View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8556_high_9 (Length: 374)
Name: NF8556_high_9
Description: NF8556
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8556_high_9 |
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Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 355; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr1
Description:
Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 355; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Original strand, 41859639 - 41860000
Alignment:
| Q |
1 |
aaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttca |
100 |
Q |
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| T |
41859639 |
aaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttca |
41859738 |
T |
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| Q |
101 |
caatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattcca |
200 |
Q |
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| T |
41859739 |
caatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttt-gacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattcca |
41859837 |
T |
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| Q |
201 |
ggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaactttcattttg |
300 |
Q |
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| T |
41859838 |
ggtatgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaactttcattttg |
41859937 |
T |
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| Q |
301 |
ttctacattaataggtgaaggaagggagtattatagtgccgacaggtcaaagatgaatgatgt |
363 |
Q |
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| T |
41859938 |
ttctacattaataggtgaaggaagggagtattatagtgccgacaggtcaaagatgaatgatgt |
41860000 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 5 - 363
Target Start/End: Original strand, 41887544 - 41887901
Alignment:
| Q |
5 |
atgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaat |
104 |
Q |
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| T |
41887544 |
atgtcagagcccaatgatagttatgctgaagttgatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttcacaat |
41887643 |
T |
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| Q |
105 |
acaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattccaggta |
204 |
Q |
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| T |
41887644 |
acaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttt-gacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattccaggta |
41887742 |
T |
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| Q |
205 |
tgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaactttcattttgttct |
304 |
Q |
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| T |
41887743 |
tgtgcaattagttctccattttattagtagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaacttttattttgttct |
41887842 |
T |
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| Q |
305 |
acattaataggtgaaggaagggagtattatagtgccgacaggtcaaagatgaatgatgt |
363 |
Q |
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| T |
41887843 |
acattaataggtgaaggaagggagtattatagtgccgacaggtcaaagatgaacgatgt |
41887901 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 190; E-Value: 1e-103
Query Start/End: Original strand, 1 - 363
Target Start/End: Original strand, 41878510 - 41878871
Alignment:
| Q |
1 |
aaagatgtcagagcctaatgatggttatgctgaagtagatacttcacctggtgatcctattgatgctattgttcaaagtacatatccagatcttctttca |
100 |
Q |
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| T |
41878510 |
aaagatgtcagagcccaatgatagttatgctgaagtagatactccacctggtgatcctattgatgctattgtgcaaagcacgtatccaaatcttgtttca |
41878609 |
T |
|
| Q |
101 |
caatacaacaatgaacaatatttgcaatcaagagctatttttgacctacacaaatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattcca |
200 |
Q |
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| T |
41878610 |
caatacaataatgaacagtttttgcaatcaagagcta-ttttgacctcaacagatgaggtagttgatcaaataaatgattatgtacttaagttgattcct |
41878708 |
T |
|
| Q |
201 |
ggtatgtgcaattagttctccattttattag-tagaaacccttcaattattcatcatcatgtgaacttacatatgaggagctttgtttaactttcatttt |
299 |
Q |
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| T |
41878709 |
ggtacgtgtaattagttaacca--tcagtagaaagaaacccttcaattattcattatcatgtgaacttaaatttgaggagctttgtttaactttagtttt |
41878806 |
T |
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| Q |
300 |
gttctac-attaataggtgaaggaagggagtattatagtgccgacaggtcaaagatgaatgatgt |
363 |
Q |
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| T |
41878807 |
gttctacgattaataggtgaagaaagggtgatttatagtgccaacaggtcagaggtaaatgatgt |
41878871 |
T |
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