View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8548A_high_7 (Length: 435)

Name: NF8548A_high_7
Description: NF8548A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8548A_high_7
NF8548A_high_7
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (1-430)||(4875952-4876381)
chr8 (1-424)||(4925851-4926274)
chr8 (159-429)||(4680599-4680869)
chr8 (139-430)||(4714045-4714336)
chr8 (159-429)||(21440171-21440444)
chr8 (159-424)||(4688233-4688498)
chr8 (159-430)||(4702729-4703000)
chr8 (139-424)||(4995506-4995791)
chr8 (159-430)||(4914116-4914387)
chr8 (137-429)||(10445958-10446253)
chr8 (162-429)||(4725500-4725767)
chr8 (218-403)||(4745027-4745212)
chr8 (162-424)||(4777167-4777429)
chr8 (218-429)||(4905002-4905213)
chr8 (140-429)||(4890960-4891252)
chr8 (159-430)||(4735969-4736243)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 366; Significance: 0; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 366; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4876381 - 4875952
Alignment:
Q  1 tcattagcatagtgtgtggagtacctgaaaattcaaactacacttactatatcgcaagcataaatgacatcgcagatgctgaattcatatgaacaggtgt 100  Q
    ||||||||||||  |||||  ||||||||||||||||||||| | || ||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  4876381 tcattagcatagattgtggcatacctgaaaattcaaactacagtgacaatatcacaagcataaattacatttcagatgctgaattcataagaacaggtgt 4876282  T
Q  101 aagaatgagtatagcacctgcagagaagattacgcgtcaacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaat 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4876281 aagaatgagtatagcacctgcagagaagattactcatcaacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaat 4876182  T
Q  201 gtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggaccta 300  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4876181 gtaaacatggatattcaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggaccta 4876082  T
Q  301 atgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaa 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4876081 atgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaa 4875982  T
Q  401 cactggaaatggaactccattcatctcagt 430  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||    
T  4875981 cactggaaatggaactccattcatttcagt 4875952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 196; E-Value: 1e-106
Query Start/End: Original strand, 1 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 4926274 - 4925851
Alignment:
Q  1 tcattagcatagtgtgtggagtacctgaaaattcaaactacacttactatatcgcaagcataaatgacatcgcagatgctgaattcatatgaacaggtgt 100  Q
    |||| |||||||  |||||  ||||||||||||||||||||||| |  | ||| || |||||||  ||||  ||||||| |||||||||   ||||||||    
T  4926274 tcatcagcatagattgtggcctacctgaaaattcaaactacactgagaagatcacaggcataaactacatatcagatgcagaattcatagatacaggtgt 4926175  T
Q  101 aagaatgagtatagcacctgcagagaagattacgcgtcaacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaat 200  Q
    ||| | ||||||| |||||||||||| |||||| | |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||    
T  4926174 aagtaagagtatatcacctgcagagatgattactcatcaacaacaactacattttgtacggagctttccaagtggagttagaaactgttacagaataaat 4926075  T
Q  201 gtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggaccta 300  Q
    |||||||||| | || |||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4926074 gtaaacatgggtgttcaatatttaatcagagctactttcctttatggaaactatgataatataaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggaccta 4925975  T
Q  301 atgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaa 400  Q
    ||||||||||||| |||  |||  | |||  ||||||| ||||||||||||||||||| |||| |||||||  ||| |||||| ||||||||||||||||    
T  4925974 atgtgtgggatacggtgttgttatccaatgcatcacgccccacaatcaaggagatcatttacattccatcaaaagattacatacaaccatgtcttgttaa 4925875  T
Q  401 cactggaaatggaactccattcat 424  Q
     || || || || |||||||||||    
T  4925874 aacaggcaaagggactccattcat 4925851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 155; E-Value: 4e-82
Query Start/End: Original strand, 159 - 429
Target Start/End: Original strand, 4680599 - 4680869
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    ||||||||||| |||||||||| |||||| |||| |||| |||||| ||  | ||   ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||     
T  4680599 aggagctttcccagtggagtgaaaaattgttacaaaatagatgtaaccaatggtaccaaatatttaatcagagcttctttctattatggaaactacgatg 4680698  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 358  Q
    || ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  4680699 atttaaatgagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcacgcatgacaatcaaggagatcat 4680798  T
Q  359 atacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcag 429  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || ||||| ||||| ||||    
T  4680799 atacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccgttcatttcag 4680869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 148; E-Value: 6e-78
Query Start/End: Original strand, 139 - 430
Target Start/End: Original strand, 4714045 - 4714336
Alignment:
Q  139 aacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctacttt 238  Q
    ||||| ||||||| | ||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  | |||| |||||||||||||| || ||||    
T  4714045 aacaggaactacaatatgtgaggagctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtggtattaaatatttaatcagatcttcttt 4714144  T
Q  239 ctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgc 338  Q
    |||||| |||||||||||| || ||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||| |||||| |    
T  4714145 ctattacggaaactatgatgatttaaatgagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttaactaatatatcacac 4714244  T
Q  339 accacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcagt 430  Q
    | ||||  ||  ||||||||||||||||||| | |||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| |||||    
T  4714245 atcacagacagtgagatcatatacactccattattagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcagt 4714336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 136; E-Value: 8e-71
Query Start/End: Original strand, 159 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 21440444 - 21440171
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||| |||||||||||  |  | || | |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21440444 aggagctttccaagtggagtgagaaactgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaataagagcttctttctattatggaaactatgata 21440345  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagtt---cacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagat 355  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||   | | |||  ||||| || ||| |||||||||||    
T  21440344 atctaaatgaaccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgttctccaatgcatcacacatcactatcaaggagat 21440245  T
Q  356 catatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcag 429  Q
     || |||||||||||| |||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| ||||    
T  21440244 tatttacactccatcagtagattacataaaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcag 21440171  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 159 - 424
Target Start/End: Original strand, 4688233 - 4688498
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||| | ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||     
T  4688233 aggagttttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagcgtctttctattatggaaactatgatg 4688332  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 358  Q
    || |||| || ||||||||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||| ||  ||||||||    
T  4688333 atttaaacgagccaccacaatttgatcttcattttggcgctaatgtttgggatacagtaaagttcacaaatttatcactcatcgcaaccagtgagatcat 4688432  T
Q  359 atacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcat 424  Q
     ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||    
T  4688433 ttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaacgggactccattcat 4688498  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 132; E-Value: 2e-68
Query Start/End: Original strand, 159 - 430
Target Start/End: Original strand, 4702729 - 4703000
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    ||||| ||||| | ||||||||||||||| ||||||||||||||||  |  |||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||     
T  4702729 aggagttttcctaatggagtgagaaattgttacagaataaatgtaacaagtgatactaaatatttaatcagagctactttctattatggtaactatgatg 4702828  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 358  Q
    || |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||| | |||  ||||| |  |||| | | |||||||||    
T  4702829 atttaaatgatcccccagaatttgatcttcattttggacctaatgtctgggatacagtgaacttccccaatgcatcactcgtcacatttatggagatcat 4702928  T
Q  359 atacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcagt 430  Q
     ||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || ||||||||||| |||||    
T  4702929 ttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcatttcagt 4703000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 139 - 424
Target Start/End: Original strand, 4995506 - 4995791
Alignment:
Q  139 aacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctacttt 238  Q
    ||||||||||||| | ||| ||||||||||||| |||| ||||||| || |||||||||||||||   |  | || | ||||||||||||||||  ||||    
T  4995506 aacagcaactacaatatgtgaggagctttccaattggaatgagaaactgttacagaataaatgtagcaagtggtactaaatatttaatcagagcatcttt 4995605  T
Q  239 ctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgc 338  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  | |||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| | | | |||||| |    
T  4995606 ctattatggtaactatgataatctaaacaagccaccagaatttgatcttcattttggacctaatgtttgggatacagtgaagttcgccagtctatcacac 4995705  T
Q  339 accacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcat 424  Q
    | ||||  ||  |||||||||||||||||||||||||| |||||  ||||||||||||||||||| || || || |||||||||||    
T  4995706 atcacagacagtgagatcatatacactccatcactagattacattcaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactccattcat 4995791  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 124; E-Value: 1e-63
Query Start/End: Original strand, 159 - 430
Target Start/End: Complemental strand, 4914387 - 4914116
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    ||||| ||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  4914387 aggagttttcctagtggagttagaaactgttacagaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttttattatggaaactatgata 4914288  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcat 358  Q
    |||||||| | |||||| |||||||||| ||||||||| ||||||| ||||| ||||| |||||||| ||| ||||| ||| |||| |||||||||||||    
T  4914287 atctaaatcaaccaccagaatttgatctacattttggagctaatgtttgggaaacagtaaagttcactaatgtatcaggcatcacactcaaggagatcat 4914188  T
Q  359 atacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcagt 430  Q
    |||||||||||||| |||  ||||| ||||||||||||||||||  || || || ||||||||||| |||||    
T  4914187 atacactccatcacaagatcacatacaaccatgtcttgttaacataggcaaagggactccattcatttcagt 4914116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 137 - 429
Target Start/End: Original strand, 10445958 - 10446253
Alignment:
Q  137 tcaacagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctact 236  Q
    ||||||||||||| | | ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |  | |||| ||||||||||||||| | ||    
T  10445958 tcaacagcaactagaatatgtgaggagctttcctagtggagtgagaaattgttacagaataaatgttacaagtggtattcaatatttaatcagagtttct 10446057  T
Q  237 ttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagtt---cacaaatttat 333  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||   | | |||   |    
T  10446058 ttctattatggaaactatgataatctaaatgaaacaccacagtttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgacgttctcctccaatgatt 10446157  T
Q  334 cacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcag 429  Q
     | |   | || ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || | ||||||||| ||||    
T  10446158 tagggttcgcattcaaggagatcatatacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggattccattcatttcag 10446253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 120; E-Value: 3e-61
Query Start/End: Original strand, 162 - 429
Target Start/End: Original strand, 4725500 - 4725767
Alignment:
Q  162 agctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatc 261  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||| |||  |  | || | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| |||    
T  4725500 agctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatataacaagtggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgatc 4725599  T
Q  262 taaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatata 361  Q
    ||||  | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| || || ||||| ||| |||| |||| ||||| ||  |||||||| ||    
T  4725600 taaacaagccaccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtaaacttcaccaatctatcgcgcatcacaaccagtgagatcattta 4725699  T
Q  362 cactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcag 429  Q
    ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||| |  || || ||||||||||| ||||    
T  4725700 cactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacacagacaaagggactccattcatttcag 4725767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 218 - 403
Target Start/End: Original strand, 4745027 - 4745212
Alignment:
Q  218 atatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtg 317  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||    
T  4745027 atatttaatcagagcttctttctattatggaaactatgataatctaaatcaaccaccacaatttgatcttcattttggtgctaatgtgtgggatacggtg 4745126  T
Q  318 aagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacac 403  Q
    || ||| | ||| |||||  ||||||||  | ||||||||| ||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||    
T  4745127 aatttccccaatgtatcagtcaccacaacaagggagatcatttacactccatcactagattacatacaaccatgtcttgttaacac 4745212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 162 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 4777429 - 4777167
Alignment:
Q  162 agctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatg-gatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataat 260  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||  | || | ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||| ||    
T  4777429 agctttccaagtggagtgagaaattgttacagaataaatgtaa-catctggtactaaatatttaatcagagcttctttctattatggtaactatgatgat 4777331  T
Q  261 ctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatat 360  Q
     ||||||| || |||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| ||||||||| | |||  |||||| |  | | |||| |||||||| |    
T  4777330 ttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagctaatgtttgggatactgtgaagttccccaatgcatcacgtatgagattcaatgagatcattt 4777231  T
Q  361 acactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcat 424  Q
    ||| |||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| ||  | || |||||||||||    
T  4777230 acagtccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggccaagggactccattcat 4777167  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 112; E-Value: 2e-56
Query Start/End: Original strand, 218 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 4905213 - 4905002
Alignment:
Q  218 atatttaatcagagctactttctattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtg 317  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||| || ||||||| || |||||||||||||||||||||||| | ||||| |||||||||||     
T  4905213 atatttaattagagctactttctattatggtaattatgatgatttaaatgaccctccacaatttgatcttcattttggagcaaatgtttgggatacagta 4905114  T
Q  318 aagttcacaaatttatcacgcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactc 417  Q
    |||||||||| |  ||||| ||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||| ||||||||||||||||||| || || || ||||    
T  4905113 aagttcacaattgcatcactcactacaatcaaggagatcatttacactccatcacaagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggcaaagggactc 4905014  T
Q  418 cattcatctcag 429  Q
    ||||||| ||||    
T  4905013 cattcatttcag 4905002  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 140 - 429
Target Start/End: Complemental strand, 4891252 - 4890960
Alignment:
Q  140 acagcaactacattttgtaaggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttc 239  Q
    |||||||||| | | ||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||  |||| |||||  |  | || | ||||||| |||||| || ||||     
T  4891252 acagcaactagaatatgtgagaagctttccaagtggagtgagaaactgttacaacataagtgtaacaagtggtactaaatattttatcagaacttctttt 4891153  T
Q  240 tattatggaaactatgataatctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagtt---cacaaatttatcac 336  Q
      ||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||   | | |||  |||||    
T  4891152 ctttatggaaactatgataatctaaacaagccaccacaatttgatcttcactttggagctaatgtgtgggatacagtgaagttgtcctccaatgcatcac 4891053  T
Q  337 gcaccacaatcaaggagatcatatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcag 429  Q
     |  |||| ||| ||| ||||| |||||||| || ||||| |||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||| ||||    
T  4891052 tcttcacattcagggaaatcatttacactccgtcgctagattacatacaaccatgtcttgttaacacaggaaaagggactccattcatttcag 4890960  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 159 - 430
Target Start/End: Original strand, 4735969 - 4736243
Alignment:
Q  159 aggagctttccaagtggagtgagaaattgctacagaataaatgtaaacatggatattgaatatttaatcagagctactttctattatggaaactatgata 258  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||  |  | || | ||||||||||||||||||||||   |||||||| |||||||     
T  4735969 aggagctttccaagtggagtgagaaattgttacaaaataaatgtaacaagtggtactaaatatttaatcagagctacttttctttatggaagctatgatg 4736068  T
Q  259 atctaaatgatccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtgtgggatacagtgaagttcacaaa---tttatcacgcaccacaatcaaggagat 355  Q
     | || |  | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  || |||||||| |||| | ||   |  ||||| |  ||||  || ||| ||    
T  4736069 gtttagacaagccaccacaatttgatcttcattttggacctaatgtggtggctacagtgaggttctccaaccatacatcacacttcacatacagggaaat 4736168  T
Q  356 catatacactccatcactagactacatagaaccatgtcttgttaacactggaaatggaactccattcatctcagt 430  Q
    ||| || |||||||||| ||| |||||| |||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||    
T  4736169 catttatactccatcacaagattacatacaaccatgttttgttaacacaggaaacggaactccattcatttcagt 4736243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University