View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8548_low_9 (Length: 396)

Name: NF8548_low_9
Description: NF8548
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8548_low_9
NF8548_low_9
[»] chr6 (36 HSPs)
chr6 (8-378)||(24934239-24934609)
chr6 (8-378)||(24739252-24739622)
chr6 (14-377)||(24941778-24942141)
chr6 (112-378)||(30053103-30053369)
chr6 (63-378)||(21160682-21160997)
chr6 (63-340)||(29949992-29950269)
chr6 (117-361)||(29953768-29954012)
chr6 (63-340)||(30149154-30149431)
chr6 (49-340)||(30154113-30154404)
chr6 (120-314)||(24884824-24885017)
chr6 (269-378)||(24897910-24898019)
chr6 (118-375)||(30577828-30578085)
chr6 (149-340)||(30132424-30132619)
chr6 (118-340)||(29876507-29876729)
chr6 (8-265)||(15727338-15727595)
chr6 (147-326)||(24730566-24730745)
chr6 (112-339)||(29882111-29882338)
chr6 (112-339)||(29909267-29909494)
chr6 (155-340)||(29366516-29366701)
chr6 (112-350)||(29348683-29348921)
chr6 (154-339)||(29099061-29099246)
chr6 (154-339)||(29115979-29116164)
chr6 (238-339)||(29929075-29929176)
chr6 (250-338)||(15715083-15715171)
chr6 (145-339)||(24272043-24272237)
chr6 (154-339)||(24263848-24264033)
chr6 (239-323)||(30028941-30029025)
chr6 (238-350)||(30060247-30060359)
chr6 (122-197)||(30134838-30134913)
chr6 (145-350)||(29084727-29084932)
chr6 (218-350)||(29073545-29073677)
chr6 (218-350)||(29078309-29078441)
chr6 (218-350)||(29106118-29106250)
chr6 (277-340)||(16702241-16702304)
chr6 (274-340)||(29946275-29946341)
chr6 (8-73)||(16702380-16702445)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (14-378)||(44262650-44263014)
[»] scaffold0110 (1 HSPs)
scaffold0110 (46-357)||(43947-44258)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (112-373)||(24226496-24226757)
chr3 (154-314)||(24219356-24219516)
chr3 (26-184)||(16350640-16350798)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (149-313)||(20888451-20888612)
[»] chr2 (3 HSPs)
chr2 (159-271)||(32760391-32760503)
chr2 (147-314)||(15062997-15063164)
chr2 (25-86)||(21456191-21456252)
[»] chr7 (2 HSPs)
chr7 (205-307)||(13093653-13093755)
chr7 (113-314)||(3642714-3642915)
[»] chr1 (6 HSPs)
chr1 (237-338)||(10129938-10130039)
chr1 (237-340)||(19490051-19490154)
chr1 (124-315)||(17251001-17251192)
chr1 (25-95)||(19489839-19489909)
chr1 (46-90)||(17250923-17250967)
chr1 (226-302)||(41316059-41316135)
[»] scaffold0014 (4 HSPs)
scaffold0014 (148-315)||(137086-137253)
scaffold0014 (8-314)||(139870-140176)
scaffold0014 (14-92)||(105081-105159)
scaffold0014 (8-90)||(136946-137028)
[»] scaffold0177 (1 HSPs)
scaffold0177 (112-314)||(27030-27231)
[»] scaffold0237 (1 HSPs)
scaffold0237 (145-339)||(22052-22246)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (250-338)||(13904694-13904782)
[»] scaffold0054 (1 HSPs)
scaffold0054 (238-339)||(53692-53793)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (25-90)||(126468-126533)
scaffold0019 (242-314)||(126244-126316)
[»] scaffold0308 (1 HSPs)
scaffold0308 (8-90)||(8567-8649)
[»] scaffold0086 (1 HSPs)
scaffold0086 (262-340)||(31400-31478)


Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 194; Significance: 1e-105; HSPs: 36)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 194; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 8 - 378
Target Start/End: Original strand, 24934239 - 24934609
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctag 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |        ||||    
T  24934239 tgttcaatcaaatgttgttgaaaaacattaaaccagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctag 24934338  T
Q  108 acaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaag 207  Q
    | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| || || | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |  || |||    
T  24934339 aaatgtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggattctaatattgttacttataattctttaatggatgggtatttcttggtcaaacaagagaataag 24934438  T
Q  208 gccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgg 307  Q
    ||||||| ||| || |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||| |||||||||||    
T  24934439 gccacatttgtgttcaacactatggctagaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaatggactatgcaagactaaaatggtgg 24934538  T
Q  308 atgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttca 378  Q
    ||||||| || ||||||||||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||| |||| |||||| ||||    
T  24934539 atgaagccgttaatctcttcaaagaaatgcattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacaattca 24934609  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 182; E-Value: 3e-98
Query Start/End: Original strand, 8 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 24739622 - 24739252
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctag 107  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |        ||||    
T  24739622 tgttcaatcaaatgttgttgaaaaacattaaaccagacatttatacatttaatatattggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctag 24739523  T
Q  108 acaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaag 207  Q
    | | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||| | |  || |||    
T  24739522 aaatgtgttagctgttatgataaaacaaagtgtggatcctgatgtcattacttataattctttgatggatgggtatttcttggtcaaacaagagaataag 24739423  T
Q  208 gccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgg 307  Q
    ||||||| ||| || |||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||| ||| ||||||||| |||||||||||    
T  24739422 gccacatttgtgttcaacactatggctagaaggggagtgactcctgatgttcatagctatagtgtcatgattaatggactatgtaagactaaaatggtgg 24739323  T
Q  308 atgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttca 378  Q
    ||||||| || |||||| |||||||| ||||||  ||||  ||||||||| ||| |||| |||||||||||    
T  24739322 atgaagccgttaatctcctcaaagaaatgcattccaaaagtatggctcctaatactgtaacatacagttca 24739252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 175; E-Value: 4e-94
Query Start/End: Original strand, 14 - 377
Target Start/End: Original strand, 24941778 - 24942141
Alignment:
Q  14 atcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||  |  || ||| | || ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||  ||       ||||| | ||    
T  24941778 atcaaatgttgttgaaaaacatcagcccggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaaattaaacaagctagaaatgt 24941877  T
Q  114 gttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccaca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||| || |||| |||||||    
T  24941878 gttagctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtgtttcttggttaaagaagtgaacagggccaca 24941977  T
Q  214 tatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaag 313  Q
    |||||||| |||||||| |||| ||| |||||| ||||| || |||| ||||||||| | ||||| |  |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24941978 tatgtattcaacactatggctcaaagaggagtggctcctaatcttcatagctacagtgtcatgataactggattatgtaagaataaaatggtggatgaag 24942077  T
Q  314 ctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttc 377  Q
    | |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||| ||| |||||||||    
T  24942078 ccgtcaatctcttcaaagaattgcatataagaaacatggctcctgatattatagtatacagttc 24942141  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 143; E-Value: 5e-75
Query Start/End: Original strand, 112 - 378
Target Start/End: Original strand, 30053103 - 30053369
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||| ||||| || ||||||||||    
T  30053103 gtgttatctgttatgataaaacaaggcgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcttggtaaaagaagtcaacaaggcca 30053202  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
     | ||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||| ||||||| ||||||| | | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  30053203 aacatgtattcaacactatttctctaaggggagtgactcctaatgttcatagctacattgtcatgattaatggattatgtaagaataaaatggtggatga 30053302  T
Q  312 agctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttca 378  Q
    |||||| || || ||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||| |||  |||||||||||    
T  30053303 agctgtgaaacttttcaaagaaatgcatttaaaaaacatgactcctaatactgttacatacagttca 30053369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 63 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 21160997 - 21160682
Alignment:
Q  63 attggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttat 162  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||| |        ||||| ||||||||||| |||||||||||||||| ||||| | | |||| |||||||||    
T  21160997 attggttgatggtttatgtaaggaaggagagatgaaaaaagctagaaaagtgttagcttttatgataaaacaaggcgtggaacttaatgttgttacttat 21160898  T
Q  163 aattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaa 262  Q
    | || ||| |||||||| ||||||||||| ||||| || || |||||||||| ||| || |||||||| | | |||||||||||||| || ||||||| |    
T  21160897 agttttttgatggatgggtatttcttggtcaaagaagtgaataaggccacatttgtgttcaacactatggttagaaggggagtgacttctaatgttcata 21160798  T
Q  263 gctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatat 362  Q
    |||| | | | |||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  21160797 gctatactgtcatgattaatggactatgtaagaataaaatggtggatgaagccgttaatctctttaaagaaatgcatttaaaaaacatggctcctgatat 21160698  T
Q  363 tgtagcatacagttca 378  Q
    |||| |||||| ||||    
T  21160697 tgtaacatacaattca 21160682  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 63 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 29950269 - 29949992
Alignment:
Q  63 attggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttat 162  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||        ||||||| ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||    
T  29950269 attggtcgatggtttatgtaagcaaggagaggtgaaaaaagctagacatgtgttggctgttatgataaaacaacgtgtggaacctgatattgttacttat 29950170  T
Q  163 aattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaa 262  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | || |||| |||||  || ||| |||||||||||||||| |||||   |    
T  29950169 agttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggccaaacatctattcaacacccttcctctaaggggagtgactcctaatgttttta 29950070  T
Q  263 gctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||| ||||||    
T  29950069 gctacaatatcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgaatgaagctgcgaatctcttcaaagaaatgcatt 29949992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 1e-66
Query Start/End: Original strand, 117 - 361
Target Start/End: Complemental strand, 29954012 - 29953768
Alignment:
Q  117 agctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||||| |||||| |||||||| |||||| | |||||||| || |||||||||||||||    
T  29954012 agctgttatgataaaacaaggtgtggaacctaatgttgttacttatacttctttgatggatgggtatttcctagttaaagaagtcaacaaggccacatat 29953913  T
Q  217 gtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctg 316  Q
     |||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||  |||| ||||||| | | ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  29953912 atattcaacactattgctcaaaggggagtgactcctgaacttcatagctacaatgtcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgaatgaagctg 29953813  T
Q  317 tcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgata 361  Q
      ||||||||||||||  ||||||  | ||| ||| |||||||||    
T  29953812 cgaatctcttcaaagatatgcattccagaaatatgactcctgata 29953768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 125; E-Value: 3e-64
Query Start/End: Original strand, 63 - 340
Target Start/End: Original strand, 30149154 - 30149431
Alignment:
Q  63 attggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttat 162  Q
    |||||| ||||||||||| ||| ||||||||||        ||||| | ||||| |||||||||||||||||| ||||||| |||||| | |||||||||    
T  30149154 attggtcgatggtttatgtaagtaaggagaggtgaaaaaagctagatatgtgttggctgttatgataaaacaacgtgtggaacctgatattgttacttat 30149253  T
Q  163 aattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaa 262  Q
    | ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||||||||| | || |||| |||||  || ||| |||||||||||||||| |||||   |    
T  30149254 agttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtcaacaaggccaaacatctattcaacaccctttctctaaggggagtgactcctaatgttttta 30149353  T
Q  263 gctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||| ||||||||| ||||||    
T  30149354 gctacaatatcatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagccgtaaatcttttcaaagaaatgcatt 30149431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 123; E-Value: 4e-63
Query Start/End: Original strand, 49 - 340
Target Start/End: Original strand, 30154113 - 30154404
Alignment:
Q  49 tatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctg 148  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||        ||| |   || ||  |||||||||||||||||  |||||| ||||    
T  30154113 tataccttcaatatattggttgatggtttatgtaaggaaggagaggtgaaaagagctaaaagtgttttgactgttatgataaaacaacatgtggaacctg 30154212  T
Q  149 atgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgac 248  Q
    |||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || || |||||||||||||||||  | ||  |||||||||||||||||||    
T  30154213 atgttgttacttataattctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaataaggccacatatgtattcgatacacttgctcgaaggggagtgac 30154312  T
Q  249 tcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    |||| ||||||  ||||||||| | |||||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||| | |||||| |||||| ||||||    
T  30154313 tcctaatgttcgtagctacagtgtcatgattaatggattatgtaaggttaaaatggtggatgaagctgtgattctctttaaagaaatgcatt 30154404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 120 - 314
Target Start/End: Original strand, 24884824 - 24885017
Alignment:
Q  120 tgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgta 219  Q
    ||||||||||| ||||| |||||| ||| |||| |||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  24884824 tgttatgataagacaagttgtggaacctaatgttgttacttatacttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacaaggccacatatgta 24884923  T
Q  220 tttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 314  Q
    || ||||||||||||||||| ||||||| |||| ||||||||||||||| ||| |  ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24884924 ttcaacactattgctcgaagtggagtgattccttatgttcaaagctacaatatca-cattaacgaattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 24885017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 269 - 378
Target Start/End: Original strand, 24897910 - 24898019
Alignment:
Q  269 gtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagc 368  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24897910 gtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagc 24898009  T
Q  369 atacagttca 378  Q
    ||||||||||    
T  24898010 atacagttca 24898019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 118 - 375
Target Start/End: Complemental strand, 30578085 - 30577828
Alignment:
Q  118 gctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatg 217  Q
    |||||||||||||||||| ||||| | |||||||| ||||||| || ||||||||| ||||| ||||||||||||||| | |  |||||||| | ||||     
T  30578085 gctgttatgataaaacaaagtgtgaaacctgatgttgttacttgtagttctttaatagatgggtatttcttggttaaaaaagcgaacaaggctagatata 30577986  T
Q  218 tatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgt 317  Q
    |||| ||| |||| |||| ||  |||||||||  |||| |||  ||||||| ||| |||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||    
T  30577985 tattcaacgctatggctcaaaacggagtgactattgatcttcgtagctacaatataatgattaatggattaagtaaggctaaaatggtggatgaagctgt 30577886  T
Q  318 caatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagt 375  Q
     | |||||| |||||| |||| || ||||  ||| ||||||||| | || ||||||||    
T  30577885 gattctctttaaagaaatgcaattcaaaagtatgactcctgatactataacatacagt 30577828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 59; E-Value: 7e-25
Query Start/End: Original strand, 149 - 340
Target Start/End: Original strand, 30132424 - 30132619
Alignment:
Q  149 atgtcgttactta-taattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtga 247  Q
    |||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||| || |||| |||||||||  |||| || |||||  ||| ||||||| |||    
T  30132424 atgttgttacttaatagttctttaatggatggttatttcttggttaaagaagtgaacatggccacata--tattcaaaactatgcctcaaaggggaatga 30132521  T
Q  248 ctcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaa-----gaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
     |||||||||||| ||||||| ||  ||| || | |||||||||||     |||||||||||||||||||||| | | |||||| |||||| ||||||    
T  30132522 ttcctgatgttcagagctacactaacatggttgatggattatgtaagaattgaataaaatggtggatgaagctctgattctctttaaagaaatgcatt 30132619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 118 - 340
Target Start/End: Original strand, 29876507 - 29876729
Alignment:
Q  118 gctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatg 217  Q
    ||||| ||||| ||| |||||||| | |||||| |  |||||||||| |||||||||||||| ||||   |||||||||| ||  ||||||| |   ||     
T  29876507 gctgtgatgatgaaagaaggtgtgaaacctgatattattacttataactctttaatggatggatattgtctggttaaagaagtggacaaggctaagaata 29876606  T
Q  218 tatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgt 317  Q
    |||| |||||||| | ||  |||||||||||| |  ||||||  ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||  ||||||| ||||||||||  |    
T  29876607 tattcaacactatggttcagaggggagtgactgcaaatgttcggagctacagtatcatgattaatggattttgtaaggttaaaatgatggatgaagcaat 29876706  T
Q  318 caatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
     ||||||||| ||||| ||||||    
T  29876707 gaatctcttccaagaaatgcatt 29876729  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 53; E-Value: 3e-21
Query Start/End: Original strand, 8 - 265
Target Start/End: Complemental strand, 15727595 - 15727338
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctag 107  Q
    |||||||||||||| | |||||||||||||| | |||  ||||||| ||||| ||||||||||||| | |||| ||||||||| || |        |||     
T  15727595 tgttctatcaaatgctattgaaaaacatcaacccagatatttatacttttaacatattggttgatgttctatgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaa 15727496  T
Q  108 acaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaag 207  Q
    | | ||| ||||||| ||||| ||| |||||||||| |||||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||| | | |||||||| ||  |  |     
T  15727495 aaatgtgatagctgtgatgatgaaagaaggtgtggaacctgatgttgttacatacaattcattaatggatggttattgcctagttaaagaagtgtatgaa 15727396  T
Q  208 gccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagct 265  Q
    |||| | |||| || |||| |||| |||||| ||||| | |||||||| |||||||||    
T  15727395 gccaaacatgtgttaaacattatttctcgaatgggagcggctcctgatattcaaagct 15727338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 147 - 326
Target Start/End: Original strand, 24730566 - 24730745
Alignment:
Q  147 tgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtg 246  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| ||||||||  | |||||||||| | || ||||  | | ||| ||   |||||||||     
T  24730566 tgatgttgttacttataactctttaatggatggatattgcttagttaaagaaattaacaaggccaaagatatattcgatagtatggcctcaaggggagtc 24730665  T
Q  247 actcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctctt 326  Q
    | | || ||||||| ||||| |  |  |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  24730666 attgctaatgttcagagctataccaccatgattaatggattatgtaagattaaaatggtggatgaagctgtaaatctctt 24730745  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 339
Target Start/End: Original strand, 29882111 - 29882338
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||  |  | |||||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||   |||| || || || |||||||||     
T  29882111 gtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttacagctctttaatggatggatattgtctggtaaatgaagtgaacaaggccg 29882210  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
        | |||| ||||||||  |||  |||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  29882211 agagtatattcaacactatgtctcataggggagtgactgctaatgttcagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatga 29882310  T
Q  312 agctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    |||  | || || ||||||||| |||||    
T  29882311 agccatgaaacttttcaaagaaatgcat 29882338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 112 - 339
Target Start/End: Original strand, 29909267 - 29909494
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||  |  | |||||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||   |||| || || || |||||||||     
T  29909267 gtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttacagctctttaatggatggatattgtctggtaaatgaagtgaacaaggccg 29909366  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
        | |||| ||||||||  |||  |||||||||||| || ||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||    
T  29909367 agagtatattcaacactatgtctcataggggagtgactgctaatgttcagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatga 29909466  T
Q  312 agctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    |||  | || || ||||||||| |||||    
T  29909467 agccatgaaacttttcaaagaaatgcat 29909494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 155 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 29366701 - 29366516
Alignment:
Q  155 ttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctga 254  Q
    |||||||||| |||||||||||| | |||| | | |||||||| || || ||||| | | || |||| ||||||||  |||  |||||||||| |||| |    
T  29366701 ttacttataactctttaatggatagatattgcctagttaaagaagtcaataaggctaaacatatattcaacactatatctcagaggggagtgaatcctaa 29366602  T
Q  255 tgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    | |||| ||||||||||| |||||| |||| || ||||||| ||||| ||| ||||||||  | |||||||| |||||| ||||||    
T  29366601 tattcacagctacagtatcatgattcacgggttttgtaagattaaaaaggtcgatgaagccatgaatctctttaaagaaatgcatt 29366516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 29348921 - 29348683
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    ||||||||| | ||||| ||||||||  |  | |||||||| |||||||||   |||||||||||||| |||| | | |||||| | || || ||||| |    
T  29348921 gtgttagctatgatgatgaaacaaggcattaaacctgatgttgttacttattgctctttaatggatggatattgcctagttaaacaagtgaataaggcta 29348822  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
        | |||| |||||||| ||||   ||||||||||| || ||||||| ||||||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||| ||| |||||    
T  29348821 agagtatattcaacactatggctcaggggggagtgactgctaatgttcagagctacaatatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaaggttgatga 29348722  T
Q  312 agctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacat 350  Q
    |||  | |||||||| |||||| ||||||  ||||||||    
T  29348721 agccatgaatctctttaaagaaatgcattgcaaaaacat 29348683  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 339
Target Start/End: Original strand, 29099061 - 29099246
Alignment:
Q  154 gttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctg 253  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| || || ||||| |    | |||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||    
T  29099061 gttacttataactctttaatggatggatattgcctagttaaagaagtgaataaggctaagagtatattcaacactatggctcaggggggagtgaatcctg 29099160  T
Q  254 atgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    || |||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||| | | ||||||||  | |||||||| |||||| |||||    
T  29099161 atattcagagttacagtatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaagtttgatgaagccatgaatctctttaaagaaatgcat 29099246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 154 - 339
Target Start/End: Original strand, 29115979 - 29116164
Alignment:
Q  154 gttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctg 253  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| || || ||||| |    | |||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||    
T  29115979 gttacttataactctttaatggatggatattgcctagttaaagaagtgaataaggctaagagtatattcaacactatggctcaggggggagtgaatcctg 29116078  T
Q  254 atgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    || |||| || |||||||| ||||||||||| || ||||||| ||||| | | ||||||||  | |||||||| |||||| |||||    
T  29116079 atattcagagttacagtatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaagtttgatgaagccatgaatctctttaaagaaatgcat 29116164  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 238 - 339
Target Start/End: Original strand, 29929075 - 29929176
Alignment:
Q  238 aggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgc 337  Q
    |||||||||||| || ||| | | ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | || || ||||||||| |||    
T  29929075 aggggagtgactgctaatgctaagagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccatgaaacttttcaaagaaatgc 29929174  T
Q  338 at 339  Q
    ||    
T  29929175 at 29929176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 250 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 15715171 - 15715083
Alignment:
Q  250 cctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgca 338  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  15715171 cctgatgttcacagctacactatcattattaatggcttatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcaaagaaatgca 15715083  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 24272237 - 24272043
Alignment:
Q  145 cctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggag 244  Q
    ||||| || ||||||||||| |||||||||||| | ||||   |||| || || || ||||||||||    | |||| ||||||||  |||  |||||||    
T  24272237 cctgacgttgttacttataactctttaatggatcgatattgtctggtaaatgaagtgaacaaggccaagagtatattcaacactatgtctcataggggag 24272138  T
Q  245 tgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    ||||  || ||||||  ||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| ||||||||||||| ||||  | || || ||||||||| |||||    
T  24272137 tgaccgctaatgttcggagctacagtatcatgattaatagattttgtaagattaaaatggtggatcaagccatgaaacttttcaaagaaatgcat 24272043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 154 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 24264033 - 24263848
Alignment:
Q  154 gttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctg 253  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| ||||   |||| || || || |||| |||||    | |||| ||||||||  |||  |||||||||||| ||     
T  24264033 gttacttataactctttaatggatggatattgtctggtaaatgaagtgaacatggccaagagtatattaaacactatgtctcataggggagtgactgcta 24263934  T
Q  254 atgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
     |||||  ||||||| |||| ||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||| ||||  | || || ||||||||| |||||    
T  24263933 ctgttcggagctacaatattgtgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatcaagccatgaaacttttcaaagaaatgcat 24263848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #27
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 239 - 323
Target Start/End: Original strand, 30028941 - 30029025
Alignment:
Q  239 ggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatct 323  Q
    ||||||||| |||| || |||| ||||| | |||||||||| | ||||| ||||| | ||||||||||||||||||||| |||||    
T  30028941 ggggagtgagtcctaatattcacagctataatattatgattgatggattgtgtaatagtaaaatggtggatgaagctgtgaatct 30029025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #28
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 238 - 350
Target Start/End: Complemental strand, 30060359 - 30060247
Alignment:
Q  238 aggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgc 337  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| ||| |||||||| || || ||||||| ||||| ||| ||||||||  | ||||||||  ||||| |||    
T  30060359 aggggagtgactcatgatgtttcaagctacaatataatgattaatgggttttgtaagattaaaaaggtcgatgaagccatgaatctctttgaagaaatgc 30060260  T
Q  338 atttaaaaaacat 350  Q
    |||  ||||||||    
T  30060259 attgcaaaaacat 30060247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #29
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 122 - 197
Target Start/End: Original strand, 30134838 - 30134913
Alignment:
Q  122 ttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaaga 197  Q
    ||||| ||||||| || ||||| ||| |||| |||||||||| || |||||||||| | |||||||||||||||||    
T  30134838 ttatgttaaaacatggcgtggaacctaatgttgttacttatagttttttaatggatagatatttcttggttaaaga 30134913  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #30
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 145 - 350
Target Start/End: Original strand, 29084727 - 29084932
Alignment:
Q  145 cctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggag 244  Q
    |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| | | |||||||| || || | ||| |    | |||| |||||||| |||| | | ||||    
T  29084727 cctgatgttgttacttataactctttaatggatggatattgcctagttaaagaagtgaatacggctaagagtatattcaacactatggctcaaggcggag 29084826  T
Q  245 tgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaa 344  Q
    ||| ||||||| |||  || |||| |||  ||||||| || || ||||||| ||||| ||| ||| ||||| | |||||||| || ||| ||||||  ||    
T  29084827 tgaatcctgatattcgcagttacaatatcttgattaatgggttttgtaagattaaaaaggtcgataaagctatgaatctctttaatgaaatgcattgcaa 29084926  T
Q  345 aaacat 350  Q
    ||||||    
T  29084927 aaacat 29084932  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #31
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 350
Target Start/End: Original strand, 29073545 - 29073677
Alignment:
Q  218 tatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgt 317  Q
    |||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||||  ||| || |||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||||||||  |    
T  29073545 tattcaacactatggctcaggggggagtgaatcctgatactcagagttacaatatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaaggttgatgaagccat 29073644  T
Q  318 caatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacat 350  Q
     |||||||| ||| || ||||||  ||||||||    
T  29073645 gaatctctttaaaaaaatgcattgcaaaaacat 29073677  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #32
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 350
Target Start/End: Original strand, 29078309 - 29078441
Alignment:
Q  218 tatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgt 317  Q
    |||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||||  ||| || |||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||||||||  |    
T  29078309 tattcaacactatggctcaggggggagtgaatcctgatactcagagttacaatatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaaggttgatgaagccat 29078408  T
Q  318 caatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacat 350  Q
     |||||||| ||| || ||||||  ||||||||    
T  29078409 gaatctctttaaaaaaatgcattgcaaaaacat 29078441  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #33
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 218 - 350
Target Start/End: Original strand, 29106118 - 29106250
Alignment:
Q  218 tatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgt 317  Q
    |||| |||||||| ||||   ||||||||| |||||||  ||| || |||| ||| ||||||||||| || ||||||| ||||| ||| ||||||||  |    
T  29106118 tattcaacactatggctcaggggggagtgaatcctgatactcagagttacaatatcatgattaacgggttttgtaagattaaaaaggttgatgaagccat 29106217  T
Q  318 caatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacat 350  Q
     |||||||| ||| || ||||||  ||||||||    
T  29106218 gaatctctttaaaaaaatgcattgcaaaaacat 29106250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #34
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 277 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 16702304 - 16702241
Alignment:
Q  277 attaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||| ||||||||  | |||||||||| |||| ||||||    
T  16702304 attaatggattatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcacagaaatgcatt 16702241  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #35
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 274 - 340
Target Start/End: Original strand, 29946275 - 29946341
Alignment:
Q  274 atgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | ||||||||  ||||| ||||||    
T  29946275 atgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccatgaatctctttgaagaaatgcatt 29946341  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #36
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 16702445 - 16702380
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatg 73  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||| | | | |||||||| |||||||||||||||||||    
T  16702445 tgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtttatacttttaatatattggttgatg 16702380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 14 - 378
Target Start/End: Complemental strand, 44263014 - 44262650
Alignment:
Q  14 atcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||  || || ||| | || ||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||       ||||| | ||    
T  44263014 atcaaatgttgttgaaaaacatcagcctggatgttcaaacttttaatacattggttgatggtttatgtaaggaaggagaagttaaacaagctagaaatgt 44262915  T
Q  114 gttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccaca 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  ||||||||| |||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||    
T  44262914 gttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatatttttacttatatttctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtgaacaaggccaca 44262815  T
Q  214 tatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaag 313  Q
    |||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||||  |||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  44262814 tatgtattcaacactattgctcgaagtggagtgattcctagtgttcaaagctacagtgttatgattaatggattgtgtaagaaaaaaatggtggatgaag 44262715  T
Q  314 ctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcatacagttca 378  Q
    | |||||||||||||||||| ||||  |||||||||||||||| |||| | || |||||| ||||    
T  44262714 ccgtcaatctcttcaaagaactgcaaataaaaaacatggctcccgatactataacatacaattca 44262650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0110 (Bit Score: 131; Significance: 7e-68; HSPs: 1)
Name: scaffold0110
Description:

Target: scaffold0110; HSP #1
Raw Score: 131; E-Value: 7e-68
Query Start/End: Original strand, 46 - 357
Target Start/End: Complemental strand, 44258 - 43947
Alignment:
Q  46 gtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatc 145  Q
    ||||| || |||| ||| ||| |||||| |||||| ||||| ||||||||        ||||| | ||||| |||||||||||||||||||| ||||| |    
T  44258 gtttacacctttagtattttgattgatgttttatgtaaggatggagaggtgaaaaaagctagaaatgtgttggctgttatgataaaacaaggcgtggaac 44159  T
Q  146 ctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagt 245  Q
    |  || | | |||||||| ||||||||||||||| | ||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||    
T  44158 ccaatattgctacttatagttctttaatggatgggtgtttctcggttaaagaagtgaacaaggccacatatgtattcaacactattgctagaaggggagt 44059  T
Q  246 gactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaa 345  Q
    | ||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||  |||    
T  44058 ggctcttgatgttcagagctacagtgttatgattaacggattttgcaagaataaaatggtggatgaagcagttaatctcttcaaagaaatgcattccaaa 43959  T
Q  346 aacatggctcct 357  Q
    || |||| ||||    
T  43958 aatatggttcct 43947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 110; Significance: 3e-55; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 110; E-Value: 3e-55
Query Start/End: Original strand, 112 - 373
Target Start/End: Original strand, 24226496 - 24226757
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    ||||| ||| |||||||||||||| ||||||| ||| || | ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||    
T  24226496 gtgttggctattatgataaaacaacgtgtggaacctaatattgttacttataattctttgatggatgggtatttcttggttaaagaagtcaacaaggcca 24226595  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
     | |  |||| ||||||||| ||| ||||||| |||||||| ||||||  |||||||   | |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  24226596 aacagttattcaacactatttctctaaggggaatgactcctaatgttcgtagctacaaagtcatgattaatggattatgtaagaataaaatggtggatga 24226695  T
Q  312 agctgtcaatctcttcaaagaattgcatttaaaaaacatggctcctgatattgtagcataca 373  Q
    ||| |  ||||| ||||||||| ||||||  ||||| |||| |||||| | |||||||||||    
T  24226696 agccgcaaatcttttcaaagaaatgcattccaaaaatatggttcctgacactgtagcataca 24226757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 154 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 24219516 - 24219356
Alignment:
Q  154 gttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctg 253  Q
    ||||||||||| ||||||||| |||| ||||   |||| || || || |||||||||  |  | |||| |||||||| |||| ||  |||||| ||||||    
T  24219516 gttacttataactctttaatgaatggatattgtctggtaaatgaggtgaacaaggccgaaagtatattcaacactatggctcaaattggagtggctcctg 24219417  T
Q  254 atgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 314  Q
    | ||||| || |||||||| |||||||  ||||| ||||||| ||||||||||||||||||    
T  24219416 acgttcatagttacagtatcatgattagtggattttgtaagattaaaatggtggatgaagc 24219356  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 26 - 184
Target Start/End: Original strand, 16350640 - 16350798
Alignment:
Q  26 tgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctagacaagtgttagctgttat 125  Q
    ||||||||||||| | ||| | |||||| ||||||||||||||||||| | | || ||||||||| || |        ||| | | ||| ||||||| ||    
T  16350640 tgaaaaacatcaacccagatgcttatacttttaatatattggttgatgctctttgtaaggaaggaaagatcaaagaagctaaaaatgtgatagctgtgat 16350739  T
Q  126 gataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatt 184  Q
    ||| ||| |||||||||| |||  ||| ||||| |||||| | ||||||||||| ||||    
T  16350740 gatgaaagaaggtgtggaacctactgttgttacatataatacattaatggatgggtatt 16350798  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 67; Significance: 1e-29; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 149 - 313
Target Start/End: Original strand, 20888451 - 20888612
Alignment:
Q  149 atgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgac 248  Q
    |||| |||||||||| |||||||||   ||| |||||||||||||||||||| | ||| |||||||||||||| |||| ||| | | |||||||||||||    
T  20888451 atgttgttacttatagttctttaat---tgggtatttcttggttaaagatgtgaccaaagccacatatgtattcaacaatatggtttgaaggggagtgac 20888547  T
Q  249 tcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaag 313  Q
    |  | ||||| | ||||||| | | |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||    
T  20888548 ttataatgttgatagctacaatgtcatgattaacgtattatataagaataaaatggtggatgaag 20888612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 61; Significance: 4e-26; HSPs: 3)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 159 - 271
Target Start/End: Complemental strand, 32760503 - 32760391
Alignment:
Q  159 ttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgtt 258  Q
    |||||||||||| | |||||| |||||||||||||| || || |||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| ||    
T  32760503 ttataattctttgacggatgggtatttcttggttaaggaagtgaacaagaccaaatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgaaacctgatctt 32760404  T
Q  259 caaagctacagta 271  Q
    || || |||||||    
T  32760403 cacagttacagta 32760391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 147 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 15063164 - 15062997
Alignment:
Q  147 tgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtg 246  Q
    |||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| ||| |||||| | || ||||||||||    | |||| |||  ||| |||| |||||||||     
T  15063164 tgatgttgttacttataactctttaatggatggatattgcttagttaaacaagtgaacaaggccaagagtttattcaacgttatggctcaaaggggagta 15063065  T
Q  247 actcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 314  Q
    |||||||| |||   ||||||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| ||||||||    
T  15063064 actcctgacgtttggagctacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtagatgaagc 15062997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 86
Target Start/End: Original strand, 21456191 - 21456252
Alignment:
Q  25 ttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaagga 86  Q
    |||||||||||||| | ||| ||||||||||||  |||| ||||||| | ||||||||||||    
T  21456191 ttgaaaaacatcaagccagatgtttatacatttggtataatggttgaggctttatgcaagga 21456252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 55; Significance: 2e-22; HSPs: 2)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 205 - 307
Target Start/End: Complemental strand, 13093755 - 13093653
Alignment:
Q  205 aaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatgg 304  Q
    ||||||||||||||||| ||| ||||||| ||  |||||||| ||||||||||||||||||||| ||| || ||||| ||||| |||||||||||| |||    
T  13093755 aaggccacatatgtattcaactctattgcccggtggggagtgcctcctgatgttcaaagctacaatatcataattaatggattgtgtaagaataaattgg 13093656  T
Q  305 tgg 307  Q
    |||    
T  13093655 tgg 13093653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 113 - 314
Target Start/End: Original strand, 3642714 - 3642915
Alignment:
Q  113 tgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccac 212  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||  ||| ||||| ||||| || | ||| ||||||||||| ||||   | ||||| || || || |||||||     
T  3642714 tgttagccgttatgatgaaacaaggtgtgattccggatgttgttacctacagttcattaatggatggatattgtctagttaatgaagtgaataaggccaa 3642813  T
Q  213 atatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaa 312  Q
    | |||| |||| ||||||  |||||   |||||| ||||  ||| ||| ||||| | ||| |||||||| |||||  |||||| ||||||||| ||||||    
T  3642814 acatgtgtttagcactatgtctcgactaggagtggctccacatgctcatagctataatataatgattaatggattgggtaagattaaaatggtcgatgaa 3642913  T
Q  313 gc 314  Q
    ||    
T  3642914 gc 3642915  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 54; Significance: 7e-22; HSPs: 6)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 54; E-Value: 7e-22
Query Start/End: Original strand, 237 - 338
Target Start/End: Original strand, 10129938 - 10130039
Alignment:
Q  237 aaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattg 336  Q
    ||||||||||| | | ||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||| |  |||||||||||||| ||    
T  10129938 aaggggagtgattgccgatgttcaaagttacagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagctattgatctcttcaaagaaatg 10130037  T
Q  337 ca 338  Q
    ||    
T  10130038 ca 10130039  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000001
Query Start/End: Original strand, 237 - 340
Target Start/End: Original strand, 19490051 - 19490154
Alignment:
Q  237 aaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattg 336  Q
    ||||||| ||||||||||| |||| ||||| | ||| |||||||| |||||||||||||  |||||| |||||||||| || | ||||||  ||||| ||    
T  19490051 aaggggaatgactcctgatattcagagctatactatcatgattaatggattatgtaagatgaaaatgttggatgaagcggtaagtctctttgaagaaatg 19490150  T
Q  337 catt 340  Q
    ||||    
T  19490151 catt 19490154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 124 - 315
Target Start/End: Original strand, 17251001 - 17251192
Alignment:
Q  124 atgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtattta 223  Q
    ||||| ||| |||||||||  || |||||  ||||||||||| |||| |||||||| ||||| || ||||| || |     |||||||   |||||||||    
T  17251001 atgatgaaagaaggtgtgggaccggatgtttttacttataatgctttgatggatggatattttttagttaaggaagcggggaaggccaagaatgtattta 17251100  T
Q  224 acactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagct 315  Q
    ||| ||| |||| || ||||||||||  ||||||||| ||||| ||| | |||||||  ||||||| ||| |  |||||| |||||||||||    
T  17251101 acattatggctcaaatgggagtgacttgtgatgttcatagctatagtgtcatgattagtggattatctaaaatgaaaatgttggatgaagct 17251192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 25 - 95
Target Start/End: Original strand, 19489839 - 19489909
Alignment:
Q  25 ttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggt 95  Q
    |||||||||||||| |  || |||||||||||||||| ||||||||||| ||| | |||||||||| ||||    
T  19489839 ttgaaaaacatcaatccggatgtttatacatttaatacattggttgatgctttgttcaaggaaggaaaggt 19489909  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 46 - 90
Target Start/End: Original strand, 17250923 - 17250967
Alignment:
Q  46 gtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaagga 90  Q
    |||| ||| ||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  17250923 gtttgtacgtttaatacattggttgatggtttatgtaaggaagga 17250967  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 226 - 302
Target Start/End: Original strand, 41316059 - 41316135
Alignment:
Q  226 actattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaat 302  Q
    |||||| |||||| ||||||| ||||| ||  ||| ||||| | ||| |||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  41316059 actatttctcgaatgggagtggctcctaatactcagagctataatatcatgattaacggattctgtaagattaaaat 41316135  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014 (Bit Score: 52; Significance: 1e-20; HSPs: 4)
Name: scaffold0014
Description:

Target: scaffold0014; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 148 - 315
Target Start/End: Original strand, 137086 - 137253
Alignment:
Q  148 gatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtga 247  Q
    ||||| ||||| || ||||| ||||||||||| |||| | | ||||| || || || ||||||| | |||| || | |||||||||||||| |||||||     
T  137086 gatgttgttacatacaattcattaatggatgggtattgcctagttaatgaagtgaataaggccaaacatgttttaagcactattgctcgaatgggagtgg 137185  T
Q  248 ctcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagct 315  Q
    ||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||| ||||| ||||||| |||||||||  ||||||||    
T  137186 ctcctgatgctcagagctataatatcatgattaatggattctgtaagattaaaatggtcaatgaagct 137253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #2
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 8 - 314
Target Start/End: Original strand, 139870 - 140176
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggagaggttnnnnnnnctag 107  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||||||||||||| | | || || |||||||| ||        |||     
T  139870 tgttccatgaaatggtattgaaaaacatcaaccgagatgtttatacttttaatatattggttgatgctctttgtaaagaaggagatgtgaaagtagctaa 139969  T
Q  108 acaagtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaag 207  Q
      |  ||||||| |||||||| ||| |||||||    || ||||| ||||| ||   ||| ||||||||||| |||| | | ||||| || ||||| |||    
T  139970 gaatctgttagccgttatgatgaaagaaggtgtaataccggatgttgttacctacggttcattaatggatggatattgcctagttaatgaagtaaataag 140069  T
Q  208 gccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtgg 307  Q
    |||| | |||| || |||| |||| ||| || ||||||| ||||||||| ||| | ||| ||||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||| |    
T  140070 gccaaacatgtgttcaacattatttctcaaatgggagtggctcctgatgctcatacctatagtatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggttg 140169  T
Q  308 atgaagc 314  Q
    |||||||    
T  140170 atgaagc 140176  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #3
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 14 - 92
Target Start/End: Complemental strand, 105159 - 105081
Alignment:
Q  14 atcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaaggaga 92  Q
    |||||||| | |||||||||||||| | ||| || ||||| ||||||||||||||||||| | | || |||||||||||    
T  105159 atcaaatggtattgaaaaacatcaacccagatgtgtatacttttaatatattggttgatgctctttgtaaggaaggaga 105081  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0014; HSP #4
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 8 - 90
Target Start/End: Original strand, 136946 - 137028
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaagga 90  Q
    ||||| |||||||| | |||||||||||||| | | | | |||||| ||||||||||||||||||| | | ||||||||||||    
T  136946 tgttccatcaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgattatacttttaatatattggttgatgctctttgcaaggaagga 137028  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0177 (Bit Score: 47; Significance: 1e-17; HSPs: 1)
Name: scaffold0177
Description:

Target: scaffold0177; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 1e-17
Query Start/End: Original strand, 112 - 314
Target Start/End: Original strand, 27030 - 27231
Alignment:
Q  112 gtgttagctgttatgataaaacaaggtgtggatcctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggcca 211  Q
    ||||||||||| ||||| ||| |||| ||||| |||||| | ||||| ||||  ||| |||||||||| |||| ||| |||||  | |||||||||||||    
T  27030 gtgttagctgtgatgatgaaagaaggcgtggaacctgattt-gttacatatagctctctaatggatgggtattgcttagttaatcaagtaaacaaggcca 27128  T
Q  212 catatgtatttaacactattgctcgaaggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatga 311  Q
       ||||||| ||||  || |    |||| ||||||| ||||||||||| ||||||| ||| || |||||  |||||||||||| ||||||||| |||||    
T  27129 agcatgtattcaacatcataggaaaaaggagagtgacacctgatgttcacagctacactatcattattaagagattatgtaagattaaaatggtcgatga 27228  T
Q  312 agc 314  Q
    |||    
T  27229 agc 27231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0237 (Bit Score: 43; Significance: 0.000000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0237
Description:

Target: scaffold0237; HSP #1
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 145 - 339
Target Start/End: Original strand, 22052 - 22246
Alignment:
Q  145 cctgatgtcgttacttataattctttaatggatggctatttcttggttaaagatgtaaacaaggccacatatgtatttaacactattgctcgaaggggag 244  Q
    |||||||| |||||||| |  |||||||||||||| ||||   |||| || || || |||||||||     | |||| ||||||||  |||  ||||| |    
T  22052 cctgatgttgttacttacagctctttaatggatggatattgtctggtaaatgaagtgaacaaggccgagagtatattcaacactatgtctcataggggtg 22151  T
Q  245 tgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcat 339  Q
    ||||| || ||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||  | || || ||||||||| |||||    
T  22152 tgactgctaatgttcagagctacaatatcatgattaatggattttgtaagattaaaatggtggatgaagccatgaaacttttcaaagaaatgcat 22246  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000004; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 250 - 338
Target Start/End: Complemental strand, 13904782 - 13904694
Alignment:
Q  250 cctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgca 338  Q
    ||||||||||| ||||||| ||| || ||||| || |||||||||| ||||||||| ||||||||  | ||||||||||||||| ||||    
T  13904782 cctgatgttcacagctacactatcattattaatggcttatgtaagattaaaatggttgatgaagccttgaatctcttcaaagaaatgca 13904694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0054 (Bit Score: 38; Significance: 0.000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0054
Description:

Target: scaffold0054; HSP #1
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 238 - 339
Target Start/End: Complemental strand, 53793 - 53692
Alignment:
Q  238 aggggagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgc 337  Q
    |||||||||||| || ||||||| ||||||| ||| |||||||| ||||| ||||||| ||||| ||||||| ||||  | || ||||||| |||| |||    
T  53793 aggggagtgactgctaatgttcatagctacaatatcatgattaatggattttgtaagattaaaaaggtggataaagccatgaaactcttcatagaaatgc 53694  T
Q  338 at 339  Q
    ||    
T  53693 at 53692  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 25 - 90
Target Start/End: Complemental strand, 126533 - 126468
Alignment:
Q  25 ttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaagga 90  Q
    |||||||||||||| | ||| |||||||| ||||||||| ||||||||| | |||| |||||||||    
T  126533 ttgaaaaacatcaacccagatgtttatacttttaatataatggttgatgctctatgtaaggaagga 126468  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 242 - 314
Target Start/End: Complemental strand, 126316 - 126244
Alignment:
Q  242 gagtgactcctgatgttcaaagctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagc 314  Q
    ||||| ||||||||| ||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||||  ||||||||| || |||||    
T  126316 gagtggctcctgatgctcatagctatagtatcatgattaatggattatgtaaggttaaaatggtcgacgaagc 126244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0308 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0308
Description:

Target: scaffold0308; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 8 - 90
Target Start/End: Original strand, 8567 - 8649
Alignment:
Q  8 tgttctatcaaatgttgttgaaaaacatcaaactagacgtttatacatttaatatattggttgatggtttatgcaaggaagga 90  Q
    ||||| || ||||| | |||||||||||||| | | | |||||||| ||||||||||||||||||| | | || |||||||||    
T  8567 tgttcaatgaaatggtattgaaaaacatcaacccaaatgtttatacttttaatatattggttgatgctctctgtaaggaagga 8649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0086 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 1)
Name: scaffold0086
Description:

Target: scaffold0086; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 262 - 340
Target Start/End: Complemental strand, 31478 - 31400
Alignment:
Q  262 agctacagtattatgattaacggattatgtaagaataaaatggtggatgaagctgtcaatctcttcaaagaattgcatt 340  Q
    ||||||| ||| || ||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||||  | |||||||||| |||| ||||||    
T  31478 agctacaatatcattattaatggattatgtaagattaaaattgttgatgaagccttgaatctcttcacagaaatgcatt 31400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University