View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8516_low_1 (Length: 1031)

Name: NF8516_low_1
Description: NF8516
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8516_low_1
NF8516_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (1-1014)||(10460912-10461925)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 1010; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 1010; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 1014
Target Start/End: Complemental strand, 10461925 - 10460912
Alignment:
Q  1 agagactttgagagaagctatggcggtgctcagggatatgtttggacccaacatccccgacgctattgacatacttgttccctgctggtggaataacagg 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461925 agagactttgagagaagctatggcggtgctcagggatatgtttggacccaacatccccgacgctattgacatacttgttccctgctggtggaataacagg 10461826  T
Q  101 tttcagcgcggaagctacagcaactttccgattatctccaatggtaaagttttttataacattaaggtaataaggtttgcttatcatgctgcattttcat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461825 tttcagcgcggaagctacagcaactttccgattatctccaatggtaaagttttttataacattaaggtaataaggtttgcttatcatgctgcattttcat 10461726  T
Q  201 attatttaatcattgtttgacaattcccctttgaatattttctgctcttaaatatatcaattgatgctatagctatacttgtcttatatcagtgcatcca 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461725 attatttaatcattgtttgacaattcccctttgaatattttctgctcttaaatatatcaattgatgctatagctatacttgtcttatatcagtgcatcca 10461626  T
Q  301 aagacaaaacaggggatgacctggagattacagcttgttactataattaattatcactcttcactataattctgtcttcttcttgtgtcactgatgattg 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461625 aagacaaaacaggggatgacctggagattacagcttgttactataattaattatcactctttactataattctgtcttcttcttgtgtcactgatgattg 10461526  T
Q  401 ttttgacgtactaattacaatcacatgcatttatttaggccctgaattaaatataacatggttttgtttggtttgatttcattactgaacaatgttcccc 500  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461525 ttttgacgtactaattacaatcacatgcatttatttaggccctgaattaaatataacatggttttgtttggtttgatttcattactgaacaatgttcccc 10461426  T
Q  501 aaaataaaaaagattgtgtggtcaaggtacagtatagtactatgctctgtacctaaatgtcctttatttacatgatatattgttattaaattcccattaa 600  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461425 aaaataaaaaagattgtgtggtcaaggtacagtatagtactatgctctgtacctaaatgtcctttatttacatgatatattgttattaaattcccattaa 10461326  T
Q  601 attatgaatcaaataatttgatgttacaatcattttatggccagactcattgatgaataggaaagcagaatccaataatcaaaatttcaaactatagaag 700  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461325 attatgaatcaaataatttgatgttacaatcattttatggccagactcattgatgaataggaaagcagaatccaataatcaaaatttcaaactatagaag 10461226  T
Q  701 cttacgtgtaaatttgatatttggaatttcaaacataatagatggtgttttgcttgtcgtcctaatttcctatgctatcttttggttttcggttaggcct 800  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461225 cttacgtgtaaatttgatatttggaatttcaaacataatagatggtgttttgcttgtcgtcctaatttcctatgctatcttttggttttcggttaggcct 10461126  T
Q  801 tttaatttgttccccttctttagtagtattaggcatctgtgtgtctgctattcatgtataaaattgaacttttaaaattaaaaggtataaaattgaaaag 900  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461125 tttaatttgttccccttctttagtagtattaggcatctgtgtgtctgctattcatgtataaaattgaacttttaaaattaaaaggtataaaattgaaaag 10461026  T
Q  901 ctaatcttgtccctatgtttcaggctcctgtcggtcgcattttcttcactggagagcacaccagtgaaagatttaatggctatgtacatggcggatatct 1000  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10461025 ctaatcttgtccctatgtttcaggctcctgtcggtcgcattttcttcactggagagcacaccagtgaaagatttaatggctatgtacatggcggatatct 10460926  T
Q  1001 cgcaggtgagtgtt 1014  Q
    ||||||||||||||    
T  10460925 cgcaggtgagtgtt 10460912  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University