View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8540_low_1 (Length: 1098)

Name: NF8540_low_1
Description: NF8540
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8540_low_1
NF8540_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (13-986)||(38009844-38010808)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 849; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 849; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 13 - 986
Target Start/End: Complemental strand, 38010808 - 38009844
Alignment:
Q  13 cagagacgaaaggattgacatttgaagaagtggccctcatatggaagaagagagcacggggtaaagattatgactcacagaaccttcttgagagaggaag 112  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010808 cagagacgaaaggattgacatttgaagaagtggccctcatatggaagaagagagcacggggtaaagattatgactcacagaaccttcttgagagaggaag 38010709  T
Q  113 ccagttctaagtgtttcatttgtgaactgcagtgttattggacgcgagctaggaaactattcagacatttgagttgttagctgccatattatgggatggt 212  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010708 ccagttctaagtgtttcatttgtgaactgcggtgttattggacgcgagctaggaaactattcagacatttgagttgttagctgccatattatgggatggt 38010609  T
Q  213 ggttgtagcttttgtgatcatgatttgtattgttacaaagacattattggtaatttggtatgattgatatgtgggatcttgatcttccatagctttttgg 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010608 ggttgtagcttttgtgatcatgatttgtattgttacaaagacattattggtaatttggtatgattgatatgtgggatcttgatcttccatagctttttgg 38010509  T
Q  313 gagaattataatttaggaaattttgcaaacttatcttcgctataagacttaaccgaaataatggatcatggttgcttaactacatactccattaaccatg 412  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||  |||||||||||||||    
T  38010508 gagaattataatttaggaaattttgcaaacttatcttcgatataagaattaaccgaaataatggttcatggttggttaactaccaactccattaaccatg 38010409  T
Q  413 aatcacgattttggttgataaccttttcagttaaagagatgtttcctacttccgaagttaggaatctgccaagagtagttaatttagtaagagatagaat 512  Q
     ||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010408 tatcccgattttggttgataaccttttcaattaaagagatgtttgctacttccgaagttaggaatctgccaagagtagttaatttagtaagagatagaat 38010309  T
Q  513 gtgttcttggcaaataggaaaattaagtagacttgtgtgcgattgactacttttgtgatatatgtatggtatttgatgc---ttgtatattgcatgtgct 609  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||   ||||||||||||||||||    
T  38010308 gtgttcttggcaaataggaaaattaagtagacttgtgtgcgattgactacttttgtgatatatgtatggtatttgatgcttgttgtatattgcatgtgct 38010209  T
Q  610 tattaaaaagtgaaatctagggtagtgatattttctttggataaagttagtactatttatctcggacccggattccccgttacatgaagttacgtggtgt 709  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||    
T  38010208 tattaaaaagtgaaatctagggtagtgatattttctttggataaagttagtactatttatctcggacccggattcccc----------gttacgtggtgt 38010119  T
Q  710 ttggcgtctcgaacgttaatcaaaattggacggttcaaattgcgcactaacaaaatcaattgcaaactatttcggctgccaattccaaagcaaataacta 809  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010118 ttggcgtctcgaccgttaatcaaaattggacggttcaaattgcacacaaacaaaatcaattgcaaactatttcggctgccaattccaaagcaaataacta 38010019  T
Q  810 agctgaataactgtgtgacactgtctaatccaaatttgtatcttttgagttgtacttatggagcaatgtatctttaatcttggggttatctctatttttc 909  Q
    |||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38010018 agctgaataac--tgtgacactgtctaatccaaatttgtatcttttgagttgtacttatggagcaatgtatgtttaatcttggggttatctctatttttc 38009921  T
Q  910 atggtagaaaccaaataataatgcgaatgcattcgtattagttattattttcgaaaataaaaggttccacttgcaga 986  Q
    || |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38009920 atagtagaaaccaaataataatgtgaatgcattcgtattagttattattttcgaaaataaaaggttccacttgcaga 38009844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University