View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8521A_low_20 (Length: 456)

Name: NF8521A_low_20
Description: NF8521A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8521A_low_20
NF8521A_low_20
[»] chr8 (13 HSPs)
chr8 (12-436)||(32633147-32633571)
chr8 (12-436)||(6310267-6310688)
chr8 (12-433)||(5549675-5550093)
chr8 (12-430)||(5607836-5608251)
chr8 (12-430)||(5627119-5627534)
chr8 (12-433)||(14404603-14405021)
chr8 (12-436)||(5571255-5571676)
chr8 (15-434)||(13164766-13165182)
chr8 (12-295)||(12177099-12177382)
chr8 (12-295)||(12421527-12421810)
chr8 (12-274)||(12188420-12188682)
chr8 (12-274)||(12432848-12433110)
chr8 (18-119)||(9394271-9394372)
[»] scaffold0363 (1 HSPs)
scaffold0363 (12-433)||(13832-14250)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (12-285)||(19492820-19493093)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 385; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 385; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 32633571 - 32633147
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633571 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 32633472  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  32633471 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 32633372  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||        ||||||    
T  32633371 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgccccccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaattttttttattaaa 32633272  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||    
T  32633271 gactgaatggtgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggtaatgtctt 32633172  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcctaac 436  Q
    |||||||||||||||||||||||||    
T  32633171 caatcaagtcagattcagtcctaac 32633147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 225; E-Value: 1e-124
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Original strand, 6310267 - 6310688
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| ||  |||||||||||||||||||| ||||    
T  6310267 acatcatctattacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcattgatggtattaatttggaagtatcaatatcaagatcttccctgagta 6310366  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||| |||||||||||||||||| || ||||||| ||||| || |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| || ||||||||    
T  6310367 acttggaaagaagtttgttgcatgtgtaattgatcccatgtctctttgatacttctgttaccttttctaagaagcaactgccttcatatttaaaagagac 6310466  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||  ||||         ||||||    
T  6310467 cctttgaaacatagcagcagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttagatca---gattttattaaa 6310563  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||||| | | |||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||  ||||| |||||||  |||||| |||| | ||||||||    
T  6310564 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtatgaaattacatggaagatcatttgtatactgttgatttaattttcctaatacagctctagtaatggctt 6310663  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcctaac 436  Q
    ||||||  |||||||||||||||||    
T  6310664 caatcatttcagattcagtcctaac 6310688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 197; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 12 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 5550093 - 5549675
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5550093 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5549994  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| | ||||||||||||||||| || ||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5549993 acttagaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccacgactttttgatacttctgtaaccttttcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5549894  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||        ||||||    
T  5549893 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttaccaatgcctcccataccccaaactccaatgatttgaacttctgttgaatcaa---attttattaaa 5549797  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||||| | ||||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| |||||| ||| || |||| ||     
T  5549796 gattgaatgctccgatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttaatacagctccggtaatgtctc 5549697  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcct 433  Q
    |||| || || |||||||||||    
T  5549696 caattaattcggattcagtcct 5549675  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 430
Target Start/End: Original strand, 5607836 - 5608251
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5607836 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5607935  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5607936 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5608035  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5608036 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5608132  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| |||| |||    
T  5608133 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5608232  T
Q  412 caatcaagtcagattcagt 430  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5608233 caattaagttggattcagt 5608251  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 5627534 - 5627119
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||||||| ||||| ||||| ||  |||||||||||||||||  ||||||    
T  5627534 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatggatgatattagtttgggagtgtcaatatcaagatcttcttttagta 5627435  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    ||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||| |||||||||||||||||||| || || |||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  5627434 acttacaaagaagtttgttgcatgtgtaattgattccatgactttttgatacttctgtcaccttctcaaagaagcaactgccatcatatttgaaagagac 5627335  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||        ||||||    
T  5627334 cctttgaaacatagcagtggcaagggttgtcttacctatgcctcccataccccaaagtccaatgatttgaacttctgttgagtcaa---attttattaaa 5627238  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||| | | | ||||||||||||  ||||||||||||| ||||| ||| |||||   |  ||||| |||||||| | |||| |||||| |||| |||    
T  5627237 gattgaacgctccaatagttttcatcaggtatgaaattacaagtaagatcaattgtgctttgttgatttaattttcttattacagctctggtaatgtctt 5627138  T
Q  412 caatcaagtcagattcagt 430  Q
    |||| ||||  ||||||||    
T  5627137 caattaagttggattcagt 5627119  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 433
Target Start/End: Complemental strand, 14405021 - 14404603
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  14405021 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 14404922  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  14404921 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14404822  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14404821 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14404725  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||    
T  14404724 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14404625  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcct 433  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14404624 caattaagtcagattcagtcct 14404603  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 12 - 436
Target Start/End: Complemental strand, 5571676 - 5571255
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||  || ||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||| ||  ||||||  ||||||||||| |||||    
T  5571676 acatcatctaatacaatgaaagatttcatatgtctgagtcttctcttgatcatggctgggattactttgggagtgtcaatacgaagatcttcccctagta 5571577  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||| |||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||||||||||| |||||||||| ||||||||||     
T  5571576 acttggaaagaagtttgttgcacgtgtaattgattccatgcttttttgaaacttctgtcaccctttctaagaagcaattgccttcatatttgaaagagaa 5571477  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |||||||||||| |||||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||        ||||||    
T  5571476 cctttgaaacatagcagcagcaagagttgtcttaccagtgcctcccattccccaaagtccaatgatttgaactgttgttgaatcaa---attttattaaa 5571380  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    ||  ||| |   | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| |||| | |||||| |||||||||||| |  |||| | |||||| |||| |||    
T  5571379 gatcgaacggcccaatagttttcatcaagtatcaaattacatgtaagttcatctctgtactggtgattcaatttccctaataaagctctggtaatgtctt 5571280  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcctaac 436  Q
    |||||| || |||||||||||||||    
T  5571279 caatcatgttagattcagtcctaac 5571255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 15 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 13165182 - 13164766
Alignment:
Q  15 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaact 114  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||  ||    ||||||||| ||||||| ||||||||    
T  13165182 tcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcctgatcatggatggtattactttgagagtggtaatatcaaggtcttcccctagtaact 13165083  T
Q  115 tagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagaccct 214  Q
    | |||||||||||||||||| ||  ||||||||||||| ||| ||||  |||||||||||||||||||||||||  ||||||||| |   ||||||| ||    
T  13165082 tggaaagaagtttgttgcatgtgtcattgattccatgcttttctgattgttctgtcacattttctaagaagcaatggccttcatagtgagaagagactct 13164983  T
Q  215 ttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaagac 314  Q
    ||||||||  |||||||||||||||||||| ||| |||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||        ||||||||     
T  13164982 ttgaaacatggcagcagcaagggttgtcttgcctgtgccccccattccccaaactccaatgatttgaacttctgatgaatcaa---tttttattaaagat 13164886  T
Q  315 tgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggcttcaa 414  Q
    | |||| | |  || |||||||||||||||||| || | ||||| ||| ||| ||||  |||||| |||||||  ||||||||||||  |||| ||||||    
T  13164885 ttaatgctccagtaattttcatcgagtatgaaactatatgtaagttcaattgcgtaccggtgatttaattttcctaatacaactctgataatgtcttcaa 13164786  T
Q  415 tcaagtcagattcagtccta 434  Q
    ||||||||||||||||||||    
T  13164785 tcaagtcagattcagtccta 13164766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 295
Target Start/End: Original strand, 12177099 - 12177382
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12177099 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12177198  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12177199 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12177298  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 295  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12177299 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12177382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 12 - 295
Target Start/End: Original strand, 12421527 - 12421810
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12421527 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12421626  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||| ||||||||| ||||||||| || |||| ||    
T  12421627 acttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaggaagcaactaccttcatacatggaagatac 12421726  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatc 295  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||  ||  ||||||| |||||||    
T  12421727 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaatagttctaacttctcttgaatc 12421810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Original strand, 12188420 - 12188682
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12188420 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12188519  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12188520 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12188619  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaat 274  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12188620 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12188682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 12 - 274
Target Start/End: Original strand, 12432848 - 12433110
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||| | ||| |||| ||||||||| | ||  ||||||| ||||||||||| |||||    
T  12432848 acatcatctagtacaatgaaagctttcatgcgtttgagtcttttcataaccatagatgatattactttaggagtctcaatatgaagatcttcccctagta 12432947  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
     ||||||||||||| ||||| || || || |||  ||||| || |||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||  || |||| ||    
T  12432948 gcttagaaagaagtctgttgtatgtgtaactgagcccatgtctctttgattcttctgtgacattttctaagaagcaactaccttcatatctggaagatac 12433047  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaat 274  Q
    | | ||||| |  |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||    
T  12433048 cttctgaaatatggcagcagcaagggttgtctttcctatgcctcccatgccccaaattccaat 12433110  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 18 - 119
Target Start/End: Original strand, 9394271 - 9394372
Alignment:
Q  18 tctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagtaacttag 117  Q
    |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  ||| | ||| |||| ||||||||||| ||  |||||| |||||||||||  || ||||||||    
T  9394271 tctagtacaatgaaagctttcatgtgtttgagtctttacataaccatagatgatattactttgggagtgtcaataccaagatcttccgctattaacttag 9394370  T
Q  118 aa 119  Q
    ||    
T  9394371 aa 9394372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0363 (Bit Score: 193; Significance: 1e-105; HSPs: 1)
Name: scaffold0363
Description:

Target: scaffold0363; HSP #1
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 12 - 433
Target Start/End: Original strand, 13832 - 14250
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  ||||||| |||||||||| ||||| |   |||||||||||||||||||||||||    
T  13832 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcttttgagtcttcttctgatcatagatggtattagtttgggactgtcaatatcaagatcttcccttagta 13931  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |||| |||||||||||||||||   | ||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| ||||||||||     
T  13932 acttggaaagaagtttgttgcacgcgtaattgattccatgccttttcgatacttctgtcaccttttcaaacaagcagctgccttcatatttgaaagagaa 14031  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaacttctattgaatcaannnnnnnnattaaa 311  Q
    ||||||||||| |  || ||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| |  ||||||||        |||||     
T  14032 cctttgaaacagaatagaagcaagggttgtcttacctgtgcctcccataccccaaattccaatgatttgaacttgtgctgaatcaa---attttattaat 14128  T
Q  312 gactgaatgttgcgatagttttcatcgagtatgaaattacacgtaagctcatttgtgtacttgtgattcaattttctcaatacaactctggaaatggctt 411  Q
    || |||||| | | |||||||||||| ||||| |||||||| ||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||  ||||||||||||| |||| |||    
T  14129 gattgaatgctccaatagttttcatcaagtataaaattacatgtaagatcatttgtgcattgctgatttaattttcctaatacaactctggtaatgtctt 14228  T
Q  412 caatcaagtcagattcagtcct 433  Q
    |||| |||||||||||||||||    
T  14229 caattaagtcagattcagtcct 14250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 70; Significance: 2e-31; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 70; E-Value: 2e-31
Query Start/End: Original strand, 12 - 285
Target Start/End: Original strand, 19492820 - 19493093
Alignment:
Q  12 acatcatctagtacaatgaaagatttcatgcgtttgagtcttctcatgatcatggatggtattactttggcagattcaatatcaagatcttcccttagta 111  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||| | |||||||||||| |||| ||||||||  |||||| | |  |  || |||| || ||||||||  ||||    
T  19492820 acatcatctagtacaatgaaagctttcattcctttgagtcttctaatgaccatggatgacattactataggcgtgtcgatattaacatcttccccgagta 19492919  T
Q  112 acttagaaagaagtttgttgcatatgaaattgattccatgcctttttgatacttctgtcacattttctaagaagcaactgccttcatacttgaaagagac 211  Q
    |  | |||| |||||| ||  |  ||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||| ||||||||||||||  | |||| ||| ||| ||||||     
T  19492920 atgtggaaacaagttttttataagtgaaattgattccattcctttttgattcttctgccaccttttctaagaagcaggtaccttgatatttgcaagagaa 19493019  T
Q  212 cctttgaaacaaagcagcagcaagggttgtcttacctatgcctcccatgccccaaagtccaatgatttgaactt 285  Q
      ||||||||| ||||||| ||| || ||||||||||||||||      ||||||| |||||||||||||||||    
T  19493020 attttgaaacatagcagcaacaatggctgtcttacctatgccttttgcaccccaaattccaatgatttgaactt 19493093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University