View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8537_low_20 (Length: 242)

Name: NF8537_low_20
Description: NF8537
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8537_low_20
NF8537_low_20
[»] chr7 (13 HSPs)
chr7 (1-227)||(25832198-25832424)
chr7 (31-197)||(29478020-29478186)
chr7 (54-227)||(20130168-20130341)
chr7 (31-147)||(6898272-6898387)
chr7 (28-147)||(23616297-23616416)
chr7 (165-227)||(23616239-23616301)
chr7 (31-78)||(4579572-4579620)
chr7 (27-63)||(4930293-4930329)
chr7 (180-224)||(6898239-6898283)
chr7 (31-78)||(23246916-23246964)
chr7 (31-99)||(25832598-25832666)
chr7 (31-78)||(26287128-26287176)
chr7 (31-78)||(26341263-26341311)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (31-227)||(44957272-44957468)
chr2 (31-224)||(14104654-14104847)
chr2 (31-228)||(13060202-13060400)
chr2 (126-190)||(41558893-41558957)
[»] chr4 (13 HSPs)
chr4 (31-220)||(20513170-20513359)
chr4 (31-227)||(15020302-15020497)
chr4 (38-227)||(33722757-33722944)
chr4 (31-204)||(55081561-55081734)
chr4 (35-216)||(16595786-16595961)
chr4 (31-159)||(40684735-40684862)
chr4 (134-213)||(2574371-2574450)
chr4 (69-146)||(2575172-2575249)
chr4 (112-161)||(9931467-9931516)
chr4 (173-220)||(2575142-2575189)
chr4 (31-78)||(5271402-5271450)
chr4 (31-78)||(19102041-19102089)
chr4 (31-78)||(31765950-31765998)
[»] chr6 (9 HSPs)
chr6 (31-227)||(14775648-14775843)
chr6 (31-227)||(35129692-35129888)
chr6 (31-227)||(32814898-32815094)
chr6 (81-200)||(5495915-5496034)
chr6 (143-227)||(29610764-29610848)
chr6 (32-141)||(14041755-14041863)
chr6 (31-222)||(32551359-32551550)
chr6 (181-226)||(14041865-14041910)
chr6 (165-226)||(32551333-32551394)
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (31-227)||(23193058-23193254)
chr1 (31-224)||(27761678-27761870)
chr1 (31-227)||(25661658-25661854)
chr1 (34-227)||(36724775-36724968)
chr1 (31-227)||(31064020-31064215)
chr1 (31-227)||(12906218-12906413)
chr1 (31-227)||(33380754-33380952)
chr1 (31-224)||(28857901-28858094)
chr1 (31-227)||(32987304-32987501)
chr1 (31-227)||(2493655-2493849)
chr1 (31-200)||(24159661-24159830)
chr1 (165-224)||(24159659-24159718)
chr1 (123-220)||(25654533-25654630)
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (37-227)||(1286101-1286291)
chr5 (31-224)||(18265343-18265536)
chr5 (170-227)||(25184712-25184769)
chr5 (31-78)||(12041915-12041963)
chr5 (168-220)||(25215085-25215137)
chr5 (168-220)||(25279236-25279288)
[»] chr3 (9 HSPs)
chr3 (31-227)||(48435664-48435859)
chr3 (33-222)||(16983060-16983246)
chr3 (81-227)||(48432136-48432282)
chr3 (31-198)||(12156345-12156512)
chr3 (55-227)||(28243357-28243527)
chr3 (169-227)||(4662367-4662425)
chr3 (31-87)||(48432472-48432528)
chr3 (112-173)||(29067921-29067982)
chr3 (31-78)||(55431377-55431425)
[»] chr8 (12 HSPs)
chr8 (31-224)||(2470038-2470231)
chr8 (31-220)||(19954336-19954525)
chr8 (69-227)||(30778969-30779127)
chr8 (31-224)||(19949882-19950075)
chr8 (31-227)||(7145879-7146075)
chr8 (31-200)||(27236199-27236370)
chr8 (31-147)||(28237856-28237970)
chr8 (137-224)||(4544131-4544218)
chr8 (31-226)||(34517304-34517498)
chr8 (31-92)||(4544221-4544282)
chr8 (165-227)||(27236194-27236256)
chr8 (194-222)||(27236243-27236271)
[»] scaffold0018 (1 HSPs)
scaffold0018 (31-210)||(171568-171746)
[»] scaffold0057 (1 HSPs)
scaffold0057 (31-78)||(35698-35746)


Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 13)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 25832424 - 25832198
Alignment:
Q  1 aaactcgtaaaacgctcaacattgtttcatactatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactata 100  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  25832424 aaactcataaaacgctcaacattgtttcatactatcaaccacgacgcccccatgataaaacaacccacctacaactgtatcagagtcatattacactata 25832325  T
Q  101 gaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggt 200  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  25832324 gaatctgttatagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatgatactaagatcactcttatatggt 25832225  T
Q  201 actaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    |||||||||||||||||||||||||||    
T  25832224 actaagaccactctaatatggtgtttc 25832198  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 31 - 197
Target Start/End: Complemental strand, 29478186 - 29478020
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||| ||||||| || ||||||| |  ||| ||||||| |||||| ||||||||||||| | || || ||||  |||||||||| || |||||    
T  29478186 actatcaaccatgacgcccacatgataaaatagcccagctacaacagtatcatagtcatattgcaccacaggatatgttctagaaatacaccttcaaata 29478087  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatat 197  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  29478086 tggtgctaagaccactctaatatggtattgataccactctattatagtactaagatcattcttatat 29478020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 54 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 20130341 - 20130168
Alignment:
Q  54 gataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatat 153  Q
    ||||||||||  || ||||||||||||||||||| || || ||| ||| ||| |||   ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||    
T  20130341 gataaaacaactcaactacaactgtatcagagtcttactgtactgtaggatccgttcatgaaatacacttttaaatatggtgctaagaccactccgttat 20130242  T
Q  154 gatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    | ||||  |  ||||||| ||||||||  ||| ||||||  |||| ||||| || |||||||||| ||||||||    
T  20130241 ggtatttctaccactctagtatggtacatagaccactctcgtatgatactatgatcactctaatacggtgtttc 20130168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 31 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 6898387 - 6898272
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||| ||| ||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  | |||||||| ||  ||||    
T  6898387 actatcaaccacaacgtccccaggataaa-caacccagcaacaactgtatcagagtcctattgcactataggatctgttctaaaaatacaccttccaata 6898289  T
Q  131 tggtgttaagaccactc 147  Q
    || || |||||||||||    
T  6898288 tgatgctaagaccactc 6898272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 28 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 23616416 - 23616297
Alignment:
Q  28 catactatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaa 127  Q
    ||||||||||||||||||| || || ||||||||||  || |||||| ||||||||| || || |||||||||| |||  ||  |||||| ||| || ||    
T  23616416 catactatcaaccacgacgtcctcatgataaaacaactcaactacaattgtatcagaatcctactgcactataggatccattctagaaattcaccttcaa 23616317  T
Q  128 atatggtgttaagaccactc 147  Q
    |||||||| |||||||||||    
T  23616316 atatggtgctaagaccactc 23616297  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 23616301 - 23616239
Alignment:
Q  165 cactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||||||||||||||| ||| |||| | |||||||| || |||||||| |||||| ||||||    
T  23616301 cactctattatggtactgagaccactataatatggtattatgaccactcaaatatgatgtttc 23616239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 4579572 - 4579620
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  4579572 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 4579620  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 27 - 63
Target Start/End: Original strand, 4930293 - 4930329
Alignment:
Q  27 tcatactatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa 63  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||    
T  4930293 tcatactatcaaccacgccgcctccaggataaaacaa 4930329  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 6898283 - 6898239
Alignment:
Q  180 ctaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  6898283 ctaagaccactcttatatggtactaggaccagtcttatatggtgt 6898239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 23246964 - 23246916
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatc-cacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| | |||||||||||||    
T  23246964 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagctcacctacaactgt 23246916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 99
Target Start/End: Complemental strand, 25832666 - 25832598
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactat 99  Q
    |||||||| |||||||||   ||||| ||||| | ||  ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  25832666 actatcaatcacgacgcctgtaggattaaacattacagttacaactgtattagagtcatattgcactat 25832598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 26287176 - 26287128
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaac-aatccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  26287176 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaaatccagctacaactgt 26287128  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 26341263 - 26341311
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  26341263 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 26341311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 44957468 - 44957272
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||  | ||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||  |||||||||| || |||||    
T  44957468 actatcaaccacgacatctccaggataaaacagtcctgctacaactgtatcagagtcctattgcactatataatctgttctagaaatacaccttcaaata 44957369  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  44957368 tggtgctaagaccactctaatatgacattgataccactctattatggtactaacaccactcttatatggtactatgaccactctaatatggtgtttc 44957272  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Original strand, 14104654 - 14104847
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||  | | ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||  |||||||||| ||  ||||    
T  14104654 actatcaaccacgacgtccccatgataaaacagcctagctacaactgtatcagagtcctattgcactataggatatgttctagaaatacaccttccaata 14104753  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||    
T  14104754 tggttctaagaccactccaatatggtattcataccactctattatggtactaaaaccactcttatatggtactaggaccagtcttatatggtgt 14104847  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 31 - 228
Target Start/End: Complemental strand, 13060400 - 13060202
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaata-cacttttaaat 129  Q
    ||||||||| | |||| ||| | ||| ||||||  || ||||||||||||||||||| || |||| | ||| ||| |||  || |||| ||| || ||||    
T  13060400 actatcaacaatgacgtccctaagatgaaacaactcaactacaactgtatcagagtcctactgcattgtaggatccgttctagtaataacacattcaaat 13060301  T
Q  130 atggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttct 228  Q
    |||||  |||||||||| ||||||||||||  |  ||||||| |||||||| |||| | || | | ||||||    ||||||||||||||||| |||||    
T  13060300 atggtactaagaccactgcaatatgatatttttaccactctactatggtaccaagacctctataacatggtatcgtgaccactctaatatggtatttct 13060202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 126 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 41558957 - 41558893
Alignment:
Q  126 aaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcact 190  Q
    |||||||||| |||||||||| ||||||  |||  || |||||||||||||||||| ||| ||||    
T  41558957 aaatatggtgataagaccacttcaatatagtatcgatatcactctattatggtactgagaccact 41558893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 13)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 31 - 220
Target Start/End: Original strand, 20513170 - 20513359
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  ||||    
T  20513170 actatcaaccacgacgttcccaggataaaacaactcagctacaactgtatcagagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttccaata 20513269  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  20513270 tgatgttaagaccactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccagtcttatatg 20513359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 15020497 - 15020302
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||   || |||||| ||||||||||||  |||||||||||| || ||||  |||||||||| || |||||    
T  15020497 actatcaaccacgacgctcccaggataaaacagcacaactacaattgtatcagagtctcattgcactataggatatgttctagaaatacaccttcaaata 15020398  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||   |||||||||||||| || |||| ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15020397 tggtacgaagaccactccaatttggtattgataccactctattat-gtactaagaccactcttatatggtactaggaccactctaatatggtgtttc 15020302  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 38 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33722944 - 33722757
Alignment:
Q  38 accacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgtt 137  Q
    ||||||||| |||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||  |||||||  |||||||||| || ||||||  || |    
T  33722944 accacgacgtccccaggataaaacagcccagctacaactgtatcagagtcctattgcactataagatctgttctagaaatacaccttcaaatat--tgct 33722847  T
Q  138 aagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||||||||||||||| |||  ||  |||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  33722846 aagaccactccaatatggtatagataccactttattatggtactgagaccactcttatatggtattaggaccactctaatatgatgtttc 33722757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 55081734 - 55081561
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||  |||||||||| ||  ||||    
T  55081734 actatcaaccatgacgtcctcaggataaaacagctcagctacaactgtatcagagtcttattgtactataggatctgttctagaaatacaccttccaata 55081635  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtacta 204  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  55081634 tggttctaagaccactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatggtacta 55081561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 7e-30
Query Start/End: Original strand, 35 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 16595961 - 16595786
Alignment:
Q  35 tcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggt 134  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||  || ||||||       ||| || ||||||||||||  |||||||  |||||||||| ||  |||||||     
T  16595961 tcaaccacgacgtccccaggataaaacaactcagctacaaa------agaatcctattgcactataagatctgttctagaaatacaccttccaatatggc 16595868  T
Q  135 gttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaa 216  Q
     ||||||||||| ||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  16595867 tttaagaccacttcaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaagacaactctaa 16595786  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 31 - 159
Target Start/End: Complemental strand, 40684862 - 40684735
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||| ||||  | |||||||| ||||||||    
T  40684862 actatcaatcacgacgtccc-aggataaaacaactcacctacaactgtatcagagtcctattacaccatagaatttgttttataaatacacctttaaata 40684764  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatatt 159  Q
    ||||| |||||| ||||||||| ||||||    
T  40684763 tggtgctaagacaactccaatacgatatt 40684735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 134 - 213
Target Start/End: Original strand, 2574371 - 2574450
Alignment:
Q  134 tgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactc 213  Q
    |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||| ||||||||    
T  2574371 tgttaaaaccactttaatatgatattgatatcactctattatagtactaagaccacacttatatggtactatgaccactc 2574450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 69 - 146
Target Start/End: Complemental strand, 2575249 - 2575172
Alignment:
Q  69 ctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccact 146  Q
    |||||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||  | |||||||| || |||||||||  ||||||||||    
T  2575249 ctacaactatatctgagtcatattgcactatagaatatgttctaaaaatacaccttcaaatatggtactaagaccact 2575172  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 112 - 161
Target Start/End: Original strand, 9931467 - 9931516
Alignment:
Q  112 agaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaa 161  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||    
T  9931467 agaaatacactttgaaatatggtgttaagaccactccaacatggtattaa 9931516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 173 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 2575189 - 2575142
Alignment:
Q  173 tatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||||||||||    
T  2575189 tatggtactaagaccacttttatatggtactaggaccactctaatatg 2575142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 5271450 - 5271402
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  5271450 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccaactacaactgt 5271402  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 19102041 - 19102089
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  19102041 actatcaaccacgtcgcctccaggataaaacaagtccaactacaactgt 19102089  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 31765950 - 31765998
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  31765950 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 31765998  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 9)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 14775648 - 14775843
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||| ||||| |||||||||||   || |||| ||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  ||||| |||| ||||||||    
T  14775648 actatcaaccacgatgcccc-aggataaaacagctcagctaccactgtatcaaagtcctattgcactataggatctgttctagaaagacacctttaaata 14775746  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  14775747 tggtgctaaaaccactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccactctaatatggtgtttc 14775843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 35129692 - 35129888
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||  |  |||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||    
T  35129692 actatcaaccacgacatcatcaggataaaacagtccagctacaactgtatcagagtccttttgcactataggatctgttctagaaatacaccttcaaata 35129791  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| |||||||| || |||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35129792 tggtgctaagaccattctaatatggtattgataccactctattatggtactaagactattcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 35129888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 3e-50
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 32815094 - 32814898
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||  ||| |||||| ||||||| |||  ||||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||    
T  32815094 actatcaaccacgacacccccagtataaaacagcccagctacaaatgtatcaaagttctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttcaaata 32814995  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||||||  |||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32814994 tggtgctaagaccactataatatggtattgataccactctattatggtactaagaccattcttatatggtactaagactactctaatatggtgtttc 32814898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 81 - 200
Target Start/End: Original strand, 5495915 - 5496034
Alignment:
Q  81 cagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtac 180  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |  |||||||||||||||     
T  5495915 cagagtcttattgcactatagaatctgttatagaaatatacctttaaatatggtgttaagacaactccaatatggtatttctaccactctattatggtaa 5496014  T
Q  181 taagatcactcttatatggt 200  Q
    | ||| |||||| |||||||    
T  5496015 tgagaccactctaatatggt 5496034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 143 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 29610848 - 29610764
Alignment:
Q  143 cactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||| ||| ||  ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||    
T  29610848 cactctaatatgacattgataccactctattatggtactaaaatcactcttatatggtactaggaccactccaatatgatgtttc 29610764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 32 - 141
Target Start/End: Original strand, 14041755 - 14041863
Alignment:
Q  32 ctatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatat 131  Q
    |||||||||||||||| || || ||||||||   ||  ||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| || ||||||    
T  14041755 ctatcaaccacgacgctccaag-ataaaacagctcagttacaactgtatcaaagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttgaaatat 14041853  T
Q  132 ggtgttaaga 141  Q
    |||| |||||    
T  14041854 ggtgctaaga 14041863  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 31 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 32551550 - 32551359
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||| |||||| || ||||||||| ||   |||||||||||||  | || ||||| | | ||  ||| |||  | ||||| || ||||||||    
T  32551550 actatcaaccacaacgccctcatgataaaacagtctggctacaactgtatcgaactcctattgtattgtaagatccgttctaaaaatatacctttaaata 32551451  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggt 222  Q
    ||  |||||||||| | ||||||| |||| || ||||||||||| | |||  | | |||||| |||||||||| ||  || |||||||||||    
T  32551450 tgacgttaagaccatttcaatatggtattgatatcactctattacgatacatataacactctaatatggtactgaggtcattctaatatggt 32551359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 181 - 226
Target Start/End: Original strand, 14041865 - 14041910
Alignment:
Q  181 taagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgttt 226  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  14041865 taagaacattcttacatggtactaagaccactcgaatatggtgttt 14041910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 165 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 32551394 - 32551333
Alignment:
Q  165 cactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgttt 226  Q
    ||||||| ||||||||| || ||| ||| ||||||||||  ||||||||||||||| |||||    
T  32551394 cactctaatatggtactgaggtcattctaatatggtactcggaccactctaatatgatgttt 32551333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 105; Significance: 1e-52; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 23193254 - 23193058
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || |||||| ||| | |||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||    
T  23193254 actatcaaccacgacgcccccatgataaaacaactcatctacaaatgtcttagagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttcaaata 23193155  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||  || | |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  23193154 tggtgctaagaccactctaatatggtattgataccattttattatggtactaagaccattcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 23193058  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 27761870 - 27761678
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||| ||||    
T  27761870 actatcaaccacgacgtccccaggataaaacagtccagctacaattgtatcagag-catattgcactataggatctgttctagaaatacacctttcaata 27761772  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||| ||  || ||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||  |||||||| |||||||||    
T  27761771 tggtgctaagaccattccaatatggtattgataccattctattatgatactaagaccactcttatatggtactagaaccactcttatatggtgt 27761678  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 25661854 - 25661658
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||| |||||||  |||||||||||   || |||||| |||||||||||| ||||||||||||| || ||||  |||||||||| || |||||    
T  25661854 actatcaaccatgacgcccttaggataaaacagctcagctacaattgtatcagagtcctattgcactataggatatgttctagaaatacaccttcaaata 25661755  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||| | |||||||||||||||||| |||  ||  |||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  25661754 tggggctaagaccactccaatatggtatatataccactttattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccactctaatatggtgtttc 25661658  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 34 - 227
Target Start/End: Original strand, 36724775 - 36724968
Alignment:
Q  34 atcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatgg 133  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||  ||| ||| || ||||||| |||| ||||||| ||||| || ||||  |||||||||| || ||||||||    
T  36724775 atcaaccacgacgcccccaagataaaacagcccagctataattgtatcaaagtcctattgcattataggatatgttctagaaatacaccttcaaatatgg 36724874  T
Q  134 tgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    || ||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  36724875 tgctaagaccactctaatatggtattgataccactctattatggcactaagaccattcttatatggtactaagaccactttaatatggtgtttc 36724968  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 31064020 - 31064215
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||| |||||||||||  ||| | |||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||   |||||||||||  |||||    
T  31064020 actatcaaccacgacgtccc-aggataaaacagcccagcaacaactatatcagagtcttattgcactataggatctgttctggaaatacacttcaaaata 31064118  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| |||||||| || |||||   ||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  31064119 tggtgctaagaccattctaatattgcattgatagcactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccattctaatatggtgtttc 31064215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 12906218 - 12906413
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||  | |  ||||| |||||||||||| |||||||| |||| || ||||  | || ||||| || |||||    
T  12906218 actatcaaccacgacgcccc-aggataaaacagccaagttacaattgtatcagagtcctattgcacaataggatatgttctaaaagtacaccttcaaata 12906316  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||  |||| |||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  12906317 tggtgctaagaccactctaatatggtattgataccactttattatggtactaagaccattcttatatggtattaagaccactctaatatggtgtttc 12906413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 33380952 - 33380754
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||  ||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  ||||    
T  33380952 actatcaaccacgacgtccccaagataaaacagcccagctacaactgtaccagagtcatattgcactataggatctgttctagaaatacaccttccaata 33380853  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtacta--agatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||  | | |||||||||||||| ||   ||  ||||||||||||||||||  | |||| |||||||||||| | |||||||||||||||||||||||    
T  33380852 tggttcttaaaccactccaatatggtaccgataccactctattatggtactaatatatcattcttatatggtattgagaccactctaatatggtgtttc 33380754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 28858094 - 28857901
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| |   || ||| |||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |  |||||||||  ||  ||||    
T  28858094 actatcaaccacgacgtccccaggataaaatagctcagctaaaactgtatcaaagtcctattgcactataggatctgctctagaaatacatcttccaata 28857995  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    || |||||| ||||||| ||||||||||| || ||||||| |||||||| ||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||    
T  28857994 tgatgttaaaaccactctaatatgatattgatatcactctgttatggtattaagaccactcttatatgatactatgaccactcttatatggtgt 28857901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 32987304 - 32987501
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaa-at 129  Q
    |||||||| || |||||||| |||| |||||| |||| |||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||| ||  |||||||||  || || ||    
T  32987304 actatcaatcatgacgcccctaggagaaaacagtccaactacaattgtatcagagtcctattgcactatatgatctcttttagaaatacatcttcaatat 32987403  T
Q  130 atggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    |||||| ||||| |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||| ||||||||||| |||  |||||| ||||||||||||| ||||||||    
T  32987404 atggtgctaagatcactccaatatggtattgataccactctattatggtacaaagatcactctaataatgtactaggaccactctaatacggtgtttc 32987501  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 2493849 - 2493655
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||  || ||||||  ||||||   || |||||||||||||  ||||||  |||||||||| || |||||    
T  2493849 actatcaaccacggcgcccccaggataaaacaactcagctacaatcgtatcaa--tcctattgcactatagggtctgttctagaaatacacattcaaata 2493752  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| |||||||| || |||||| |||| ||  |||||||| ||| || ||||| || |||||||| ||  |||||||||||||||||||||||||    
T  2493751 tggtgctaagaccattctaatatggtattgataccactctatcatgatattaagaccattcttatatagttttaagaccactctaatatggtgtttc 2493655  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 24159830 - 24159661
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||| |||||| |||||||||||||||   || |||||||||||||| |||  ||||||||||||  |||||||  |||||||||| ||   |||    
T  24159830 actatcaacgacgacgtccccaggataaaacagctcagctacaactgtatcatagttctattgcactatatgatctgttctagaaatacaccttccgata 24159731  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggt 200  Q
    ||||  ||| ||||||| | |||| || |||   ||||||  |||||||||| ||||| |||||||||||    
T  24159730 tggttctaaaaccactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggatcagtcttatatggt 24159661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 165 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 24159718 - 24159659
Alignment:
Q  165 cactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || || ||| |||||||||    
T  24159718 cactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggatcagtcttatatggtgt 24159659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 123 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25654630 - 25654533
Alignment:
Q  123 tttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||  ||||| |||||| ||| |||  ||| | | ||| || | ||||||||||||||||||    
T  25654630 tttaaatatggtgttaagaccactctaatatgatactaagatcactttattatagtattaaagtcattttaatacggcattaagaccactctaatatg 25654533  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 103; Significance: 2e-51; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 37 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 1286291 - 1286101
Alignment:
Q  37 aaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgt 136  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||||  || |||||||| |||||||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| || ||||||||||     
T  1286291 aaccacgacgtctccatgataaaacaactcagctacaactctatcagagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacacattcaaatatggtgc 1286192  T
Q  137 taagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||    
T  1286191 taagaccactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccaatctaatacggtgtttc 1286101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 18265536 - 18265343
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||   || ||||||||||||||||||| ||||| ||| ||  |||||||| |||||||||| ||  ||||    
T  18265536 actatcaaccacgacgtccccatgataaaacagctcagctacaactgtatcagagtcttattgtactctatgatctgttatagaaatacaccttccaata 18265437  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||| |||||||| ||||||||| |||| || ||| || ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  18265436 tggtgctaagaccaatccaatatggtattgatatcattcaattatggtactaagaccactcttatatggtactaggaccactcttatatggtgt 18265343  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 170 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 25184769 - 25184712
Alignment:
Q  170 tattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | |||||| |||||||||||||||    
T  25184769 tattatggtactaagctcactttaatatggtacgaggaccacactaatatggtgtttc 25184712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Complemental strand, 12041963 - 12041915
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  12041963 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 12041915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25215137 - 25215085
Alignment:
Q  168 tctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  25215137 tctattatggtactaagtccactctaatatgatactagaaccactctaatatg 25215085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 168 - 220
Target Start/End: Complemental strand, 25279288 - 25279236
Alignment:
Q  168 tctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    |||||||||||||||||  |||||| ||||| |||||  ||||||||||||||    
T  25279288 tctattatggtactaagtccactctaatatgatactagaaccactctaatatg 25279236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 93; Significance: 2e-45; HSPs: 9)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 48435859 - 48435664
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||   || |||||| |||||||||||| ||||||| || || |||||||  |||||||||| || |||||    
T  48435859 actatcaaccacgacgtccccaggataaaacagctcagctacaattgtatcagagtcctattgcattaaaggatctgttttagaaatacaccttcaaata 48435760  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| || || |||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  48435759 tggtgctaagaccactctaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccattc-tatatgatactaaaaccactctaatatggtgtttc 48435664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 33 - 222
Target Start/End: Original strand, 16983060 - 16983246
Alignment:
Q  33 tatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatg 132  Q
    |||||||||||| | |||||||||||||||| ||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| || |||||||    
T  16983060 tatcaaccacgatgtccccaggataaaacaacccagctacaactgtatcaaagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttcaaatatg 16983159  T
Q  133 gtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggt 222  Q
    ||| ||||||||||| ||||||||||| ||  |||||||||||||||||| || ||   ||||||||||||| ||||| ||| |||||||    
T  16983160 gtgctaagaccactctaatatgatattgataccactctattatggtactaggacca---ttatatggtactaggaccattcttatatggt 16983246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 81 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 48432282 - 48432136
Alignment:
Q  81 cagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtac 180  Q
    ||||||| ||||||||| ||| |||||||  |||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||| |||| ||  ||||||||||||||||    
T  48432282 cagagtcctattgcactgtaggatctgttctagaaatacaccttcaaatatggtgttaagaccactctaatatggtattgataccactctattatggtac 48432183  T
Q  181 taagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
     |||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  48432182 caagaccattcttatatggtactaagaccactataatatggtgtttc 48432136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 198
Target Start/End: Complemental strand, 12156512 - 12156345
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||| ||||  | |||| ||||||||||||||||| ||||||  ||||| |  |||||||||| ||  ||||    
T  12156512 actatcaaccacgacgtccccatgataaaacagtccagttgcaaccgtatcagagtcatattgtactatatgatctgatctagaaatacaccttctaata 12156413  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatg 198  Q
    ||||| ||||||||||| |||||| |||| |  |||||||||||||||||||||  ||||||||||||    
T  12156412 tggtgctaagaccactctaatatggtattgacatcactctattatggtactaagcccactcttatatg 12156345  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 55 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 28243527 - 28243357
Alignment:
Q  55 ataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatg 154  Q
    |||||||||  || ||||||||||  ||||||| |||| |||||||  |||| ||  ||||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||    
T  28243527 ataaaacaacacaactacaactgt--cagagtcctattacactataagatctattctagaaacacacttttaaatatggtgctaagatcactctaatatg 28243430  T
Q  155 atattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
     |||  || |||||| |||| ||||||| || || ||||||| ||||||| ||||||| ||||||||| ||||    
T  28243429 gtatcgatatcactccattagggtactatgaccattcttatacggtactaggaccactataatatggtttttc 28243357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 169 - 227
Target Start/End: Original strand, 4662367 - 4662425
Alignment:
Q  169 ctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    |||||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||    
T  4662367 ctattatgatactaagaccattcttatatggttctaagaccattctaatatggtgtttc 4662425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 87
Target Start/End: Original strand, 48432472 - 48432528
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtc 87  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||||||  | | |||||||||||||||||||    
T  48432472 actatcaaccacgacgtccccaagataaaacagcctagctacaactgtatcagagtc 48432528  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 112 - 173
Target Start/End: Complemental strand, 29067982 - 29067921
Alignment:
Q  112 agaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctatt 173  Q
    ||||||| || |||||||||| || ||||||||||||||||||| ||| ||  |||||||||    
T  29067982 agaaataaacctttaaatatgatggtaagaccactccaatatgaaattgataccactctatt 29067921  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 55431377 - 55431425
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  55431377 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 55431425  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 86; Significance: 3e-41; HSPs: 12)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Original strand, 2470038 - 2470231
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||| |||||| ||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||| ||||||||||||| || ||||  ||||||| || ||  ||||    
T  2470038 actatcaactacgacgtccccaggataaaacaacacagctacaactgtatcagagtcctattgcactataggatttgttcgagaaatataccttccaata 2470137  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||| ||  |||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||| ||||    
T  2470138 tggttctaagaccactccaatatggtattgataccactttattatagtactaagaccactcttatatggtactaggaccagtcttatatagtgt 2470231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 31 - 220
Target Start/End: Original strand, 19954336 - 19954525
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||||  |||||||||  ||| || ||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  ||||    
T  19954336 actatcaaccacgacgtccccttgataaaacagcccagctgcaactgtataagagtcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttccaata 19954435  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatg 220  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||| ||  ||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||||| ||| |||||    
T  19954436 tggtgctaagatcactccaatatggtattgataccactctattattgtactaagaccactcttatatggtactaggaccagtcttatatg 19954525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 69 - 227
Target Start/End: Original strand, 30778969 - 30779127
Alignment:
Q  69 ctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaatatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcact 168  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||  ||||||||||||| ||| |||||| |||||||||| ||||||| || | ||  ||||    
T  30778969 ctacaactgtatcagagtcatattacactataggatctgttctagaaatacactttcaaaaatggtgctaagaccacttcaatatggtactgataccact 30779068  T
Q  169 ctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    |||||||||||| ||||  | ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  30779069 ctattatggtaccaagactattctaatatggtactaagacaactctaatatggtgtttc 30779127  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 31 - 224
Target Start/End: Original strand, 19949882 - 19950075
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||| |||| || ||||||||||||   || || ||| ||||| ||| || ||||||||||||| |||||||  ||||||||||  |  ||||    
T  19949882 actatcaaccatgacgtcctcaggataaaacagctcagctgcaattgtataagaatcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccatccaata 19949981  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    ||||  |||||||||||||||||| |||| ||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||| ||| |||||||||    
T  19949982 tggttctaagaccactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagaccactcttatatgatactaggaccagtcttatatggtgt 19950075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 227
Target Start/End: Original strand, 7145879 - 7146075
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||| ||||| ||| ||| ||||||||   || ||||||||||||| ||||| || |||| | ||| || ||||  |||||||||| |||| |||    
T  7145879 actatcaactacgacacccacagaataaaacagctcagctacaactgtatcggagtcctactgcattgtaggatatgttctagaaatacacctttagata 7145978  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| |   |||| |||||||||||||||  |||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  7145979 tggtgttaaaaccactccaatatgatatttacaccactgtattatggtactaaggccactctaatatggtattatgaccactctaatatgatgtttc 7146075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 31 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 27236370 - 27236199
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtc--atattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaa 128  Q
    ||||||||||||||||| |||| |||| ||||| ||| ||| || ||||||||||||  ||||| |||||||  ||||| || ||||||| || ||||||    
T  27236370 actatcaaccacgacgctcccatgatagaacaacccaactaaaattgtatcagagtcctatattacactatatgatctgctatagaaatatacctttaaa 27236271  T
Q  129 tatggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggt 200  Q
    ||||||  ||||||||||| |||||| |||| || |||||||||||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27236270 tatggtactaagaccactctaatatggtattgatatcactctattatggcactaagatcactctaatatggt 27236199  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 31 - 147
Target Start/End: Original strand, 28237856 - 28237970
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||||||||  |||| ||||||  | ||||||||  | |||||    
T  28237856 actatcaaccacgacgttttcaggataaaacaacccaactacaactgtatcagagtcctattgcac--tagagtctgttctaaaaatacaccatcaaata 28237953  T
Q  131 tggtgttaagaccactc 147  Q
    ||||||||||| |||||    
T  28237954 tggtgttaagagcactc 28237970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 137 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4544218 - 4544131
Alignment:
Q  137 taagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgt 224  Q
    |||||||| | ||||||| |||| ||  || ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||    
T  4544218 taagaccatttcaatatggtattgataccattctattatggtactaagactactcttatatggtactaggaccactcttatatggtgt 4544131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 31 - 226
Target Start/End: Original strand, 34517304 - 34517498
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||||| || || | | ||  || ||||  | ||||||||||| |||||    
T  34517304 actatcaaccacgacgcccccaagataaaacaactcaactacaactgtatcagagtcctactgtattgtaagatatgttctaaaaatacactttcaaata 34517403  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgttt 226  Q
    | ||| ||| ||||||   ||||||||||  |  ||||||||| |||||   ||| |||||| ||||| || || ||||||| |||||| ||||||    
T  34517404 ttgtgctaaaaccacttggatatgatatt-ttaccactctattttggtagcgagaccactctaatatgatattatgaccactataatattgtgttt 34517498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 31 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 4544282 - 4544221
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatatt 92  Q
    |||||||||||| ||| ||| ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||| ||||    
T  4544282 actatcaaccactacgtccctaggataaaacagtccagctacaactgtatcagagtcctatt 4544221  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 165 - 227
Target Start/End: Complemental strand, 27236256 - 27236194
Alignment:
Q  165 cactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagaccactctaatatggtgtttc 227  Q
    ||||||| ||||||| | | ||||||||  ||||| ||||||| |||||||||||||||||||    
T  27236256 cactctaatatggtattgatatcactctattatggcactaagatcactctaatatggtgtttc 27236194  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 194 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 27236271 - 27236243
Alignment:
Q  194 atatggtactaagaccactctaatatggt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  27236271 atatggtactaagaccactctaatatggt 27236243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0018 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0018
Description:

Target: scaffold0018; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 31 - 210
Target Start/End: Complemental strand, 171746 - 171568
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaatccacctacaactgtatcagagtcatattgcactatagaatctgttacagaaatacacttttaaata 130  Q
    |||||||||||||||| ||  |||||||||||  ||| |||||||||||| ||| || ||||||||||||| |||||||  |||||||||| ||  ||||    
T  171746 actatcaaccacgacgtcct-aggataaaacagcccaactacaactgtataagaatcctattgcactataggatctgttctagaaatacaccttccaata 171648  T
Q  131 tggtgttaagaccactccaatatgatattaatgtcactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaagacca 210  Q
    ||||  ||||| |||||||||||| |||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  171647 tggttctaagatcactccaatatggtattgataccactctattatggtactaagatcactcttatatggtactaggacca 171568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0057 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0057
Description:

Target: scaffold0057; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 31 - 78
Target Start/End: Original strand, 35698 - 35746
Alignment:
Q  31 actatcaaccacgacgcccccaggataaaacaa-tccacctacaactgt 78  Q
    ||||||||||||| |||| |||||||||||||| |||| ||||||||||    
T  35698 actatcaaccacgccgcctccaggataaaacaagtccagctacaactgt 35746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University