View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8504_low_3 (Length: 665)

Name: NF8504_low_3
Description: NF8504
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8504_low_3
NF8504_low_3
[»] chr1 (11 HSPs)
chr1 (18-655)||(9475315-9475952)
chr1 (18-191)||(9306858-9307031)
chr1 (18-153)||(8959895-8960030)
chr1 (18-164)||(8924722-8924868)
chr1 (18-153)||(8936374-8936509)
chr1 (18-186)||(9359214-9359382)
chr1 (18-182)||(9245078-9245242)
chr1 (18-192)||(8945829-8946003)
chr1 (18-183)||(9335479-9335644)
chr1 (489-545)||(9307326-9307382)
chr1 (66-141)||(9093373-9093448)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (18-194)||(9168363-9168536)
chr3 (381-569)||(9167991-9168179)
[»] chr6 (1 HSPs)
chr6 (18-191)||(15912806-15912979)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 566; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 566; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 655
Target Start/End: Original strand, 9475315 - 9475952
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9475315 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcgggtaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 9475414  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattacagtaatagcagccgcgaggatccata 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||    
T  9475415 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattacagtaatagcaaacgcgaggatccata 9475514  T
Q  218 cagatttgattatgcatcttggttcgaatacataatttacttgaactgtagcaagccagtgaaggacgatcctgattatgtggacacagctccgtgcaga 317  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9475515 cggatttgattatgcatcttggttcgaatacataacttacttgaactgtagcaagccagtgaaggacgatcctgattatgtggacacagctccgtgcaga 9475614  T
Q  318 gtgaactgggactccaactccactgatcatgtttatgtgatcgctcggcgcataagtgctcgaaaattaaatattgattgccacgtgaagcttgttgcta 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9475615 gtgaactgggactccaactccactgatcatgtttatgtgatcgctcggcgcataagtgctcgaaaattaaatattgattgccacgtgaagcttgttgcta 9475714  T
Q  418 tgtcatcagctcctgcttttatctctcagagtgatctacaccatttttcttacgcggaaattcacggaatgctaagctatggatttgaactttcgtggat 517  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9475715 tgtcagcagctcctgcttttatctctcggagtgatcaacaccatttttcttacgcggaaattcacggaatgctaagctatggatttgaaatttcgtggat 9475814  T
Q  518 gacacgtgcttgtgaagatttttgtgacttaaaacaacaagactgctacatgggtctaattacaaccggatctttgatatgtctaagtcgtgcttgcact 617  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| || |||||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||    
T  9475815 tacacgtgcttgtgaagatttttgtgacttaaaacgacaagactgctccatggatcgaattaacaccggacctttgatatgtctaagtcgtgtttgcact 9475914  T
Q  618 gctccattcggatacaacatcttatgtggtaagtataa 655  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9475915 gctccattcggatacaacatcttatgtggtaagtataa 9475952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Original strand, 9306858 - 9307031
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| | ||| ||| ||||||| ||||||||||||   |||||| |||| ||| |||||||||    
T  9306858 ttatcctgcgaaaacaacatcacaacgttaactttgttttcaggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacagaaactactcaatgagagtagttgatc 9306957  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattac 191  Q
     |||||||||||| | |||||||| |||||| ||||| ||||||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  9306958 ttggaattcaagaaggtgattgctcctccatgcctcgctatttcttaaccgcagccaatttcacaagttcttac 9307031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8960030 - 8959895
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||| | |||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||    
T  8960030 ttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaactttgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatc 8959931  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctc 153  Q
    | |||||| |||||| |||||||| | |||||||||    
T  8959930 ccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctc 8959895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 18 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 8924868 - 8924722
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||| |||||| |  | |||  ||| ||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||    
T  8924868 ttatcctgcgaaaacaacataacaactttaactctattgtcgagtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaatcagaatagttgatc 8924769  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttctta 164  Q
    | |||||| |||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||    
T  8924768 ccggaattgaagagggtgattgctcctcctttcctcgctattactta 8924722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 60; E-Value: 3e-25
Query Start/End: Original strand, 18 - 153
Target Start/End: Complemental strand, 8936509 - 8936374
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||||||| || | |||| ||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||    
T  8936509 ttatcctgcgaaaacaacatcacaatgttaactctgttgtcgggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatc 8936410  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctc 153  Q
    | |||||| |||||| |||||||| | |||||||||    
T  8936409 ccggaattgaagagggtgattgctccaccattcctc 8936374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 18 - 186
Target Start/End: Complemental strand, 9359382 - 9359214
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||   ||||||| || |||| | ||| ||| ||||| ||  |||||||||||  || ||||||||  | ||||||||||    
T  9359382 ttatcctgcgaaaacaacatcaccgtgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacgtaaattacacaattcggctagttgatc 9359283  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagtt 186  Q
    | | |||| |||||| | |||||| |||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  9359282 cagtaattgaagagggtaattgctcctccattcctccatatttcttaactaaatccaatttcacaagtt 9359214  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 18 - 182
Target Start/End: Original strand, 9245078 - 9245242
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| |||||||||||||  ||||||| || |||||| ||| ||| |||||||| ||||||||||| | |||||||||||     |||||||||    
T  9245078 ttatcctgcgaaaacaacatcacagtgttaactctgttttcgggtaagtactatgtgaaggcaatcaactacaacaactacacaattttgttagttgatc 9245177  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcaca 182  Q
    | |||||| |||||| |  ||||| |||| ||||||| ||||| ||| ||  ||||||| |||||    
T  9245178 ccggaattgaagagggtagttgctcctcccttcctcgctattttttatcctcatccaatctcaca 9245242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8946003 - 8945829
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||| |||||||||| |||||   ||||||| | ||| ||| |||| || |||||||||||| |||||||||||||  |  |||||||||    
T  8946003 ttatcctgcgaaaaaaacatcacaatgttaaagctgctttctggtaaataccatgtaaaatcaatcaactacaataactacacaattcggttagttgatc 8945904  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattaca 192  Q
    |||||||  |||| | ||||||||  || ||||| ||  ||||| |||||  ||| ||||||||||||| |||||    
T  8945903 ctggaataaaagaaggtgattgctcttcaattccccggaatttcctaacctcatcaaatttcacaagttcttaca 8945829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 18 - 183
Target Start/End: Complemental strand, 9335644 - 9335479
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||| | ||| ||| ||||| ||  ||||||||||   |||||||||||  |  |||||||||    
T  9335644 ttatcctgcgaaaacaacatcacagcgttaactctgttttcaggtaaatactatgtgcaggaaatcaactacataaactacacaattcggttagttgatc 9335545  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaa 183  Q
    | |||||| |||| | ||||| || |||||||||||| ||||  |||||||  |||||| ||||||    
T  9335544 caggaattgaagaaggtgattactcctccattcctcgctattctttaaccagttccaatctcacaa 9335479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000006
Query Start/End: Original strand, 489 - 545
Target Start/End: Original strand, 9307326 - 9307382
Alignment:
Q  489 ctaagctatggatttgaactttcgtggatgacacgtgcttgtgaagatttttgtgac 545  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||  |||||||    
T  9307326 ctaagctatggatttgaactttcgtggatgagacgtggttgtgaagatcattgtgac 9307382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000006
Query Start/End: Original strand, 66 - 141
Target Start/End: Original strand, 9093373 - 9093448
Alignment:
Q  66 tacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatcctggaattcaagaggatgattgct 141  Q
    |||||||||||||| ||||||||| | || | ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | ||| ||||||    
T  9093373 tacaatgtgaagtccatcaactacaacaatttcacaatcaggctagtggatcctggaattcaacaagataattgct 9093448  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 71; Significance: 8e-32; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 71; E-Value: 8e-32
Query Start/End: Original strand, 18 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 9168536 - 9168363
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||| | |||||||||||||||| ||| | || ||| || ||| ||| ||||||| |||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||    
T  9168536 ttatcctgtgaaaacaacatcacaacgctaagtctgttttggggtaaatactatgtgaaatcaatcaactacaaaaactacacaatcagagtagttgatc 9168437  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattacagt 194  Q
    |||||||  |||| | ||||||   | |||||||||| ||||||||||||  | |||||||||||||||||||||||    
T  9168436 ctggaatagaagaaggtgattg---caccattcctcgctatttcttaaccgcaaccaatttcacaagttattacagt 9168363  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 57; E-Value: 2e-23
Query Start/End: Original strand, 381 - 569
Target Start/End: Complemental strand, 9168179 - 9167991
Alignment:
Q  381 aaattaaatattgattgccacgtgaagcttgttgctatgtcatcagctcctgcttttatctctcagagtgatctacaccatttttcttacgcggaaattc 480  Q
    ||||| ||| ||| ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||   |||||||||||  |||  ||| | || | |||||| || | ||||||||    
T  9168179 aaattgaatgttggttgccgcgtgaagcttgttactatgtcatcagctttagcttttatctccaagaaagattttcaacctttttcatatgtggaaattc 9168080  T
Q  481 acggaatgctaagctatggatttgaactttcgtggatgacacgtgcttgtgaagatttttgtgacttaaaacaacaagactgctacatg 569  Q
    |  || | ||||||||||||||||||||||||||||| | ||   |||||||||||| ||||||| | || |||||| |||||||||||    
T  9168079 atcgatttctaagctatggatttgaactttcgtggataagacaaccttgtgaagattcttgtgacatgaaccaacaaaactgctacatg 9167991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 50; Significance: 3e-19; HSPs: 1)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 3e-19
Query Start/End: Original strand, 18 - 191
Target Start/End: Original strand, 15912806 - 15912979
Alignment:
Q  18 ttatcctgcgtaaacaacatcacaacgttaactttgctttcggttaactacaatgtgaagtcaatcaactacgataactacacaatcagactagttgatc 117  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |||| | || |||| | ||| ||| |||||  |  |||||||||  | ||||||||||| ||  ||||||||     
T  15912806 ttatcctgcgaaaacaacatcacaaccttaaatctgttttcaggtaagtactatgtgttggaaatcaactataaaaactacacaattaggttagttgatg 15912905  T
Q  118 ctggaattcaagaggatgattgcttctccattcctcgttatttcttaaccaaatccaatttcacaagttattac 191  Q
    | ||  | ||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| |||||| ||||    
T  15912906 ccgggttgcaagagggtgattgctcctccattcctcgttacttcttaaccacatccaacttctcaagtttttac 15912979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University