View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8518A_low_20 (Length: 451)

Name: NF8518A_low_20
Description: NF8518A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8518A_low_20
NF8518A_low_20
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (3-435)||(5172698-5173130)
chr4 (3-435)||(4842395-4842827)
chr4 (4-428)||(5159789-5160213)
chr4 (1-428)||(5182037-5182461)
chr4 (6-435)||(5195424-5195853)
chr4 (1-419)||(5213606-5214021)
chr4 (1-286)||(4856870-4857151)
chr4 (6-140)||(7142257-7142390)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 281; Significance: 1e-157; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 281; E-Value: 1e-157
Query Start/End: Original strand, 3 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5173130 - 5172698
Alignment:
Q  3 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaattta 102  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  5173130 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 5173031  T
Q  103 ggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtca 202  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| || || || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||  || | |    
T  5173030 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccagtgctgtttttcgatgaaatatgtagatgctgaagattggagtgattagccaaaatgataa 5172931  T
Q  203 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattatt 302  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || ||||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  5172930 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaatagattatg 5172831  T
Q  303 gccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttc 402  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  5172830 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttc 5172731  T
Q  403 aaactgcatagtcctgtaataattaactatgtc 435  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5172730 aaattgcatagtcctgtcataattaactatgtc 5172698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 277; E-Value: 1e-155
Query Start/End: Original strand, 3 - 435
Target Start/End: Original strand, 4842395 - 4842827
Alignment:
Q  3 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaattta 102  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |   |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  4842395 tatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttcttcatgtttaggttgcaatttctaagaatgagggacttcaattgaaattta 4842494  T
Q  103 ggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtca 202  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| || || | ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  || | |    
T  4842495 ggaaaccactttgttttttcagtttcaatgtgtactccaatactgtttttagatgaaatatatagatgctgaagattggagtgattagccaaattgataa 4842594  T
Q  203 atgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattatt 302  Q
     ||||||||||||||||||||||||| || |||  |||||| ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||     
T  4842595 gtgaaaatgatccttgcatgtaattttcatagagtgataagaatgtcaaggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccaccgaacagattatg 4842694  T
Q  303 gccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttc 402  Q
    || ||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||||||| ||||||||| ||||| |||||    
T  4842695 gctaaggtcaagaattctgaggtttgttaagttacttaaacactcaggaagtttagccccaaacatgtttttgctgatatccagttcttccaaatccttc 4842794  T
Q  403 aaactgcatagtcctgtaataattaactatgtc 435  Q
    ||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4842795 aaattgcatagtcctgtcataattaactatgtc 4842827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 273; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 4 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5160213 - 5159789
Alignment:
Q  4 atcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 103  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5160213 atcaaattgtattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttag 5160114  T
Q  104 gaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaa 203  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||    
T  5160113 gaaaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaa 5160014  T
Q  204 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattg 303  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| |||||||| |||||| |||||||||||||     
T  5160013 tgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaactttccactgaacagattatta 5159914  T
Q  304 ccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttca 403  Q
    | ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||   ||||||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  5159913 ctaagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaaatttagcactaaacatgttctggctgatatccagttctaccaaatccttca 5159814  T
Q  404 aactgcatagtcctgtaataattaa 428  Q
    || ||||||||||||| ||||||||    
T  5159813 aattgcatagtcctgtcataattaa 5159789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 1 - 428
Target Start/End: Complemental strand, 5182461 - 5182037
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5182461 aatatcaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacctcctttctccttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 5182362  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||| |    
T  5182361 tgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtgct 5182265  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  5182264 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagatta 5182165  T
Q  301 ttgccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaaccct 400  Q
    || | ||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||   ||||||||||| |||||| |||| |||||||||| |||    
T  5182164 ttactaagttcaagaactctaaggtttgttaagttgcttaaacactctggaagtttagcactaaacatgttatagctgatatccaattctaccaaatcct 5182065  T
Q  401 tcaaactgcatagtcctgtaataattaa 428  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  5182064 tcaaattgcatagtcctgtcataattaa 5182037  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 6 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 5195853 - 5195424
Alignment:
Q  6 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttagga 105  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5195853 caaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccttgtttaggttgcaatttctaacaataagtgacttcaattgaaatttagga 5195754  T
Q  106 aaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggtcaatg 205  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  || | || || | |||||||||||||   | ||||||||| ||||||||||| ||| ||||||    
T  5195753 aaccactttgttttttcagtttcaatgtctactccaatattgttttttgatgaaatatatagaacctcaagattggaatgattagccaaagtgctcaatg 5195654  T
Q  206 aaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagattattgcc 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| || |||| ||||||||||||||| ||||||||||||| |     
T  5195653 aaaatgatccttgcatgtaatttccatagaaggataagtatgccagtgatgtgagattgctaatgaaagatggaaaatttccactgaacagattattact 5195554  T
Q  306 aaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaacccttcaaa 405  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||   ||||||||| |||||||| ||||||||||||||| |||| |||    
T  5195553 aagttcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacaatctggaagtttagcactaaacatgtttttgctgatatccagttctaccaaatccttaaaa 5195454  T
Q  406 ctgcatagtcctgtaataattaactatgtc 435  Q
     ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5195453 ttgcatagtcctgtcataattaactatgtc 5195424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 419
Target Start/End: Complemental strand, 5214021 - 5213606
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  5214021 aatatcaaactatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtccttgtttaagttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 5213922  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | || ||||| ||||| |||||||||||||||| | | ||  | || ||||  | ||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| ||| |    
T  5213921 tgggtaaccactttgtcttttcagtttcaatgtttgcaccaatgct-ttgt--gatgaaatatatagatgctggagattggagtgattagccaaagtgct 5213825  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttccagtgaacagatta 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||  || |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  5213824 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagagggataagtatgccagtgatgtgagattactaatgaaggatggaaaatttccactgaacaaatta 5213725  T
Q  301 ttgccaaggtcaagaactctgaggtttgttaagttgcttaaacactcaggaagtttagcgtcaaacatgttattgctgatgtccagttctaccaaaccct 400  Q
    | || ||| ||||||||  | |||||||||||||||||||||||||| |||||||  |||  ||||||||||| |||||| || || ||||||||| |||    
T  5213724 tagctaagttcaagaacattcaggtttgttaagttgcttaaacactcgggaagttgcgcgctaaacatgttatagctgatatctagctctaccaaatcct 5213625  T
Q  401 tcaaactgcatagtcctgt 419  Q
    ||||  |||||||||||||    
T  5213624 tcaatttgcatagtcctgt 5213606  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 180; E-Value: 5e-97
Query Start/End: Original strand, 1 - 286
Target Start/End: Original strand, 4856870 - 4857151
Alignment:
Q  1 aatatcaaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatt 100  Q
    |||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  4856870 aataccaaattatattgatatgaaagaaaagtaggaatgacacttccttcgtccatgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgtcttcaattgaaatt 4856969  T
Q  101 taggaaaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactccggtactattgttcggtgaaatatatagatgttgaagattggagtgattagccaaggtggt 200  Q
    | |||||||| ||||| ||||||||||||||| | |||||   ||| || | |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||    
T  4856970 tgggaaaccactttgtcttttcagtttcaatgagaactcc---actgttttccggtgaaatatatagatgctgaagatttgagtgattagccaaagtggt 4857066  T
Q  201 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccaaagaaggataagtatgccagggatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 286  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4857067 caatgaaaatgatccttgcatgtaatttccatagatggat-agtatgcaagagatgtgagattggtagtgaaggatggaaaatttc 4857151  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 6 - 140
Target Start/End: Complemental strand, 7142390 - 7142257
Alignment:
Q  6 caaattatattgataagaaagaaaagtaggaatgacacttcctttgtctttgtttaggttgcaatttctaagaatgagtgacttcaattgaaatttagga 105  Q
    |||||||| |||||| |||| |||| ||||||||||| ||||||||||  ||||| ||||||||||| |||  || ||||  |  | ||||||| |||||    
T  7142390 caaattatgttgatatgaaaaaaaactaggaatgacatttcctttgtccatgttttggttgcaatttttaa-cataagtgtatgtagttgaaatctagga 7142292  T
Q  106 aaccattttgttttttcagtttcaatgtgtactcc 140  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  7142291 aaccactttgtattttcagtttcaacgtgtactcc 7142257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University