View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8569_low_1 (Length: 911)

Name: NF8569_low_1
Description: NF8569
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8569_low_1
NF8569_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (18-901)||(45107101-45107984)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 839; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 839; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 901
Target Start/End: Original strand, 45107101 - 45107984
Alignment:
Q  18 taaaggcatgttgaaaatgagtgaagatagaaagcatgctaccatttttaaaaaataacccgtaaataaaacaaacagagaagtctcaagtgttgatcct 117  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  45107101 taaaggcatgttgaaaatgagtgaagatagaaagcatgctaccatttttaaaaaataaccagtaaataaaacaaacaaagaagtctcaagtgttgatcct 45107200  T
Q  118 gaatatgatgatctccaaaatccatattctaccttcattgtgcttgtagtcatgtaaattggcaaaaacaatttaatgcctaacaaatgaacccttttaa 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107201 gaatatgatgatctccaaaatccatattctaccttcattgtgcttgtagtcatgtaaattggcaaaaacaatttaatgcctaacaaatgaacccttttaa 45107300  T
Q  218 tcaatgtagatcctaatggaggtccttcaggtgtagccaatcccaaaatgaatggtnnnnnnncaggacccttttctaattctcctgataaccaacacaa 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107301 tcaatgtagatcctaatggaggtccttcaggtgtagccaatcccaaaatgaatggtaaaaaaacaggacccttttctaattctcctgataaccaacacaa 45107400  T
Q  318 acaaaagagaatcccaataacaatgttgatgtaaatatccttaacttcttttccttcaggagtatgttcaacaatccaaaacattgcaggacggtagatt 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107401 acaaaagagaatcccaataacaatgttgatgtaaatatccttaacttcttttccttcaggagtatgttcaacaatccaaaacattgcaggacggtagatt 45107500  T
Q  418 aataaaatgaagagagtgatggcaaataaatatcccaacctcatgacaggtgaaatataatgaccctgatcaagcagagttgaggtaacagttataaaaa 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107501 aataaaatgaagagagtgatggcaaataaatatcccaacctcatgacaggtgaaatataatgaccctgatcaagcagagttgaggtaacagttataaaaa 45107600  T
Q  518 tgttactcaatatctcaccaaccaaagcaacagataatgctaatcttccaagttcagagtttagaagtttaaggtcttttaagagagacacaatcactgc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107601 tgttactcaatatctcaccaaccaaagcaacagataatgctaatcttccaagttcagagtttagaagtttaaggtcttttaagagagacacaatcactgc 45107700  T
Q  618 aaatgaagttgtattgtgtcctagcagtattatacctttttcaatggactctttgttaaaaacatttctatgttttggatcccagatagagaaacataaa 717  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107701 aaatgaagttgtattgtgtcctagcagtattatacctttttcaatggactctttgttaaaaacatttctatgttttggatcccagatagagaaacataaa 45107800  T
Q  718 ccaatgagcataggggttactaaccccaaaagtgaaatcgtccatccttttcttcctgtccttctgatcatgttgaaatccattttcacgcctgtttcga 817  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45107801 ccaatgagcataggggttactaaccccaaaagcgaaatcgtccatccttttcttcctgtccttctgatcatgttgaaatccattttcacgcctgtttcga 45107900  T
Q  818 acagaaacaacacatagccaagtcctgcaatggttgcaagtgtgtcttgactcccataaggaaacaaattcatcttgatgtcca 901  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||    
T  45107901 acagaaacaacacataaccaagtcctgcaatggttgcaagtgtgtcttgactcccataaggaaacaaattcctcttgaggtcca 45107984  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University