View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8510_low_15 (Length: 363)

Name: NF8510_low_15
Description: NF8510
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8510_low_15
NF8510_low_15
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-350)||(1492170-1492519)
chr5 (2-350)||(1504979-1505327)
chr5 (1-350)||(1478001-1478350)
chr5 (1-350)||(1482195-1482544)
chr5 (1-350)||(1509126-1509475)
chr5 (1-343)||(1499249-1499591)
chr5 (58-350)||(1486672-1486964)
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (1-350)||(5289468-5289817)
chr7 (1-350)||(5310399-5310748)
chr7 (1-350)||(5284310-5284659)
chr7 (1-350)||(5315113-5315462)
chr7 (1-350)||(5302498-5302847)
chr7 (1-350)||(46706759-46707108)
chr7 (38-240)||(32530816-32531018)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (1-350)||(44141203-44141552)
chr1 (5-350)||(44128576-44128921)
chr1 (5-350)||(44132781-44133126)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (2-350)||(24163562-24163910)
[»] chr3 (4 HSPs)
chr3 (32-350)||(37859166-37859484)
chr3 (29-327)||(37863189-37863487)
chr3 (82-303)||(39030120-39030341)
chr3 (20-162)||(40421708-40421850)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (32-294)||(35250869-35251131)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 330; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 330; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1492519 - 1492170
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1492519 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactaacacacgagcacctttgttg 1492420  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492419 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 1492320  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1492319 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 1492220  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||    
T  1492219 agccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacttctaccaccacca 1492170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 233; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 2 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1505327 - 1504979
Alignment:
Q  2 gcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgt 101  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| |||||||||||||    
T  1505327 gcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcggaacagacaaccaacacacgggcacctttgttgt 1505228  T
Q  102 tctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagag 201  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||| ||||||||||||||    
T  1505227 tctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgctggtacatcatgtacctcttcacatatgggcgaagacctaagag 1505128  T
Q  202 tttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttata 301  Q
    ||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  1505127 tttggtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacaattaagtgagtaatctttgactttggctgaccccattcttttata 1505028  T
Q  302 gctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1505027 gcttttacggcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 1504979  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1478350 - 1478001
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| |||    
T  1478350 tgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttattg 1478251  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||| || || || ||||||||||||||||||||||    
T  1478250 ttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaaacatccttgttggtacatcatatacctcttcacatatggacgaagacctaaga 1478151  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1478150 gtttggtgagttggtaatcagcgccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaaagatcaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttat 1478051  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  1478050 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacttctaccaccacca 1478001  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 222; E-Value: 1e-122
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1482544 - 1482195
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||     
T  1482544 tgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcactaggaccacggaatgtcactgcagtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttatta 1482445  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  1482444 ttctcagccaagtccttggccaaacgaagcaccgtcccacctgcaaagcatccttgttggtacatcatgtatctcttcacatatggacgaagacctaaga 1482345  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||| || ||||  |||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  1482344 gttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgtctacaccacttgtggtacaaaatattaagtgtgtaatctttgattttggttggccccattcttttat 1482245  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  1482244 agccttcactgcagcctcctttcctagtctaggcacctctaccaccacca 1482195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1509475 - 1509126
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||||||||||||||||||||| || |||||||  || |||| ||||||||||||| |||||| |||||||||||| | |||||||||| ||| |||     
T  1509475 tgcttgtccaacaagactgtccaaatgagtatcaccagggccacaaaatgtgactgcaatgactttagaacaaacaaccaacacacgagcatcttggtta 1509376  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    || |||||||||||||| |||||| |||| || ||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| ||||||||||||||  |||||||||| |    
T  1509375 ttttcagccaaatcctttgccaaatgaagcacagtgccacctgcaaaacacctttgttggtacatcatgtacctttttacatatgggtgaagacctaaaa 1509276  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| || ||||||||||  || |||| ||| || ||||| ||||| ||||||| |||||| || ||||||||||| ||||| || ||||||||||||||    
T  1509275 gtttggtaagttgataatgagctccagacatatcaacaccacttgtggtgcaaaagattaaatgtgtaatctttgattttggctggccccattcttttat 1509176  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||| |||| |||||||| |||||||||| ||| |||||||    
T  1509175 agccttcactgcaacctcttttcctagcctaggtacctttacaaccacca 1509126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 343
Target Start/End: Complemental strand, 1499591 - 1499249
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||||||||||||  |||  | ||| |||| ||| || |||| ||||| || |||||||| ||||||||||||||| | ||||||||||||||||||     
T  1499591 tgcttgtccaacaagtttgtgtaggtgagtattactaggtccacaaaatgagattgcagtgatttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgtta 1499492  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||||||| |||| ||| | |||||||||||||| ||||| ||||||||   |||||||||||    
T  1499491 ttctcagctaagtccttcgccaaacgaagtactgttccacctgcataacaccctagttggtacatcatgtaccttttcacatatgggttaagacctaaga 1499392  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| || ||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||    |||||||  ||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||||||  ||    
T  1499391 gttttgttagttggtaatccgcaccaggcatgtctacaccactataggtgcaaaaaattaaatgtgtaatatttgacttcggttgaccccattcttcgat 1499292  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctacc 343  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||    
T  1499291 agccttcactgcagcctccttccctagtctaggtatctctacc 1499249  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 58 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 1486964 - 1486672
Alignment:
Q  58 agtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgc 157  Q
    ||||||||||||||| |  || | |||| ||||| |||| |||||||||||||| ||||| ||| |||| || || ||||| |||||||| || |||||     
T  1486964 agtgacttcagaacatattaccaacacaagagcatctttattgttctcagccaagtccttggcctaacgtagaacagtgccccctgcaaagcatccttgt 1486865  T
Q  158 tggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacga 257  Q
    ||||| ||||| || | ||| ||||  || | ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| ||| ||| ||  | |||||||  |    
T  1486864 tggtatatcatataccgtttcacatccgggcaaagacctaagagttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatgcctataccactcatggtgcaaaata 1486765  T
Q  258 ttaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || |||  ||||||||    
T  1486764 ttaagtgtgtaatctttgactttggttggccctattcttttatagctttcactgcagcctcatttcctagcctaggcacgtctcgcaccacca 1486672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 258; Significance: 1e-143; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 258; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 5289468 - 5289817
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||| |||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5289468 tgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacggaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttg 5289567  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  5289568 ttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaagacccaaga 5289667  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289668 gttttgtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 5289767  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5289768 agccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 5289817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 254; E-Value: 1e-141
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5310748 - 5310399
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5310748 tgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactggggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttg 5310649  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||| |||||||||||||| || ||||    
T  5310648 ttctcagccaaatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatataccttttcacatatggacgaaggcccaaga 5310549  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310548 gttttgtgagttgataatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 5310449  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5310448 agccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 5310399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5284659 - 5284310
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5284659 tgcttgtccaacaagactgtctaagtgagtatcgctagggccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttg 5284560  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  5284559 ttctcagctaaatctttggccaaacgaagtaccgtaccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaaga 5284460  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5284459 gtttggtgagttgataatcggctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttggccccattcttttat 5284360  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5284359 agccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 5284310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 250; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5315462 - 5315113
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  5315462 tgcttgtccaacaaggctgtctaagtgagtatcactaggaccacgaaatgtgacagcggtgacttcagaacaaacaaccaacacacgagcacctttgttg 5315363  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||| || ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |    
T  5315362 ttctcagccaaatctttagccaaacggagcaccgtgccacctgcaaagcacccttgttggtacatcatgtatcttttcacatatgggcgaagacctaata 5315263  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||||||||| || ||||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315262 gtttggtgagttgataatctgctccaggcatgtcaacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 5315163  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  5315162 agccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 5315113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 5302847 - 5302498
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| || ||||| || ||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  5302847 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgagtatcactagggccacgaaatgtgacagcggtgacctctgaacatacaaccaacacacgagcacctttgttg 5302748  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||| | ||| || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  5302747 ttctcagctagatctttggccaaacgaagcaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatgtaccttttcacatatgggcgaagacccaaga 5302648  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||||||||| ||  | |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302647 gtttggtgagttgataatcagcttcgggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 5302548  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5302547 agccttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 5302498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 226; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Original strand, 46706759 - 46707108
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    |||||| |||||||| ||||||||||| |||||||| || || || |||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| ||||||||||||    
T  46706759 tgcttgcccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcggaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaaccaatacacgggcacctttgttg 46706858  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||  ||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||| ||||    
T  46706859 ttctcagccaaatcgttagccaaacgaagccccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagaccgaaga 46706958  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  46706959 gttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccactagtagtgcaaacgattaagtgggtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 46707058  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  46707059 agccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 46707108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 9e-18
Query Start/End: Original strand, 38 - 240
Target Start/End: Original strand, 32530816 - 32531018
Alignment:
Q  38 ggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgc 137  Q
    |||||||| || || |||||||||| ||||||||||||||| || || |  |||  |||||| |||||||| | ||| || || || || || || ||||    
T  32530816 ggaccacggaaagtaactgcagtgatttcagaacaaacaacaagaactcttgcatttttgttattctcagcaagatctttcgctaagcggagaactgtgc 32530915  T
Q  138 cacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctac 237  Q
    | ||||| ||||||||||| || |||||||||   | ||| ||| ||||    || |||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||    
T  32530916 cgcctgcgaaacaaccttgttgatacatcatgagacgtttgacagatggttttaggcctaagagtttagtgagttggtaatcggcacccggcatgtctac 32531015  T
Q  238 acc 240  Q
    |||    
T  32531016 acc 32531018  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 234; Significance: 1e-129; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 234; E-Value: 1e-129
Query Start/End: Original strand, 1 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 44141552 - 44141203
Alignment:
Q  1 tgcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttg 100  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||    
T  44141552 tgcttgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttg 44141453  T
Q  101 ttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaaga 200  Q
    || ||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||    
T  44141452 ttttcagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaaga 44141353  T
Q  201 gtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 300  Q
    |||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141352 gttttgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttat 44141253  T
Q  301 agctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
     || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44141252 ggccttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 44141203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 5 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 44128921 - 44128576
Alignment:
Q  5 tgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttct 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  44128921 tgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgtttt 44128822  T
Q  105 cagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagttt 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  44128821 cagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttt 44128722  T
Q  205 agtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagct 304  Q
     |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44128721 tgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggcc 44128622  T
Q  305 ttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44128621 ttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 44128576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 230; E-Value: 1e-127
Query Start/End: Original strand, 5 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 44133126 - 44132781
Alignment:
Q  5 tgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttct 104  Q
    ||||||||||| ||||||||||| |||||||| || || ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |    
T  44133126 tgtccaacaaggctgtccaagtgagtatcactagggccgcgaaatgtgactgcagtgacttcagaacagacaaccaacacacgagcacctttgttgtttt 44133027  T
Q  105 cagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagttt 204  Q
    |||| ||||| |||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||||| || ||||| |||||||| |||||||||||||||||    
T  44133026 cagctaaatctttagccaaacgaaggaccgtgcctcctgcaaagcaaccttgttggtacatcatataccttttcacatatgggcgaagacctaagagttt 44132927  T
Q  205 agtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagct 304  Q
     |||||||| ||||| || ||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     
T  44132926 tgtgagttggtaatcagctccaggcatgtctacaccacttgtggtgcaaacgatcaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatggcc 44132827  T
Q  305 ttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  44132826 ttcactgcagcctccttccctagtctaggtacctctaccaccacca 44132781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 189; Significance: 1e-102; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 189; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 2 - 350
Target Start/End: Original strand, 24163562 - 24163910
Alignment:
Q  2 gcttgtccaacaagactgtccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgt 101  Q
    ||||||||||||||  |||| ||||| ||||| || || |||| |||||||| ||| || ||||||||||||||||| | |||||||| |||||||||||    
T  24163562 gcttgtccaacaaggttgtctaagtgagtatcgcttggtccacaaaatgtgattgcggtaacttcagaacaaacaaccaacacacgagaacctttgttgt 24163661  T
Q  102 tctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagag 201  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| || ||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  24163662 tctcagccaagtccttggccaagcgaagtaccgtgccacctgcaaaacacccttgttggtacatcatatacctttttacacatgggcgaagacctaagag 24163761  T
Q  202 tttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttata 301  Q
    ||| |||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||||  |||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  24163762 ttttgtgagttggtaatcggcaccaggcatatctacaccacttatagtgcaaaatattaagtgtgtgatctttgactttggttggccccattcttttata 24163861  T
Q  302 gctttcactgcagcctcctttcctagtctaggtacctctaccaccacca 350  Q
    || ||||| || ||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||    
T  24163862 gccttcacggctgcctcctttcctagtcttggtgcctctactaccacca 24163910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 107; Significance: 1e-53; HSPs: 4)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 1e-53
Query Start/End: Original strand, 32 - 350
Target Start/End: Original strand, 37859166 - 37859484
Alignment:
Q  32 tcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagta 131  Q
    |||||||| ||||| || || |||||||| |  || |||||||| || | ||||||||||||||||||||| |||||||| || |||||||||||||| |    
T  37859166 tcactgggtccacggaaagtaactgcagttatctctgaacaaactaccaacacacgagcacctttgttgttttcagccaagtctttagccaaacgaagca 37859265  T
Q  132 ccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcat 231  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||| |  || |||||||||||||| || ||||| || || || ||||| ||||| || |||||    
T  37859266 ccgtgccaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatgtaacgcttcacatatggacgaaggcccaagagctttgtcagctgatagtcggcaccgggcat 37859365  T
Q  232 gtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctagtcta 331  Q
    ||| || || || || ||||||| ||| | ||| |||||||| ||||| |||||||||||||| || || || ||   ||| ||||| |||||||||||     
T  37859366 gtccacgccactggtggtgcaaaagatgaggtgggtaatcttggacttaggttgaccccattccttgatggcctttgttgctgcctcttttcctagtctt 37859465  T
Q  332 ggtacctctaccaccacca 350  Q
    |||||||| || |||||||    
T  37859466 ggtacctccacaaccacca 37859484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 99; E-Value: 8e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 327
Target Start/End: Original strand, 37863189 - 37863487
Alignment:
Q  29 gtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaa 128  Q
    |||||||| || ||||| || || ||||||||||  || |||||||| || |  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||    
T  37863189 gtatcactaggtccacggaaagtaactgcagtgatctccgaacaaaccaccaaaacacgagcgcctttgttgttttcagccaaatctttagccaaacgaa 37863288  T
Q  129 gtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccagg 228  Q
    | ||||| ||||| |||||||||||||| || |||||||| || |  || ||||| || |||||||| ||||| || ||||| ||||| || || |||||    
T  37863289 gcaccgtcccaccagcaaaacaaccttgttgatacatcatataacgcttcacatacgggcgaagacccaagagctttgtgagctgatagtcagcaccagg 37863388  T
Q  229 catgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattcttttatagctttcactgcagcctcctttcctag 327  Q
    ||| || ||||| ||||| |||||||  ||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||   ||||||||| ||||||||    
T  37863389 catatccacaccacttgtggtgcaaaaaattagatgagtaatctttgacttaggttgaccccattccttgatagcctttgttgcagcctcttttcctag 37863487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 82 - 303
Target Start/End: Complemental strand, 39030341 - 39030120
Alignment:
Q  82 cacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttaca 181  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||  || |  |||| |||||||||||||| ||||||||||| || |  ||||||    
T  39030341 cacacgggcacctttgttgttctcagccaaatctttagccaagcgaagagccatcgcaccagcaaaacaaccttgttggtacatcatataacgctttaca 39030242  T
Q  182 tatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcatgtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttg 281  Q
    ||||||| ||| |||||||| || ||||| ||||| || || |||||||| || ||||| |||| ||||||||  || |  ||||||| | ||||||| |    
T  39030241 tatggacaaaggcctaagagctttgtgagctgatagtcagctccaggcatatcgacaccacttgaagtgcaaaatatgagatgagtaaccattgacttag 39030142  T
Q  282 gttgaccccattcttttatagc 303  Q
    ||||||||||||| || |||||    
T  39030141 gttgaccccattcattgatagc 39030120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 20 - 162
Target Start/End: Original strand, 40421708 - 40421850
Alignment:
Q  20 tccaagtgtgtatcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttag 119  Q
    ||||||||||| ||| |||| |||||||| || ||  |||| | ||||||||| ||||| || ||||| |||||  |||| |||||||| | ||| || |    
T  40421708 tccaagtgtgtttcattgggcccacgaaaagtaacaacagttatttcagaacacacaacgaggacacgtgcaccaatgttattctcagctagatctttgg 40421807  T
Q  120 ccaaacgaagtaccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggta 162  Q
    | | |||||| || || ||||| ||| |||||||||| |||||    
T  40421808 caagacgaagaacggttccaccagcataacaaccttggtggta 40421850  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 83; Significance: 3e-39; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 32 - 294
Target Start/End: Complemental strand, 35251131 - 35250869
Alignment:
Q  32 tcactgggaccacgaaatgtgactgcagtgacttcagaacaaacaactagcacacgagcacctttgttgttctcagccaaatccttagccaaacgaagta 131  Q
    ||||| || |||||||| || ||||||||||  || |||||||| || || |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  35251131 tcactagggccacgaaaagtcactgcagtgatctctgaacaaaccacaagaacacgagcacctttattgttctcagccaaatctttagccaaacgaagaa 35251032  T
Q  132 ccgtgccacctgcaaaacaaccttgctggtacatcatgtatctttttacatatggacgaagacctaagagtttagtgagttgataatcggccccaggcat 231  Q
    || | ||||| || ||||| ||||| ||||||||||| || | ||| ||  | |||||||| ||||  | ||| ||||| |||||||| || ||||||||    
T  35251031 ccataccaccagcgaaacacccttgttggtacatcatataacgtttcaccgacggacgaagtcctagcaattttgtgagctgataatcagcaccaggcat 35250932  T
Q  232 gtctacaccgcttgtagtgcaaacgattaagtgagtaatctttgactttggttgaccccattc 294  Q
     || ||||| || ||| ||||||  || | |||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  35250931 atccacaccactagtaatgcaaaatatgaggtgagtgatcttggactttggttgaccccattc 35250869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University