View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8549_low_2 (Length: 566)

Name: NF8549_low_2
Description: NF8549
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8549_low_2
NF8549_low_2
[»] chr1 (13 HSPs)
chr1 (16-550)||(27432619-27433153)
chr1 (16-550)||(27207539-27208073)
chr1 (36-550)||(27214910-27215424)
chr1 (36-550)||(27443477-27443991)
chr1 (36-550)||(27220872-27221386)
chr1 (32-538)||(27388845-27389351)
chr1 (32-538)||(27409801-27410307)
chr1 (23-226)||(27455093-27455294)
chr1 (452-539)||(20952530-20952617)
chr1 (252-374)||(27454712-27454834)
chr1 (32-103)||(27415750-27415821)
chr1 (344-412)||(20952648-20952716)
chr1 (203-420)||(27415924-27416142)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (252-400)||(41457747-41457895)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 451; Significance: 0; HSPs: 13)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 451; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 27433153 - 27432619
Alignment:
Q  16 atgaacgtattttgcatttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggaga 115  Q
    ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  27433153 atgaacgtattttgcatttgtatgcagcggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccgggaacgttaactggaga 27433054  T
Q  116 ccaaaaacctcagctatcaacgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccga 215  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  |||||||||| |||    
T  27433053 ccaaaagcctcagctatcaacaacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgaggtggaccttccatcaccatggtcgggtcgattttggggacga 27432954  T
Q  216 actggatgctcagacaacaatggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaa 315  Q
    || ||||||||  ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432953 accggatgctccaacaacaatggaaagttcagttgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggttgtaacggtgctggcgcaatcccaccagcaa 27432854  T
Q  316 cattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaagg 415  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432853 cattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctatgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaagg 27432754  T
Q  416 tgggagtggtgactgcaaaacctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgct 515  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  27432753 tgggagtggtgactgcaaaacctccagttgtccagggaacattaatgttgtgtgcccttcagagctccaagtgataggttctgatgggagtgtggttgct 27432654  T
Q  516 tgtaagagcgcttgtttggctttaaacgaagataa 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27432653 tgtaagagcgcttgtttggctttaaacgaagataa 27432619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 423; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 16 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 27208073 - 27207539
Alignment:
Q  16 atgaacgtattttgcatttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggaga 115  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27208073 atgaacgtatttttcatttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgcatacactgtatggccaggaacgttaactggaga 27207974  T
Q  116 ccaaaaacctcagctatcaacgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccga 215  Q
    |||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27207973 ccaaaaacctcagctatcgacaacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccga 27207874  T
Q  216 actggatgctcagacaacaatggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaa 315  Q
    ||||||||||| |||||||| |||| ||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27207873 actggatgctccgacaacaacggaaggttcagctgcgccaccgccgattgtgcctccggtcaagtcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaa 27207774  T
Q  316 cattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaagg 415  Q
    || |||||||||||||  ||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||| ||||| |||| |||||||||    
T  27207773 cactggtagaaataacaatagcatccaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgttgatgggttcaatgtgcccatgtccgtaatgccacaagg 27207674  T
Q  416 tgggagtggtgactgcaaaacctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgct 515  Q
    |||||||||||||||||||||| | ||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  27207673 tgggagtggtgactgcaaaaccgctagttgtcctaggaacattaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtgtttgct 27207574  T
Q  516 tgtaagagcgcttgtttggctttaaacgaagataa 550  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  27207573 tgtaagagcgcttgtttggctttaaaggaagataa 27207539  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 407; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 27215424 - 27214910
Alignment:
Q  36 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27215424 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacgttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctcagctatcaa 27215325  T
Q  136 cgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctcagacaacaa 235  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||   |||||||    
T  27215324 cgacaggtttcgagttgggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 27215225  T
Q  236 tggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 335  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215224 tggaaagttcagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 27215125  T
Q  336 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215124 gcaacaaacgggggacaagatttctatgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 27215025  T
Q  436 cctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 535  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27215024 cctccagttgtccagggaacatcaatgttgtgtgtccttcagagctccaagtgataggtactgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 27214925  T
Q  536 tttaaacgaagataa 550  Q
    |||||| ||||||||    
T  27214924 tttaaatgaagataa 27214910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 403; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 550
Target Start/End: Original strand, 27443477 - 27443991
Alignment:
Q  36 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 135  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27443477 tatgcagttgttggaggagctaaggtgacgttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctcagctatcaa 27443576  T
Q  136 cgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctcagacaacaa 235  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||  || ||| | ||||||||||||||||||||||| ||  |||||||||||||||| |||||||   |||||||    
T  27443577 cgacaggtttcgagttgggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtctggtcgattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 27443676  T
Q  236 tggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 335  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443677 tggaaagttcagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 27443776  T
Q  336 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 435  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443777 gcaacaaacgggggacaagatttctaagatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 27443876  T
Q  436 cctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 535  Q
    ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27443877 cctccagttgtccagggaacatcaatgttgtgtgtccttcagagctccaagtgataggtactgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 27443976  T
Q  536 tttaaacgaagataa 550  Q
    |||||| ||||||||    
T  27443977 tttaaatgaagataa 27443991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 383; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 36 - 550
Target Start/End: Complemental strand, 27221386 - 27220872
Alignment:
Q  36 tatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagctatcaa 135  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  27221386 tatgcagtggttggaggagctaaggtgactttcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaaccggagaccaaaaacctcagctatcaa 27221287  T
Q  136 cgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctcagacaacaa 235  Q
    |||| ||||| ||||| ||| ||||||  || ||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||   |||||||    
T  27221286 cgacaggtttcgagttgggatctggagttactatttcagtggaccttccatcaccatggtcgggtagattttggggccgaaccggatgcttcaacaacaa 27221187  T
Q  236 tggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgta 335  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  27221186 tggaaagttcagctgtgccaccgccgattgtgcctctggtcaagtcggttgcaacggtgctggggcaatcccaccagcaacattggtagaaataacggta 27221087  T
Q  336 gcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 435  Q
    |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27221086 gcaacagacgggggacaagacttctacgatgtgagcaatgtggacggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgcaaaa 27220987  T
Q  436 cctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggc 535  Q
    ||||||||||||| |||||||| ||||||||||| |||||||||||||| || |||||| |||||||||||||| |||| |||||||| |||||||||||    
T  27220986 cctccagttgtccagggaacattaatgttgtgtgcccttcagagctccaagttattggtactgatgggagtgtgattgcctgtaagagtgcttgtttggc 27220887  T
Q  536 tttaaacgaagataa 550  Q
    |||||| ||||||||    
T  27220886 tttaaatgaagataa 27220872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 171; E-Value: 1e-91
Query Start/End: Original strand, 32 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 27389351 - 27388845
Alignment:
Q  32 tttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagcta 131  Q
    |||||||||||  | | ||||||| | ||| |||||||| ||||| |||| |||||| |||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  27389351 tttgtatgcagctgctagaggagccacggtaacattcacgaatagatgtggatacaccgtatggccaggaaccttaaccggagaccaaaaacctcagcta 27389252  T
Q  132 tcaacgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctcagaca 231  Q
    ||||| || ||||| |||||||||||||||||||| |   | | |||  |||| || |||||||| ||  ||||||||| |||||| |||||||||  ||    
T  27389251 tcaacaacaggtttcgagttaggacctggagcaacgaactcagcggaaattccttccccatggtcaggtcgattttgggcccgaaccggatgctcaacca 27389152  T
Q  232 acaatggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataac 331  Q
    |||| ||| |||| |  |||||||||||||||||||| ||||||||| | |  ||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||| ||    
T  27389151 acaacggacagtttacttgtgccactgccgattgtgcatctggtcaagttgcatgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaactttggttgaaattac 27389052  T
Q  332 cgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgc 431  Q
     || ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| || || || ||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||| || |||    
T  27389051 agtggcatcaaatggaggacaagatttctacgatgtgagcaacgttgacggtttcaacgtgccaatgtccgtaactccacaaggcggaagtggcgattgc 27388952  T
Q  432 aaaacctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtt 531  Q
    ||| |||| || ||||| |  ||||| ||   |||||||||  | ||||| ||  | |  ||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  27388951 aaatcctctagctgtccagcaaacatcaactctgtgtgtcccgcggagcttcaattaaaaggttctgatggaagtgtcgttgcttgtaagagtgcttgtt 27388852  T
Q  532 tggcttt 538  Q
    |||||||    
T  27388851 tggcttt 27388845  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 135; E-Value: 4e-70
Query Start/End: Original strand, 32 - 538
Target Start/End: Complemental strand, 27410307 - 27409801
Alignment:
Q  32 tttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaacctcagcta 131  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| ||| ||||||||||||||||| || |||  ||  ||||  |||||  ||    
T  27410307 tttgtatgcagtggttggaggagccaaggtgacattcacgaatagatgtggatatactgtatggccaggaacctttactacagctcaaacccctcaatta 27410208  T
Q  132 tcaacgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggatgctcagaca 231  Q
    ||||| || ||||||||||| ||||  ||||  ||     ||||| ||||||| ||  ||||||| ||  |||||||||   |||| |||||||||  ||    
T  27410207 tcaacaacaggttttgagttgggacaaggagtgacgtactcggtgaaccttccttcttcatggtctggtcgattttgggcaagaaccggatgctcaatca 27410108  T
Q  232 acaatggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataac 331  Q
    |||| | |||||| || |||||||| ||||||||||  ||||||||| | || ||||| |||||||||||||||||||||||||| || || ||||| ||    
T  27410107 acaaagaaaagtttagttgtgccacagccgattgtgggtctggtcaagtggggtgcaatggtgctggcgcaatcccaccagcaactttagttgaaattac 27410008  T
Q  332 cgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccacaaggtgggagtggtgactgc 431  Q
    | | ||| |||| || |||||||||||||||||||||||||| || || || |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||    |||    
T  27410007 catggcatcaaatggaggacaagatttctacgatgtgagcaacgttgacgggttcaacgtgccaatttttgtaactccacaaggtgggaatggcccttgc 27409908  T
Q  432 aaaacctccagttgtcctgggaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtt 531  Q
    ||| || | |||||||| |  || || || | |||||||||  |||| || || || |  ||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||| |    
T  27409907 aaagccgctagttgtccagcaaatatcaacgctgtgtgtcccgcagaacttcaagtaaaaggttctgatgggagtgtcgttgcttgtaagagtgcttgct 27409808  T
Q  532 tggcttt 538  Q
    |||||||    
T  27409807 tggcttt 27409801  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 23 - 226
Target Start/End: Complemental strand, 27455294 - 27455093
Alignment:
Q  23 tattttgcatttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaacgttaactggagaccaaaaa 122  Q
    |||||||||||| ||  |||| |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||| | || |||||||||| |||| ||||||    
T  27455294 tattttgcatttctaatcagtagttggaggagctaaggtgacattcaccaataagtgtgaataaattgtatgactagaaacgttaactagaga-caaaaa 27455196  T
Q  123 cctcagctatcaacgacgggttttgagttaggacctggagcaacaattgcggtggaccttccatcaccatggtcgggaagattttggggccgaactggat 222  Q
    |||||||||| ||||||  |||| || || ||| || |||  || ||| | |||||||||||||||||||| || ||  ||||||| |||||||  ||||    
T  27455195 cctcagctatgaacgacaagtttcgacttgggatctagag-tactatttcagtggaccttccatcaccatgatcaggttgattttgaggccgaatcggat 27455097  T
Q  223 gctc 226  Q
    ||||    
T  27455096 gctc 27455093  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 452 - 539
Target Start/End: Complemental strand, 20952617 - 20952530
Alignment:
Q  452 gaacataaatgttgtgtgtccttcagagctccaggtgattggttctgatgggagtgtggttgcttgtaagagcgcttgtttggcttta 539  Q
    |||||| ||| |||||||||||| ||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  20952617 gaacattaatattgtgtgtccttaagagctccaagtgaccggttctgatgggagtgtggtggcttgtaaaagcgcttgtttggcttta 20952530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 252 - 374
Target Start/End: Complemental strand, 27454834 - 27454712
Alignment:
Q  252 gccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggac 351  Q
    |||||||||||||||  ||| |||||| | |||| ||| | ||| || |||||||||||||||||||||||||||||||| ||  || || || || |||    
T  27454834 gccactgccgattgtatctccggtcaaatgggttccaatgatgcaggtgcaatcccaccagcaacattggtagaaataacggttacatcagacaggagac 27454735  T
Q  352 aagatttctacgatgtgagcaat 374  Q
    |||||||||| ||||||||||||    
T  27454734 aagatttctatgatgtgagcaat 27454712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 32 - 103
Target Start/End: Original strand, 27415750 - 27415821
Alignment:
Q  32 tttgtatgcagtggttggaggagctaaggtgacattcacaaataggtgtgaatacactgtatggccaggaac 103  Q
    ||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||    
T  27415750 tttgtctgcagaggttggaggagccaaggtgacattcacgaatagatgtgtatacactgtatggccaggaac 27415821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 344 - 412
Target Start/End: Complemental strand, 20952716 - 20952648
Alignment:
Q  344 cgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtctgtaacgccaca 412  Q
    ||||||||||||||| || |||||||||||||||||  | ||||| ||| |||||||  ||||||||||    
T  20952716 cgggggacaagatttatatgatgtgagcaatgtggacaggttcaatgtgtcaatgtcaataacgccaca 20952648  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 203 - 420
Target Start/End: Original strand, 27415924 - 27416142
Alignment:
Q  203 attttggggccgaa-ctggatgctcagacaacaatggaaagttcagctgtgccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgc 301  Q
    |||||||| ||||| | ||||||||| |||| || ||||| || || |||||||| |  |||||||  ||||||||| | |  ||||| ||||||| ||     
T  27415924 attttgggcccgaaaccggatgctcaaacaataacggaaattttagttgtgccacaggtgattgtgggtctggtcaagttgagtgcaatggtgctgacgt 27416023  T
Q  302 aatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggacaagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtct 401  Q
    |||  |||||||||||||||| || || |  || ||| |||| || ||||||||||| |||  |||||||||     |||| ||||| |||||| | |||    
T  27416024 aattacaccagcaacattggttgacattaaagtggcatcaaatggaggacaagatttatacagtgtgagcaacacttatgggttcaatgtgccagtatct 27416123  T
Q  402 gtaacgccacaaggtggga 420  Q
    ||||| |||| ||||||||    
T  27416124 gtaactccacgaggtggga 27416142  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 33; Significance: 0.000000003; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 252 - 400
Target Start/End: Original strand, 41457747 - 41457895
Alignment:
Q  252 gccactgccgattgtgcctctggtcaactcggttgcaacggtgctggcgcaatcccaccagcaacattggtagaaataaccgtagcaacaaacgggggac 351  Q
    |||||||| ||||||| ||| || ||| ||| |||||| ||||| || ||| | |||||||||||||| | |||| ||  ||||| | | ||||| ||||    
T  41457747 gccactgctgattgtggctccggccaagtcgcttgcaatggtgccggtgcagttccaccagcaacattagcagaactacacgtagaagccaacggtggac 41457846  T
Q  352 aagatttctacgatgtgagcaatgtggatggattcaacgtgccaatgtc 400  Q
    |||| | ||||||| | |||||||| || || |||||||| || |||||    
T  41457847 aagactactacgatataagcaatgttgacgggttcaacgtacccatgtc 41457895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University