View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8518A_low_274 (Length: 242)

Name: NF8518A_low_274
Description: NF8518A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8518A_low_274
NF8518A_low_274
[»] chr2 (25 HSPs)
chr2 (20-229)||(9065591-9065800)
chr2 (20-217)||(8573503-8573700)
chr2 (20-206)||(9328557-9328743)
chr2 (20-230)||(16269023-16269233)
chr2 (20-210)||(9061139-9061329)
chr2 (24-200)||(9284192-9284368)
chr2 (24-213)||(9291894-9292077)
chr2 (20-206)||(9320940-9321123)
chr2 (20-215)||(9274470-9274665)
chr2 (19-206)||(10353067-10353254)
chr2 (20-209)||(7115640-7115832)
chr2 (20-209)||(9315974-9316157)
chr2 (20-142)||(10335866-10335988)
chr2 (24-136)||(10371886-10371998)
chr2 (20-128)||(12006116-12006224)
chr2 (20-143)||(12012544-12012667)
chr2 (20-130)||(9364662-9364772)
chr2 (20-209)||(10347740-10347929)
chr2 (20-208)||(12018880-12019074)
chr2 (20-208)||(11987488-11987673)
chr2 (44-129)||(7611974-7612059)
chr2 (44-129)||(17566105-17566190)
chr2 (57-127)||(8579522-8579592)
chr2 (24-64)||(8576411-8576451)
chr2 (164-209)||(10335811-10335856)
[»] scaffold0667 (1 HSPs)
scaffold0667 (19-229)||(4406-4616)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (20-211)||(37462442-37462636)
chr3 (67-210)||(39427594-39427740)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (20-207)||(45243656-45243843)
chr7 (29-188)||(45230408-45230570)
chr7 (55-207)||(45237907-45238059)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (20-210)||(29453302-29453492)
chr1 (20-210)||(29467778-29467968)
chr1 (26-206)||(29443325-29443505)
chr1 (26-206)||(29423223-29423403)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (20-215)||(41966703-41966898)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (24-143)||(26574882-26575001)
chr4 (46-113)||(561273-561340)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (50-128)||(36224454-36224532)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 178; Significance: 4e-96; HSPs: 25)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 178; E-Value: 4e-96
Query Start/End: Original strand, 20 - 229
Target Start/End: Original strand, 9065591 - 9065800
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9065591 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaatattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 9065690  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaattgaga 219  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||     
T  9065691 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacagcttcgaggcctctaggttattccggtgatggaagtaaggttctgttggaagcaattgagg 9065790  T
Q  220 ttttcttgga 229  Q
    |||| |||||    
T  9065791 ttttgttgga 9065800  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 20 - 217
Target Start/End: Original strand, 8573503 - 8573700
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||| |||||||||||||||  | ||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8573503 tttgggtgggtgtctttgtatgtctgtgaattatgaaaccactgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactt 8573602  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaattga 217  Q
    |||||||| || ||||| ||||||  | ||||||| | | |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  8573603 tttactttcgttaaatcgtgtttcactccacattttaaatcttcgaggcctttaggttattctagtgatggaagtaaggttctgttggaaggaattga 8573700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 20 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9328743 - 9328557
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  9328743 tttgggagggtgtctttgcatgactttgaattatgaaactactgaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggatatagagatagttggtgtaaactt 9328644  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 206  Q
    |||||| |||| ||||| |||||||||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||  ||||||||||  |||||| |||||    
T  9328643 tttactatggttaaatcgtgtttccatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttatttgagtgatggaaaaaaggttttgttg 9328557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 20 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 16269233 - 16269023
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||| ||||||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  16269233 tttgggaggatgtctttgtataactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagagtatggatatagagatagttggtgcaaactt 16269134  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaattgaga 219  Q
    ||||| ||||| ||||| ||||||  ||||||||||  |  ||| |  ||| |||||||||| |||||||||||||||||| | || ||||||||||||     
T  16269133 tttaccttggttaaatcgtgtttcacttcacatttgcgatattcaaatcctataggttattctagtgatggaagtaaggttctctttgaaggaattgagg 16269034  T
Q  220 ttttcttggac 230  Q
    |||| ||||||    
T  16269033 ttttgttggac 16269023  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 210
Target Start/End: Original strand, 9061139 - 9061329
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||| ||||||||||| |||  | ||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9061139 tttgggtgggtgtctttgcatgtctgtgaattatgaagctactaaaattgatgtttgggtgatgaaagactatggatctagagatagttggtgtaaactt 9061238  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 210  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||||| ||||     || |||||| ||| ||||||| ||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9061239 tttactttggttaaatcgtgtttcaattcacctttggactttttgaggccgttatgttattctagtgatggaggtaaggttctgttggaag 9061329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 24 - 200
Target Start/End: Original strand, 9284192 - 9284368
Alignment:
Q  24 ggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaacttttta 123  Q
    ||||| |||||| |||||||| |||||||| |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||    
T  9284192 ggaggttgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactaaaattgacgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaaattttta 9284291  T
Q  124 ctttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggtt 200  Q
    ||||||| |||||  | |||  || || ||||| | ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  9284292 ctttggttaaatcacggttcactttacgtttgaaatctttgaggcctttaggttattctagtgatggtagtaaggtt 9284368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 9292077 - 9291894
Alignment:
Q  24 ggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaacttttta 123  Q
    |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  9292077 ggagagtgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggttctagagatagttggtgtaaacttttta 9291978  T
Q  124 ctttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaa 213  Q
    ||||||| |||||      |  ||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||||| || ||||||||||||||| ||||||| ||||    
T  9291977 ctttggttaaatc-----gcggttcac-tttgaaatctttgaggcctttatgttattctagggatggaagtaaggttctgttggacggaa 9291894  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 20 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 9321123 - 9320940
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||   |||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  9321123 tttgggagggtgtctttgcatgactt---attacgaaactacaaaagttgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactt 9321027  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 206  Q
    |||||| |||| ||||| |||| | ||| || ||||| | ||| |||||||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||    
T  9321026 tttactatggttaaatcgtgttacgatttacctttgaaatctttgaggcctttaggttattcgagtgatggaaaaaaggttttgttg 9320940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Complemental strand, 9274665 - 9274470
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||  || |||| || |||| | ||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  9274665 tttggaagggtgtctttgtatgactttgaattatcgaaatactgaatttgaagtttgggtgatgaaagaatatggttctacagatagttggtgtaaactt 9274566  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaatt 215  Q
    ||||||||| |  || ||||||||| |  | |||||  || ||  ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  9274565 tttactttgatggaaccttgtttccttgtagatttggaaatttttaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttctgttggaaggaatt 9274470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 19 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 10353254 - 10353067
Alignment:
Q  19 ctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaact 118  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| || ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  10353254 ctttaggagggtgtctttgtatgattgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagagagttggtgtaaact 10353155  T
Q  119 ttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 206  Q
    ||||||| |||| ||||||| |||| ||| || ||||  | ||| ||||| |||||||||||| |||||| |||  |||||| |||||    
T  10353154 ttttactgtggttaaatcttctttcgatttacctttgcaatctttgaggcttttaggttattcgagtgatagaaaaaaggttttgttg 10353067  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Original strand, 7115640 - 7115832
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||  |||||||||||  |||| ||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  7115640 tttgggagggtgtctttgtatgattgtgaattatagaactactaaaacagatgtttgggtgatgaaacaatatggatctagagacagctggtgtaaactt 7115739  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcg---aggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 209  Q
    ||||| ||||| || || |||||| ||| |  |||||  || | |   ||||||||||||||||| ||||||||||| |||||| | ||||||    
T  7115740 tttacattggttaattcgtgtttcgatttatctttgattacatggttcaggcctttaggttattctagtgatggaagcaaggttctattggaa 7115832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 9316157 - 9315974
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||||||| ||||||||      ||||||||||||||||    
T  9316157 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatcaaactactaaaactgatgtttgggtgatgaaagactatggatc------tagttggtgtaaactt 9316064  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 209  Q
    ||||||||||| || || ||||||  || |  |||||    || || ||||||||||||||| ||||| |||||||||||| | ||||||    
T  9316063 tttactttggttaattcatgtttcactttatctttgaattttttgaagcctttaggttattctagtgacggaagtaaggttctattggaa 9315974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 20 - 142
Target Start/End: Complemental strand, 10335988 - 10335866
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||  | |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |    
T  10335988 tttgggagggtgtctttgtttgcctgtgaattatcaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggctgtagagatagttggtgtaaacat 10335889  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgttt 142  Q
    ||||||||||| ||||| |||||    
T  10335888 tttactttggttaaatcgtgttt 10335866  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 24 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 10371998 - 10371886
Alignment:
Q  24 ggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaacttttta 123  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  10371998 ggagggtgtctttgtatgactgtggattataaaactactaacgttgatatttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaacttttta 10371899  T
Q  124 ctttggtcaaatc 136  Q
    ||||||| |||||    
T  10371898 ctttggttaaatc 10371886  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 128
Target Start/End: Original strand, 12006116 - 12006224
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| |||||||| |||||||||| |||||||  |||||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  12006116 tttgggagggtgtctttgtttgattgtgaattatcaaactactaagattgatgtatgggtgatgaaagaatatggttgtaaagatagttggtgtaaactt 12006215  T
Q  120 tttactttg 128  Q
    |||||||||    
T  12006216 tttactttg 12006224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 20 - 143
Target Start/End: Original strand, 12012544 - 12012667
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||| || |||||||||| |||||||  | |||||||||||||||||| | || |||||||||||||||||||    
T  12012544 tttgggagggtgtctttgtatgattgtgaatcatcaaactactaagattgatgtattggtgatgaaagaatatggttgtaaagatagttggtgtaaactt 12012643  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttc 143  Q
    |||||||||||  |||| ||||||    
T  12012644 tttactttggtggaatcgtgtttc 12012667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 20 - 130
Target Start/End: Complemental strand, 9364772 - 9364662
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| |     
T  9364772 tttgggagggtgtcttagtatgattgtgaattatcaaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattg 9364673  T
Q  120 tttactttggt 130  Q
    |||||||||||    
T  9364672 tttactttggt 9364662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 20 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 10347929 - 10347740
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||||| | | |  ||||| ||  |||||||||||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  10347929 tttgggagggtgtctttgtatcactgtcgattataaagatactaaaattgatgtttgggtcatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaactt 10347830  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 209  Q
    |||||| |||   | || |||||| ||| || ||||| |   | ||||||  || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||    
T  10347829 tttactatggctgagtcgtgtttcgatttacctttgaaattgttgaggcccatatgttattctagtgatggaagtaaggttctgttggaa 10347740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 20 - 208
Target Start/End: Original strand, 12018880 - 12019074
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatg------aaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgt 113  Q
    ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||       ||| |||||| || | || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  12018880 tttgggagggtgtctttgtttgattatgaattatcgaaatcaaattactaagataggtgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgt 12018979  T
Q  114 aaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgga 208  Q
    ||||||||||||||| |  |||| ||||||  || || ||| | |  || ||| |||||||||||||| ||||||||||  |||||| |||||||    
T  12018980 aaactttttactttgatggaatcgtgtttcgttttaccttttagatttttgagccctttaggttattcgagtgatggaaaaaaggttttgttgga 12019074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 20 - 208
Target Start/End: Original strand, 11987488 - 11987673
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||||||||||||||||| ||| | ||||| || |   |||||| ||||||  ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  11987488 tttgggagggtgtctttgtttgactgtgaatcatca---tactaagattgatatttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaactt 11987584  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgga 208  Q
    || || ||| |  |||| ||||||  || || ||||| | ||| ||| ||||| |||||||| |||||||| |  |||||| |||||||    
T  11987585 ttcacattgatggaatcgtgtttcgttttacctttgaaatctttgagccctttgggttattcgagtgatggtaaaaaggttttgttgga 11987673  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 44 - 129
Target Start/End: Complemental strand, 7612059 - 7611974
Alignment:
Q  44 tttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttgg 129  Q
    ||||||||||||||||| |||  |||||| |||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||| | ||||||||||    
T  7612059 tttgaattatgaaactattaagtttgatgtttgggtgatgaaagaatatggattaaaagatagttggtgtaaattgtttactttgg 7611974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 44 - 129
Target Start/End: Original strand, 17566105 - 17566190
Alignment:
Q  44 tttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttgg 129  Q
    |||||||||| ||||||||||  |||||| ||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||| | ||||| ||||    
T  17566105 tttgaattatcaaactactaatgttgatgtttgggtgattaaagaatatggatttagagataattggtgtaaattgtttaccttgg 17566190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 57 - 127
Target Start/End: Original strand, 8579522 - 8579592
Alignment:
Q  57 actactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttacttt 127  Q
    ||||||||  |||| | ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||||||    
T  8579522 actactaaggttgaggtttgggtgatgaaaaaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttacttt 8579592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #24
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 24 - 64
Target Start/End: Original strand, 8576411 - 8576451
Alignment:
Q  24 ggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaa 64  Q
    ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  8576411 ggagggtgtctttgtatgagtgtgaattatgaaactactaa 8576451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #25
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 164 - 209
Target Start/End: Complemental strand, 10335856 - 10335811
Alignment:
Q  164 gaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaa 209  Q
    |||||||||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||    
T  10335856 gaggcctttaggttattgtagtgatggaagtaaggttctattggaa 10335811  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0667 (Bit Score: 111; Significance: 4e-56; HSPs: 1)
Name: scaffold0667
Description:

Target: scaffold0667; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 19 - 229
Target Start/End: Complemental strand, 4616 - 4406
Alignment:
Q  19 ctttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaact 118  Q
    |||||||||| ||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||  | ||||||||||||||||||    
T  4616 ctttgggaggatgtctttgtatgactgtgaattatgaaactactaaaattgatgtttgggtgatgaaacaatatggattaaaagatagttggtgtaaact 4517  T
Q  119 ttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaattgag 218  Q
    ||||||| || | ||||| ||| ||  ||||||||||| | ||||||| |||||| ||||||| |||||||||||||||||| || | ||||||||||||    
T  4516 ttttactatgatgaaatcgtgtgtcacttcacatttgaaatcttcgagtcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttctgattgaaggaattgag 4417  T
Q  219 attttcttgga 229  Q
     |||| |||||    
T  4416 gttttgttgga 4406  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 101; Significance: 3e-50; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 20 - 211
Target Start/End: Complemental strand, 37462636 - 37462442
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaa---ctactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaa 116  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||   |||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  37462636 tttgggaggctgtctttgtatgactgtgaattataaaaaaactactaaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaa 37462537  T
Q  117 ctttttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaagg 211  Q
    |||| |||| |||  ||||| ||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||    
T  37462536 ctttgtactgtggataaatcgtgtttcacttcacctttgaaatctttgaggcctttatgttattctagtgatggaagtaaggttttgttggaagg 37462442  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 67 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 39427740 - 39427594
Alignment:
Q  67 ttgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggt---caaatcttgtttccattcacatttgacaacttc 163  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||| ||     |||  |||||| |||||| ||| |   |||     
T  39427740 ttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatatagatatagttggtgtaaattgtttacttttgtaggggaatggtgtttcaattcacctttaatgtcttt 39427641  T
Q  164 gaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 210  Q
    || ||||||| |||||||||||||| ||||||| ||| |||||||||    
T  39427640 gaagcctttatgttattccagtgatagaagtaaagttctgttggaag 39427594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 100; Significance: 1e-49; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 100; E-Value: 1e-49
Query Start/End: Original strand, 20 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 45243843 - 45243656
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||| | ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  45243843 tttgggagagtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaatgaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatatttggtgtaaactt 45243744  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgg 207  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| |||  ||||||  | ||| |||||||||| ||||||| |||||| ||||||| ||| ||||||    
T  45243743 tttactttggttaaatcgtgtttcaattttcatttggaatctttgaggcctttatgttattcgagtgatcgaagtaaagttctgttgg 45243656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 29 - 188
Target Start/End: Complemental strand, 45230570 - 45230408
Alignment:
Q  29 gtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggt---tgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 125  Q
    |||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |   |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45230570 gtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactaataaaattgatgatgtttgggtgatgaaagaatatggttctagagatagttggtgtaaactttttact 45230471  T
Q  126 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgat 188  Q
    ||||| ||||| || ||| |||  ||||||  | ||| ||| |||||| ||||||| ||||||    
T  45230470 ttggttaaatcgtggttcaattttcatttggtatctttgagacctttatgttattcgagtgat 45230408  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 55 - 207
Target Start/End: Complemental strand, 45238059 - 45237907
Alignment:
Q  55 aaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttggtcaaatcttgtttccattcacattt 154  Q
    |||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||  |||| |||||| |||  ||| |    
T  45238059 aaactactcaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttagttgaatcgtgtttcaattttcatct 45237960  T
Q  155 gacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttgg 207  Q
    || |   | |||||||||| ||||||| || ||| ||||||| ||| ||||||    
T  45237959 gaaattgttgaggcctttatgttattcaagcgatcgaagtaaagttctgttgg 45237907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 91; Significance: 3e-44; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 20 - 210
Target Start/End: Original strand, 29453302 - 29453492
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||| |||||    
T  29453302 tttggaagggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtgaactt 29453401  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 210  Q
    ||||||||||   |||| ||||||  || || ||||| ||||| | ||||||||| |||||| || |||||||||| |||| |||||||||    
T  29453402 tttactttggcggaatcatgtttcattttacctttgaaaactttgtggcctttagcttattcgagcgatggaagtatggttctgttggaag 29453492  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 20 - 210
Target Start/End: Original strand, 29467778 - 29467968
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||||   ||||| |||||||| |||||| ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  29467778 tttgggagggtgtctttagttgattgtgaattatcaaactagtaaaattgatgtttggttgatgaaagaatatggatgtagagatagttggcgtaaactt 29467877  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaag 210  Q
    ||||||||||| | ||| ||||||  || ||| |||  | ||| |||||||||||||||||| || |||||||||| |||| |||| ||||    
T  29467878 tttactttggttagatcgtgtttcactttacagttggaatctttgaggcctttaggttattcgagcgatggaagtatggttctgtttgaag 29467968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 26 - 206
Target Start/End: Original strand, 29443325 - 29443505
Alignment:
Q  26 agggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 125  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29443325 agggtgtctttgtatgattgtgaattatcaaactgctaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 29443424  T
Q  126 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 206  Q
    ||||   |||| ||||||  || || ||||| | ||| ||||  |||||||||||| || ||| |||||| |||| |||||    
T  29443425 ttggctgaatcgtgtttcagtttacctttgagagctttgaggattttaggttattcgagcgatagaagtatggttctgttg 29443505  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 26 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 29423403 - 29423223
Alignment:
Q  26 agggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttact 125  Q
    |||||| |||||||||| | |||||||| |||||  ||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||    
T  29423403 agggtgcctttgtatgactgtgaattatcaaactgttaaaattgatgtttggctgatgaaagaatatggatgtagagatagctggtgtaaactttttact 29423304  T
Q  126 ttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttg 206  Q
    ||||   |||| ||||||   | || ||||| | ||| ||||| ||||| |||||| || |||||| ||| |||| |||||    
T  29423303 ttggcagaatcgtgtttcaccttacctttgaaagctttgaggcttttagcttattcgagcgatggaggtatggttctgttg 29423223  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 20 - 215
Target Start/End: Original strand, 41966703 - 41966898
Alignment:
Q  20 tttgggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactt 119  Q
    |||||||||||||||||||||| || || ||||| ||||||   |  |||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||    
T  41966703 tttgggagggtgtctttgtatggttgtggattatcaaactagcgatgttgatgtttgggtgatgaaagaatatcgatctagagatagctggtgtaaactt 41966802  T
Q  120 tttactttggtcaaatcttgtttccattcacatttgacaacttcgaggcctttaggttattccagtgatggaagtaaggttgtgttggaaggaatt 215  Q
    ||||||||||| ||||||||||||  ||||  ||||| | | | | ||  |||||||| ||| || |||||||| |||||| ||||| ||||||||    
T  41966803 tttactttggttaaatcttgtttcacttcatctttgaaatccttgggggttttaggttgttctagcgatggaaggaaggttctgttgcaaggaatt 41966898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 76; Significance: 3e-35; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 24 - 143
Target Start/End: Complemental strand, 26575001 - 26574882
Alignment:
Q  24 ggagggtgtctttgtatgattttgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaacttttta 123  Q
    ||||||||||||||||||| | || ||||| ||  |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  26575001 ggagggtgtctttgtatgactgtggattataaagatactaaaattgatgtttgggtgatgaaagaatatggatgtagagatagttggtgtaaacttttta 26574902  T
Q  124 ctttggtcaaatcttgtttc 143  Q
    || |||| ||||| ||||||    
T  26574901 ctgtggttaaatcgtgtttc 26574882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 46 - 113
Target Start/End: Complemental strand, 561340 - 561273
Alignment:
Q  46 tgaattatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgt 113  Q
    ||||| || ||||||||||  |||||| |||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  561340 tgaataataaaactactaaggttgatgtttgggtaatgaaagaatatggatttagagatagttggtgt 561273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 51; Significance: 2e-20; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 50 - 128
Target Start/End: Complemental strand, 36224532 - 36224454
Alignment:
Q  50 ttatgaaactactaaaattgatggttgggtgatgaaagaatatggatctagagatagttggtgtaaactttttactttg 128  Q
    ||||| ||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  36224532 ttatggaactaataaatttgatgtttgggtgatgaaagaatatggatttagagatagttggtgtaaattgtttactttg 36224454  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University