View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8552_high_7 (Length: 378)

Name: NF8552_high_7
Description: NF8552
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8552_high_7
NF8552_high_7
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (18-369)||(1509678-1510019)
chr5 (28-278)||(1478564-1478814)
chr5 (37-278)||(1482767-1483008)
chr5 (29-278)||(1487236-1487485)
chr5 (26-278)||(1499803-1500055)
chr5 (58-278)||(1505572-1505792)
chr5 (49-240)||(1492754-1492945)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (26-278)||(24163097-24163349)
[»] chr1 (3 HSPs)
chr1 (54-278)||(44129165-44129389)
chr1 (54-274)||(44133370-44133590)
chr1 (54-272)||(44141792-44142010)
[»] chr7 (6 HSPs)
chr7 (54-278)||(46706295-46706519)
chr7 (54-278)||(5289004-5289228)
chr7 (54-278)||(5310988-5311212)
chr7 (54-278)||(5315702-5315926)
chr7 (54-278)||(5303087-5303311)
chr7 (54-278)||(5284899-5285123)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (166-224)||(37858725-37858783)
chr3 (166-234)||(37862741-37862809)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 272; Significance: 1e-152; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 272; E-Value: 1e-152
Query Start/End: Original strand, 18 - 369
Target Start/End: Original strand, 1509678 - 1510019
Alignment:
Q  18 agcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgag 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  1509678 agcactgattgaggcatttcaaccattaaacatctctgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattgaccaagttgag 1509777  T
Q  118 caaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacg 217  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509778 caaaaattagccttaaaacctgaaa-gatgaaggc---------aattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacg 1509867  T
Q  218 agatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggggctttgaacctagacttaccattgaaacagttgttcttt 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||     
T  1509868 agatgagaaagaaatcagctcaagagggaattaagaccattggtgaaggacttgaatgggggctttggacctagacttaccattgaaacagttgttcttc 1509967  T
Q  318 gcattgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 369  Q
    ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1509968 gcagtgtagccatataagattctttgataatttactttttattaagtattat 1510019  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 28 - 278
Target Start/End: Original strand, 1478564 - 1478814
Alignment:
Q  28 gaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaa 127  Q
    ||||| || |||||||||||||||| |||||| || ||||| || |||||||||||||||| |||| |||||||| | | |||||||||  |||| |||     
T  1478564 gaggctttccaaccattaaacatctctgattataattcaatcttctggattgctcacccaggtggacccgcaattctagaccaagttgaagaaaagttag 1478663  T
Q  128 ccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaa 227  Q
     ||||||||||||||| ||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  1478664 gcttaaaacctgaaaaaatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagcgcatgtgtattgttcatcttggatgagatgagaaa 1478763  T
Q  228 gaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    |||||| ||||||||||||||||| ||||| | |||||| ||||| |||||    
T  1478764 gaaatcggctcaagagggacttaaaaccacaggtgaaggccttgactgggg 1478814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 37 - 278
Target Start/End: Original strand, 1482767 - 1483008
Alignment:
Q  37 caaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaac 136  Q
    |||||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||||||||| |||| |||| |||||||| |||  |||||||| ||||| |||  ||||||||    
T  1482767 caaccattaaacatttctgattacaactcaatcttttggattgctcatccaggtggacccgcaattcttgatcaagttgaacaaaagttaggcttaaaac 1482866  T
Q  137 ctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagc 236  Q
    ||||||||||||| | |||||   || | ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||| ||||||||||  |    
T  1482867 ctgaaaagatgaaagccactagagaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttagatgagatgcgaaagaaatcttc 1482966  T
Q  237 tcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    ||||||||| ||||||||||| |  ||||| ||||| |||||    
T  1482967 tcaagaggggcttaagaccacaggagaagggcttgattgggg 1483008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 29 - 278
Target Start/End: Original strand, 1487236 - 1487485
Alignment:
Q  29 aggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaac 128  Q
    ||||||| |||||||||  ||||| |||||||||  |||| ||||||||||  |||||||  ||| | |||||| | | ||| ||||| ||||| ||| |    
T  1487236 aggcattccaaccattaggcatctctgattacaatgcaattttttggattgtccacccaggcggacctgcaattttggaccatgttgaacaaaagttagc 1487335  T
Q  129 cttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaag 228  Q
     || ||||| ||||||||||||| ||||| | || | ||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||| || || || || |||||||||    
T  1487336 tttgaaaccggaaaagatgaaggccactagggaagtacttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcttgtgtattgtttatattggatgaaatgagaaag 1487435  T
Q  229 aaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | ||||||||||||||||||| ||||||| |  ||||||||| |||||||    
T  1487436 agatcagctcaagagggacttgagaccacaggagaaggacttaaatgggg 1487485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 26 - 278
Target Start/End: Original strand, 1499803 - 1500055
Alignment:
Q  26 ttgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaatt 125  Q
    ||||||||||||||||||||   |||| |||||| |||||||| |||||||||||||| || | |||  | |||||| | |  ||| |||||||||| ||    
T  1499803 ttgaggcatttcaaccattaggaatctctgattataactcaatcttttggattgctcatccgggtggtcctgcaattctagatcaaattgagcaaaagtt 1499902  T
Q  126 aaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgaga 225  Q
    |  ||| ||| |||||||| ||| ||||  || | || | ||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||  | |||||||||    
T  1499903 aggcttgaaagctgaaaagttgagggtcgttagggaagtgcttagtgaatatggtaatatgtctagtgcatctgtattgttcatcttgaatgagatgaga 1500002  T
Q  226 aagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | ||||||  |||||||  ||||||||||||| | ||||||||  ||||||||    
T  1500003 aggaaatcgactcaagatcgacttaagaccacaggtgaaggacaagaatgggg 1500055  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 58 - 278
Target Start/End: Original strand, 1505572 - 1505792
Alignment:
Q  58 tacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcacta 157  Q
    ||||||||||| || |||||||| ||||| | |||  | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| | |||||    
T  1505572 tacaactcaatcttctggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaaagccacta 1505671  T
Q  158 agtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaagaccac 257  Q
       || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||| | ||||| ||    
T  1505672 gagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcagctcaagatggattgaagactac 1505771  T
Q  258 tgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
     |  ||||||| |||||||||    
T  1505772 cggagaaggacatgaatgggg 1505792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 7e-28
Query Start/End: Original strand, 49 - 240
Target Start/End: Original strand, 1492754 - 1492945
Alignment:
Q  49 atctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatga 148  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | | |||||| |||||||| ||| ||||||| || ||||||||||    
T  1492754 atctctgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattttagaccaagtagagcaaaagttagccttaaagcccgaaaagatga 1492853  T
Q  149 aggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaa 240  Q
      | |||   | |  | || ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||| || || ||||||||||||||| |||||    
T  1492854 gagccacacgggaggtgctaagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgtattgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaa 1492945  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 105; Significance: 2e-52; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 105; E-Value: 2e-52
Query Start/End: Original strand, 26 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 24163349 - 24163097
Alignment:
Q  26 ttgaggcatttcaaccattaaacatctttgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaatt 125  Q
    |||||||||| |||||||||   |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| | | |||| |||||||| | | | || ||||| |||| ||    
T  24163349 ttgaggcattccaaccattaggtatctctgattacaactcaatcttttggattgctcactctggtggacccgcaattctagacaaaattgaggaaaagtt 24163250  T
Q  126 aaccttaaaacctgaaaagatgaaggtcactaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgaga 225  Q
    | |||| ||||||||||||||||  | |||||   |||| ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  24163249 agccttgaaacctgaaaagatgagtgccactagaaaaatgcttagtgaatatggtaacatgtcaagtgcatgtgtattattcatcttagatgagatgaga 24163150  T
Q  226 aagaaatcagctcaagagggacttaagaccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    || ||||| |||||||| ||||| |||||||| |  ||||| |||||||||||    
T  24163149 aacaaatcggctcaagatggactaaagaccacaggagaagggcttgaatgggg 24163097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 8e-43; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 44129165 - 44129389
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44129165 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44129264  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||    
T  44129265 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcttgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggactgaaga 44129364  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    |||| |  ||||||||||| |||||    
T  44129365 ccacgggagaaggacttgagtgggg 44129389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 54 - 274
Target Start/End: Original strand, 44133370 - 44133590
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44133370 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44133469  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  44133470 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaaga 44133569  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaat 274  Q
    |||| |  |||||||||||||    
T  44133570 ccacaggagaaggacttgaat 44133590  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 83; E-Value: 3e-39
Query Start/End: Original strand, 54 - 272
Target Start/End: Original strand, 44141792 - 44142010
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| | |||| | |||||| | |  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||| | |    
T  44141792 tgattacaattcaatcttttggattgcacaccctggtggacctgcaattctagatcaagttgagcaaaagttagccttaaaacctgaaaagatgaaagcc 44141891  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    || |   || | |||||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| ||| | ||||    
T  44141892 accagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcctgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaagtcagctcaagatggattgaaga 44141991  T
Q  254 ccactgatgaaggacttga 272  Q
    |||| |  |||||||||||    
T  44141992 ccacgggagaaggacttga 44142010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 77; Significance: 1e-35; HSPs: 6)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 46706519 - 46706295
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| ||||| | |||  | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||  | |    
T  46706519 tgattacaactcaatcttttggattgcacaccctggtggccctgcaattttagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgagagcc 46706420  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    ||||   || | |||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||||| || || ||||    
T  46706419 actagagaagtgcttagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaagatggtctgaaga 46706320  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | || |  |||||||||||||||||    
T  46706319 caacaggagaaggacttgaatgggg 46706295  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Complemental strand, 5289228 - 5289004
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5289228 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5289129  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| |   ||| ||| | ||||    
T  5289128 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaaccatagacggattgaaga 5289029  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | ||||  |||||||||||||||||    
T  5289028 caactggagaaggacttgaatgggg 5289004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 5310988 - 5311212
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5310988 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5311087  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||    
T  5311088 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaaga 5311187  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | || |  ||||||||||| |||||    
T  5311188 caacgggagaaggacttgagtgggg 5311212  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 69; E-Value: 7e-31
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 5315702 - 5315926
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| ||||||| |||||||||||||| |      
T  5315702 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtggagcaaaagttagccttaaagcctgaaaagatgaatgca 5315801  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||| | ||||    
T  5315802 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcgtgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagacggattgaaga 5315901  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | || |  |||||||||||||||||    
T  5315902 caacgggagaaggacttgaatgggg 5315926  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 5303087 - 5303311
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| | || || |||||||||||||| |      
T  5303087 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttatcattgaagcctgaaaagatgaatgca 5303186  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    ||||   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| |||||||| || ||||||||||||||| || |||| ||  | ||||    
T  5303187 actagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttagatgaaatgagaaagaaatcaactaaagatgggttgaaga 5303286  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | ||||  |||||||||||||||||    
T  5303287 caactggagaaggacttgaatgggg 5303311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 61; E-Value: 4e-26
Query Start/End: Original strand, 54 - 278
Target Start/End: Original strand, 5284899 - 5285123
Alignment:
Q  54 tgattacaactcaatattttggattgctcacccagatggagccgcaattattggccaagttgagcaaaaattaaccttaaaacctgaaaagatgaaggtc 153  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||| || || | |||| | |||||| | |  ||||| |||||||| ||| |||| || |||||||||||||| |      
T  5284899 tgattacaactcaatcttttggattgcacatcccggtggacctgcaattctagatcaagtagagcaaaagttagccttgaagcctgaaaagatgaatgca 5284998  T
Q  154 actaagtaaattcttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatcagctcaagagggacttaaga 253  Q
    || |   || | || ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || || ||||||||||||||| ||||| | ||| | ||||    
T  5284999 accagagaagtgctcagtgaatatggaaatatgtcaagtgcatgtgttttgtttatcttggatgaaatgagaaagaaatcaactcaaaacggattgaaga 5285098  T
Q  254 ccactgatgaaggacttgaatgggg 278  Q
    | || |  |||||||||||||||||    
T  5285099 caacgggagaaggacttgaatgggg 5285123  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000003; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 166 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 37858783 - 37858725
Alignment:
Q  166 cttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgag 224  Q
    ||||| || |||||||| ||||||||||||||||| || |||||||| || ||||||||    
T  37858783 cttagcgagtatggtaacatgtcaagtgcatgtgtgttattcatcttggatgagatgag 37858725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 166 - 234
Target Start/End: Complemental strand, 37862809 - 37862741
Alignment:
Q  166 cttagtgaatatggtaatatgtcaagtgcatgtgtattgttcatcttagacgagatgagaaagaaatca 234  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  | |||||||| || |||||||| | |||||||    
T  37862809 cttagcgaatatggtaacatgtcaagtgcgtgtgtgctattcatcttggatgagatgaggatgaaatca 37862741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University