View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8548A_low_242 (Length: 239)

Name: NF8548A_low_242
Description: NF8548A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8548A_low_242
NF8548A_low_242
[»] chr1 (8 HSPs)
chr1 (1-223)||(51052393-51052618)
chr1 (1-223)||(11909107-11909332)
chr1 (1-223)||(35540962-35541187)
chr1 (1-223)||(6050516-6050741)
chr1 (96-192)||(16917842-16917938)
chr1 (110-191)||(47623111-47623192)
chr1 (110-192)||(43388392-43388474)
chr1 (29-192)||(37191243-37191406)
[»] chr5 (22 HSPs)
chr5 (14-223)||(30732316-30732525)
chr5 (1-223)||(12825112-12825337)
chr5 (1-223)||(27117163-27117388)
chr5 (20-223)||(42513655-42513858)
chr5 (1-139)||(12820035-12820176)
chr5 (14-222)||(23238313-23238521)
chr5 (1-223)||(28535677-28535902)
chr5 (14-207)||(8227955-8228148)
chr5 (1-223)||(35983793-35984018)
chr5 (82-192)||(19255155-19255265)
chr5 (29-215)||(42928075-42928261)
chr5 (86-223)||(31641513-31641649)
chr5 (96-192)||(25857457-25857553)
chr5 (106-192)||(27767063-27767149)
chr5 (110-191)||(10776789-10776870)
chr5 (96-192)||(8300215-8300311)
chr5 (110-192)||(33385407-33385489)
chr5 (1-83)||(3418696-3418781)
chr5 (56-192)||(18359125-18359260)
chr5 (86-202)||(33169659-33169775)
chr5 (82-190)||(27795480-27795588)
chr5 (110-215)||(26072917-26073022)
[»] chr2 (9 HSPs)
chr2 (1-223)||(4552082-4552307)
chr2 (82-192)||(41207013-41207123)
chr2 (86-192)||(15917655-15917761)
chr2 (44-190)||(28252679-28252825)
chr2 (106-192)||(12645557-12645643)
chr2 (86-192)||(17764995-17765101)
chr2 (71-190)||(14439738-14439857)
chr2 (89-192)||(40176672-40176775)
chr2 (83-192)||(38604407-38604516)
[»] chr3 (21 HSPs)
chr3 (1-223)||(2364190-2364415)
chr3 (1-223)||(7312689-7312914)
chr3 (14-223)||(19920231-19920440)
chr3 (1-223)||(10323573-10323798)
chr3 (14-223)||(34332817-34333026)
chr3 (29-223)||(40930530-40930724)
chr3 (106-193)||(7032339-7032426)
chr3 (110-192)||(29523778-29523860)
chr3 (110-192)||(11203844-11203926)
chr3 (110-191)||(33496572-33496653)
chr3 (110-192)||(12342259-12342340)
chr3 (86-192)||(26771022-26771128)
chr3 (96-179)||(7031063-7031146)
chr3 (71-192)||(35214404-35214525)
chr3 (110-192)||(36801108-36801190)
chr3 (93-202)||(963186-963295)
chr3 (86-202)||(2755843-2755959)
chr3 (68-192)||(19890661-19890785)
chr3 (89-179)||(16178952-16179042)
chr3 (86-202)||(3140853-3140969)
chr3 (86-206)||(15312584-15312704)
[»] scaffold0369 (1 HSPs)
scaffold0369 (1-223)||(11207-11432)
[»] scaffold0034 (1 HSPs)
scaffold0034 (1-223)||(105845-106070)
[»] chr8 (18 HSPs)
chr8 (1-223)||(7924299-7924524)
chr8 (14-223)||(8299732-8299941)
chr8 (1-223)||(172016-172241)
chr8 (14-223)||(13396317-13396526)
chr8 (14-213)||(32266493-32266692)
chr8 (14-223)||(41665371-41665580)
chr8 (1-223)||(9922514-9922739)
chr8 (96-192)||(20824307-20824403)
chr8 (29-192)||(13200067-13200230)
chr8 (110-192)||(17699507-17699589)
chr8 (71-192)||(2170328-2170449)
chr8 (110-192)||(37434157-37434239)
chr8 (92-177)||(34137011-34137096)
chr8 (14-157)||(2529815-2529958)
chr8 (1-53)||(20496997-20497052)
chr8 (82-190)||(13879522-13879630)
chr8 (110-177)||(43270475-43270542)
chr8 (82-192)||(25090384-25090494)
[»] chr7 (11 HSPs)
chr7 (1-223)||(4938130-4938355)
chr7 (19-223)||(11277254-11277458)
chr7 (14-223)||(47876912-47877121)
chr7 (14-223)||(29967904-29968113)
chr7 (50-223)||(235439-235614)
chr7 (1-223)||(17720548-17720773)
chr7 (28-223)||(37919487-37919682)
chr7 (1-109)||(31177421-31177532)
chr7 (29-192)||(25619403-25619566)
chr7 (110-192)||(18532653-18532735)
chr7 (70-192)||(37254743-37254865)
[»] chr4 (16 HSPs)
chr4 (1-223)||(23642593-23642818)
chr4 (1-223)||(47418717-47418942)
chr4 (28-223)||(13270893-13271088)
chr4 (1-223)||(47685897-47686122)
chr4 (14-223)||(15740150-15740359)
chr4 (1-223)||(1828542-1828767)
chr4 (14-223)||(19755193-19755405)
chr4 (14-223)||(19784401-19784613)
chr4 (29-223)||(7403857-7404051)
chr4 (89-192)||(55725719-55725822)
chr4 (110-192)||(12697838-12697920)
chr4 (110-192)||(45472742-45472824)
chr4 (92-190)||(11587233-11587331)
chr4 (111-192)||(8361126-8361207)
chr4 (1-74)||(159842-159918)
chr4 (110-192)||(20002750-20002832)
[»] chr6 (14 HSPs)
chr6 (1-200)||(12734038-12734240)
chr6 (14-223)||(2553566-2553775)
chr6 (29-223)||(18651236-18651430)
chr6 (28-223)||(24767426-24767621)
chr6 (106-223)||(21168220-21168337)
chr6 (96-192)||(17579114-17579210)
chr6 (96-192)||(17573688-17573784)
chr6 (110-192)||(17606367-17606449)
chr6 (106-192)||(21630140-21630226)
chr6 (53-190)||(14373026-14373163)
chr6 (110-192)||(10577282-10577364)
chr6 (92-177)||(15958861-15958946)
chr6 (43-192)||(20883066-20883215)
chr6 (93-202)||(13937708-13937817)
[»] scaffold0472 (1 HSPs)
scaffold0472 (14-223)||(3181-3390)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 196; Significance: 1e-107; HSPs: 8)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 196; E-Value: 1e-107
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 51052393 - 51052618
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  51052393 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 51052492  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  51052493 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 51052592  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  51052593 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 51052618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11909332 - 11909107
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  11909332 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacatagccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 11909233  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  11909232 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaatgatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 11909133  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  11909132 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 11909107  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 35540962 - 35541187
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  35540962 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaatgccacgatttgcc 35541061  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||| ||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  35541062 aaattatgttttgtgggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 35541161  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  35541162 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 35541187  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 6050516 - 6050741
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||||||||||| |||||||||||| |||||||    
T  6050516 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcagaaccgctcctccacagatagaatgccacaatttgcc 6050615  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  6050616 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggt 6050715  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  6050716 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 6050741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 16917938 - 16917842
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  16917938 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 16917842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Complemental strand, 47623192 - 47623111
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| || ||||||| ||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  47623192 gtaggtaagcggtccctcaaaagccgccaagcaagaatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaattccatat 47623111  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 43388392 - 43388474
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  | |||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  43388392 gtaggtaaacgatccctcaacaatcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 43388474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 37191406 - 37191243
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||| ||||    
T  37191406 acatcttcaacatgcccacatcccgtgacacaaaatcgatcctccacagatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatctctca 37191307  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      || ||||||||||||||| | ||||| | | ||||| |||||||||| | ||| ||||||||    
T  37191306 acagccgccaagcaaggatataaacttttaaatgaaccagtttatgccagattaactccatatt 37191243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 190; Significance: 1e-103; HSPs: 22)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 30732525 - 30732316
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732525 aaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 30732426  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  30732425 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaagatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 30732326  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  30732325 ctgtgatgtc 30732316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 188; E-Value: 1e-102
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 12825112 - 12825337
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12825112 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 12825211  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  12825212 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatacatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaagtccatattatggt 12825311  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  12825312 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 12825337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 27117388 - 27117163
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| ||| ||    
T  27117388 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgccacggtttacc 27117289  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27117288 aaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 27117189  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||    
T  27117188 gtaactggatctgctcctgtgatgtc 27117163  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 20 - 223
Target Start/End: Original strand, 42513655 - 42513858
Alignment:
Q  20 aaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaacc 119  Q
    ||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42513655 aaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgtcacgatttgccaaattaagttttgtaggtaacc 42513754  T
Q  120 gatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatga 219  Q
    |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||    
T  42513755 gatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtga 42513854  T
Q  220 tgtc 223  Q
    ||||    
T  42513855 tgtc 42513858  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 139
Target Start/End: Complemental strand, 12820176 - 12820035
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  12820176 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagagacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 12820077  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaa 139  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  12820076 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcataagtcgccaa 12820035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 109; E-Value: 6e-55
Query Start/End: Original strand, 14 - 222
Target Start/End: Original strand, 23238313 - 23238521
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  23238313 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaagctaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtag 23238412  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| |||||    
T  23238413 gtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctc 23238512  T
Q  214 ctatgatgt 222  Q
    || ||||||    
T  23238513 ctgtgatgt 23238521  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 28535902 - 28535677
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||   |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | | || |||||| |  || ||||||||| ||||||    
T  28535902 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgatcgacatcttctacattcccacaaccagaaacacacatctgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgcc 28535803  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||| || || |    
T  28535802 aaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccatgttttgat 28535703  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||    
T  28535702 gtaactgaggctgctcctgtgatgtc 28535677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 207
Target Start/End: Original strand, 8227955 - 8228148
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  || |||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| |||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  8227955 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttctcacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcacggtttgccaaattacttttcgtag 8228054  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgggg 207  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||||||||||||    
T  8228055 gtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaactccatattatggtgtaactgggg 8228148  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 35984018 - 35983793
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||   ||| |||| ||| ||||||| ||| ||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||    
T  35984018 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattgacaacttctacattcccacaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgcc 35983919  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||  ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||| ||| ||||| || || |    
T  35983918 aaattattttttgtaggtaaccgattcctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtgtaagccaaattaactccatgttttgat 35983819  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||||||| |||||||||| |||||||    
T  35983818 gtaactgaggctgctcctgtgatgtc 35983793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 19255265 - 19255155
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    |||||||| |||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |    
T  19255265 aatgccacaatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaaaccgccaagcaaggatagatactttgagagaaatctgtttatgccaaatt 19255166  T
Q  182 aagtccatatt 192  Q
    || ||||||||    
T  19255165 aactccatatt 19255155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 29 - 215
Target Start/End: Original strand, 42928075 - 42928261
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| ||||||    || ||||||||  |||| |||||||  |||||||| ||||||||||||||    
T  42928075 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcacctccaagggtaaaatgccacagtttgtcaaattattttttgtagttaaccgatccctca 42928174  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcct 215  Q
    |||| |||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||||||||| ||||    
T  42928175 gaagccgccaaacaaggatagagactttgagaggaacctgtttataccaaattaactccatatttggatgtaactggggctgttcct 42928261  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 66; E-Value: 3e-29
Query Start/End: Original strand, 86 - 223
Target Start/End: Original strand, 31641513 - 31641649
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| ||||||||||||  |||||||||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||||| ||| |    
T  31641513 ccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagtagtctccatgcaaggatagaaacttt-agaggaacctgtgtatgccaaattaact 31641611  T
Q  186 ccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||| || || ||||| || |||||||||| |||||||    
T  31641612 ccatgttttgatgtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 31641649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 25857553 - 25857457
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  25857553 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 25857457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Original strand, 27767063 - 27767149
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  27767063 ttttgtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 27767149  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 50; E-Value: 9e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Original strand, 10776789 - 10776870
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  10776789 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatat 10776870  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 8300311 - 8300215
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8300311 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8300215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #17
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 33385489 - 33385407
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  33385489 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 33385407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 1 - 83
Target Start/End: Original strand, 3418696 - 3418781
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaa 83  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||||||||| ||||||    
T  3418696 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctccacagatagaa 3418781  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #19
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 56 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 18359260 - 18359125
Alignment:
Q  56 acacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactt 155  Q
    ||||| ||||| ||||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||    
T  18359260 acacaaaaccgatcctccacatatataatgc-acgatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaactt 18359162  T
Q  156 tgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    | | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18359161 ttaaaggaacctgtttatgctagattaactccatatt 18359125  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #20
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000005
Query Start/End: Original strand, 86 - 202
Target Start/End: Original strand, 33169659 - 33169775
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  33169659 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaact 33169758  T
Q  186 ccatattatggtgtaac 202  Q
    ||||||| || ||||||    
T  33169759 ccatattttgatgtaac 33169775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #21
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 190
Target Start/End: Original strand, 27795480 - 27795588
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||||||| ||||| |||    
T  27795480 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggcaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctgtttgtgccagact 27795579  T
Q  182 aagtccata 190  Q
    || ||||||    
T  27795580 aactccata 27795588  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 215
Target Start/End: Original strand, 26072917 - 26073022
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggct 209  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| ||| |||||  ||||| | |||||| | ||||||||||| ||| |||| ||| || || || |||||||    
T  26072917 gtaggtaatcgatccctcaacagtcgccaaacaaagatagggactttcaaaggaacatatttatgccaaattaactccaaattttgatgcaaatggggct 26073016  T
Q  210 gctcct 215  Q
    | ||||    
T  26073017 gttcct 26073022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 184; Significance: 1e-99; HSPs: 9)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 184; E-Value: 1e-99
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 4552082 - 4552307
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4552082 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacattttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 4552181  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  4552182 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttaagaggaacctatttatgccaaattaagtccatattatggt 4552281  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  4552282 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 4552307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Original strand, 41207013 - 41207123
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    ||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |    
T  41207013 aatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatccctcagaagccgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaatt 41207112  T
Q  182 aagtccatatt 192  Q
    || ||||||||    
T  41207113 aactccatatt 41207123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Original strand, 15917655 - 15917761
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| |||| ||||||||||||| | ||||| |||||||||| ||||||| ||| ||| |    
T  15917655 ccacgatttgccaaattaacttttgtaggtaaacgatccctcagcagtccccaagcaaggatacagactttcagaggaacctatttatgcgaaattaact 15917754  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    | |||||    
T  15917755 caatatt 15917761  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 190
Target Start/End: Original strand, 28252679 - 28252825
Alignment:
Q  44 ccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaa 143  Q
    ||||| || ||||||||||||||| |||||| ||  | ||||||| | |||||||||||    || |||||||| |||||||||| ||| ||||||||||    
T  28252679 ccacaaccggaaacacataaccgcccctccatatgaataatgccatggtttgccaaatttcccttcgtaggtaagcgatccctcaaaagccgccaagcaa 28252778  T
Q  144 ggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    | ||||||||||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  28252779 gaatagatacttttagaggtacctgtttatgccaaattaattccata 28252825  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Original strand, 12645557 - 12645643
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12645557 ttttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagagaaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12645643  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17765101 - 17764995
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| |||||||||||   ||| ||||||||  |||||||||  || ||||||||||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  17765101 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaatagccgccaagcaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccatattaact 17765002  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    |||||||    
T  17765001 ccatatt 17764995  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 71 - 190
Target Start/End: Original strand, 14439738 - 14439857
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||  ||||| ||||| | |||||| ||||| | |||||||||||    
T  14439738 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacagtcgtcaagccaagatagaaacttttaaaggaacctgtt 14439837  T
Q  171 tatgccaaactaagtccata 190  Q
    ||||||| | ||| ||||||    
T  14439838 tatgccagattaactccata 14439857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 192
Target Start/End: Original strand, 40176672 - 40176775
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 188  Q
    ||||||| |||||| | ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||  || ||||| ||||| |||||||| ||||| ||||| ||||    
T  40176672 cgatttgtcaaattgactttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggactgaaacttttagaggtacctgtttgtgccagactaactcca 40176771  T
Q  189 tatt 192  Q
    ||||    
T  40176772 tatt 40176775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 83 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 38604516 - 38604407
Alignment:
Q  83 atgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaacta 182  Q
    |||||||||| ||||||||| | | |||||||||| ||||| || |  ||  |||| |||||||| || ||||| ||||| || ||||||||||| | ||    
T  38604516 atgccacgatatgccaaattgactattgtaggtaaacgatctcttaacagcagccatgcaaggattgaaacttttagaggtacttgtttatgccagatta 38604417  T
Q  183 agtccatatt 192  Q
    | ||||||||    
T  38604416 actccatatt 38604407  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 176; Significance: 6e-95; HSPs: 21)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 6e-95
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 2364190 - 2364415
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  2364190 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 2364289  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2364290 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 2364389  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  2364390 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 2364415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 1e-92
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 7312689 - 7312914
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||| | ||||||||||||||||||    
T  7312689 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacaaagccgctcctccacagacagaatgccacgatttgcc 7312788  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  7312789 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggtacctgtttatgccaaattaagtccatattatggt 7312888  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  7312889 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 7312914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 170; E-Value: 2e-91
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 19920440 - 19920231
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||||    
T  19920440 aaaaacaaatgagaagcatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgcctcgatttaccaaattaagttttgtag 19920341  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||| |||    
T  19920340 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccatatgatggtgtaactggggcttctc 19920241  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  19920240 ctgtgatgtc 19920231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10323798 - 10323573
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| ||| || |||||||||||||| |||||    
T  10323798 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcatccccagatagaatgccacgagttgcc 10323699  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  10323698 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggt 10323599  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  10323598 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 10323573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 34333026 - 34332817
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  34333026 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtag 34332927  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||| ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||||||||||    
T  34332926 gtaatcgatctctcagaagttgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgatgtaactggggctgctc 34332827  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  34332826 ctgtgatgtc 34332817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 40930724 - 40930530
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||||||  ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || || |||||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||||||||    
T  40930724 acatcttcgacgttcccacaaccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaaggccacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatccctca 40930625  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||| || || || ||||| || ||||||| |||||||    
T  40930624 aaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaactaactccatgttttgatgcaactgaggttgctcctgtgatgtc 40930530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 106 - 193
Target Start/End: Original strand, 7032339 - 7032426
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatta 193  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | |||||||||||||||||| |||||||| || |||| ||||    
T  7032339 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaattttgagaggaacctgtttgtgccaaaccaactccaaatta 7032426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 29523860 - 29523778
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  29523860 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 29523778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 11203844 - 11203926
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  11203844 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagtatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 11203926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 110 - 191
Target Start/End: Original strand, 33496572 - 33496653
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatat 191  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||||||| |||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| |||||||    
T  33496572 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaatgatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatat 33496653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 12342340 - 12342259
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  12342340 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaactttta-aagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 12342259  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 26771128 - 26771022
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||| |||||||||||   ||| |||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| ||||| |||||| ||||||||||||| | ||| |    
T  26771128 ccacggtttgccaaatttgctttcgtaggtaaacgatccctcaaaagccgccaagtaagaatagagactttaagaggagcctgtttatgccacattaact 26771029  T
Q  186 ccatatt 192  Q
    |||||||    
T  26771028 ccatatt 26771022  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 96 - 179
Target Start/End: Complemental strand, 7031146 - 7031063
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 179  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  || ||||||||||||||||| | ||| | ||||||||||||||||||||    
T  7031146 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagacgccaagcaaggatagaaagttttaaaggaacctgtttatgccaaa 7031063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 35214525 - 35214404
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||||||||||| ||||| | || ||||||   ||| ||||| || ||||||||||  |  |||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  35214525 tccacatatagaatcccacgttctggcaaatttgatttagtaggcaaacgatccctcaacatccgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 35214426  T
Q  171 tatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  35214425 tatgccagattaactccatatt 35214404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 36801190 - 36801108
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||| | ||||| |  ||||||| ||||||| ||| ||| ||||||||    
T  36801190 gtaggtaaacgatccctcagcagttgccaagcaaggatataaacttttaagggaacctatttatgctaaattaactccatatt 36801108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 202
Target Start/End: Complemental strand, 963295 - 963186
Alignment:
Q  93 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  963295 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 963196  T
Q  193 atggtgtaac 202  Q
     || ||||||    
T  963195 ttgatgtaac 963186  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 86 - 202
Target Start/End: Original strand, 2755843 - 2755959
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    |||||| ||||||||||   ||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || |    
T  2755843 ccacgacttgccaaattttatttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaatatagacactttcaaaggtacctgtttgtgccaaatcaact 2755942  T
Q  186 ccatattatggtgtaac 202  Q
    ||||||| || ||||||    
T  2755943 ccatattttgatgtaac 2755959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 68 - 192
Target Start/End: Original strand, 19890661 - 19890785
Alignment:
Q  68 tcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacct 167  Q
    ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  ||| | |||||||| || ||||| | ||||||||    
T  19890661 tcctccacaaatgtaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgatccctcaacaaccgcaatgcaaggatggaaacttttaaaggaacct 19890760  T
Q  168 gtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||| | ||| ||||||||    
T  19890761 gtttatgccagattaactccatatt 19890785  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 89 - 179
Target Start/End: Original strand, 16178952 - 16179042
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaa 179  Q
    ||||||||||||||   ||| |||||||  |||||| |||  || ||||| ||||  ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||    
T  16178952 cgatttgccaaattctctttagtaggtagacgatccttcatcaggcgccacgcaaaaatagatactttaagaggtacctgtttatgccaaa 16179042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 202
Target Start/End: Original strand, 3140853 - 3140969
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    |||||| ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |   |||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| | |||||  || |    
T  3140853 ccacgacttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagtaaatgccaagcaaatatagacactttcaaaggcacctgtttgtaccaaatcaact 3140952  T
Q  186 ccatattatggtgtaac 202  Q
    ||||||| || ||||||    
T  3140953 ccatattttgatgtaac 3140969  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 86 - 206
Target Start/End: Original strand, 15312584 - 15312704
Alignment:
Q  86 ccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagt 185  Q
    ||||||||| |||||||   |||  |||| || |||| |||||| |||| ||||||||  ||| | ||||| ||||| |||||||||||||||| ||| |    
T  15312584 ccacgattttccaaattctctttaataggcaaacgattcctcagcagtcaccaagcaaatatatagacttttagaggtacctgtttatgccaaattaact 15312683  T
Q  186 ccatattatggtgtaactggg 206  Q
    ||| ||| || ||||| ||||    
T  15312684 ccaaattttgatgtaaatggg 15312704  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0369 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0369
Description:

Target: scaffold0369; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11432 - 11207
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||    
T  11432 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgaaaaacattttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagatagaatgccacggtttgcc 11333  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  11332 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctgagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccagattatggt 11233  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||| ||||| |||||||| |||||||    
T  11232 gtagctgggtctgctcctgtgatgtc 11207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0034 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 1)
Name: scaffold0034
Description:

Target: scaffold0034; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 106070 - 105845
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  106070 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 105971  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  105970 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggt 105871  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  105870 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 105845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 18)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 7924299 - 7924524
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  7924299 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 7924398  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  7924399 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggt 7924498  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  7924499 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 7924524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 162; E-Value: 1e-86
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 8299732 - 8299941
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8299732 aaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataatcgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 8299831  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||| |||    
T  8299832 gtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccaaattatggtgtaattggggctactc 8299931  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  8299932 ctgtgatgtc 8299941  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 172016 - 172241
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||||||||||| | |||||||| |||| ||| ||    
T  172016 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattaccacagccagaaacacataaccgctcctccatagatagaatgtcacggtttacc 172115  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||    
T  172116 aaattaagttttgtgggtaaccggtccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaagtccattttatggt 172215  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||||||||  |||||||| |||||||    
T  172216 gtaactggttctgctcctgtgatgtc 172241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 13396317 - 13396526
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  13396317 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtag 13396416  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  13396417 gtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacttgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctc 13396516  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  13396517 ctgtgatgtc 13396526  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 14 - 213
Target Start/End: Original strand, 32266493 - 32266692
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| ||||    
T  32266493 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattacttttcgtag 32266592  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| ||||||||||||||| || |||||    
T  32266593 gtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccaaattatggtgtaactgtggttgctc 32266692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 41665580 - 41665371
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || |||| || | ||||||||||||  ||||||||    
T  41665580 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgtcatggtttgccaaattattttttgtag 41665481  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||| |||| || || | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||    
T  41665480 gtaactgatctcttaggaatcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgtaattggggctgctc 41665381  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  41665380 ctgtgatgtc 41665371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 9922514 - 9922739
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||   |||||||| ||| ||||||| ||||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||    
T  9922514 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattgacatcttctacattcccacaaccagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgcc 9922613  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||  |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || |    
T  9922614 aaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgtcatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgat 9922713  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||| || |||||||||| |||||||    
T  9922714 gtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 9922739  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Original strand, 20824307 - 20824403
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20824307 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20824403  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Original strand, 13200067 - 13200230
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  |||||| |||| |||||| |||||  |||||| |  |||||| |  || | |||||||||   |||||||||||| ||||||||||    
T  13200067 acatcttcaacatgcccacacccagtaacacaaaaccgagcctccataggtagaattctgcgctctgccaaattgtattttgtaggtaaacgatccctca 13200166  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      ||  ||||||||||||| || ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  13200167 atagctgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacctgtttatgccaaactaactccatatt 13200230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 17699507 - 17699589
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17699507 gtaggtaaacgatccctcagcagtcgccaagcaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17699589  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 71 - 192
Target Start/End: Original strand, 2170328 - 2170449
Alignment:
Q  71 tccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtt 170  Q
    |||||| ||||||| ||||| | | |||||||   ||| |||||||| ||||||||||   ||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||    
T  2170328 tccacagatagaatcccacgttctaccaaatttgatttagtaggtaaacgatccctcaacggtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtt 2170427  T
Q  171 tatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| | ||| ||||||||    
T  2170428 tatgccagattaactccatatt 2170449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 37434157 - 37434239
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||||| | |||||| ||||||||||||| ||| ||||||||    
T  37434157 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaagaatagagacttttaaaggaacatgtttatgccaaattaactccatatt 37434239  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 34137096 - 34137011
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 177  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||||| ||| ||| ||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  34137096 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgatccatcataagccgccaagcaagaatagagactttgagaggtacctgtttatgcca 34137011  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 14 - 157
Target Start/End: Original strand, 2529815 - 2529958
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| ||||||||  |||||||| |||  |||||| || | |||||| |||||  |||||| |  |||||| ||||||| | |||||||   ||||||||    
T  2529815 aaaaacaaatgagtcacatcttcaacatgcccacaccctgtaacacaaaaccgagcctccaaaagtagaattccacgatctaccaaattgtattttgtag 2529914  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttg 157  Q
    |||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||||    
T  2529915 gtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaactttg 2529958  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 53
Target Start/End: Original strand, 20496997 - 20497052
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccag 53  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  20496997 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccag 20497052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 82 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 13879630 - 13879522
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    |||||||||||||||||||||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||| ||  |  ||||||||||| |||| ||| ||||| |||    
T  13879630 aatgccacgatttgccaaattggctttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaagactgtaactttgagaggtacctatttgtgccagact 13879531  T
Q  182 aagtccata 190  Q
    || ||||||    
T  13879530 aactccata 13879522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 110 - 177
Target Start/End: Original strand, 43270475 - 43270542
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 177  Q
    ||||| || |||||| |||  |||||||||| ||||||||| ||||| | ||||||||||||||||||    
T  43270475 gtaggcaaacgatccttcaacagtcgccaagtaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgcca 43270542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 82 - 192
Target Start/End: Original strand, 25090384 - 25090494
Alignment:
Q  82 aatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaact 181  Q
    |||||| ||||||| ||||||   ||| |||||||  ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| ||||| |||||||| ||| | |||    
T  25090384 aatgccgcgatttgtcaaattggctttagtaggtagtcgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttagaggtacctgtttgtgctagact 25090483  T
Q  182 aagtccatatt 192  Q
    || ||||||||    
T  25090484 aactccatatt 25090494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 11)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 4938355 - 4938130
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4938355 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 4938256  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  4938255 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggt 4938156  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  4938155 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 4938130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 4e-62
Query Start/End: Original strand, 19 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 11277458 - 11277254
Alignment:
Q  19 caaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaac 118  Q
    |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||    
T  11277458 caaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattatttttcgtaggtaac 11277359  T
Q  119 cgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatg 218  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  11277358 cgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggttgctcctgtg 11277259  T
Q  219 atgtc 223  Q
    |||||    
T  11277258 atgtc 11277254  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 47876912 - 47877121
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  |||| |||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  47876912 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccgcatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtag 47877011  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| |||| || |||||||||||||||||    
T  47877012 gtaactgatctctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccctattttgatgtaactggggctgctc 47877111  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  47877112 ctgtgatgtc 47877121  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 29967904 - 29968113
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | ||||||||||||  ||| ||||    
T  29967904 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattacttttcgtag 29968003  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| |||| |||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| |||||||||||||||| |||||    
T  29968004 gtaaccgatctctcaaaagtcctcaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatactatggtgtaactggggttgctc 29968103  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  29968104 ctgtgatgtc 29968113  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 97; E-Value: 8e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 235614 - 235439
Alignment:
Q  50 ccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaat--taagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 147  Q
    ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||||||  |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  235614 ccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaatgattttttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggat 235515  T
Q  148 agatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    ||| ||||||||| |||||||||||||||||| ||| |||||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  235514 agagactttgagatgaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 235439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 17720548 - 17720773
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||  |||||||||  || ||||||| | ||||||||| | |||| |||||| |  || ||||||||| ||||||    
T  17720548 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgattaacatcttcttcattcccacaactagaaacacacatccgcgcctccagaggtaaaatgccacggtttgcc 17720647  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||| ||| ||||  || || |    
T  17720648 aaattatcttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccatgcaaggatagaaactttgagaggaacctgtgtatgccaaattaactccaagttttgat 17720747  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||| || |||||||||| |||||||    
T  17720748 gtaagtgaggctgctcctgtgatgtc 17720773  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Original strand, 37919487 - 37919682
Alignment:
Q  28 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 127  Q
    ||||||||| ||  ||||||| | ||||||||| |||||| |||||| |  || ||||| ||| ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||    
T  37919487 aacatcttcaacgttcccacaactagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgcaacggtttgccaaattattttttgtaggtaaccaatctctc 37919586  T
Q  128 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | ||||| ||| ||||| ||||||||||||| |||||||    
T  37919587 aggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttataccaaattaacttcatatgatgatgtaattggggctgctcctgtgatgtc 37919682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 1 - 109
Target Start/End: Complemental strand, 31177532 - 31177421
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  31177532 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgtc 31177433  T
Q  98 aaattaagtttt 109  Q
    ||||||||||||    
T  31177432 aaattaagtttt 31177421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 29 - 192
Target Start/End: Original strand, 25619403 - 25619566
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| |||  ||||||||| |  ||||| || || ||||||||| ||  ||||||||||| |||||| ||   ||| |||||||| || |||||||    
T  25619403 acatcttcaacatgcccacatcctgtgacacaaaatcggtcctccacagatgcaatgccacgatctgccaagttggatttagtaggtaatcgttccctca 25619502  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
      |  ||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||| | ||| ||||||||    
T  25619503 acaaccgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccatattaactccatatt 25619566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 18532653 - 18532735
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||| | | ||| ||||||||    
T  18532653 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgcgagattaactccatatt 18532735  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000008
Query Start/End: Original strand, 70 - 192
Target Start/End: Original strand, 37254743 - 37254865
Alignment:
Q  70 ctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgt 169  Q
    ||||||| ||| |||||||| || |||||| ||   ||| |||||||| ||||||||||  |  |||||||||||||| || ||||| | || |||||||    
T  37254743 ctccacagatataatgccacaatctgccaagttggatttagtaggtaaacgatccctcaacaaccgccaagcaaggattgaaacttttaaagtaacctgt 37254842  T
Q  170 ttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| | ||| ||||||||    
T  37254843 ttatgccagattaactccatatt 37254865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 16)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 23642818 - 23642593
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  23642818 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgcc 23642719  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||    
T  23642718 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcattagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggt 23642619  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  23642618 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 23642593  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 160; E-Value: 2e-85
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Original strand, 47418717 - 47418942
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | ||| ||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||    
T  47418717 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatcctgcaacgcataaccgctcctccccagatagaatgccacgagttgcc 47418816  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||| ||||||    
T  47418817 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagtagtcgccaagcaaggatagatactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccatactatggt 47418916  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  47418917 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 47418942  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13271088 - 13270893
Alignment:
Q  28 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 127  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13271088 aacatcttcgacaatcccacatccagtaactcataaccgctcctccacagatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 13270989  T
Q  128 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |  |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  13270988 attagtcgccaagcaaggatagagactttgagagggacctgtttatgccaaattaagtccacattatggtgtaactggggctgctcctgtgatgtc 13270893  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 47686122 - 47685897
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||    
T  47686122 aaaagttgcacaagacaaaaacaaacgagaaacatcttcgacattcccacatccagaaacacataaccgctcctccacagataaaatgccacggtttgcc 47686023  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||| ||||||||    
T  47686022 aaattatgttttgtaggtaaccgatctctcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgtcaaattaagtccagattatggt 47685923  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||| ||||||||| | |||||||    
T  47685922 gtaacttgggctgctcttgtgatgtc 47685897  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 15740150 - 15740359
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||  ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || |||||||||  ||| |||||||  ||||||||    
T  15740150 aaaaacaaatgattaacatctttaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggcttgtcaaattattttttgtag 15740249  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  15740250 gtaaccgatctcgcaaaagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 15740349  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    ||||||||||    
T  15740350 ctatgatgtc 15740359  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 9e-57
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 1828767 - 1828542
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||  ||||||||| ||| ||||||| ||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| ||||||    
T  1828767 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgatcaacatcttcaacattcccacacccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgcc 1828668  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    ||||||  |||||||||||||| ||| | ||  |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  1828667 aaattagtttttgtaggtaacctatctcgcaatagtctccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatgat 1828568  T
Q  198 gtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||| |||||||    
T  1828567 gtaactggggctgctcctgtgatgtc 1828542  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 19755193 - 19755405
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttg 110  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||    
T  19755193 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttg 19755292  T
Q  111 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctg 210  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||||||    
T  19755293 taggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctg 19755392  T
Q  211 ctcctatgatgtc 223  Q
    ||| | |||||||    
T  19755393 ctcttgtgatgtc 19755405  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 19784613 - 19784401
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacat---atagaatgccacgatttgccaaattaagttttg 110  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |    ||| |||| |||| ||||||||||||  |||||    
T  19784613 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgctcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaataaaatgtcacggtttgccaaattattttttg 19784514  T
Q  111 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctg 210  Q
    ||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||||||    
T  19784513 taggtaaccgatctctcaggagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatatgatgatgaaattggggctg 19784414  T
Q  211 ctcctatgatgtc 223  Q
    ||| | |||||||    
T  19784413 ctcttgtgatgtc 19784401  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Original strand, 7403857 - 7404051
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| |||||| |  || ||||||||| |||||||||||   |||||||||||||||||||||||    
T  7403857 acatcttcaacgttcccgcatccagagacacacaaccgcgcctccaaacgtaaaatgccacggtttgccaaattcttttttgtaggtaaccgatccctca 7403956  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||| | |||| ||||||||||||| ||| | |||||| || ||||||||||||||||||| |||||||    
T  7403957 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgaaatgaacttgtttatgccaaattaacttcatattttgatgtaactggggctgctcctgtgatgtc 7404051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 89 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 55725822 - 55725719
Alignment:
Q  89 cgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtcca 188  Q
    |||| |||||||||   |||||||||||| ||||||||||  || |||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||||| ||| ||||    
T  55725822 cgatctgccaaattgtattttgtaggtaagcgatccctcaatagccgccaagcaaggattgaaacttttagaggaacttgtttatgccaaattaactcca 55725723  T
Q  189 tatt 192  Q
    ||||    
T  55725722 tatt 55725719  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 12697838 - 12697920
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| | ||||||    
T  12697838 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaatttcatatt 12697920  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 45472824 - 45472742
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  45472824 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 45472742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 92 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 11587331 - 11587233
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    |||||||||||   ||| |||||||| |||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| ||| | || ||||||||||| ||| ||||||    
T  11587331 tttgccaaattttctttcgtaggtaaacgattcctcagaagccgccaagcaagaatagatactttgataggtatctatttatgccaaattaactccata 11587233  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 111 - 192
Target Start/End: Original strand, 8361126 - 8361207
Alignment:
Q  111 taggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||| |||| |||||| ||||||||| |||||||||| ||||| |  ||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  8361126 taggtaaacgattcctcagcagtcgccaaacaaggatagaaacttttaagggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 8361207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 1 - 74
Target Start/End: Complemental strand, 159918 - 159842
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctcca 74  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| || |||||||    
T  159918 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagtaacatcttcgacaatcccacatccagcaacgcataatcgttcctcca 159842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000003
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Original strand, 20002750 - 20002832
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  || |||||||||| |||||| ||||| | | |||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  20002750 gtaggtaaacgatccctcaacagccgccaagcaatgatagaaacttttaaaagaacctgtttatgccaaattaactccatatt 20002832  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 145; Significance: 2e-76; HSPs: 14)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 145; E-Value: 2e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Original strand, 12734038 - 12734240
Alignment:
Q  1 aaaagttgcacaa---aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgcc 97  Q
    |||||||||||||   |||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||  || ||    
T  12734038 aaaagttgcacaagacaaaaacaaatgagaaacatcttcgacattcccacatctagaaacacataaccgctcctccagagatagaatgccacgggttacc 12734137  T
Q  98 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggt 197  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |    
T  12734138 aaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaaatccatattatgat 12734237  T
Q  198 gta 200  Q
    |||    
T  12734238 gta 12734240  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 2e-60
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 2553566 - 2553775
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| ||| || |||||| |  || ||||||||| ||||||||||||  ||||||||    
T  2553566 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaactgcgcctccaaaggtaaaatgccacggtttgccaaattattttttgtag 2553665  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    ||||||||||  ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  2553666 gtaaccgatctttcaaaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactggggctgctc 2553765  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
     | |||||||    
T  2553766 ttgtgatgtc 2553775  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 99; E-Value: 5e-49
Query Start/End: Original strand, 29 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 18651430 - 18651236
Alignment:
Q  29 acatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctca 128  Q
    |||||||| ||  |||| |||||||| ||||| |||||| | |||| |  || ||| ||||| ||| ||||||||  |||||||||||||||||||||||    
T  18651430 acatcttcaacggtcccgcatccagagacacacaaccgcgcatccaaaggtaaaatcccacggttttccaaattattttttgtaggtaaccgatccctca 18651331  T
Q  129 gaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||| || | ||||||||||||||||| |||||||    
T  18651330 gaagtcgccaagcaaggatagagactttgagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattttgatctaactggggctgctcctgtgatgtc 18651236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 28 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 24767621 - 24767426
Alignment:
Q  28 aacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctc 127  Q
    ||||||||| ||  |||| || ||| ||||||| |||||| |||||| |  || ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||     
T  24767621 aacatcttcaacgttcccgcaaccaaaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccacgatttgccaaattattttttgtaggtaaccgatcccta 24767522  T
Q  128 agaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||| |||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||| ||| |||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||    
T  24767521 agaagtcgtcaagcaaggatagagactttgataggaacctgtttatgcaaaattaactccatattttgatgtaactagggctgctcctgtgatgtc 24767426  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 74; E-Value: 4e-34
Query Start/End: Original strand, 106 - 223
Target Start/End: Original strand, 21168220 - 21168337
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactgg 205  Q
    |||||||||||| |||||   || ||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  21168220 ttttgtaggtaatcgatcttgcaaaagtctccaagctaggatagatactttgagaggaacctatttatgccaaattaactccatattatggtgtaactgg 21168319  T
Q  206 ggctgctcctatgatgtc 223  Q
    |||||||||| |||||||    
T  21168320 ggctgctcctgtgatgtc 21168337  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17579210 - 17579114
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17579210 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17579114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 96 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17573784 - 17573688
Alignment:
Q  96 ccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  ||| |||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||||||  |||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17573784 ccaaattagatttagtaggtaagcgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaatcttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17573688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 17606449 - 17606367
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||  |||||||||  |||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| ||| ||||||||    
T  17606449 gtaggtaaatgatccctcaacagtcgccaagcaaggatagaaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactccatatt 17606367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 106 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 21630226 - 21630140
Alignment:
Q  106 ttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||||||| ||||||||||  ||||||||| |||||||||| ||||| | ||||||||| |||||||||| ||| ||||||||    
T  21630226 ttttgtaggtaaacgatccctcaatagtcgccaaacaaggatagaaacttttaaaggaacctggttatgccaaattaactccatatt 21630140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 53 - 190
Target Start/End: Complemental strand, 14373163 - 14373026
Alignment:
Q  53 gaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagata 152  Q
    |||||||| |||||| |||||| | | | ||||||||| |||||||||||   ||| |||||||| |  | ||||| |||  |||||||||| |||||||    
T  14373163 gaaacacacaaccgcccctccatagaaataatgccacggtttgccaaatttcctttcgtaggtaagccgttcctcaaaagctgccaagcaagaatagata 14373064  T
Q  153 ctttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccata 190  Q
    |||| ||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  14373063 cttttagaggtacctgtttatgccaaattaaatccata 14373026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 110 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 10577364 - 10577282
Alignment:
Q  110 gtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||| | |||||||||||||||||||| ||| || |||||    
T  10577364 gtaggtaaacgatccctcaacagtcgccaagcaaggatataaacttttaaaggaacctgtttatgccaaattaactctatatt 10577282  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 92 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 15958946 - 15958861
Alignment:
Q  92 tttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgcca 177  Q
    |||||||||||   ||| ||||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  15958946 tttgccaaatttgctttcgtaggtaaatgatccctcaaaagccgccaagcaagaatagagactttaagaggaacctgtttatgcca 15958861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 43 - 192
Target Start/End: Complemental strand, 20883215 - 20883066
Alignment:
Q  43 cccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagca 142  Q
    ||||||||| |  ||||| |||||  |||||||| ||| ||||||||||| | |||| ||   ||| |||||||| | ||||||||  || |||||||||    
T  20883215 cccacatcccgtgacacaaaaccgagcctccacagatataatgccacgatctaccaagttcgatttagtaggtaaacaatccctcaacagccgccaagca 20883116  T
Q  143 aggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    |||||||| ||||| | |||||||| ||||||||| | ||| ||||||||    
T  20883115 aggatagaaacttttaaaggaacctatttatgccagattaactccatatt 20883066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 93 - 202
Target Start/End: Original strand, 13937708 - 13937817
Alignment:
Q  93 ttgccaaattaagttttgtaggtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatatt 192  Q
    ||||||||||  |||| ||||||||||| |||||||| |  ||||||||||  ||||| ||||| | ||| |||||||| |||||||  || ||||||||    
T  13937708 ttgccaaattttgtttagtaggtaaccggtccctcagcaaacgccaagcaaaaatagacactttcaaaggcacctgtttgtgccaaatcaactccatatt 13937807  T
Q  193 atggtgtaac 202  Q
     || ||||||    
T  13937808 ttgatgtaac 13937817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0472 (Bit Score: 98; Significance: 2e-48; HSPs: 1)
Name: scaffold0472
Description:

Target: scaffold0472; HSP #1
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 223
Target Start/End: Original strand, 3181 - 3390
Alignment:
Q  14 aaaagcaaatgagaaacatcttcgacaatcccacatccagaaacacataaccgctcctccacatatagaatgccacgatttgccaaattaagttttgtag 113  Q
    |||| |||||||  ||||||||| ||  ||||||||||||||||||| |||||| |||||| |  || ||||||| | |||||||||||   ||| ||||    
T  3181 aaaaacaaatgattaacatcttcaacgttcccacatccagaaacacacaaccgcgcctccaaaggtaaaatgccatggtttgccaaattgcttttcgtag 3280  T
Q  114 gtaaccgatccctcagaagtcgccaagcaaggatagatactttgagaggaacctgtttatgccaaactaagtccatattatggtgtaactggggctgctc 213  Q
    |||||||||| |||| ||||| ||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||    
T  3281 gtaaccgatctctcaaaagtctccaagcaaggatagaaactttaagaggaacctgtttatgccaaattaactccatattatggtgtaactagggttgctc 3380  T
Q  214 ctatgatgtc 223  Q
    || |||||||    
T  3381 ctgtgatgtc 3390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University