View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8534_low_1 (Length: 696)

Name: NF8534_low_1
Description: NF8534
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8534_low_1
NF8534_low_1
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (9-685)||(14539088-14539764)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 629; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 629; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 9 - 685
Target Start/End: Original strand, 14539088 - 14539764
Alignment:
Q  9 tggtggtggtcctggtgcactgcttctcagagctggtgttatccatagaagctattgaagttgaagtgaaaccagtcataccaaattccctatcgtacgt 108  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539088 tggtggtggtcctggtgcactgcttctcagagctggtgttatccatagaagctattgaagttgaagtgaaaccagtcataccaaattccctatcgtacgt 14539187  T
Q  109 atcaagtgtcacttgttggctctgcctcccaaaggttgcactgccactcatactttggtccctaccgctccccgccacgtgtgccaccctcccatgcttt 208  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  14539188 atcaagtgtcacttgctggctctgcctcccaaaggttgcactgccactcatactttggtccctaccgctccccgccacgtgtgccaccctcccacgcttt 14539287  T
Q  209 gccgctgacgcagcaaggatacctccttcgtcctgcgttgcggccacgacagcactgcaggaacccacaggtgtatggccgccaaccatgcatgatccaa 308  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539288 gccgctgacgcagcaaggatacctccttcgtcttgcgttgcggccacgacagcactgcaggatcccacgggtgtatggccgccaaccatgcatgatccaa 14539387  T
Q  309 tccctgatctagggactggatccattgcatgggttctctgctccttagtagtattggagcacggaaccaacgcgtccacagccatgccgttggaggcggc 408  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  14539388 tccctgatctagggactggatccattgcatgggttctctgctccttagtagtattggagcagggaaccaacgcatccacagccatgccgttggaggcggc 14539487  T
Q  409 tgtggcagctgcgatggctgcagcacgttgtgggtcaagccatgggactaacatgtttccataaacaccaccacccgcgagaaagggtgattttccgcgg 508  Q
    |||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  14539488 tgtggcggctgcgatggctgccgctcgttgtgggtcaagccatgggactaacatgtttccataaacaccaccaccggcgagaaagggtgattttccgcgg 14539587  T
Q  509 tgcggaaagcttgtggcttggttcactatagactccaaggtaccactaccacgaggcttttcccatgtttccttcgaaggtgttgtacctgcggttgatg 608  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  14539588 tgcggaaagcttgtggcttggttcactatagactccaaggtaccactaccacgaggcttttcccatgtttccttggaaggtgttgtacctgcggttgatg 14539687  T
Q  609 gatgtttatgcggcactttcggtaaccctaagccatgcatagaaatctgtccattttcccatgtcaattctgcaaca 685  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  14539688 gatgtttatgcggcactttcggtaaccctaagccatgcatagaaatctgtccattttcccatgtcaattctgcaaca 14539764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University