View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8504_low_1 (Length: 1057)

Name: NF8504_low_1
Description: NF8504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8504_low_1
NF8504_low_1
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (19-1044)||(44879494-44880520)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 986; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 986; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 19 - 1044
Target Start/End: Complemental strand, 44880520 - 44879494
Alignment:
Q  19 agaactaagacaaatgcatcttgcacttgtttgccaggaacttctaaagctggtagagatggacaatgttatgagaattcatctcttgttggaaaatgta 118  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880520 agaactaagacaaatgcatcttgcacttgtttgccaggaacttctaaagctggtagagatggacaatgttatgagaattcatctcttgttggaaaatgta 44880421  T
Q  119 ctaatggccaaaatgaaaacatgacatcaaagtttagaatttcaatggtgcagcaaactaattattatttttctgaatcatcaataatagctaattttag 218  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880420 ctaatggccaaaatgaaaacatgacatcaaagtttagaatttcaatggtgcagcaaactaattattatttttctgaatcatcaataatagctaattttag 44880321  T
Q  219 tgagagtgatgtttcttctttatcaaaatgtggtgatgcatgtttatcagattgtgattgtgttgcttctgtttatggactcaatgaggagagaccattt 318  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880320 tgagagtgatgtttcttctttatcaaaatgtggtgatgcatgtttatcagattgtgattgtgttgcttctgtttatggactcaatgaggagagaccattt 44880221  T
Q  319 tgttgggtgttgaggagtttaaatttcggtggttttgaagatacaagttctactttgtttgtgaaggttagagccaatagttcatggacaccggaaggac 418  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880220 tgttgggtgttgaggagtttaaatttcggtggttttgaagatacaagttctactttgtttgtgaaggttagagccaatagttcatggacaccggaaggac 44880121  T
Q  419 aagatggaagttctaatagttcttctgatggaatggggagtgctaaggagaaggctgtgattattccaattgttttaggaatgatagttctcannnnnnn 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||           
T  44880120 aagatggaagttctaatagttcttctgatggaatggggagtgctaaggagaaggctgtgattattccaattgttttaggaatgatagttctcattttttt 44880021  T
Q  519 gctatgtatgttactgtattacagtgttcatagaaaaagaactttgaaaagagagatggaaagttcattggtcttatcaggtgctccaatgaattttaca 618  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44880020 gctatgtatgttactgtattacagtgttcatagaaaaagaactttgaaaagagagatggaaagttcattggtcttatcaggtgctccaatgaattttaca 44879921  T
Q  619 taccgcgctttgcaaatcaggacgagtaacttttcgcagcttctaggaacaggtgagtgtatcgtatattgaattttatagtaaagaggaaggagtgaat 718  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879920 taccgcgctttgcaaatcaggacgagtaacttttcgcagcttctaggaacaggtgagtgtatcgtatattgaattttatagtaaagaggaaggagtgaat 44879821  T
Q  719 aggaaatttcatctctgaaattgtaactatcggtcaaatttgtctctgattttacgcaccggcaacttccctatggtggtccttatgttaagtttagttg 818  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879820 aggaaatttcatctctgaaattgtaactatcggtcaaatttgtctctgattttacgcaccggcaacttccctatggtggtccttatgttaagtttagttg 44879721  T
Q  819 ttacacagaatgatgtggcacattaatgaagatgttgtaattcccgtggactccatatcactgccatgtcctcatggacaaaattg-ttattataatttt 917  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  44879720 ttacacagaatgatgtggcacattaatgaagatgttgtaattcccgtggactccatatcactgccatgtcctcatggacaaaattgtttgttataatttt 44879621  T
Q  918 gttaagataacgcatatgatttactttggttttaaactacggggaagagtgacatttaggttattgccgaacaaaattatgacagtcaattttgtgcgtg 1017  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44879620 gttaagataacgcataggatttactttggttttaaactacggggaagagtgacatttaggttattgccgaacaaaattatgacagtcaattttgtgcgtg 44879521  T
Q  1018 gagatgtgattttgacgtgatgtccat 1044  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||    
T  44879520 gagatgtgattttgacgtgaagtccat 44879494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University