View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8517_low_3 (Length: 563)

Name: NF8517_low_3
Description: NF8517
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8517_low_3
NF8517_low_3
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (20-553)||(34501461-34501994)
chr8 (28-513)||(44460730-44461226)
chr8 (28-513)||(44468263-44468759)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (39-436)||(46359606-46360020)
[»] chr5 (4 HSPs)
chr5 (23-241)||(38604168-38604386)
chr5 (20-241)||(41583985-41584206)
chr5 (345-512)||(40179993-40180166)
chr5 (334-420)||(38604490-38604576)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (103-182)||(9160417-9160493)
chr6 (39-138)||(9161523-9161622)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 498; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 498; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 20 - 553
Target Start/End: Original strand, 34501461 - 34501994
Alignment:
Q  20 tgcttttctgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacc 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34501461 tgcttttctgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaact 34501560  T
Q  120 tctgatattcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagc 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501561 tctgatattcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgatatcaaatttctgtagcctgcaatatccagc 34501660  T
Q  220 aatgagcgtatggtacagcagacttacaatcctcctttttgcatttgtccaagatcttcctaatatgtaacaaaccctttgaatgtgtaaaaccaaacat 319  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501661 aatgagcgtatggtacagcagacttacaatcctcctttttgcatttgtccaagatcttcctaatatgtaacaaaccctttgaatgtgtaaaaccaaacat 34501760  T
Q  320 aagaggatcacaaatgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataattata 419  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  34501761 aagaggatcacaaatgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggcagtaataattata 34501860  T
Q  420 ttgataacatatattgatggacgttgattgtctgcaatcattttaaggatcaacttcttggctgcttctaaatttttaaacccacacaaggctctggcaa 519  Q
     ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501861 ctgatatcatatattgaaggatgtagactgtctgcaatcattttaaggatcaacttcttggctgcttctaaatttttaaacccacacaaggctctggcaa 34501960  T
Q  520 catgcataaagagcgtttgtttaagccattcttc 553  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34501961 catgcataaagagcgtttgtttaagccattcttc 34501994  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 28 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 44461226 - 44460730
Alignment:
Q  28 tgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacctctgatat 127  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||   ||||||  ||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||    
T  44461226 tgccacttccctatccatgggctccatttcctctagctgctcccttgccattttgcaatccatatccatcaagcgaagatagtggatcaacttgtgatat 44461127  T
Q  128 tcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagcaatgagcg 227  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |    
T  44461126 tcatcaagattggtgtgggagacaccaaaatccttcatctgagtcaataactcgagagcaccatcaaatttctctagcttgcaatatccaacaatgagtg 44461027  T
Q  228 tatggtacagcaga-----------cttacaatcctcctttttgcatttgtccaagatcttcctaatatgtaacaaaccctttgaatgtgtaaaaccaaa 316  Q
    |||||||||||| |           ||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||  ||||||||    
T  44461026 tatggtacagcaaagtaatgattaacttacaatcctgctttttggctttttccaagatcttcttgatatgtagcataccttttgaacgtgggaaaccaaa 44460927  T
Q  317 cataagaggatcacaaatgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataatt 416  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44460926 cataagaggattacaaatgtaaaaacccatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggcagtaataatt 44460827  T
Q  417 atattgataacatatattgatggacgttgattgtctgcaatcattttaaggatcaacttcttggctgcttctaaatttttaaacccacacaaggctc 513  Q
    ||| ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  44460826 atactgatatcatatattgaaggatgtagactgtctgcaatcattttaaggatcaactgcttggctgtttcgaaatctttaaacccacacaaggctc 44460730  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 239; E-Value: 1e-132
Query Start/End: Original strand, 28 - 513
Target Start/End: Complemental strand, 44468759 - 44468263
Alignment:
Q  28 tgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacctctgatat 127  Q
    ||||| || ||||||||| |||||||||||||||| ||| || |||||||||||   ||||||  ||||||||  |||| ||||||||||| | ||||||    
T  44468759 tgccacttccctatccatgggctccatttcctctagctgctcccttgccattttgcaatccatatccatcaagcgaagatagtggatcaacttgtgatat 44468660  T
Q  128 tcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagcaatgagcg 227  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| |    
T  44468659 tcatcaagattggtgtgggagacaccaaaatccttcatctgagtcaataactcgagagcaccatcaaatttctctagcttgcaatatccaacaatgagtg 44468560  T
Q  228 tatggtacagcaga-----------cttacaatcctcctttttgcatttgtccaagatcttcctaatatgtaacaaaccctttgaatgtgtaaaaccaaa 316  Q
    |||||||||||| |           ||||||||||| |||||||  ||| |||||||||||| | ||||||| || ||| |||||| |||  ||||||||    
T  44468559 tatggtacagcaaagtaatgattaacttacaatcctgctttttggctttttccaagatcttcttgatatgtagcataccttttgaacgtgggaaaccaaa 44468460  T
Q  317 cataagaggatcacaaatgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataatt 416  Q
    ||||||||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  44468459 cataagaggattacaaatgtaaaaacccatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggcagtaataatt 44468360  T
Q  417 atattgataacatatattgatggacgttgattgtctgcaatcattttaaggatcaacttcttggctgcttctaaatttttaaacccacacaaggctc 513  Q
    ||| ||||| |||||||||| ||| || || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  44468359 atactgatatcatatattgaaggatgtagactgtctgcaatcattttaaggatcaactgcttggctgtttcgaaatctttaaacccacacaaggctc 44468263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 3e-86; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 3e-86
Query Start/End: Original strand, 39 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 46360020 - 46359606
Alignment:
Q  39 tatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacctctgatattcatcaagatt 138  Q
    ||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||   ||||||  ||||||||  ||||  |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  46360020 tatccatgggctccatttcctctagctgctctcttgccattttgcaatccatatccatcaagcgaagattgtggatcaacttgtgatattcatcaagatt 46359921  T
Q  139 tatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatg------acttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagcaatgagcgtatgg 232  Q
      |||||||||||||||||||||||||| ||||||||       ||| ||||||  |||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||    
T  46359920 ggtgtgggagacaccaaaatccttcatctgagtcaatatatataactcgagagcaccatcaaatttctctagcttgcaatatccaacaatgagtgtatgg 46359821  T
Q  233 tacagcaga-----------cttacaatcctcctttttgcatttgtccaagatcttcctaatatgtaacaaaccctttgaatgtgtaaaaccaaacataa 321  Q
    ||||||| |           ||||||||||| |||||||  ||  |||||||||||||| | ||||| ||  || ||||||||||| |||||||||||||    
T  46359820 tacagcaaagtaatgattaacttacaatcctgctttttggcttcttccaagatcttcctgacatgtagcatgccttttgaatgtgtcaaaccaaacataa 46359721  T
Q  322 gaggatcacaaatgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataattatatt 421  Q
    |||||| ||||||||| | ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||| |    
T  46359720 gaggattacaaatgtaaaaacccatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgacttccccagcattaacataggcagtaataattatact 46359621  T
Q  422 gataacatatattga 436  Q
    |||| | ||||||||    
T  46359620 gatatcgtatattga 46359606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 91; Significance: 8e-44; HSPs: 4)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 8e-44
Query Start/End: Original strand, 23 - 241
Target Start/End: Original strand, 38604168 - 38604386
Alignment:
Q  23 ttttctgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacctct 122  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||  || ||| ||||||  ||||||| ||| ||||| ||||||||||||| ||| | |    
T  38604168 ttttctgccatttccctatccataggctccatttcctctagctgcactattgtcattttcctatccatagccttcaagcaaagagagtggattaacttgt 38604267  T
Q  123 gatattcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagcaat 222  Q
    ||  ||||||||||||  ||  |||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||||   |||||| || |||||| ||||||||||| ||||    
T  38604268 gaagttcatcaagattggtgcaggagacaccaaaattcttcatctgagtcaataacttgagagccttatcaaaattatgtagcttgcaatatccaacaat 38604367  T
Q  223 gagcgtatggtacagcaga 241  Q
    ||| | |||||||||||||    
T  38604368 gagtgaatggtacagcaga 38604386  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 241
Target Start/End: Complemental strand, 41584206 - 41583985
Alignment:
Q  20 tgcttttctgccattttcctatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacc 119  Q
    |||| ||||||||| | | |||||| || ||||||| |||||| ||| | ||||| ||||||  ||| ||| ||| |||||  |||||||||||  |||     
T  41584206 tgctcttctgccatctccttatccaaagactccattgcctctagctgctttcttgacattttcctattcatagccttcaagtgaagagagtggaagaact 41584107  T
Q  120 tctgatattcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttgagagcgacatcaaatttctgtagcctgcaatatccagc 219  Q
    |  |||||| |||||||||  ||  |||||||||||| |||||||||    ||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41584106 tacgatatttatcaagattagtgaaggagacaccaaagtccttcatctagctcaataacttgagagcctcatcaaatttctgtagcctgcaatatccatc 41584007  T
Q  220 aatgagcgtatggtacagcaga 241  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  41584006 aatgagcgtatggtacagcaga 41583985  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 345 - 512
Target Start/End: Original strand, 40179993 - 40180166
Alignment:
Q  345 atactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataattatattgataacatatattgatggacgtt 444  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| | ||||||||   ||||||| | ||||| ||| | | |||| ||||| |    
T  40179993 atactttccaatagcatcaccatctccaaagcttgtccgatttccctagcatcaacataggtcttaataatcacattgaaaacttcttttgaaggacgct 40180092  T
Q  445 ------gattgtctgcaatcattttaaggatcaacttcttggctgcttctaaatttttaaacccacacaaggct 512  Q
          ||  ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| || |||| |||||||  ||||||||||    
T  40180093 gtagcggaccgtctgcaatcattttaaagatcaactgcttggctgcatcaaaatctttaaactgacacaaggct 40180166  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 334 - 420
Target Start/End: Original strand, 38604490 - 38604576
Alignment:
Q  334 tgtatacaccaatactttccaatagcatcaccatctccaaaacctgtccgatttccccagctttaacataggctgtaataattatat 420  Q
    |||||| ||| |||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||| |||||| |||||||||| ||||  ||||||||||||    
T  38604490 tgtataaacctatactttccaatagcaacaccatctccaaagcccgtccggtttccctagctttaacacaggcactaataattatat 38604576  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000008; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 103 - 182
Target Start/End: Complemental strand, 9160493 - 9160417
Alignment:
Q  103 aagagagtggatcaacctctgatattcatcaagatttatgtgggagacaccaaaatccttcatccgagtcaatgacttga 182  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||| |||||| ||   ||||| ||||||||||||||||  ||||||| ||||||    
T  9160493 aagagagtggatcaacttgtgatattcataaagattcat---ggagaaaccaaaatccttcatctcagtcaataacttga 9160417  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 39 - 138
Target Start/End: Complemental strand, 9161622 - 9161523
Alignment:
Q  39 tatccataggctccatttcctctaactgttctcttgccatttttatatccatggccatcaaggaaagagagtggatcaacctctgatattcatcaagatt 138  Q
    ||||||||||||||||||| || |  || ||||||   | |||  ||||||| ||| ||||| |||||||||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  9161622 tatccataggctccatttcttccaggtgctctcttattaatttcctatccatagccttcaagaaaagagagtggaccaacttgtgatattcatcaagatt 9161523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University