View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8524_low_5 (Length: 631)

Name: NF8524_low_5
Description: NF8524
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8524_low_5
NF8524_low_5
[»] chr7 (7 HSPs)
chr7 (178-608)||(35629099-35629530)
chr7 (209-599)||(35635528-35635918)
chr7 (1-133)||(35629575-35629709)
chr7 (24-133)||(35635993-35636102)
chr7 (1-133)||(35632731-35632863)
chr7 (393-535)||(35632337-35632479)
chr7 (393-469)||(35634252-35634328)
[»] chr3 (7 HSPs)
chr3 (1-122)||(10299136-10299257)
chr3 (1-122)||(10319568-10319689)
chr3 (221-540)||(10299366-10299685)
chr3 (221-540)||(10319798-10320117)
chr3 (221-540)||(10336914-10337233)
chr3 (1-122)||(10336684-10336805)
chr3 (24-122)||(10338459-10338557)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 364; Significance: 0; HSPs: 7)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 364; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 178 - 608
Target Start/End: Complemental strand, 35629530 - 35629099
Alignment:
Q  178 ataaaatgaaaataagtatttgtgnnnnnnngcatcaaagacgaatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttat--gctttggtg 275  Q
    ||||||||||||||||||||||||       ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||    
T  35629530 ataaaatgaaaataagtatttgtgtttttt-gcatcaaagacgaatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttatatgctttggtg 35629432  T
Q  276 gattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgagtactgttctagtggaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaataacatgatgcatgctaatctg 375  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  35629431 gattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgagtactgttctagcgaaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaatagcatgatgcatgctaatctg 35629332  T
Q  376 ggacgtggcaatgggaacaggaggtcttttcatgatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatt 475  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  35629331 ggacgtggcgatgggaacaggaggtcttttcatgatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcgtttctgaggatgcccgtacataatt 35629232  T
Q  476 tgtcctacaaaagctcatctgacagacctacaccatctgcttttgcacggtctggattaaccactcattggctgcagaggctgaagaagactattaaaga 575  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35629231 tgtcctacaaaagctcatctgacagacctacaccatctgcttttgcacggtctggattaaccactcattggctgcagaggctgaagaagactattaaaga 35629132  T
Q  576 ctggtttaaaggaagttcatcgcatgcatctgg 608  Q
    | |||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  35629131 ccggtttaaaggaagttcatcgaatgcatctgg 35629099  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 251; E-Value: 1e-139
Query Start/End: Original strand, 209 - 599
Target Start/End: Complemental strand, 35635918 - 35635528
Alignment:
Q  209 gcatcaaagacgaatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttatgctttggtggattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgag 308  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||  |||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  35635918 gcatcaaagacgaatttgagtcattactgttatgtttgctggcttttgatttagttatgctatggtgattttttcagggaattgcaaaaaggcttgtgag 35635819  T
Q  309 tactgttctagtggaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaataacatgatgcatgctaatctgggacgtggcaatgggaacaggaggtcttttcat 408  Q
    |||||||||||   |||||||||||||| |||||  ||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||    
T  35635818 tactgttctagcacaagcggctgctaataggaattctacctataataccatgaagaatgctaatctgggacgtggcgatgggaacaggaggtattttcat 35635719  T
Q  409 gatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatttgtcctacaaaagctcatctgacagacctacac 508  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  35635718 gatgatataagtgtgattgttgtgttcttggacaaaaagtcgattctgaggatgcccctacataatttgtcctacaaaagctcatctgccagacctacaa 35635619  T
Q  509 catctgcttttgcacggtctggattaaccactcattggctgcagaggctgaagaagactattaaagactggtttaaaggaagttcatcgca 599  Q
    |||| |||||||||  ||||||||||||||  ||| |||||||||||||| |||||||||||||| || ||||| ||| ||||||||||||    
T  35635618 catcagcttttgcagagtctggattaaccatgcatgggctgcagaggctgcagaagactattaaaaaccggtttcaagcaagttcatcgca 35635528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 120; E-Value: 4e-61
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35629709 - 35629575
Alignment:
Q  1 tagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 100  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35629709 tagagttttaacatatagtgacaagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 35629610  T
Q  101 ccaagaaatgtaagtat--atatcgatttctatga 133  Q
    |||||||||||||||||  ||||||||||||||||    
T  35629609 ccaagaaatgtaagtatatatatcgatttctatga 35629575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 4e-43
Query Start/End: Original strand, 24 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35636102 - 35635993
Alignment:
Q  24 agtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatcg 123  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| || || |||||||    
T  35636102 agtttctgatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaattcaagaaatatatgtgtatatcg 35636003  T
Q  124 atttctatga 133  Q
    ||||||||||    
T  35636002 atttctatga 35635993  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 1 - 133
Target Start/End: Complemental strand, 35632863 - 35632731
Alignment:
Q  1 tagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 100  Q
    ||||||||||||| | | |||  |||||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||    
T  35632863 tagagttttaacagagaatgataagtttcttatatttgcgtctgttggactttgggagttcttgtcaaatgagcaagcagctgaaattgttcaaaagaat 35632764  T
Q  101 ccaagaaatgtaagtatatatcgatttctatga 133  Q
    |||||||||||| ||||||||| || |||||||    
T  35632763 ccaagaaatgtatgtatatatccatatctatga 35632731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 63; E-Value: 5e-27
Query Start/End: Original strand, 393 - 535
Target Start/End: Complemental strand, 35632479 - 35632337
Alignment:
Q  393 caggaggtcttttcatgatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatttgtcctacaaaagctca 492  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| | ||||| ||  |||||||||  || | |||||||||||||||||| | |||||    
T  35632479 caggaggtcttttcatgatgatataagtgtcattgttttgttcttggccaaaaagttgtttctgaggcggcgcgtacataatttgtcctacatatgctca 35632380  T
Q  493 tctgacagacctacaccatctgcttttgcacggtctggattaa 535  Q
    | |||||  |||   ||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35632379 tttgacacgcctctgccatctgattttgcacggtctggattaa 35632337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 393 - 469
Target Start/End: Complemental strand, 35634328 - 35634252
Alignment:
Q  393 caggaggtcttttcatgatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatac 469  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||||| || |||||    
T  35634328 caggaggtcttttcgtgatgatataagtgtgattgttgtgttctttgacaaaaattcgtttctgaggaggcgcatac 35634252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 74; Significance: 1e-33; HSPs: 7)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 10299136 - 10299257
Alignment:
Q  1 tagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||| |||    
T  10299136 tagagttttaacagataatgataagtttattatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcaaaagaat 10299235  T
Q  101 ccaagaaatgtaagtatatatc 122  Q
    || ||||||||| |||||||||    
T  10299236 cctagaaatgtatgtatatatc 10299257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 74; E-Value: 1e-33
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 10319568 - 10319689
Alignment:
Q  1 tagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||||||| |||    
T  10319568 tagagttttaacagataatgatcagtttattatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcaaaagaat 10319667  T
Q  101 ccaagaaatgtaagtatatatc 122  Q
    || ||||||||| |||||||||    
T  10319668 cctagaaatgtatgtatatatc 10319689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 221 - 540
Target Start/End: Original strand, 10299366 - 10299685
Alignment:
Q  221 aatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttatgctttggtggattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgagtactgttctagt 320  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| | |||||     
T  10299366 aatttgagtctttacagttatatttgcaggcttttaatttaattattctgtggtggattttgcagggaattgcaaaaaggcttctgagtaccgctctagc 10299465  T
Q  321 ggaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaataacatgatgcatgctaatctgggacgtggcaatgggaacaggaggtcttttcatgatgatataagt 420  Q
    || ||| |||   |   |||| ||||||| ||  || ||   |   |||  |  ||||||   ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10299466 ggtagctgctaaaagaaggaaggttacctataggaagattcaggccgctgctacgggacgcaacaatgtgagccggaggtcttttcatgatgatataagt 10299565  T
Q  421 gtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatttgtcctacaaaagctcatctgacagacctacaccatctgcttttg 520  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||  |||  ||| |||||||||||||| | ||||||||||||  |||  || ||| | |||||    
T  10299566 gtgattgtggtgttcttggacaaaacgtcgtttccgaggcagcctgtacttaatttgtcctacacaggctcatctgacatgcctgtacaatcagattttg 10299665  T
Q  521 cacggtctggattaaccact 540  Q
    |||  | |||||||||||||    
T  10299666 cacaatttggattaaccact 10299685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 221 - 540
Target Start/End: Original strand, 10319798 - 10320117
Alignment:
Q  221 aatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttatgctttggtggattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgagtactgttctagt 320  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||     
T  10319798 aatttgagtctttacagttatatttgcaggcttttaatttaattattctgtggtggattttgcagggaattgcgaaaaggcttctgagtaccgctctagc 10319897  T
Q  321 ggaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaataacatgatgcatgctaatctgggacgtggcaatgggaacaggaggtcttttcatgatgatataagt 420  Q
    || ||| |||   |   |||| ||||||| ||  || ||   |   |||  |  ||||||   ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10319898 ggtagctgctaaaagaaggaaggttacctataggaagattcaggccgctgctacgggacgcaacaatgtgagccggaggtcttttcatgatgatataagt 10319997  T
Q  421 gtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatttgtcctacaaaagctcatctgacagacctacaccatctgcttttg 520  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||  |||  ||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||  || ||| | |||||    
T  10319998 gtgattgtggtgttcttggacaaaacgtcgtttccgaggcagcctgtacttaatttgtcctacacaggctcatctgacaggcctgtacaatcagattttg 10320097  T
Q  521 cacggtctggattaaccact 540  Q
    |||  | |||||||||||||    
T  10320098 cacaatttggattaaccact 10320117  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 72; E-Value: 2e-32
Query Start/End: Original strand, 221 - 540
Target Start/End: Original strand, 10336914 - 10337233
Alignment:
Q  221 aatttgagtcattaccgttatgtttgctggcttttgatttagttatgctttggtggattttgcagggaattgcaaaaaggcttgtgagtactgttctagt 320  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||| ||||||| ||||| |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||| | |||||     
T  10336914 aatttgagtctttacagttatatttgcaggcttttaatttaattattctgtggtggattttgcagggaattgcgaaaaggcttctgagtaccgctctagc 10337013  T
Q  321 ggaagcggctgctaatgggaatgttacctgtaataacatgatgcatgctaatctgggacgtggcaatgggaacaggaggtcttttcatgatgatataagt 420  Q
    || ||| |||   |   |||| ||||||| ||  || ||   |   |||  |  ||||||   ||||| || | ||||||||||||||||||||||||||    
T  10337014 ggtagctgctaaaagaaggaaggttacctataggaagattcaggccgctgctacgggacgcaacaatgtgagccggaggtcttttcatgatgatataagt 10337113  T
Q  421 gtgattgttgtgttctttgacaaaacgtcttttctgaggatgcccatacataatttgtcctacaaaagctcatctgacagacctacaccatctgcttttg 520  Q
    |||||||| |||||||| ||||||||||| |||| ||||  |||  ||| |||||||||||||| | ||||||||||||| |||  || ||| | |||||    
T  10337114 gtgattgtggtgttcttggacaaaacgtcgtttccgaggcagcctgtacttaatttgtcctacacaggctcatctgacaggcctgtacaatcagattttg 10337213  T
Q  521 cacggtctggattaaccact 540  Q
    |||  | |||||||||||||    
T  10337214 cacaatttggattaaccact 10337233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 1 - 122
Target Start/End: Original strand, 10336684 - 10336805
Alignment:
Q  1 tagagttttaacatatagtgacgagtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaat 100  Q
    ||||||||||||| ||| |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| | ||||||||||| ||| |||    
T  10336684 tagagttttaacagataatgatcagtttattatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaataaaaaagctgctgaaattgttcgaaagaat 10336783  T
Q  101 ccaagaaatgtaagtatatatc 122  Q
    || ||||||||| |||||||||    
T  10336784 cctagaaatgtatgtatatatc 10336805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 24 - 122
Target Start/End: Original strand, 10338459 - 10338557
Alignment:
Q  24 agtttcttatatttgcttctgatggactttgggatttcttgtcaaatgaacaagcagttgaaattgttcaaaacaatccaagaaatgtaagtatatatc 122  Q
    |||||| ||||||||| |||| |||||||||||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  10338459 agtttcatatatttgcctctgttggactttgggagttcttgtcaaatgagctagcagttgaaattgttcaaaagaatccaagaaatgtatgtatatatc 10338557  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University