View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8518_low_1 (Length: 651)

Name: NF8518_low_1
Description: NF8518
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8518_low_1
NF8518_low_1
[»] chr4 (3 HSPs)
chr4 (7-631)||(33878756-33879371)
chr4 (463-512)||(33878620-33878669)
chr4 (43-82)||(46673679-46673718)
[»] scaffold0386 (2 HSPs)
scaffold0386 (7-528)||(676-1197)
scaffold0386 (463-512)||(1284-1333)
[»] chr5 (5 HSPs)
chr5 (7-528)||(13869376-13869890)
chr5 (179-528)||(27641144-27641494)
chr5 (7-126)||(27641010-27641129)
chr5 (463-508)||(13869240-13869285)
chr5 (463-508)||(27640875-27640920)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (7-528)||(29735101-29735624)
chr7 (43-80)||(8720808-8720845)
chr7 (463-505)||(29735715-29735759)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (7-512)||(49850835-49851332)
chr3 (469-512)||(49851428-49851471)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (330-528)||(38460745-38460945)
chr8 (7-146)||(38460563-38460702)
chr8 (193-242)||(38460700-38460749)
chr8 (470-512)||(38460427-38460469)
chr8 (43-82)||(44428119-44428158)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 503; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 503; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 631
Target Start/End: Original strand, 33878756 - 33879371
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878756 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 33878855  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 206  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878856 catgcggagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 33878955  T
Q  207 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  33878956 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacatgttcct 33879055  T
Q  307 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgcaaaagg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  33879056 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgttgcaaaagg 33879155  T
Q  407 atgacaatggttctatttctattttcannnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgta 506  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||           |         ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33879156 atgacgatggttctgtttctattttcatt---------tttttttatataatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgta 33879246  T
Q  507 cgtttccatgtaaaaatttctcatttactttagtcataaattgaaaccggaaacatttcattataaattgaaactagaaaaatttcatattcaaaagaga 606  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||    
T  33879247 cgtttccatgtaaaaatttctcatttactttagtcataaattgaaaccagaaacatttcattataaattgaaactagaaaaatttcatactcgaaagaga 33879346  T
Q  607 cttgagagaaacaaacttcaccata 631  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  33879347 cttgagagaaacaaacttcaccata 33879371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 463 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 33878669 - 33878620
Alignment:
Q  463 tgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 512  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  33878669 tgtcatgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 33878620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 82
Target Start/End: Original strand, 46673679 - 46673718
Alignment:
Q  43 aattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgca 82  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  46673679 aattgtgaagatggttatgactcatccactactcattgca 46673718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0386 (Bit Score: 426; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: scaffold0386
Description:

Target: scaffold0386; HSP #1
Raw Score: 426; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 1197 - 676
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1197 ataattctagaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 1098  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 206  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1097 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 998  T
Q  207 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 306  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||    
T  997 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacatgttcct 898  T
Q  307 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgcaaaagg 406  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  897 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgttgcaaaagg 798  T
Q  407 atgacaatggttctatttctattttcannnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgta 506  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||        ||||         ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  797 atgacgatggttctgtttctattttcattttttttaaataaaaaaaaataatgatatgtcatgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgta 698  T
Q  507 cgtttccatgtaaaaatttctc 528  Q
    ||||||||||||||||||||||    
T  697 cgtttccatgtaaaaatttctc 676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0386; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000004
Query Start/End: Original strand, 463 - 512
Target Start/End: Original strand, 1284 - 1333
Alignment:
Q  463 tgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 512  Q
    ||||| ||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  1284 tgtcatgattttattggatgtttgtaagtgtcacatgttatgtacgtttc 1333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 332; Significance: 0; HSPs: 5)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 332; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 7 - 528
Target Start/End: Original strand, 13869376 - 13869890
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  13869376 ataattctagaaacgccaaacttctcttgttgtttaaattatgaagatggttatgtctcatccactgctcattgtaacaccataattaacggatccaaat 13869475  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 206  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  13869476 catgtagagattgtttctaaatcatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattctattaaaatagttagttttaataacttt 13869575  T
Q  207 gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacatgttcct 306  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       ||||||       ||||||||    
T  13869576 gcatttggaaattcagatctcttgaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggtt-------atgttcct 13869668  T
Q  307 agattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgcaaaagg 406  Q
    ||||||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||    
T  13869669 agattttcagaaacactaatagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgatgcaaaagg 13869768  T
Q  407 atgacaatggttctatttctattttcannnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgta 506  Q
    ||||| |||||||| ||||||||||||        ||||         ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  13869769 atgacgatggttctgtttctattttcattttttttaaattaaaaaaaataatgatatgtcatgatttcattgaatgtttgtaagtgccacatgttatgta 13869868  T
Q  507 cgtttccatgtaaaaatttctc 528  Q
    |||||| |||||||||||||||    
T  13869869 cgtttctatgtaaaaatttctc 13869890  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 179 - 528
Target Start/End: Original strand, 27641144 - 27641494
Alignment:
Q  179 tattaaaatagttagttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatg 278  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||    
T  27641144 tattaaaatagttagttttaataactttgcatttggaaattcagatctcttgaaaggttgaaattttctcttccatgagttgacatatggtgggtgaatg 27641243  T
Q  279 nnnnnnnaaggttgatgaacatgttcctagattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataa 378  Q
           |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27641244 tttttttaaggttgatgaacatgttcctagattttcagaaacactaatagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataa 27641343  T
Q  379 gacatgatctataccaagttgcaaaaggatgacaatggttctatttctattttca-nnnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcatt 477  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||| |||||||| ||||||||||||         ||||         ||||||||||||| |||||||||    
T  27641344 gacatgatctataccacgatgcaaaaggatgacgatggttctgtttctattttcatttttttttaaattaaaaaaaataatgatatgtcatgatttcatt 27641443  T
Q  478 ggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttccatgtaaaaatttctc 528  Q
    | |||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||    
T  27641444 gaatgtttgtaagtgccacatgatatgtacgtttctatgtaaaaatttctc 27641494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 88; E-Value: 6e-42
Query Start/End: Original strand, 7 - 126
Target Start/End: Original strand, 27641010 - 27641129
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27641010 ataattctagaaacgccaaacttctcttgttgtttaaattatgaagatggttatgtctcatccactgctcattgtaacaccataattaacggatccaaat 27641109  T
Q  107 catgcagagattgtttctaa 126  Q
    |||| |||||||||||||||    
T  27641110 catgtagagattgtttctaa 27641129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 13869285 - 13869240
Alignment:
Q  463 tgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacg 508  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13869285 tgtcatgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacg 13869240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 27640920 - 27640875
Alignment:
Q  463 tgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacg 508  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27640920 tgtcatgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacg 27640875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 293; Significance: 1e-164; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 293; E-Value: 1e-164
Query Start/End: Original strand, 7 - 528
Target Start/End: Complemental strand, 29735624 - 29735101
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    |||||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||      ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29735624 ataattctaaaaatgccaaattcctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatc------tcattgcaacaccataattaacggatccaaat 29735531  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataacttt 206  Q
    |||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  29735530 catgtagagattgtttctaaaccatactgtattgggtgttattgcaatccaatcgagcaatgggttaaattctattaaaatagttagttttaataacttt 29735431  T
Q  207 ------gcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttgatgaacat 300  Q
          ||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||    
T  29735430 ttgtatgcatttggaaattcagatctcttaaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatggtggctgaatgtttttttaaggttgatgaacat 29735331  T
Q  301 gttcctagattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgc 400  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  29735330 gttcctagattttcataaacactattagagaaatattaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgatgc 29735231  T
Q  401 aaaaggatgacaatggttctatttctattttc--annnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacat 498  Q
    ||||| ||||| |||||||| |||||||||||  |        ||||         |||||||||||||  |||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29735230 aaaagaatgacgatggttctgtttctattttcatattttttttaaattaaaaaaaataatgatatgtcataattttattggatgtttgtaagtgccacat 29735131  T
Q  499 gttatgtacgtttccatgtaaaaatttctc 528  Q
    |||||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  29735130 gttatgtaagtttctatgtaagaatttctc 29735101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 43 - 80
Target Start/End: Original strand, 8720808 - 8720845
Alignment:
Q  43 aattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattg 80  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  8720808 aattgtgaagatggttatgtctcatccactactcattg 8720845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 463 - 505
Target Start/End: Original strand, 29735715 - 29735759
Alignment:
Q  463 tgtcacgatttcattggat--gtttgtaagtgccacatgttatgt 505  Q
    ||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  29735715 tgtcatgatttcattggatatgtttgtaagtgccacatgttatgt 29735759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 249; Significance: 1e-138; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 249; E-Value: 1e-138
Query Start/End: Original strand, 7 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 49851332 - 49850835
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    ||||||||| |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| || |||| |||||||||||||                
T  49851332 ataattctagaaacgccaaacttcccttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatccactgcttattgtaacaccataatta------------ 49851245  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgttatt---gcaatccaatcgagcaatgggtcaaattatattaaaatagttagttttaataac 203  Q
      || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  49851244 --tgtagagattgtttctaaatcatgctgtattgggtgttattattgcaatccaattgagcaatgggtcaaattctattaaaatagttagttttaataac 49851147  T
Q  204 tttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaattttctcttccatgtgttgagatatggtggctgaatgnnnnnnnaaggttga---tgaacat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||| |||||       ||||||||   |||||||    
T  49851146 tttgcatttggaaattcagatctcttaaaaggttgaaattttctcttccatgagttgagatatgatggccgaatgtttttttaaggttgatattgaacat 49851047  T
Q  301 gttcctagattttcacaaacactattaaagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgc 400  Q
    ||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||    
T  49851046 gttcctagattttcagaaatactattagagaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgatgc 49850947  T
Q  401 aaaaggatgacaatggttctatttctattttcannnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgt 500  Q
    ||||||||||| |||||| | ||||||||||||         |||         ||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  49850946 aaaaggatgacgatggttatgtttctattttcatttttttttaattaaaaaaagtaatgatatgtcatgatttcattgaatgtttgtaagtgccacatgt 49850847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 469 - 512
Target Start/End: Original strand, 49851428 - 49851471
Alignment:
Q  469 gatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  49851428 gatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtatgtttc 49851471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 111; Significance: 1e-55; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 111; E-Value: 1e-55
Query Start/End: Original strand, 330 - 528
Target Start/End: Original strand, 38460745 - 38460945
Alignment:
Q  330 gaaatataaaacaagaacatagattcagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccaagttgcaaaaggatgacaatggttctatttctatt 429  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  38460745 gaaatataaaacaagaacatagatttagtttatgagcgattcaaaataagacatgatctataccacgttgcaaaaggatgacgatggttctgtttctatt 38460844  T
Q  430 ttca--nnnnnnnnaaatnnnnnnnnntaatgatatgtcacgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttccatgtaaaaatttct 527  Q
    ||||          || |         ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  38460845 ttcatttttttttaaattaaaaataaataatgatatgtcatgatttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttctatgtaaaaatttct 38460944  T
Q  528 c 528  Q
    |    
T  38460945 c 38460945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 108; E-Value: 7e-54
Query Start/End: Original strand, 7 - 146
Target Start/End: Original strand, 38460563 - 38460702
Alignment:
Q  7 ataattctaaaaactccaaacttctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgcaacaccataattaacggatccaaat 106  Q
    |||| |||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38460563 ataagtctagaaactccaaatatctcttgttgtttaaattgtgaagatggttatgtctcatccactgctcattgcaacaccataattaacggatccaaat 38460662  T
Q  107 catgcagagattgtttctaaaccatgctgtattgggtgtt 146  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  38460663 catgcagagattgtttctaaaccatgttgtattgggtgtt 38460702  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 46; E-Value: 7e-17
Query Start/End: Original strand, 193 - 242
Target Start/End: Original strand, 38460700 - 38460749
Alignment:
Q  193 gttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaatgttgaaat 242  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38460700 gttttaataactttgcatttggaaattcaaatctcttgaaaggttgaaat 38460749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000004
Query Start/End: Original strand, 470 - 512
Target Start/End: Complemental strand, 38460469 - 38460427
Alignment:
Q  470 atttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 512  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38460469 atttcattggatgtttgtaagtgccacatgttatgtacgtttc 38460427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 43 - 82
Target Start/End: Complemental strand, 44428158 - 44428119
Alignment:
Q  43 aattgtgaagatggttatggctcatcgactactcattgca 82  Q
    ||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||    
T  44428158 aattgtgaagatggttatgtctcatccactactcattgca 44428119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University