagtctgtcacttgttacttaccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgta 416  Q
    || |||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  8724237 gttgtgggtgaatctgtcacttg----ttgccacaacttaaggttcctagctttccagatactccatatagtagtgacaatattctctatctgggttgta 8724142  T
Q  417 gacaatattcgcaacaaatggaatatgatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 516  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  8724141 gacaatattttcaacaaatggaatataatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatatcagatgccaaacattagccgcattccaaacat 8724042  T
Q  517 tgacagccgccttacaatgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacacaat 585  Q
     ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  8724041 cgacagccgccttacagtgaaacaagatatgataactgtcttcatggggatcttcacacataacacaat 8723973  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 366 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 42764773 - 42764733
Alignment:
Q  366 gctttccagatactccatataatagtgacaatattctctat 406  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  42764773 gctttccatatactccacataatagtaacaatattctctat 42764733  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 380; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 380; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 585
Target Start/End: Complemental strand, 15789870 - 15789306
Alignment:
Q  17 acatcaacagagcacaacggagagaaacatgtgattttggatcggacatggaatcctgttgaatctctaatacacatgcacaaaccaatcttgttgttga 116  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  15789870 acatccacagagcacaacggagagaaaaacatgattttgaatcggacatgggatcctgttgaatctctaatacacatgcccaaaccaatcttgttgttga 15789771  T
Q  117 cgtctgaaaaggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgtttgaatctccatctactacctggttattgtgatt 216  Q
    | |||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  15789770 cttctgaaaatgatgcatcaacattacacttgagtctaccacttctaggtttcctccatctgatgttagaaactccatctactacctggatattgtggtt 15789671  T
Q  217 gtgaggaagagtggtagcaatgttactttgatttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgatt 316  Q
      ||||||| |||||| |||||| ||||||||| | ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||    
T  15789670 acgaggaagggtggtatcaatgtgactttgattaggcggattttgtttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatgggtagctcttaccaagatt 15789571  T
Q  317 gtcgtgggtgagtctgtcacttgttacttaccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgta 416  Q
    || |||||||| |||||||||||    || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15789570 gttgtgggtgaatctgtcacttg----ttgccacaacttaaggttcctagctttccagatactccatatagtagtgacaatattctctatctgggttgta 15789475  T
Q  417 gacaatattcgcaacaaatggaatatgatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 516  Q
    |||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  || ||||||||||||||||||||||||||||    
T  15789474 gacaatattttcaacaaatggaatataatatctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagagatcagatgccaaacattagccgcattccaaacat 15789375  T
Q  517 tgacagccgccttacaatgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacacaat 585  Q
     |||| |||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15789374 cgacaaccgccttacagtgaaacaagatatgataactgtcttcatggggatcttcacacataacacaat 15789306  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 351 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 34934650 - 34934606
Alignment:
Q  351 aacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgaca 395  Q
    ||||| |||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||    
T  34934650 aacttgaggtttctagctttccagatgctccacatgatagtgaca 34934606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 70; Significance: 3e-31; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 249 - 583
Target Start/End: Original strand, 20089499 - 20089829
Alignment:
Q  249 ttgtcggattttgcttacgattagcacttctccaaccttctaaaagatggatagctcttaccatgattgtcgtgggtgagtctgtcacttgttacttacc 348  Q
    |||| ||| ||||||| |||||| || | ||||||||||||||||| |   |||||||| ||| ||||||  ||  ||| |||| ||| |||| |    |    
T  20089499 ttgtaggactttgcttgcgattaacattcctccaaccttctaaaaggtacttagctctttccaggattgttatgtttgaatctgacacatgttgc----c 20089594  T
Q  349 acaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgtagacaatattcgcaacaaatggaatatgatatc 448  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| ||||  | ||||  ||||||||  || | |||| ||  ||||||||||     
T  20089595 acaaattaaggtttctagctttccagatactccacattatggtaacaatagtctcagtttgggcagtagacaacttttgtaacagattaaatatgatata 20089694  T
Q  449 tgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacattgacagccgccttacaatgaaacaaaatatga 548  Q
    |||||||||||||||| | | || ||||||||| |  |||||| ||||||||||||||||||||||||  |  |||||||| |||| ||| |  ||||||    
T  20089695 tgatgcattatcaaactgattcagagatggagagatcaggtgctaaacattagccgcattccaaacatcaatggccgccttgcaataaaagagcatatga 20089794  T
Q  549 taactgtcttcatggggatcttgacacataacaca 583  Q
    ||  | ||||||| ||| |||| ||||||||||||    
T  20089795 tagttatcttcataggggtcttcacacataacaca 20089829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 54; Significance: 1e-21; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 1e-21
Query Start/End: Original strand, 347 - 516
Target Start/End: Complemental strand, 7994681 - 7994512
Alignment:
Q  347 ccacaacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgtagacaatattcgcaacaaatggaatatgata 446  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||||| |||| |||||||||||||| |   || |||| | ||  |||||||||    
T  7994681 ccacaatttaaggtttctagctttccagatactccacattatggtaacaatagtctcgatctgggttgtagatagcttttgcaaaagattaaatatgata 7994582  T
Q  447 tctgatgcattatcaaacaggtccaaagatggagatacgaggtgccaaacattagccgcattccaaacat 516  Q
    || | ||||||||||||  | | || ||||||||| |  |||||||||||||| |||  |||||||||||    
T  7994581 tcgggtgcattatcaaattgattcagagatggagaaatcaggtgccaaacattggccatattccaaacat 7994512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000004; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000004
Query Start/End: Original strand, 127 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 10515873 - 10515825
Alignment:
Q  127 ggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccat 175  Q
    |||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| ||||||||||||    
T  10515873 ggaggcatcaacattacatttgtatctaccacttctcggtttcctccat 10515825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 32; Significance: 0.00000001; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 121 - 184
Target Start/End: Complemental strand, 11644534 - 11644471
Alignment:
Q  121 tgaaaaggaggcatcaacattacacttgaatctgccacttctaggtttcctccatctgatgttt 184  Q
    ||||||||||||||| | ||| || ||  ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  11644534 tgaaaaggaggcatcgatattgcatttatatctgccacttctcggtttcctccatctgaagttt 11644471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 531 - 583
Target Start/End: Original strand, 25595563 - 25595615
Alignment:
Q  531 caatgaaacaaaatatgataactgtcttcatggggatcttgacacataacaca 583  Q
    ||||||||||| | ||||||||| ||||| |||||||| | ||||||||||||    
T  25595563 caatgaaacaacaaatgataactatcttcgtggggatcctcacacataacaca 25595615  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 357 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 36077722 - 36077658
Alignment:
Q  357 aggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctctatctgggttgtagacaa 421  Q
    |||||| |||||||||| || ||||| || || ||||||||| |||| ||||| |||||||||||    
T  36077722 aggtttatagctttccaaatgctccacattatggtgacaatagtctcgatctgagttgtagacaa 36077658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000009; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 366 - 406
Target Start/End: Complemental strand, 27071856 - 27071816
Alignment:
Q  366 gctttccagatactccatataatagtgacaatattctctat 406  Q
    |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  27071856 gctttccatatactccacataatagtaacaatattctctat 27071816  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000009
Query Start/End: Original strand, 351 - 403
Target Start/End: Complemental strand, 31425958 - 31425906
Alignment:
Q  351 aacttaaggtttctagctttccagatactccatataatagtgacaatattctc 403  Q
    ||||||||||| || || ||||| |||||||| || |||||||||||||||||    
T  31425958 aacttaaggttcctggccttccaaatactccacattatagtgacaatattctc 31425906  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University