View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8548A_low_6 (Length: 523)

Name: NF8548A_low_6
Description: NF8548A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8548A_low_6
NF8548A_low_6
[»] chr6 (8 HSPs)
chr6 (23-516)||(2436296-2436789)
chr6 (104-509)||(2642451-2642856)
chr6 (104-510)||(2674287-2674693)
chr6 (104-510)||(2449580-2449986)
chr6 (111-510)||(2570799-2571198)
chr6 (111-508)||(2621796-2622193)
chr6 (98-508)||(2590228-2590638)
chr6 (23-69)||(2674755-2674801)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 482; Significance: 0; HSPs: 8)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 482; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 23 - 516
Target Start/End: Original strand, 2436296 - 2436789
Alignment:
Q  23 ggtggtgatgtcgttaattataacaatgttgttgaagatgttgttaacgacattgatcataatactaataagaagaagaaaaaggtgaaggttccttcat 122  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436296 ggtggtgatgtcgttaattataacaatgttgttgaagatgttgttaacgacattgatcataatactaataagaagaagaaaaaggtgaaggttccttcat 2436395  T
Q  123 ttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcggttcaacctatatccacatt 222  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436396 ttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcagttttattcggtgcggttcaacctatatccacatt 2436495  T
Q  223 tgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttgttttctagggttggctttg 322  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436496 tgcaacgggggcagttgcatcggtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttgttttctagggttggctttg 2436595  T
Q  323 gcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaagaatgttttccaagatactca 422  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2436596 gcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaagaatgttttccaagatactca 2436695  T
Q  423 cttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtggtatgttcatctca 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  2436696 cttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtggtatgttcttctca 2436789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 4e-98
Query Start/End: Original strand, 104 - 509
Target Start/End: Complemental strand, 2642856 - 2642451
Alignment:
Q  104 aaggtgaaggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcgg 203  Q
    ||||| |||||| |||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||| | | | |||||||||||||||||     
T  2642856 aaggtcaaggtttcttcgtttcaaaggttgttggcaatgaatgtgccagagtggaagcaagcatgtttgggttgtataaatgcggttttattcggtgcga 2642757  T
Q  204 ttcaacctatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttg 303  Q
    ||| |||| |||   | || |||| |||| |||||  ||||||||||||| || | |||| ||||||||| |||| ||| |||||||| ||||| |||||    
T  2642756 ttcgacctgtatattcgttcgcaatggggtcagttatatcagtttattttttggaagaccatgatgagatcaagaggcaaattaggatctatgcattttg 2642657  T
Q  304 ttttctagggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaaga 403  Q
    |||||||||||||||| |   ||| || ||| | ||| ||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||    
T  2642656 ttttctagggttggctgttatctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagaatacttgactaagagggttagagaacga 2642557  T
Q  404 atgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtgg 503  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||| ||  |||    
T  2642556 atgttttccaagatactcacatttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggtgttgtttgctctagacttgccaaagaagctaatatgg 2642457  T
Q  504 tatgtt 509  Q
    ||||||    
T  2642456 tatgtt 2642451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 5e-94
Query Start/End: Original strand, 104 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 2674693 - 2674287
Alignment:
Q  104 aaggtgaaggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcgg 203  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||| |||||||  || ||||||||||||| ||||||||| ||| | | | | ||||||||||||||      
T  2674693 aaggtcaaggttccttcgtttcgaaggttgttggctatgaatgtgcctgaatggaagcaagcatgtttgggttgtataaatgcagttttattcggtgcaa 2674594  T
Q  204 ttcaacctatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttg 303  Q
    |||||||| |||   | ||||||  |||| | |||| |||||||||||||||| | |||| ||||||||| |||||||| |||||||| ||||  |||||    
T  2674593 ttcaacctgtatattcgtttgcattggggtcggttgtatcagtttattttctggaggaccatgatgagattaagaagcaaattaggatctatgtgttttg 2674494  T
Q  304 ttttctagggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaaga 403  Q
    |||||||||||||||| |   |||  | ||| | ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||     
T  2674493 ttttctagggttggctgttatctcattggttgttaatgtacttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagagggttagagaaagg 2674394  T
Q  404 atgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtgg 503  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| || || ||||    
T  2674393 atgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaagatcgaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagatgctaatgtgg 2674294  T
Q  504 tatgttc 510  Q
    |||||||    
T  2674293 tatgttc 2674287  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 167; E-Value: 3e-89
Query Start/End: Original strand, 104 - 510
Target Start/End: Original strand, 2449580 - 2449986
Alignment:
Q  104 aaggtgaaggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcgg 203  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||  |||||||| | ||||| | |||||||||  |||||||    
T  2449580 aaggtaaaggttccttcatttcgaagattgttagcaatgaatgtgccagaatggaagcaagcgtgtttgggatttttgaatgcggttttatctggtgcgg 2449679  T
Q  204 ttcaacctatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttg 303  Q
    || |||| || |   ||||||||| |||| ||  |   || ||||||||||| ||  ||| ||||||||| ||||||||||||||||| |||    ||||    
T  2449680 ttgaaccgatgttttcatttgcaatggggtcaactatttctgtttattttcttaacaaccatgatgagatcaagaagcagattaggatttatatgctttg 2449779  T
Q  304 ttttctagggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaaga 403  Q
    |||||||||||| || ||  |||| || ||||| ||| ||||| | || ||| | ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||    
T  2449780 ttttctagggttagccttatcctcaatggtttttaatgtgcttcagcattattgttttgcatacatgggagagtacttaactaagagggttagagaaaga 2449879  T
Q  404 atgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtgg 503  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||||| |||||||||| ||||||| |||| ||||    
T  2449880 gtgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggtgctatttgttctagacttgacaaagaaaccaatgtgg 2449979  T
Q  504 tatgttc 510  Q
    |||||||    
T  2449980 tatgttc 2449986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 164; E-Value: 2e-87
Query Start/End: Original strand, 111 - 510
Target Start/End: Complemental strand, 2571198 - 2570799
Alignment:
Q  111 aggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcggttcaacc 210  Q
    ||||||| || |||||||| |||||||| |||||||  ||||| |||||||||| ||||||||| ||||| | | ||||||||||||||||| |||||||    
T  2571198 aggttccatcgtttcgaaggttgttggccatgaatgggccagagtggaagcaagcatgtttgggttgttttaatgcggttttattcggtgcgattcaacc 2571099  T
Q  211 tatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttgttttcta 310  Q
    | | |   | ||||||| |||| | |||  ||||||||||||| |  | ||||  |||||||| ||||| || |||||||| |||| |||||||||||||    
T  2571098 tgtgtattcgtttgcaatggggtcggttatatcagtttattttattgaggaccacgatgagatcaagaaacaaattaggatttatggtttttgttttcta 2570999  T
Q  311 gggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaagaatgtttt 410  Q
    ||| ||||| |    || || ||| | ||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| ||||||||    
T  2570998 gggctggctgttatttcaatggttattaatatgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtatttgactaagagggttagagaaaaaatgtttt 2570899  T
Q  411 ccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtggtatgttc 510  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||    
T  2570898 ctaagatactcacatttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagatgccaatgtggtatgttc 2570799  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 150; E-Value: 5e-79
Query Start/End: Original strand, 111 - 508
Target Start/End: Original strand, 2621796 - 2622193
Alignment:
Q  111 aggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcggtgcggttcaacc 210  Q
    |||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||  ||||| |||||||||  ||| ||||| ||| | | | || ||||| |||||||  |||||||    
T  2621796 aggttccttcctttcaaaggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgcttgggctgtataaatgcgattttagtcggtgcaattcaacc 2621895  T
Q  211 tatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgctttttgttttcta 310  Q
    | | |   |||||| |  |||| | |||  ||| ||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||  |||||||||||    
T  2621896 tgtgttttcatttggattggggtcggttatatcggtttattttttggagaaccatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgcactttgttttcta 2621995  T
Q  311 gggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaagaatgtttt 410  Q
    ||||||||| |   ||| || ||| | ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||||    
T  2621996 gggttggctgttatctcaatggttgttaatgtgcttcaacattatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattagagaaaagatgtttt 2622095  T
Q  411 ccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagccaacgtggtatgt 508  Q
    | ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2622096 ctaagatactcacatttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagaagccaatgtggtatgt 2622193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 143; E-Value: 7e-75
Query Start/End: Original strand, 98 - 508
Target Start/End: Original strand, 2590228 - 2590638
Alignment:
Q  98 aagaaaaaggtgaaggttccttcatttcgaagattgttggcaatgaatgctccagaatggaagcaagtatgtttggggtgtttgagttcggttttattcg 197  Q
    ||||| |||||  |||||||||| |||  | | ||||||||||||||||  ||||| |||||||||  ||||||||| ||| | | | |||||||||| |    
T  2590228 aagaagaaggttgaggttccttcctttaaatggttgttggcaatgaatggaccagagtggaagcaaacatgtttgggttgtataaatgcggttttatttg 2590327  T
Q  198 gtgcggttcaacctatatccacatttgcaacgggggcagttgcatcagtttattttctgaatgaccgtgatgagatgaagaagcagattaggatgtatgc 297  Q
    ||||  |||||||| | |   | |||| |  |||| | |||  ||| ||||||||| || |  ||| ||||||||| |||||||| |||||||| |||||    
T  2590328 gtgcaattcaacctgtgtattcttttggattggggtcggttatatcggtttattttttggagaaccatgatgagatcaagaagcaaattaggatttatgc 2590427  T
Q  298 tttttgttttctagggttggctttggcctctattgttttcaatatgcttgaacagtatagctttgcttacatgggagagtacttgactaagaggattaga 397  Q
      |||||||||||||||||||| |   ||| || ||| | ||| | ||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||    
T  2590428 actttgttttctagggttggctgttatctcaatggttgttaatgtacttcaacattatagctttgcttacatgggagaatacttgactaagagggttaga 2590527  T
Q  398 gaaagaatgttttccaagatactcacttttgaagttggttggtttgatgaggatcaaaattctacgggtgttatttgctctagacttgccaaagaagcca 497  Q
    ||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||  | |||||||||||||||||||||||||||    
T  2590528 gaacgaatgttttccaagatactcacatttgaagttggttggtttgatgaagatcaaaattctacaggttctgtttgctctagacttgccaaagaagcca 2590627  T
Q  498 acgtggtatgt 508  Q
    | |||||||||    
T  2590628 atgtggtatgt 2590638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 23 - 69
Target Start/End: Complemental strand, 2674801 - 2674755
Alignment:
Q  23 ggtggtgatgtcgttaattataacaatgttgttgaagatgttgttaa 69  Q
    |||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  2674801 ggtgatgatatccttaattataacaatgttgttgaagatattgttaa 2674755  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University