View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8521A_high_12 (Length: 488)

Name: NF8521A_high_12
Description: NF8521A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8521A_high_12
NF8521A_high_12
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (4-417)||(39544474-39544887)
chr4 (6-362)||(39521683-39522042)
chr4 (6-444)||(39576328-39576768)
chr4 (4-444)||(39525178-39525620)
chr4 (19-466)||(39580870-39581334)
chr4 (4-222)||(39511435-39511653)
chr4 (412-463)||(39571561-39571612)
chr4 (271-433)||(39581848-39582005)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (31-213)||(3331399-3331579)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 390; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 390; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 4 - 417
Target Start/End: Original strand, 39544474 - 39544887
Alignment:
Q  4 atgaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggta 103  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||    
T  39544474 atgaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacataccatgtaggtgttgtttggta 39544573  T
Q  104 tggtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagctttttct 203  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39544574 tggtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaaacactggtgattgacttgttactttggagctttttct 39544673  T
Q  204 gaaacttgttttcgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttattattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtct 303  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39544674 gaaacttgtttttgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttgttattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtct 39544773  T
Q  304 tggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaactgccgttggagagagagttg 403  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  39544774 tggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaactgccattggagagagagttg 39544873  T
Q  404 ataattgtgtttgt 417  Q
    ||||||||||||||    
T  39544874 ataattgtgtttgt 39544887  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 210; E-Value: 1e-115
Query Start/End: Original strand, 6 - 362
Target Start/End: Original strand, 39521683 - 39522042
Alignment:
Q  6 gaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggtatg 105  Q
    ||||||||| ||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||| |||| | |    
T  39521683 gaaaccaggaactgaaacggtgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaagtgttgcttggaacg 39521782  T
Q  106 gtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggag---ctttttc 202  Q
    ||    |||||||||||||| | |||| |||| || ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||  |    
T  39521783 gttttgaattcataggaagaattggaaaggaaaattcttgctgtttggttgagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagttactttcgc 39521882  T
Q  203 tgaaacttgttttcgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttattattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtc 302  Q
    ||||   | |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  39521883 tgaataattttttcgggtaagcatggtttgattcaccaatataaaggttgttattttcattcacgtcgatatctgatccacaattgatgaagtatgtgtc 39521982  T
Q  303 ttggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaag 362  Q
    |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  39521983 ttgaggatcgtatccgagtgaggggaattgtaatgatgagaattgaagaaaaaaagcaag 39522042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 186; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 6 - 444
Target Start/End: Original strand, 39576328 - 39576768
Alignment:
Q  6 gaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggtatg 105  Q
    ||||||||| || ||||  ||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  39576328 gaaaccaggaacggaaatgttgaattttgcagtggaaagtttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatataagtgttgtttggtatg 39576427  T
Q  106 gtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagcttttt---c 202  Q
    ||||||||||| ||||| || || |||||||| || |||||||||||||| |||||||||||||||| |||| || | ||| || |||| ||| ||   |    
T  39576428 gtagaaaattcgtaggaggattcagaatggaaaattcttgctgtttggtaaagaggtgaagacactgatgatggattggtttctatggaacttctttggc 39576527  T
Q  203 tgaaacttgttttcgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttattattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtc 302  Q
    ||||   | |||| ||||||| | |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| ||    
T  39576528 tgaatgattttttagggtaagcatggtttgattcaccaatataaagattcttattttcattcacgtcgatatctgatccacaattgatgaagtatgtctc 39576627  T
Q  303 ttggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaatt---gaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaactgccgttggagagaga 399  Q
    ||| ||||||||||||||||  || || |||| ||||| |||||   ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| |||| |||| ||||||    
T  39576628 ttgatgatcgtatccgagtgcagggaagtgtagtgatgagaattgaagaagaagaaaagccagtaaaatgatagagtgttgaattgccattgg-gagaga 39576726  T
Q  400 gttgataattgtgtttgtttaaatgattttttaagctatgatgat 444  Q
    |  || | || |||||| ||  |||||||||||||||||||||||    
T  39576727 g--gaaagttttgtttggtt-gatgattttttaagctatgatgat 39576768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 4 - 444
Target Start/End: Original strand, 39525178 - 39525620
Alignment:
Q  4 atgaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggta 103  Q
    ||||||||||||||||||||  |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39525178 atgaaaccagggactgaaacggtgaattttgcagtggaaaggttaagtggtgaagagaatgaaaagaaatggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggta 39525277  T
Q  104 tggtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagctttttct 203  Q
     |||    || || ||  |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||| || |||||||||| ||    
T  39525278 cggttttgaactcgtataaagattcggaatgaaatatccttgctgtttggtagagaggtgaaggcactgatgattgactggtttctatggagcttttgct 39525377  T
Q  204 gaaacttgttttcgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttattatttt------cattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtat 297  Q
    |||||||||||| |||||  | ||||||||||| ||||||||||  |||||| |||      || | ||||   |||||||||| ||| |||||||||||    
T  39525378 gaaacttgttttagggtagttggggtttgattccccaatataaactttattactttcagtaacagtaacgttgctatctgatccacaactgatgaagtat 39525477  T
Q  298 gtgtcttggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaactgccgttggagaga 397  Q
     ||||||| | |||||||||||| ||||| || | |||||||| |||||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||| |    ||||    
T  39525478 atgtcttgttcatcgtatccgagcgaggggaagtataatgatgagaattgaataagaaaagcaagtaagatgatagagtgttgaattgccat---ggaga 39525574  T
Q  398 gagttgataattgtgtttgtttaaatgattttttaagctatgatgat 444  Q
    ||||||| |||| |||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  39525575 gagttgaaaattatgtttgttt-gatgattttttaagctatgatgat 39525620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 156; E-Value: 1e-82
Query Start/End: Original strand, 19 - 466
Target Start/End: Original strand, 39580870 - 39581334
Alignment:
Q  19 gaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggtatggtagaaaattcat 118  Q
    ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||  ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||    ||||| |    
T  39580870 gaaacgttgaattttgcagtggaaagattagttggtaaagagaatagaaagaaatggaaacgtaccatgtaagtgttgtttggtacggttttgaattcgt 39580969  T
Q  119 aggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaa---------gacactggtgat---tgacttgttactttggagctttttctgaa 206  Q
    || |||| | |||| |||||||  |||||||||||||||||||||||         || | || ||||   ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  39580970 agaaagatttggaagggaatataattgctgtttggtagagaggtgaaagtggtgttgatagtgatgatgattgacttgttactttggagcttttgctgaa 39581069  T
Q  207 acttgttttcgggtaagtagggtttgattcaccaatataaaggttattattttcattcacgtcaatatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtcttgg 306  Q
    |  ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||| | || |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  39581070 aactgttttcggataagtagggtttgattcaccaatataaacgttgttactttcagtaacatcaaaatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtgttgg 39581169  T
Q  307 tgatcgtat---ccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatgatagtgtgttgaactgccgttggagagagagttg 403  Q
     |||  |||   ||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||  |||| || |||||  ||||||| |||| | || ||||||||||    
T  39581170 ggattatataatccgagcgaggaaaattgtaatgatgagaattgaagaagaaaagttagtagaacgatagactgttgaattgccatggg-gagagagttg 39581268  T
Q  404 ataattgtgtttgtttaaatgatttt---ttaagctatgatgattgaaattcttaaaagttagtag 466  Q
    |||||||||||||||| |||||||||   ||||||| |||||| ||  |||| || ||||||||||    
T  39581269 ataattgtgtttgtttgaatgatttttttttaagctgtgatgactgctattcatagaagttagtag 39581334  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 4 - 222
Target Start/End: Original strand, 39511435 - 39511653
Alignment:
Q  4 atgaaaccagggactgaaacattgaattttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggta 103  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| |||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||| |    
T  39511435 atgaaaccaggaactgaaacagtgaattttgcagtggaaagtttagttggtgtagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatataggtgttgtttggga 39511534  T
Q  104 tggtagaaaattcataggaagactcggaatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagctttttct 203  Q
    ||||    ||||| ||  |||| |||||| |||| |||||||| ||||||||||||| |||||  |||| ||||||| ||||| || |||||||||| ||    
T  39511535 tggttttgaattcgtaccaagattcggaacggaaaatccttgcagtttggtagagagatgaaggaactgatgattgatttgtttctatggagcttttgct 39511634  T
Q  204 gaaacttgttttcgggtaa 222  Q
    |||||||||| | ||||||    
T  39511635 gaaacttgttatagggtaa 39511653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 412 - 463
Target Start/End: Original strand, 39571561 - 39571612
Alignment:
Q  412 gtttgtttaaatgattttttaagctatgatgattgaaattcttaaaagttag 463  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39571561 gtttgtttaaatgattttttaagctatgatgattgaaattcttaaaagttag 39571612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 271 - 433
Target Start/End: Original strand, 39581848 - 39582005
Alignment:
Q  271 atatctgatccgcaattgatgaagtatgtgtcttggtgatcgtatccgagtgagggaaattgtaatgatgcgaattgaagaagaaaagcaagtaaaatga 370  Q
    |||||| |||| ||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||| |||||||  || |||||||||| |||||||||    |||   | ||||||||    
T  39581848 atatcttatccacaactgatgaagtatatgtcttggtcatcgtatccaagtgaggcgaactgtaatgatgagaattgaag----aaaattactaaaatga 39581943  T
Q  371 tagtgtgttgaactgccgttggagagagagttgataattgtgtttgtttaaatgattttttaa 433  Q
    ||  |||||||| ||||||||| |||||| || | |||||||||||||| |||||| ||||||    
T  39581944 tacagtgttgaattgccgttggggagagaattca-aattgtgtttgtttgaatgatcttttaa 39582005  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 64; Significance: 9e-28; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 64; E-Value: 9e-28
Query Start/End: Original strand, 31 - 213
Target Start/End: Complemental strand, 3331579 - 3331399
Alignment:
Q  31 tttgcagaggaaaggttagttggtgaagagaatgaaaagaaacggaaacgtaccatgtaggtgttgtttggtatggtagaaaattcataggaagactcgg 130  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||  |||  |||   ||  |||| || |    
T  3331579 tttgcagtggaaaggttaattggtgaagagaatgaaaggaaatggaaacgtaccatgtaggtgttgtttgggataatagtgaat--ctaccaagattcag 3331482  T
Q  131 aatggaatatccttgctgtttggtagagaggtgaagacactggtgattgacttgttactttggagctttttctgaaacttgtt 213  Q
    ||||||| || |||||| ||||||| ||||||||||  |||| | ||||| ||||| ||  ||||||||| ||||||||||||    
T  3331481 aatggaaaattcttgctctttggtaaagaggtgaaggaactgattattgatttgtttctacggagcttttgctgaaacttgtt 3331399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University