View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8572_low_1 (Length: 546)

Name: NF8572_low_1
Description: NF8572
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8572_low_1
NF8572_low_1
[»] chr4 (30 HSPs)
chr4 (1-169)||(41825505-41825674)
chr4 (341-521)||(37605696-37605876)
chr4 (338-521)||(25164476-25164659)
chr4 (341-521)||(55281205-55281385)
chr4 (339-521)||(45995900-45996081)
chr4 (348-521)||(17044007-17044179)
chr4 (348-521)||(43749096-43749271)
chr4 (348-521)||(5817385-5817558)
chr4 (348-521)||(3287088-3287257)
chr4 (348-521)||(51579585-51579757)
chr4 (348-521)||(24059140-24059311)
chr4 (443-521)||(39631015-39631093)
chr4 (342-504)||(32525044-32525206)
chr4 (348-423)||(51579324-51579399)
chr4 (350-494)||(26719936-26720077)
chr4 (338-435)||(42179228-42179325)
chr4 (334-435)||(50498200-50498301)
chr4 (334-409)||(32290205-32290279)
chr4 (349-497)||(41277220-41277371)
chr4 (348-423)||(20107114-20107190)
chr4 (348-435)||(22364552-22364639)
chr4 (343-434)||(36851226-36851317)
chr4 (348-393)||(39631271-39631316)
chr4 (467-521)||(5208425-5208479)
chr4 (454-533)||(48525435-48525516)
chr4 (342-504)||(25783931-25784092)
chr4 (478-521)||(51293087-51293130)
chr4 (348-414)||(48525330-48525396)
chr4 (454-521)||(14149965-14150033)
chr4 (202-250)||(41825688-41825731)
[»] chr5 (13 HSPs)
chr5 (343-521)||(13988246-13988424)
chr5 (348-521)||(36890381-36890553)
chr5 (348-521)||(11247196-11247369)
chr5 (341-425)||(15285326-15285410)
chr5 (443-518)||(20151473-20151548)
chr5 (350-425)||(35906000-35906075)
chr5 (348-425)||(12248277-12248354)
chr5 (348-424)||(43100310-43100386)
chr5 (356-505)||(1447768-1447917)
chr5 (454-521)||(8076364-8076432)
chr5 (454-521)||(12248382-12248450)
chr5 (348-421)||(33687651-33687724)
chr5 (454-521)||(43100213-43100281)
[»] chr2 (20 HSPs)
chr2 (348-521)||(36272666-36272839)
chr2 (338-521)||(13696970-13697153)
chr2 (339-521)||(17823574-17823756)
chr2 (343-521)||(32599253-32599431)
chr2 (343-521)||(33555367-33555546)
chr2 (350-521)||(36709197-36709367)
chr2 (348-521)||(40095267-40095439)
chr2 (342-521)||(14242529-14242699)
chr2 (348-521)||(42061242-42061409)
chr2 (343-435)||(23860255-23860347)
chr2 (343-435)||(33299978-33300070)
chr2 (342-425)||(3121608-3121691)
chr2 (339-435)||(24475792-24475888)
chr2 (348-401)||(14945861-14945914)
chr2 (446-521)||(4434597-4434672)
chr2 (340-421)||(4434695-4434776)
chr2 (335-521)||(40216400-40216586)
chr2 (348-424)||(5562940-5563016)
chr2 (488-521)||(23860203-23860236)
chr2 (451-504)||(40042472-40042525)
[»] chr1 (29 HSPs)
chr1 (348-521)||(1994957-1995129)
chr1 (348-521)||(27325632-27325806)
chr1 (348-521)||(44797472-44797644)
chr1 (348-521)||(29637215-29637388)
chr1 (342-521)||(2402930-2403109)
chr1 (348-518)||(32267473-32267643)
chr1 (348-518)||(1673373-1673543)
chr1 (445-521)||(40030887-40030963)
chr1 (342-425)||(527000-527083)
chr1 (343-435)||(39858346-39858438)
chr1 (342-425)||(46845757-46845840)
chr1 (348-424)||(7178213-7178289)
chr1 (348-434)||(26040974-26041060)
chr1 (348-409)||(15225108-15225169)
chr1 (348-423)||(13276567-13276642)
chr1 (451-521)||(15066025-15066096)
chr1 (350-521)||(29731194-29731365)
chr1 (338-397)||(40030832-40030891)
chr1 (349-416)||(49430574-49430641)
chr1 (348-425)||(6487732-6487809)
chr1 (454-521)||(19989346-19989413)
chr1 (348-435)||(40314096-40314183)
chr1 (342-435)||(40294822-40294915)
chr1 (348-425)||(47571664-47571741)
chr1 (348-409)||(33502641-33502702)
chr1 (454-521)||(47571568-47571636)
chr1 (350-425)||(48489455-48489530)
chr1 (460-521)||(526914-526976)
chr1 (460-521)||(13276479-13276541)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (343-521)||(34792656-34792834)
chr6 (343-521)||(9045832-9046009)
chr6 (348-521)||(14313992-14314164)
chr6 (348-521)||(1244561-1244734)
chr6 (339-425)||(23915967-23916053)
chr6 (350-434)||(29429590-29429674)
chr6 (350-521)||(12748217-12748389)
chr6 (352-396)||(9521947-9521991)
chr6 (348-396)||(16717994-16718042)
chr6 (454-521)||(16718106-16718174)
chr6 (451-521)||(9521817-9521887)
[»] chr7 (17 HSPs)
chr7 (348-521)||(46576247-46576420)
chr7 (351-521)||(33496506-33496676)
chr7 (348-521)||(30922715-30922888)
chr7 (348-521)||(48460663-48460829)
chr7 (343-521)||(51937-52114)
chr7 (350-518)||(38754905-38755071)
chr7 (350-508)||(47480032-47480188)
chr7 (348-435)||(42974469-42974556)
chr7 (350-415)||(31741049-31741114)
chr7 (351-504)||(11752604-11752759)
chr7 (348-421)||(28713681-28713754)
chr7 (348-421)||(38349564-38349637)
chr7 (454-521)||(38349464-38349532)
chr7 (346-414)||(43068765-43068833)
chr7 (460-504)||(6220185-6220230)
chr7 (348-425)||(37536416-37536493)
chr7 (454-521)||(28713786-28713854)
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (340-521)||(14342192-14342375)
chr8 (348-521)||(43065910-43066082)
chr8 (348-521)||(1993644-1993818)
chr8 (443-521)||(4076774-4076852)
chr8 (340-425)||(2599527-2599612)
chr8 (348-435)||(28897999-28898086)
chr8 (348-521)||(11904857-11905030)
chr8 (349-425)||(41075698-41075774)
chr8 (342-425)||(4077062-4077145)
chr8 (348-435)||(45413629-45413716)
chr8 (352-425)||(8368472-8368545)
chr8 (349-425)||(31774729-31774805)
chr8 (350-434)||(10391397-10391481)
chr8 (349-415)||(16465723-16465789)
chr8 (446-504)||(5749051-5749109)
chr8 (348-409)||(12142085-12142146)
chr8 (348-510)||(35200560-35200722)
chr8 (352-424)||(45502670-45502742)
chr8 (348-403)||(27497177-27497231)
chr8 (453-521)||(16465613-16465681)
chr8 (454-497)||(31774836-31774880)
chr8 (454-497)||(41075624-41075668)
[»] chr3 (18 HSPs)
chr3 (348-521)||(12224009-12224181)
chr3 (348-521)||(38247802-38247974)
chr3 (349-521)||(48034813-48034986)
chr3 (342-521)||(50989201-50989380)
chr3 (342-521)||(51092333-51092512)
chr3 (341-521)||(9271107-9271289)
chr3 (350-521)||(8496712-8496884)
chr3 (348-476)||(33288136-33288264)
chr3 (348-434)||(23004760-23004846)
chr3 (352-518)||(54713532-54713698)
chr3 (350-421)||(39947262-39947333)
chr3 (341-395)||(29915090-29915144)
chr3 (341-395)||(29964243-29964297)
chr3 (348-425)||(8330693-8330770)
chr3 (348-421)||(36674624-36674697)
chr3 (339-416)||(46135522-46135599)
chr3 (456-504)||(46135636-46135685)
chr3 (454-522)||(36674523-36674592)
[»] scaffold0533 (1 HSPs)
scaffold0533 (342-521)||(10237-10415)
[»] scaffold0933 (1 HSPs)
scaffold0933 (349-521)||(3061-3231)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 142; Significance: 3e-74; HSPs: 30)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 3e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 169
Target Start/End: Original strand, 41825505 - 41825674
Alignment:
Q  1 caatttgtctttgtactgctattagggctaaagttcttaatcttaatattttccttccacttgctcttcaagttttaatcacttgtgggaagactcctcc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41825505 caatttgtctttgtactgctattagggctaaggttcttaatcttaatatttttcttccacttgctcttcaagttttaatcacttgtgggaagactcctcc 41825604  T
Q  101 tcctggttttgtttgtccacctctctaaacctcaaggctaattaagtt-aagttaatttctagttaatta 169  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||    
T  41825605 tcctggttttgtttgtccacctctctaaagctcatggctaattaagttaaagtttatttctagttaatta 41825674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 128; E-Value: 6e-66
Query Start/End: Original strand, 341 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 37605876 - 37605696
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnn 440  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||         
T  37605876 aaagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaa 37605777  T
Q  441 nnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
       |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  37605776 aagtcacatgtattgtccctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 37605696  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 338 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 25164659 - 25164476
Alignment:
Q  338 aaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt-cctctcacacacn 436  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||     
T  25164659 aaaaaaaagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcctc-cacacaca 25164561  T
Q  437 nnnnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
          ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  25164560 aaaaaactcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacat 25164476  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 124; E-Value: 2e-63
Query Start/End: Original strand, 341 - 521
Target Start/End: Original strand, 55281205 - 55281385
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnn 440  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||         
T  55281205 aaagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaa 55281304  T
Q  441 nnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
       ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||    
T  55281305 aagtcacatgtattgtctctcacacattctcacatggagtggtacaatgtatgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 55281385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 122; E-Value: 2e-62
Query Start/End: Original strand, 339 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 45996081 - 45995900
Alignment:
Q  339 aaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnn 438  Q
    |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||| || |||||||       
T  45996081 aaaaagagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtc-tcccacacacaaa 45995983  T
Q  439 nnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
        |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  45995982 aaaactcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacat 45995900  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 117; E-Value: 2e-59
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 17044007 - 17044179
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||||||        || |    
T  17044007 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttccc-cacacacaaaaaaagtccc 17044105  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17044106 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 17044179  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 8e-47
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 43749096 - 43749271
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc--tctcacacacnnnnnnnctc 445  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||   | |||||||       |||    
T  43749096 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaaaaagctc 43749195  T
Q  446 acatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||| ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  43749196 acatatattgtccctcacacactcttacatggagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 43749271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 2e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 5817558 - 5817385
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||       ||||     
T  5817558 agtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacaccaaaaaactcat 5817459  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    || |||||||||  ||||||| | |||||| ||||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||    
T  5817458 atttattgtctcctacacacttttacatggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacat 5817385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 76; E-Value: 7e-35
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 3287088 - 3287257
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||| |||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |||||||||||| |||| |||||          ||    
T  3287088 agtgatacataaaccaccttagatggtatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagagtccttgtggtc-tctc-cacacaaaaaaa---ac 3287182  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  3287183 tcgtattatctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 3287257  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 51579585 - 51579757
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||| | | | |||| ||       |||||    
T  51579585 agtgataca-agaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccaaatacaattgtgacatgtgtccatgtgattcccacacatacaaaaaaactcac 51579683  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||||| || || ||||||    
T  51579684 atttattgtctcttacacactctcacatggggtggtacaatgtgtgtatgaaagaaagtgtttacataaaacat 51579757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 70; E-Value: 3e-31
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 24059311 - 24059140
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||| || || ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||  || |||||||        |  |    
T  24059311 agtgatacatagaccaccttagatggcatgtatcatttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggt--tcccacacacaaaaaaaatatc 24059214  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    || |||||||||| ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||| || ||||||    
T  24059213 atttattgtctcttacacactcttacatggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgtgtacataaaacat 24059140  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 63; E-Value: 4e-27
Query Start/End: Original strand, 443 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 39631093 - 39631015
Alignment:
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||| |||| |||||||||    
T  39631093 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtatgtacatgaaacat 39631015  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 2e-26
Query Start/End: Original strand, 342 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 32525206 - 32525044
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| |||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||| | |||||  |||| ||| | |||||||          
T  32525206 aagagtagtgatacatagaccatcttaggtggcatataccacttatacatccacacacaattgtgatatgtgtctatgtgttccacacacacacacaaaa 32525107  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
     ||  ||| |||| ||||||||||||||||| |||| ||| ||||||||||||||||||||||    
T  32525106 actgtcatttattatctctcacacactctcatatggggtgatacaatgtgtgtatggaaaaaa 32525044  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 348 - 423
Target Start/End: Original strand, 51579324 - 51579399
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  51579324 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccatgtggt 51579399  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 350 - 494
Target Start/End: Complemental strand, 26720077 - 26719936
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||| | ||| ||||| ||||||||| | ||| |||       |||||||    
T  26720077 tgatacataaaccaccttaggtggcgtgtaccacttctacacccacattcaattgtaacatgtgtctttgtggtccccacacgcac---aaaactcacat 26719981  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgt 494  Q
     |  ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||    
T  26719980 tttgtgtctctcacacactgtcacatggggtggtacaatgtgtgt 26719936  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 338 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 42179325 - 42179228
Alignment:
Q  338 aaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||   |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  42179325 aaaaaagagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacacccatgcacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 42179228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 54; E-Value: 9e-22
Query Start/End: Original strand, 334 - 435
Target Start/End: Original strand, 50498200 - 50498301
Alignment:
Q  334 ttttaaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacac 433  Q
    ||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||    
T  50498200 ttttataaaagagtagtgatacatagatcaccttaggtagtatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacac 50498299  T
Q  434 ac 435  Q
    ||    
T  50498300 ac 50498301  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 334 - 409
Target Start/End: Original strand, 32290205 - 32290279
Alignment:
Q  334 ttttaaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgaca 409  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| |||||    
T  32290205 ttttaaaaaa-agtagtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgaca 32290279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 349 - 497
Target Start/End: Original strand, 41277220 - 41277371
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac--nnnnnnnctca 446  Q
    |||||||||||| ||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||| ||||| |||| | |||||||| | |||||||         ||||    
T  41277220 gtgatacatagatcaccttaggtgacatgtaccacctgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacacacaaaaaaaaactca 41277319  T
Q  447 catgtattgtctctcacacactctcacatg-gagtggtacaatgtgtgtatg 497  Q
    | | |  ||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41277320 ccttttgtgtctctcacacagtctcacatgatagtggtacaatgtgtgtatg 41277371  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 348 - 423
Target Start/End: Original strand, 20107114 - 20107190
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttataca-cccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||| ||||| |||||| ||||||    
T  20107114 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacaccccgcacacaattgtgacatgtgtccatgtggt 20107190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 348 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 22364639 - 22364552
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||| | |||||| |||||||| || ||||||    
T  22364639 agtgatacataaatcaacttaggtggcatataccacttatacacccatatacaattgtgatatgtgtccatgtggtcccctaacacac 22364552  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 343 - 434
Target Start/End: Original strand, 36851226 - 36851317
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    ||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||  |  ||| ||||| |||||| ||| |||||| ||||||    
T  36851226 agagcagtgatgcatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacacccacgcatgattgtgacatgtgtccatgtagtcctcacacaca 36851317  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #23
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 39631316 - 39631271
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacaccc 393  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  39631316 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacaccc 39631271  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #24
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 467 - 521
Target Start/End: Original strand, 5208425 - 5208479
Alignment:
Q  467 ctctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||| || ||||||    
T  5208425 ctctcacatggagtggtacaatatgtgtatgaaaaaaagtgtgtacataaaacat 5208479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #25
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 533
Target Start/End: Original strand, 48525435 - 48525516
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaaca-tatccataaatta 533  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||  |||||||| |||||||||||||    
T  48525435 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacattatccataaatta 48525516  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #26
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 342 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 25784092 - 25783931
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| ||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| |||| ||||| | |||| ||||| || | | ||| |||| | || ||||          
T  25784092 aagagtagtgatacatagatcatcttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattgtgacatgtattcatgtagtccccacatacac-aaaaa 25783994  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
     ||||| | |||||| || ||||||||||||||| |  |||||||| |||||||| |||||||    
T  25783993 actcacttttattgtttcacacacactctcacataggatggtacaacgtgtgtatagaaaaaa 25783931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #27
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000005
Query Start/End: Original strand, 478 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 51293130 - 51293087
Alignment:
Q  478 agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  51293130 agtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 51293087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #28
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 414
Target Start/End: Original strand, 48525330 - 48525396
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgt 414  Q
    ||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||| ||||    
T  48525330 agtgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgt 48525396  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #29
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 14150033 - 14149965
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  14150033 tgtctctcaaacactttcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 14149965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #30
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 202 - 250
Target Start/End: Original strand, 41825688 - 41825731
Alignment:
Q  202 tgtgtaattttctcttctaataatattagagttttggtgttgatgtaat 250  Q
    |||||||||||||||||||||     |||||||||||||||||||||||    
T  41825688 tgtgtaattttctcttctaat-----tagagttttggtgttgatgtaat 41825731  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 130; Significance: 4e-67; HSPs: 13)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 4e-67
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Original strand, 13988246 - 13988424
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnn 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||           
T  13988246 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaa 13988345  T
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13988346 gtcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 13988424  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 36890381 - 36890553
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||       |||||    
T  36890381 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcc-cccacacacaaaaaaactcac 36890479  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  36890480 atgtattgtctctcatacactctcacatcgagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 36890553  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 97; E-Value: 2e-47
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 11247196 - 11247369
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||| ||||||| |||||| ||| |||| |||| ||||| ||||||||||||| |||| ||||| ||| |  ||||||       |||||    
T  11247196 agtgatacatagactaccttagatggcatatactacttgtacatccacacacaattttgacaaatgtctttgtgatccccctacacacaaaaaaactcac 11247295  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  11247296 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 11247369  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 341 - 425
Target Start/End: Original strand, 15285326 - 15285410
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  15285326 aaagagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 15285410  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 443 - 518
Target Start/End: Original strand, 20151473 - 20151548
Alignment:
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaa 518  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||    
T  20151473 ctcacatttattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaa 20151548  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 350 - 425
Target Start/End: Original strand, 35906000 - 35906075
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||| ||||    
T  35906000 tgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatatacaattgtgacatgtgtccatgtagtcc 35906075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Original strand, 12248277 - 12248354
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  12248277 agtgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 12248354  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 348 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 43100386 - 43100310
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtc 424  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| |||||||    
T  43100386 agtgatacataaaccatcttaggtggtatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtc 43100310  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 356 - 505
Target Start/End: Complemental strand, 1447917 - 1447768
Alignment:
Q  356 atagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacatgtattg 455  Q
    |||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||||  |||||| |||||  ||||| ||| || | | |||| |        |||| || |||||    
T  1447917 atagacaactttaggtggcatgtaccacttatacatccacgcacaattgtgacatatgtccatgtagttcccacacaaaaaaaaaaactcatatttattg 1447818  T
Q  456 tctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaag 505  Q
    ||||||| |||||||||||| |  |||||||| |||||||| ||||||||    
T  1447817 tctctcatacactctcacattggatggtacaacgtgtgtatagaaaaaag 1447768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 8076364 - 8076432
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  8076364 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtatgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 8076432  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 12248382 - 12248450
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  12248382 tgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 12248450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 421
Target Start/End: Original strand, 33687651 - 33687724
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  33687651 agtgatacataaatcatcttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatgtgtccatgtg 33687724  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 43100281 - 43100213
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||| ||||||| | |||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  43100281 tgtctctcaaacactatcacatgaaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 43100213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 20)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 36272839 - 36272666
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||       |||||    
T  36272839 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccacacacacaaaaaaactcac 36272740  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||    
T  36272739 atgtattgtctttcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtatatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 36272666  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 3e-65
Query Start/End: Original strand, 338 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 13697153 - 13696970
Alignment:
Q  338 aaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnn 437  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||||||      
T  13697153 aaaaaaaagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaa 13697054  T
Q  438 nnnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
          |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  13697053 aaaaagtcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 13696970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 339 - 521
Target Start/End: Original strand, 17823574 - 17823756
Alignment:
Q  339 aaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnn 438  Q
    |||| ||| ||||||||||| |||||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||||       
T  17823574 aaaaggagtagtgatacataaaccaccttagatggtatgtatcacttgtacacccacatacaattttgataagtgtccttgtggtccccccacacacaaa 17823673  T
Q  439 nnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  17823674 aaaactcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 17823756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 32599431 - 32599253
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnn 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| | ||||||||||||||||||||||||||   |||||||           
T  32599431 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacaaaaaaa 32599332  T
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  32599331 ctcacatgtattgtctgtcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 32599253  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 33555546 - 33555367
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnn 442  Q
    |||| ||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||  ||| |||||||||||||||||| ||||||||| | ||||||            
T  33555546 agagtagtgatacatagatcaccttaagtggcatgtaccacttgtacacttacacacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacaaaaaaaaa 33555447  T
Q  443 -ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33555446 actcacatgtattgtctgtcacacattctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 33555367  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 350 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 36709367 - 36709197
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    |||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||| ||||||||| | |||||||       |||||||    
T  36709367 tgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacttatacacccacacacaattttgacaaatgtcattgtggtccccccacacac-aaaaaactcacat 36709269  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  36709268 gtattgtctgtcacacattctcatatggagtggtacaatgtttgtatggaaaaaaatgtgtacatgaaacat 36709197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 40095267 - 40095439
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||| | |||||||       || ||    
T  40095267 agtgatacatagaccaccttagatgacatgtaccacttgtacatccacatacaattttgacaagtgtcattgtggtccccccacacacaaaaaaacttac 40095366  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||| ||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  40095367 atgtattgtctctcacacactctcgcatagagtggtacagtgtatgtatggaaaaaa-tgtgtacatgaaacat 40095439  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 342 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 14242699 - 14242529
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||        | | | |||||||          
T  14242699 aagagtagtgatacatagaccatcttaggtggtatgtaccacctgtacacccacacacaattttgacaagtgt--------taccc-cacacacaaaaaa 14242609  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14242608 gctcacatgtattgcctctcagacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 14242529  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 73; E-Value: 4e-33
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 42061409 - 42061242
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac-nnnnnnnctca 446  Q
    ||||||||||||| ||| || ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||        ||||    
T  42061409 agtgatacatagagcactttgggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtccccccacacacacaaaaaactca 42061310  T
Q  447 catgtattg--tctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||  ||||||||||||||||| ||||||||         ||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  42061309 catgtattgtctctctcacacactctcatatggagtg---------gtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 42061242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 343 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 23860347 - 23860255
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || || |||| || |||||||||||||| |||||| ||| | |||||||    
T  23860347 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtatactcacacactattttgacaagtgttcttgtgatccccccacacac 23860255  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 343 - 435
Target Start/End: Original strand, 33299978 - 33300070
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| ||||| |||| | |||||||| | |||||||    
T  33299978 agagtagtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccatttatacacccatatacaattgtgacatgtgttcatgtggtccccacacacac 33300070  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 342 - 425
Target Start/End: Original strand, 3121608 - 3121691
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  3121608 aagagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacactcatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 3121691  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 339 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 24475888 - 24475792
Alignment:
Q  339 aaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    |||||||| | |||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| ||| |||| | |||||||    
T  24475888 aaaaagagtaatgatacatagaccaccttaggtggtatgtatcacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtagtccccacacacac 24475792  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 348 - 401
Target Start/End: Complemental strand, 14945914 - 14945861
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaa 401  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  14945914 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaa 14945861  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 446 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 4434672 - 4434597
Alignment:
Q  446 acatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||| |||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||  ||||  |||||||||    
T  4434672 acatttattgtctctcacacattctcacatgaggtggtacaatgtgtgtatggaaaaaatagtgttcatgaaacat 4434597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 340 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 4434776 - 4434695
Alignment:
Q  340 aaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||| |||  ||||| || ||| ||||| |||||| ||||    
T  4434776 aaaagagtagtgatatatagaccaccttatgtggcatgtaccacttgtacttccacacactattgtgacatgtgtccatgtg 4434695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 335 - 521
Target Start/End: Original strand, 40216400 - 40216586
Alignment:
Q  335 tttaaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    ||||| |||| | ||||||| ||| |||||||||| ||  || |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||   ||||||    
T  40216400 tttaagaaagggtagtgatatataaaccaccttagatgatatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacaca 40216499  T
Q  435 cnnnnnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
            ||||  | |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||  |||||||||    
T  40216500 -taagaaactcatcttttatgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacat 40216586  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 424
Target Start/End: Original strand, 5562940 - 5563016
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtc 424  Q
    |||||||||||||| |  ||||||||||||||||| |||||||  || ||| |||||||||| |||||  |||||||    
T  5562940 agtgatacatagactattttaggtggcatgtaccatttatacattcatatataattttgacatgtgtcgatgtggtc 5563016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 488 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 23860236 - 23860203
Alignment:
Q  488 tgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  23860236 tgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 23860203  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 451 - 504
Target Start/End: Original strand, 40042472 - 40042525
Alignment:
Q  451 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
    |||||||| || ||||||||||||||  ||| |||||||| |||||||||||||    
T  40042472 tattgtctttcgcacactctcacatgaggtgatacaatgtttgtatggaaaaaa 40042525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 129; Significance: 2e-66; HSPs: 29)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 2e-66
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 1994957 - 1995129
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||       |||||    
T  1994957 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtctttgtggtcctc-cacacacaaaaaaactcac 1995055  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  1995056 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 1995129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 27325806 - 27325632
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | | |||||||        ||||    
T  27325806 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcac 27325707  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactct-cacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  27325706 atgtattgtctctcacacactcttcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 27325632  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 44797644 - 44797472
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||| | || ||||       |||||    
T  44797644 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggtcccc-caaacacaaaaaaactcac 44797546  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||    
T  44797545 atgtattgtctctcacacactctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatagaaaaaagtgtgtacatgaaacat 44797472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 29637388 - 29637215
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||       ||||     
T  29637388 agtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcctcccacacacaaaaaaactcat 29637289  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||| |||||||||| |||  ||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  29637288 atgtattgtctctctcacactctcatatgtggtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 29637215  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 342 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 2403109 - 2402930
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| |||||| |||||||||| | ||||||           
T  2403109 aagagtagtgatacatagaccatcttagatggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgaaaagtgttcttgtggtccccccacacaaaaaaaa 2403010  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     ||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  2403009 actcacatgtattgtctctcgcacactctcacatggaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 2402930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 348 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 32267643 - 32267473
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||| |||| ||||||||||| | || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  |||| ||       |||||    
T  32267643 agtgatacatagaccatcttaagtggcatgtacaatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccttccacatacaaaaaaactcac 32267544  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaa 518  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  32267543 atgtattggctctcacacactctcacatggagtagtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaa 32267473  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 3e-43
Query Start/End: Original strand, 348 - 518
Target Start/End: Original strand, 1673373 - 1673543
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| | |  ||| ||       ||||     
T  1673373 agtgatacatagaccatcttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgataagtgtccttgtggttcccctacatacaaaaaaactcat 1673472  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaa 518  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  1673473 atgtattgtctctcatacactcttacatgaaatggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaa 1673543  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 445 - 521
Target Start/End: Original strand, 40030887 - 40030963
Alignment:
Q  445 cacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  40030887 cacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 40030963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 342 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 527083 - 527000
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  527083 aagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 527000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 57; E-Value: 1e-23
Query Start/End: Original strand, 343 - 435
Target Start/End: Original strand, 39858346 - 39858438
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  39858346 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 39858438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 342 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 46845840 - 46845757
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  46845840 aagagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 46845757  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 348 - 424
Target Start/End: Complemental strand, 7178289 - 7178213
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtc 424  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||| || ||||||||||||||||| |||||||||||  |||||||    
T  7178289 agtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccatttgtacacccacatacaattgtgacaagtgtctatgtggtc 7178213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 348 - 434
Target Start/End: Original strand, 26040974 - 26041060
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    ||||||||| | |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||  ||||||| | ||||||    
T  26040974 agtgatacacaaaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacgtggtccccacacaca 26041060  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 348 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 15225169 - 15225108
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgaca 409  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||| |||||    
T  15225169 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtacaacttatacacccacatgcaattgtgaca 15225108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 4e-18
Query Start/End: Original strand, 348 - 423
Target Start/End: Complemental strand, 13276642 - 13276567
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt 423  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| || | |||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13276642 agtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttatacactcatacacaattatgacatgtgtccatgtggt 13276567  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 451 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 15066096 - 15066025
Alignment:
Q  451 tattgtctctcacacactctcacatg-gagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||| |||||||||||||| ||||  |||||||||    
T  15066096 tattgtctctcacacactctcacatgagagtggtacattgtatgtatggaaaaaagagtgttcatgaaacat 15066025  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 521
Target Start/End: Original strand, 29731194 - 29731365
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||| |||||||  |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||   |||||||        |||  |    
T  29731194 tgatacataaaccaccttaggtggcatataccactagtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctacacacacaagaaat-tcatct 29731292  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |  ||||||||| |||||||||||||| |||| |||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  29731293 tttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtgatacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 29731365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 338 - 397
Target Start/End: Original strand, 40030832 - 40030891
Alignment:
Q  338 aaaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacat 397  Q
    ||||| ||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||    
T  40030832 aaaaacgagtagtgatacatagaccaccttaggtagcatgtaccacttgtacacccacat 40030891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 349 - 416
Target Start/End: Complemental strand, 49430641 - 49430574
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtcc 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | | | |||||| ||||| ||||||    
T  49430641 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatcaatacacaattgtgacatgtgtcc 49430574  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Original strand, 6487732 - 6487809
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||| ||||||  |||||||    
T  6487732 agtgatacatagaccaatttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtcc 6487809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #21
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000005
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 19989346 - 19989413
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatg-gagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| || ||||| |||| ||||||||||    
T  19989346 tgtctctcacacactctcacatgagagtggtacaatgtgtgtat-gagaaaagagtgtctatgaaacat 19989413  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #22
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 435
Target Start/End: Original strand, 40314096 - 40314183
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||||| |||||||||||| | |||||||| ||||||| ||| | |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  40314096 agtgatacataaaccaccttaggtagtatgtaccatttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 40314183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #23
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 342 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 40294915 - 40294822
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||| | |||| | | |||||| ||||| || ||  |||||||||| |||||||    
T  40294915 aagagtagtgatacatagaccactttaggtggcacgtaccacttgtccacctatacacaattgtgacatgtatctatgtggtcctcacacacac 40294822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #24
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 47571741 - 47571664
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||| ||| ||||||||||||| ||| | |||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||    
T  47571741 agtgatatataaaccaccttaggtgacatatgccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtcc 47571664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #25
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 348 - 409
Target Start/End: Complemental strand, 33502702 - 33502641
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgaca 409  Q
    ||||||||||||||||| |||| || |||||||||||| |||||| |||| ||||| |||||    
T  33502702 agtgatacatagaccacattagatgacatgtaccacttgtacacctacatgcaattgtgaca 33502641  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #26
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 47571636 - 47571568
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||  |||||||||    
T  47571636 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacat 47571568  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #27
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 350 - 425
Target Start/End: Original strand, 48489455 - 48489530
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||||| | ||||||||||||||| |||||||| |||| ||| ||| |||| |||||  ||||| ||||||||    
T  48489455 tgatacataaatcaccttaggtggcatataccacttgtacatccatatataattgtgacatctgtccatgtggtcc 48489530  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #28
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 526976 - 526914
Alignment:
Q  460 tcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||    
T  526976 tcacacactctcacatggaagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacat 526914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #29
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 460 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 13276541 - 13276479
Alignment:
Q  460 tcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||  ||||||||||| ||||| ||||  |||||||||    
T  13276541 tcacacactctcacatgggagtggtacatagtgtgtatggagaaaagggtgttcatgaaacat 13276479  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 123; Significance: 6e-63; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 123; E-Value: 6e-63
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 34792834 - 34792656
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctc-acacacnnnnnn 441  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||          
T  34792834 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtccttgtggtc-tctctacacacacaaaa 34792736  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  34792735 actcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgcaaaaaagtgtgtacatgaaacat 34792656  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 118; E-Value: 6e-60
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Original strand, 9045832 - 9046009
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnn 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||           
T  9045832 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgttcttgtggtcctc-cacacacacaaaaa 9045930  T
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9045931 cttacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 9046009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 14314164 - 14313992
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||||||        ||||    
T  14314164 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcac 14314065  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  14314064 atgtattgtctctcacacactctcacataaagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaagtgtgtacatgaaacat 14313992  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 1244734 - 1244561
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| |||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| | |||||||       |||||    
T  1244734 agtgatacatagaccaccttaagtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttggcaagtgtccttgtggtccccccacacacaaaaaaactcac 1244635  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||  ||||||||| ||| ||| |||||||||||||||| |||||| |||||| |||||||||    
T  1244634 atgtattgtctctcgaacactctcatatgaagtagtacaatgtgtgtatgaaaaaaaatgtgtacatgaaacat 1244561  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 339 - 425
Target Start/End: Original strand, 23915967 - 23916053
Alignment:
Q  339 aaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| ||||||||    
T  23915967 aaaaagagtagtgatacatagatcaccttagatggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtcc 23916053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 350 - 434
Target Start/End: Original strand, 29429590 - 29429674
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| ||||||   |||||| ||||||||    
T  29429590 tgatacacagactaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgtccacatggtcccctcacaca 29429674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 521
Target Start/End: Original strand, 12748217 - 12748389
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| |||||  ||||| |||||| |   |||||||        |||  |    
T  12748217 tgatacataaaccactttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatctgtccatgtggttcctacacacacacaaaaaatcatct 12748316  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |  ||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||  | ||||| |||| ||||||||||    
T  12748317 tttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtataaagaaaagggtgtttatgaaacat 12748389  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 352 - 396
Target Start/End: Complemental strand, 9521991 - 9521947
Alignment:
Q  352 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccaca 396  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  9521991 atacatagatcaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccaca 9521947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 396
Target Start/End: Original strand, 16717994 - 16718042
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccaca 396  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||    
T  16717994 agtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccaca 16718042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 16718106 - 16718174
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  16718106 tgtctctcaaacactatcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 16718174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000005
Query Start/End: Original strand, 451 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 9521887 - 9521817
Alignment:
Q  451 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||  ||||||| | ||||||  |||||||||||||||||||| |||||  |||| |||||||||    
T  9521887 tattgtctcctacacacttttacatgggatggtacaatgtgtgtatggagaaaaggatgtacatgaaacat 9521817  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 121; Significance: 1e-61; HSPs: 17)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 121; E-Value: 1e-61
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 46576420 - 46576247
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| | | |||||||        ||||    
T  46576420 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttaacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcac 46576321  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  46576320 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 46576247  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 110; E-Value: 4e-55
Query Start/End: Original strand, 351 - 521
Target Start/End: Original strand, 33496506 - 33496676
Alignment:
Q  351 gatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacatg 450  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||||       |||| |||    
T  33496506 gatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatataattttgacaagtgtctttgtgatccccccacacacaaaaaaactcatatg 33496605  T
Q  451 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  33496606 tattgtctctcacacactctcacatggagtggtataatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 33496676  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 101; E-Value: 8e-50
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 30922888 - 30922715
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||| | ||||  |||| | ||||||||||||||||||||| |||| | |||||||       |||||    
T  30922888 agtgatacatagatcaccttaggtggtatgtaccacatgtacattcacacataattttgacaagtgtccttgtagtccccccacacacaaaaaaactcac 30922789  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||    
T  30922788 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtatgtacatgaaacat 30922715  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 86; E-Value: 7e-41
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 48460663 - 48460829
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||| ||||||||||||||||||||||||||| || ||| |   |||||       |||      
T  48460663 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacatccacatacaattttgacaagtgtccttatgatcccc---cacacaataaaactc-- 48460757  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
      ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| || ||||||    
T  48460758 --gtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtgtggaaaaaagtgtgtacataaaacat 48460829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 78; E-Value: 4e-36
Query Start/End: Original strand, 343 - 521
Target Start/End: Original strand, 51937 - 52114
Alignment:
Q  343 agagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnn 442  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||| |||||| | || |||| | | |||||||||| |||||| |||||||||||||  ||||||            
T  51937 agagtagtgatacatagaccaccttaggtggtatgtactatttgtacatctatatacaattttaacaagtatccttgtggtccttccacaca-aaaaaaa 52035  T
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||| ||||||| |||||| |||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  52036 ctcatatgtattatctctctcacactctcatatgtagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 52114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 69; E-Value: 1e-30
Query Start/End: Original strand, 350 - 518
Target Start/End: Complemental strand, 38755071 - 38754905
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||| | | |||| ||||| |||||| |||| ||| |  ||||||       |||||||    
T  38755071 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgaacacccatacataattatgacatgtgtccatgtgatcccc--acacacaaaaaaactcacat 38754974  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaa 518  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||||||||||  ||||| ||||||    
T  38754973 ttattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatggaaaaaaaggtgtacatgaaa 38754905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 64; E-Value: 1e-27
Query Start/End: Original strand, 350 - 508
Target Start/End: Complemental strand, 47480188 - 47480032
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacat 449  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||| |||||||| ||||| |||||| | ||||  || |||||||       || ||||    
T  47480188 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacaccca-atacaattgtgacatgtgtccatatggt--tcccacacacaaaaaaacttacat 47480092  T
Q  450 gtattgtctctcacacactctcacat-ggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgt 508  Q
     |||||||||| |||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||    
T  47480091 ttattgtctcttacacactctcacatgggggtggtacaatgtgtgtatggaagaaagtgt 47480032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 348 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 42974556 - 42974469
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| | | |||||| | |||||||    
T  42974556 agtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattgtgacatgtgttcatatggtccccacacacac 42974469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 350 - 415
Target Start/End: Original strand, 31741049 - 31741114
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtc 415  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||    
T  31741049 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtc 31741114  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 351 - 504
Target Start/End: Original strand, 11752604 - 11752759
Alignment:
Q  351 gatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacatg 450  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| |||| ||||| |||| |  ||||||| | ||||||        ||||| |     
T  11752604 gatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacctacatataattgtgacatgtgttcacgtggtccccacacaca-taaaaaactcacctt 11752702  T
Q  451 tattgtctctcacacactctcaca---tggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
    |  |||||||||||||||||||||   | | ||||||||||||||||||||||||||    
T  11752703 ttgtgtctctcacacactctcacatagtagcgtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 11752759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 46; E-Value: 5e-17
Query Start/End: Original strand, 348 - 421
Target Start/End: Original strand, 28713681 - 28713754
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  28713681 agtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtg 28713754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 42; E-Value: 0.00000000000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 38349637 - 38349564
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||||||||| |||| |||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  38349637 agtgatacataaaccatcttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtg 38349564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 38349532 - 38349464
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||  |||| ||||  |||||||||    
T  38349532 tgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagaggaaagggtgttcatgaaacat 38349464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 346 - 414
Target Start/End: Complemental strand, 43068833 - 43068765
Alignment:
Q  346 gcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgt 414  Q
    ||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||| ||  ||||| | |||||||||| ||||    
T  43068833 gcagtgatacacataccaccttaggtcgcatgtaccacttaaacctccacacataattttgacatgtgt 43068765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 460 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 6220230 - 6220185
Alignment:
Q  460 tcacacactctcacatg-gagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||  ||||||||||||||||    
T  6220230 tcacacactctcacatgagagtggtacatagtgtgtatggaaaaaa 6220185  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 37536493 - 37536416
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||||||| | || |||||||||||| || ||| | |||||||||||| |||| ||||| |||||| || |||||    
T  37536493 agtgatacataaatcatcttaggtggcatatatcacatgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtcc 37536416  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 454 - 521
Target Start/End: Original strand, 28713786 - 28713854
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||| ||||||||||||| | |||||||||| ||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  28713786 tgtctctcaaacactctcacatgaaagtggtacaatatgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 28713854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 119; Significance: 1e-60; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 119; E-Value: 1e-60
Query Start/End: Original strand, 340 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 14342375 - 14342192
Alignment:
Q  340 aaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaatttt-gacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnn 438  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| | || ||||       
T  14342375 aaaagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacacacaatttttgacaagtgtccttgtggtccccccatacacaaa 14342276  T
Q  439 nnnnct-cacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
         | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  14342275 aaaaattcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 14342192  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 43066082 - 43065910
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||       |||||    
T  43066082 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacatccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcc-cccacacacaaaaaaactcac 43065984  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||| |||||| || ||||||    
T  43065983 atgtattgtctctcacacactctcacatggaatggtacaatgtatgtatggaaaaaaatgtgtacataaaacat 43065910  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 94; E-Value: 1e-45
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 1993818 - 1993644
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca-cnnnnnnnctca 446  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||  | ||||||         ||||    
T  1993818 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtatcacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtctccccacacataaaaaaaactca 1993719  T
Q  447 catgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||    
T  1993718 catgtattgtctctcatacactctcacatgaaatggtacaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtacacgaaacat 1993644  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 67; E-Value: 2e-29
Query Start/End: Original strand, 443 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 4076852 - 4076774
Alignment:
Q  443 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  4076852 ctcacatgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatatgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 4076774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 58; E-Value: 4e-24
Query Start/End: Original strand, 340 - 425
Target Start/End: Original strand, 2599527 - 2599612
Alignment:
Q  340 aaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||| | ||||||||    
T  2599527 aaaagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgttcatgtggtcc 2599612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 56; E-Value: 6e-23
Query Start/End: Original strand, 348 - 435
Target Start/End: Original strand, 28897999 - 28898086
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||| | |||||||    
T  28897999 agtgatacatagaccaccttaggtggcatataccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacacac 28898086  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 11904857 - 11905030
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||   | |||||       ||||     
T  11904857 agtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgtggtccctactcacac-aagaaactcat 11904955  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     | |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||  |||||||||    
T  11904956 cttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgttcatgaaacat 11905030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 53; E-Value: 4e-21
Query Start/End: Original strand, 349 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 41075774 - 41075698
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||| ||||| |||| | ||||||||    
T  41075774 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtcc 41075698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 342 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 4077145 - 4077062
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||| ||||| |||||| ||||||||||    
T  4077145 aagagtagtgatatatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtatacccacacacaactttgataagtgttcttgtggtcc 4077062  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 348 - 435
Target Start/End: Complemental strand, 45413716 - 45413629
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacac 435  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||| |||||| | |||||| | |||||||    
T  45413716 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacatccatacacaattgtgacatgtgtccatatggtccccacacacac 45413629  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 352 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 8368545 - 8368472
Alignment:
Q  352 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| ||||||  |||||||    
T  8368545 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtgtccacgtggtcc 8368472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 49; E-Value: 9e-19
Query Start/End: Original strand, 349 - 425
Target Start/End: Original strand, 31774729 - 31774805
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||| |||| | ||||||||    
T  31774729 gtgatacatagaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacactcacatacaattgtgacatgtgttcatgtggtcc 31774805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 45; E-Value: 2e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 434
Target Start/End: Complemental strand, 10391481 - 10391397
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    ||||||||||| || |||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| ||||| |||||| |||||||| | ||||||    
T  10391481 tgatacatagatcatcttaggtggcatgtgccacttatacacccatacacaattgtgacatgtgtccatgtggtccccacacaca 10391397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 349 - 415
Target Start/End: Complemental strand, 16465789 - 16465723
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtc 415  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||||||||| || |||||||||||||| ||||| |||||    
T  16465789 gtgatacatagaccaccttagacggcatgtaccacttgtatacccacatacaattgtgacatgtgtc 16465723  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 446 - 504
Target Start/End: Complemental strand, 5749109 - 5749051
Alignment:
Q  446 acatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||| |||||| ||||||    
T  5749109 acatttattgtctctcacacactctcacatggggtggtataatgtatgtatgaaaaaaa 5749051  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 409
Target Start/End: Original strand, 12142085 - 12142146
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgaca 409  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||| |||| ||||||| |||| |||||    
T  12142085 agtgatacataaaccaccttaggtggcatataccacttgtacatccacatataattgtgaca 12142146  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 510
Target Start/End: Original strand, 35200560 - 35200722
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||| ||  |||| |||||||||||| |||| ||||| |||||| || |||||   |||| ||       ||||     
T  35200560 agtgatacataaaccaccttaggtggcatatattacttgtacacccacatataattgtgacatgtgtccatgcggtccctacacatacaagaaa-ctcat 35200658  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgt 510  Q
     | |  ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||| || ||||| ||||    
T  35200659 cttttgtgtctctcaaacactctcacatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaagggtgt 35200722  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000003
Query Start/End: Original strand, 352 - 424
Target Start/End: Original strand, 45502670 - 45502742
Alignment:
Q  352 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtc 424  Q
    ||||||| ||||||||| |||| ||||||||||| ||||  || |||||||| ||||| |||||| |||||||    
T  45502670 atacataaaccaccttaagtggtatgtaccacttgtacattcatatacaattgtgacatgtgtccatgtggtc 45502742  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.00000001
Query Start/End: Original strand, 348 - 403
Target Start/End: Original strand, 27497177 - 27497231
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaatt 403  Q
    ||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||| ||||||    
T  27497177 agtgataca-agaccactttaggtggcatgtaccacttgtacatccacagacaatt 27497231  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 453 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 16465681 - 16465613
Alignment:
Q  453 ttgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||| ||| | |||| |||||||| ||||||||| |||||||  ||||  |||||||||    
T  16465681 ttgtctctcacacattctgaaatggggtggtacattgtgtgtattgaaaaaaaggtgtccatgaaacat 16465613  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 454 - 497
Target Start/End: Original strand, 31774836 - 31774880
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatg 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  31774836 tgtctttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtatg 31774880  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000008
Query Start/End: Original strand, 454 - 497
Target Start/End: Complemental strand, 41075668 - 41075624
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgg-agtggtacaatgtgtgtatg 497  Q
    ||||| |||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41075668 tgtctttcacacactctcacatgatagtggtacaatgtgtgtatg 41075624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 113; Significance: 6e-57; HSPs: 18)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 12224181 - 12224009
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||       |||||    
T  12224181 agtgatacataaaccaccttaggtggcatgtaccatttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtcccctcacacacaagaaaactcac 12224082  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||| || |||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  12224081 atgtattgtctctcacacactctcacctgaagtggtacaa-gtgtgtatggaaaaaagtgtgtacatgaaacat 12224009  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 113; E-Value: 6e-57
Query Start/End: Original strand, 348 - 521
Target Start/End: Original strand, 38247802 - 38247974
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||| | | |||||||        ||||    
T  38247802 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggttcccccacacacaaaaaaagtcac 38247901  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||    
T  38247902 atgtattgtctctcacacactctcacatagagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaagtgtgtacatgaaacat 38247974  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 109; E-Value: 1e-54
Query Start/End: Original strand, 349 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 48034986 - 48034813
Alignment:
Q  349 gtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt-cctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||| ||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||       ||||     
T  48034986 gtgatacataaaccaccttaggtgacatgtaccacttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcccccccacacacaaaaaaactcaa 48034887  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||    
T  48034886 atgtattgtctctcacacactctcacatgaagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtacataaaacat 48034813  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 342 - 521
Target Start/End: Original strand, 50989201 - 50989380
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  | || |          
T  50989201 aagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaa 50989300  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||| |||||| |||||||||    
T  50989301 actcacatgtattgtctctcacacactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacat 50989380  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 342 - 521
Target Start/End: Original strand, 51092333 - 51092512
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| |  | || |          
T  51092333 aagagtagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattttgacaagtgtccttgtggtccccctaaacgcaaaaaa 51092432  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||  |||||| |||||| |||||||||    
T  51092433 actcacatgtattgtctctcacacactctcacatgaagtggtataatgtgtgtataaaaaaaaatgtgtacatgaaacat 51092512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 3e-46
Query Start/End: Original strand, 341 - 521
Target Start/End: Original strand, 9271107 - 9271289
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc--tctcacacacnnn 438  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||   | |||||||       
T  9271107 aaagagtagtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacacccacacataattttgacaagtgtccttgtggtccctccacacacacaaa 9271206  T
Q  439 nnnnctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
        ||||||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||||| | |||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  9271207 aaaactcacatgtattgtccctcacacactcttacatgaagtggtacaatatatgtatgaaaaaaagtgtgtacatgaaacat 9271289  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 92; E-Value: 2e-44
Query Start/End: Original strand, 350 - 521
Target Start/End: Original strand, 8496712 - 8496884
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggt-cctctcacacacnnnnnnnctcaca 448  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||| ||||||| || | ||| ||        |||| |    
T  8496712 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtccacccacatacaattttgacaagtgtctttgtggtcccccacacgcaaaaaaatactcata 8496811  T
Q  449 tgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||  |||||||||    
T  8496812 tgtattgtctctcacatactctcacatggagtggtagaatgtgtgtatgaaaaaaagtgtgtgcatgaaacat 8496884  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 348 - 476
Target Start/End: Original strand, 33288136 - 33288264
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||| | |||||  |||||||||| |||||||       |||||    
T  33288136 agtgatacatagaccaccttaggtggtatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgatatgtgtctatgtggtcctcacacacacaaaaaaactcac 33288235  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatg 476  Q
    || |||||||||||||| | |||||||||    
T  33288236 atttattgtctctcacatattctcacatg 33288264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 51; E-Value: 6e-20
Query Start/End: Original strand, 348 - 434
Target Start/End: Original strand, 23004760 - 23004846
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacaca 434  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| ||||| || | | |||||||| | ||||||    
T  23004760 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttgtacacccacacacaattgtgacatgtattcatgtggtccccacacaca 23004846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 50; E-Value: 2e-19
Query Start/End: Original strand, 352 - 518
Target Start/End: Original strand, 54713532 - 54713698
Alignment:
Q  352 atacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcacatgt 451  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||  ||| ||||| | |||| ||||| |||||| |||  ||| | |||| ||       |||| || |    
T  54713532 atacatagaccacgttaggtggcatgtaccacttgaacatccacacataattatgacatgtgtccatgtaatccccacacatacaaaagaactcatattt 54713631  T
Q  452 attgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaa 518  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||  || ||||| ||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  54713632 attgtctctcacacactctcacatggggttatataatgtatgtgtggaaaaaagggtgtacatgaaa 54713698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 44; E-Value: 9e-16
Query Start/End: Original strand, 350 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 39947333 - 39947262
Alignment:
Q  350 tgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||| ||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||| | |||||| ||||    
T  39947333 tgatatatagaccaccttaagtgacatgtaccacttatacacccacatacaattgtgatatgtgtccatgtg 39947262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 341 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 29915144 - 29915090
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccac 395  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  29915144 aaagagtagtgatacatagaccaccttatgtggcatataccacttgtacacccac 29915090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000008
Query Start/End: Original strand, 341 - 395
Target Start/End: Complemental strand, 29964297 - 29964243
Alignment:
Q  341 aaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccac 395  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||||||    
T  29964297 aaagagtagtgatacatagaccaccttatgtggcatataccacttgtacacccac 29964243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 425
Target Start/End: Complemental strand, 8330770 - 8330693
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcc 425  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||  |||| |||||| ||| |  ||||| ||||||||    
T  8330770 agtgatacatagaccaccttagatggcatgtaccacttgtacattcacacacaattgtgatatatgtccatgtggtcc 8330693  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 348 - 421
Target Start/End: Complemental strand, 36674697 - 36674624
Alignment:
Q  348 agtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtg 421  Q
    ||||||||||| ||||||||||||| ||| |||||||| ||||| |||||| |||| ||||| |||||| ||||    
T  36674697 agtgatacataaaccaccttaggtgacatataccacttgtacactcacatataattgtgacatgtgtccatgtg 36674624  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000003
Query Start/End: Original strand, 339 - 416
Target Start/End: Original strand, 46135522 - 46135599
Alignment:
Q  339 aaaaagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtcc 416  Q
    |||||| |||||||||||||||||| ||||  ||||||||| || || |||||| |||||||||| ||||| ||||||    
T  46135522 aaaaagggcagtgatacatagaccatcttaaatggcatgtatcatttgtacacctacatacaattgtgacatgtgtcc 46135599  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 456 - 504
Target Start/End: Original strand, 46135636 - 46135685
Alignment:
Q  456 tctctcacacactctcacat-ggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaa 504  Q
    |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||| ||||    
T  46135636 tctctcacacactctcacataggggtggtacaatgtgtgtatggagaaaa 46135685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 454 - 522
Target Start/End: Complemental strand, 36674592 - 36674523
Alignment:
Q  454 tgtctctcacacactctcacatgga-gtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacata 522  Q
    ||||||||| ||||||||| ||||| |||||||||||||||||| || |||||  |||  ||||||||||    
T  36674592 tgtctctcaaacactctcatatggaagtggtacaatgtgtgtatagagaaaaggatgttcatgaaacata 36674523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0533 (Bit Score: 103; Significance: 5e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0533
Description:

Target: scaffold0533; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 5e-51
Query Start/End: Original strand, 342 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 10415 - 10237
Alignment:
Q  342 aagagcagtgatacatagaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnn 441  Q
    ||||| ||| ||||||||||||||||||||| ||||||| |||| || |  |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||          
T  10415 aagagtagtaatacatagaccaccttaggtgacatgtactacttgtatattcacatataattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacaaaaaa 10316  T
Q  442 nctcacatgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
     |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| ||| |||||||||    
T  10315 actcacatgtattgtctctcacatactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatgg-aaaaagtgcgtacatgaaacat 10237  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0933 (Bit Score: 93; Significance: 5e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold0933
Description:

Target: scaffold0933; HSP #1
Raw Score: 93; E-Value: 5e-45
Query Start/End: Original strand, 349 - 521
Target Start/End: Complemental strand, 3231 - 3061
Alignment:
Q  349 gtgatacata-gaccaccttaggtggcatgtaccacttatacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtggtcctctcacacacnnnnnnnctcac 447  Q
    |||||||||| ||||| ||||| || ||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||         |||     
T  3231 gtgatacataagaccatcttagatgacatgtaccatttgtacacccacatacaattttgacaagtgtccttgtagtcc-ctcacacaaaaaaat--tcat 3135  T
Q  448 atgtattgtctctcacacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 521  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3134 atgtattgtctctcatacactctcacatggagtggtacaatgtgtgtatggaaaaaagtgtgtatatgaaacat 3061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University