View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8518A_low_2 (Length: 692)

Name: NF8518A_low_2
Description: NF8518A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8518A_low_2
NF8518A_low_2
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (22-684)||(43984285-43984948)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 615; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 615; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 22 - 684
Target Start/End: Complemental strand, 43984948 - 43984285
Alignment:
Q  22 atgtatacttttttggtgtatatactgtaacatataccttggttattgccacatttgagaatttgtggaattagctctctgtatttttatctctagtgag 121  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43984948 atgtatacttttttggtgtatatactgtaacatataccttggttattgccacatttgagaatttgtggaattagctctctgtatttttatctctagtgag 43984849  T
Q  122 ctaattttaataagtgagcttcaaattatacactggaagcttatgattattttgtatctggtatagttaagaattaaagtggtgtgaaatcaatgaatga 221  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43984848 ctaattttaataagtgagcttcaaattatacactggaagcttatgattattttgtatctggtatagttaagaattaaagtggtgtgaaatcaatgaatga 43984749  T
Q  222 agtcagtttagattacttcaagttctctttttgttttattttgatattttcccaaattaacaaagtttagttcctttgaatgcatgtgtaatgcgttcaa 321  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  43984748 agtcagtttagattacttcaagttctctttttgttttattttgatattttcccaaattaacaaagtttagttcctttgaatgcatgtgtaatgtgttcaa 43984649  T
Q  322 gatggtgttgagactatttaaaaataggatttatacaaaagcgaatttatttaaaagaggagtgttaaattatgttccaattctatgtggaaatggtgtg 421  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43984648 gatgatgttgagactatttaaaaataggatttatacaaaagcgaatttatttaaaagaggagtgttaaattatgttccaattctatgtggaaatggtgtg 43984549  T
Q  422 gcattgattgaacatctaagtatcgtatagaattctaagttggttggaagtttctgatcattgggaaaactcaattgagttcatttggtaaaactctgtt 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43984548 gcattgattgaacatctaagtatcgtatagaattctaagttggttgcaagtttctgatcattgggaaaactcaattgagttcatttggtaaaactctgtt 43984449  T
Q  522 gcatatattgtagcagtactatcatgcatgtgtatacttgtgtgctaatcaagtgtttggagctaattagcatgactcacaagtattgtaagttaagcca 621  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43984448 gcatatattgtaacagtactatcatgcatgtgtatacttgtgtgctaatcaagtgtttggagctaattagcatgactcacaagtattgtaagttaagcca 43984349  T
Q  622 tacttcatagtttattatagctctcggtgc-nnnnnnnttactaattttggtcatttctctgct 684  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||||||||||||||||| ||||    
T  43984348 tacttcatagtttattatagctctcggtgcaaaaaaaattactaattttggtcatttctttgct 43984285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University