View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8576_low_10 (Length: 373)

Name: NF8576_low_10
Description: NF8576
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8576_low_10
NF8576_low_10
[»] scaffold0038 (4 HSPs)
scaffold0038 (1-358)||(43418-43774)
scaffold0038 (76-355)||(35264-35541)
scaffold0038 (1-355)||(27892-28264)
scaffold0038 (1-218)||(117233-117470)
[»] chr6 (19 HSPs)
chr6 (1-358)||(28243256-28243612)
chr6 (76-355)||(28297108-28297387)
chr6 (76-355)||(28514686-28514965)
chr6 (1-355)||(28325918-28326292)
chr6 (1-355)||(28181558-28181931)
chr6 (76-355)||(28185928-28186207)
chr6 (76-355)||(28235102-28235379)
chr6 (1-355)||(28227394-28227766)
chr6 (222-355)||(28503795-28503928)
chr6 (37-75)||(28185869-28185907)
chr6 (3-64)||(28297412-28297472)
chr6 (3-64)||(28514601-28514661)
chr6 (290-354)||(26849461-26849525)
chr6 (84-136)||(28150442-28150494)
chr6 (271-354)||(26937759-26937842)
chr6 (117-207)||(26623847-26623937)
chr6 (117-207)||(26729824-26729914)
chr6 (1-34)||(28185813-28185846)
chr6 (84-136)||(28098030-28098082)
[»] scaffold0019 (2 HSPs)
scaffold0019 (78-355)||(57662-57940)
scaffold0019 (27-75)||(57963-58011)
[»] chr4 (1 HSPs)
chr4 (76-360)||(5090316-5090600)
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (296-354)||(3280414-3280472)


Alignment Details
Target: scaffold0038 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 4)
Name: scaffold0038
Description:

Target: scaffold0038; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 43418 - 43774
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatgtgatgcatttactcaaacttatt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43418 tttattcttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatatgatgcatttactcaaacttatt 43516  T
Q  101 tgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattatc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  43517 tgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattacc 43616  T
Q  201 ctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  43617 ctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgctagggatctatgggactggtggaat 43716  T
Q  301 gggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgattgt 358  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43717 gggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgt 43774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #2
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Original strand, 35264 - 35541
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |    
T  35264 tgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcat 35361  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
    |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||| ||||| |||||| |||     
T  35362 gttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttcagatgc 35461  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35462 tagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 35541  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 27892 - 28264
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tgtga 80  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                    |||||    
T  27892 tttattcttaacaagtttaatt-acttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtga 27990  T
Q  81 tgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcc 180  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| ||||||    
T  27991 tgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcc 28089  T
Q  181 tctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtaggg 280  Q
    | || |||||||  |||| ||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||| ||  || ||| |||||    
T  28090 tttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatgataggg 28189  T
Q  281 atctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  28190 atctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgat 28264  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0038; HSP #4
Raw Score: 89; E-Value: 8e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Original strand, 117233 - 117470
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tgtga 80  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |                    || ||    
T  117233 tttattcttaacaagtgtaagttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcga 117332  T
Q  81 tgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcc 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||| ||||||| | |||||||    
T  117333 tgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcc 117432  T
Q  181 tctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtcta 218  Q
    | ||||||||||  |||| ||||| |||||||||||||    
T  117433 tttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtcta 117470  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 298; Significance: 1e-167; HSPs: 19)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 298; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 1 - 358
Target Start/End: Original strand, 28243256 - 28243612
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatgtgatgcatttactcaaacttatt 100  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  28243256 tttattcttaacaagtgtaagttacttgtatg-caaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatatgatgcatttactcaaacttatt 28243354  T
Q  101 tgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattatc 200  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||| |    
T  28243355 tgattgggtaggaatggatatgaatacgagtttattgagaagatagtaaaatatttatccagcaaaatcaatcgtgttcctctatatgttgctgattacc 28243454  T
Q  201 ctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaat 300  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  28243455 ctgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaataaatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgctagggatctatgggactggtggaat 28243554  T
Q  301 gggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgattgt 358  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28243555 gggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgattgt 28243612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 28297387 - 28297108
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  28297387 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgt 28297288  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
    |||||| ||||||||||  |||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||| |||||| |||     
T  28297287 gttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcagatgc 28297188  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28297187 tagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28297108  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 172; E-Value: 2e-92
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Original strand, 28514686 - 28514965
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||| ||||||||||| |||||||| |||||  ||||||| ||||||||||||    
T  28514686 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattggataggaatggatatgaatatgagtttattgagaagatagtcaaatacgtatccagcaagatcaatcgt 28514785  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
    |||||| ||||||||||  |||| || ||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||| ||| || |||||| ||||| |||||| |||     
T  28514786 gttcctttatatgttgccgattaccccgttggtctccagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatctcagatctaatggtgaagttcagatgc 28514885  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28514886 tagggatctatgggactggagggatgggaaagacaacacttgccagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28514965  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 170; E-Value: 4e-91
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 28325918 - 28326292
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tgtga 80  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||||||| |                    || ||    
T  28325918 tttattcttaacaagtgtaagttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtattcatacaacagttatcaacacattgatgttattgtgaatttgcga 28326017  T
Q  81 tgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcc 180  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||| |||||||| |||||  ||| ||| ||||||| | |||||||    
T  28326018 tgcatttactcaaacttatttgattgggtaggaatggctatgaatacgagtttattgagaagatagtcaaatacgtattcaggaagatcagttgtgttcc 28326117  T
Q  181 tctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtaggg 280  Q
    | ||||||||||  |||| ||||| ||||||||||||| | ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||  |||||| ||| |||||    
T  28326118 tttatatgttgcggattaccctgtaggtctcgagtctaggatcctagaagtaaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctaggg 28326217  T
Q  281 atctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28326218 atctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28326292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 165; E-Value: 4e-88
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 28181558 - 28181931
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaatatgtgatg--------cattta---- 88  Q
    ||||||||||||||||||||  ||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||| || |  |||||        ||||||        
T  28181558 tttattcttaacaagtgtaaggtacttgtatgtcaaatcaatatttgaattgtatt-atacaactattattaaaaattgatgtggttgagcatttatgat 28181656  T
Q  89 --------ctcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcc 180  Q
            |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||| || |||||||| |||||  | |||| |||||||||| |||||||    
T  28181657 gtattttgctcaaacttatttgattgggtaggaatggatatgaatatgagtttatcgaaaagatagtcaaatacgtttccaaaaagatcaattgtgttcc 28181756  T
Q  181 tctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtaggg 280  Q
    | ||||||||||  ||||   ||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||| |||||    
T  28181757 tttatatgttgccgattactatgttggtctcgagtctagggtcctaaaagtaaattcatttctggatgtcggatctaatggtgaagttcagatgctaggg 28181856  T
Q  281 atctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||| || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28181857 atctatgggactggaggaatgggaaagacgacgcttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 28181931  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Original strand, 28185928 - 28186207
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    ||||||||| ||| |||||||||||| |||||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |    
T  28185928 tgtgatgcacttaatcaaacttattttattgggtaggaatggctatgaacacgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcat 28186027  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
    |||||| ||||||||||| |||  ||||||||| ||||||||| ||| ||||||||||||||| || | ||| | ||||||| ||||| |||||| |||     
T  28186028 gttcctttatatgttgctgatttccctgttggtatcgagtctagggttctaaaagtaaattcacttatggattttggatctaatggtgaagttcagatgc 28186127  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    |||||||||||||| |||| |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  28186128 tagggatctatgggcctggaggaatgggaaagacgacacttgcaagagcagtttataattccctagctgatcaatttgat 28186207  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 137; E-Value: 2e-71
Query Start/End: Original strand, 76 - 355
Target Start/End: Original strand, 28235102 - 28235379
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    ||||||||||| ||  | |||||||||  || ||||| |||||||||||||| ||| |||| | |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| |    
T  28235102 tgtgatgcattaaccaagacttatttg--tgtgtaggaatggatatgaatacaagtatattaagaagatagtcaaatatgtatcaaacaagatcaatcat 28235199  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
    |||||| ||||||||||  |||| |||||||||||| |||||| |||||||||||||| ||||| | | ||||| ||||||| ||||| |||||| |||     
T  28235200 gttcctttatatgttgccgattaccctgttggtctcaagtctagggtcctaaaagtaacttcatgtgtggatgttggatctaatggtgaagttcagatgc 28235299  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28235300 tagggatctatgggactggtggaattggaaagacaacacttgcaagagcagtttataattccatagctgatcaatttgat 28235379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 1 - 355
Target Start/End: Original strand, 28227394 - 28227766
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata--------------------tgtga 80  Q
    |||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||                    |||||    
T  28227394 tttattcttaacaagtttaatt-acttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaataaattgatatgattgtgaatttgtga 28227492  T
Q  81 tgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcc 180  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||| |||| ||||||| ||||||||| || |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| ||||||    
T  28227493 tgcatttactcaaa-ttatttgattgggtaggaatggctatgaatgcgagtttatcgagaagatagtcaaatatatatctaacaagatcaatcatgttcc 28227591  T
Q  181 tctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtaggg 280  Q
    | || |||||||  |||| ||||||||| | || |||| ||||||||||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||| ||  || ||| |||||    
T  28227592 tttacatgttgccgattaccctgttggtgttgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttatggatgttggatctaatggtgaagcacagatgataggg 28227691  T
Q  281 atctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||  ||||| ||||||||||||    
T  28227692 atctacgggaatcgtggaatgggaaagacaacacttgcaagggcagtttataattttatagccgatcaatttgat 28227766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 5e-41
Query Start/End: Original strand, 222 - 355
Target Start/End: Original strand, 28503795 - 28503928
Alignment:
Q  222 tcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaag 321  Q
    ||||| ||||||||||| || | ||||| ||||||| ||||  |||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28503795 tcctagaagtaaattcacttatagatgttggatctaatggtaaagttcagatgctagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaag 28503894  T
Q  322 agaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    || |||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  28503895 agcagtttataattccatagccgatcaatttgat 28503928  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 37 - 75
Target Start/End: Original strand, 28185869 - 28185907
Alignment:
Q  37 aacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 75  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28185869 aacaatatttgaattgtatttatacaactattattaata 28185907  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 64
Target Start/End: Complemental strand, 28297472 - 28297412
Alignment:
Q  3 tattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaac 64  Q
    ||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28297472 tattcttaacaagtgaaagttattt-tatgtcaaaacaatatttgatttgtattcatacaac 28297412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000005
Query Start/End: Original strand, 3 - 64
Target Start/End: Original strand, 28514601 - 28514661
Alignment:
Q  3 tattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaac 64  Q
    ||||||||||||||| || ||| || |||||||||||||||||||| ||||||| |||||||    
T  28514601 tattcttaacaagtgaaagttattt-tatgtcaaaacaatatttgatttgtattcatacaac 28514661  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 290 - 354
Target Start/End: Original strand, 26849461 - 26849525
Alignment:
Q  290 actggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 354  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||   || |||||||||||| || ||||||||||||||    
T  26849461 actggaggaatgggaaaaacaacacttgctcaagcagtttataattcgattgctgatcaatttga 26849525  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 84 - 136
Target Start/End: Original strand, 28150442 - 28150494
Alignment:
Q  84 atttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttatt 136  Q
    |||||||||||||||| | |||||| ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28150442 atttactcaaacttatcttattgggcaggaatggatatgaattcgagtttatt 28150494  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000008
Query Start/End: Original strand, 271 - 354
Target Start/End: Original strand, 26937759 - 26937842
Alignment:
Q  271 tatggtagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 354  Q
    |||||||||||||||||||| ||| ||||| || ||  ||||||||||| ||| | |||||||||  || | ||||||||||||    
T  26937759 tatggtagggatctatgggattggcggaattggtaaatcaacacttgcacgagcaatttataatttgattggtgatcaatttga 26937842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 207
Target Start/End: Original strand, 26623847 - 26623937
Alignment:
Q  117 gatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattatcctgttgg 207  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||  | ||||  |||||||||||||| ||  || |||||||||| || ||||||||    
T  26623847 gatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26623937  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000003
Query Start/End: Original strand, 117 - 207
Target Start/End: Original strand, 26729824 - 26729914
Alignment:
Q  117 gatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtgttcctctatatgttgctaattatcctgttgg 207  Q
    |||||||||| || |||||||| |||||||| |||||  | ||||  |||||||||||||| ||  || |||||||||| || ||||||||    
T  26729824 gatatgaatatgattttattgaaaagatagtcaaatacatctccaacaagatcaatcgtgtgcccttacatgttgctaaataccctgttgg 26729914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 1 - 34
Target Start/End: Original strand, 28185813 - 28185846
Alignment:
Q  1 tttattcttaacaagtgtaatttacttgtatgtc 34  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  28185813 tttattcttaacaagtgtaagttacttgtatgtc 28185846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000005
Query Start/End: Original strand, 84 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 28098082 - 28098030
Alignment:
Q  84 atttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttatt 136  Q
    |||||||||||||||| | |||||  ||| |||||||||||| ||||||||||    
T  28098082 atttactcaaacttatcttattggccaggaatggatatgaattcgagtttatt 28098030  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 139; Significance: 1e-72; HSPs: 2)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 139; E-Value: 1e-72
Query Start/End: Original strand, 78 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 57940 - 57662
Alignment:
Q  78 tgatgcatttactcaaacttatttgatt-gggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgtg 176  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||| ||||||| |||||||||||| |||||||||||| |||||||| |||||| |||| |  |||||||||| ||    
T  57940 tgatgcatttactcaaacttatttcatttgggtaggaatggatatgaatgcgagtttattgagaagatagtcaaatatgtatctaacaagatcaatcatg 57841  T
Q  177 ttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatggt 276  Q
    ||||| ||||||||||  |||| ||||||||| |||| |||| ||||||||||||||||||| |||| |||||  |||||| ||||| |||||| ||| |    
T  57840 ttcctttatatgttgccgattaccctgttggtatcgaatctagggtcctaaaagtaaattcacttctggatgttagatctaatggtgaagttcagatgct 57741  T
Q  277 agggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgat 355  Q
    ||||||||| || | ||| ||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||||| ||||||||||||    
T  57740 agggatctacggaattggaggaatgggaaagacaacacttgctagagcagtttttaattccatagccgatcaatttgat 57662  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019; HSP #2
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 27 - 75
Target Start/End: Complemental strand, 58011 - 57963
Alignment:
Q  27 tgtatgtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattatcaata 75  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  58011 tgtaagtcaaaacaatatttgaattgtatttatacaactattattaata 57963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 37; Significance: 0.000000000009; HSPs: 1)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 37; E-Value: 0.000000000009
Query Start/End: Original strand, 76 - 360
Target Start/End: Complemental strand, 5090600 - 5090316
Alignment:
Q  76 tgtgatgcatttactcaaacttatttgattgggtagggatggatatgaatacgagtttattgacaagatagtaaaatatttatccagaaagatcaatcgt 175  Q
    ||||||||||||| ||||| |||| ||||| | ||||  |||||||||||||||||||||| | | |||||| | |||| | ||||  ||||||||||      
T  5090600 tgtgatgcatttattcaaatttatctgatttgataggactggatatgaatacgagtttattcagatgatagtcacatatgtctccaacaagatcaatcac 5090501  T
Q  176 gttcctctatatgttgctaattatcctgttggtctcgagtctaaggtcctaaaagtaaattcatttcttgatgtcggatctactggtgtagttcatatgg 275  Q
      |||| || |||||||| |||| || |||||  | ||| ||   || || ||| || ||||| | || ||| | || |||| || |  ||| || |||     
T  5090500 actcctttacatgttgctgattacccggttggattagagcctcgtgttctgaaattatattcactactggatattggttctaatgataaagtccaaatgc 5090401  T
Q  276 tagggatctatgggactggtggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttgattgtct 360  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| || || ||||||| || || | |||| |||| ||| ||| |||||||||| |||||    
T  5090400 tagggatctatgggactggaggaatgggtaaaaccacacttggaaaagcaatttacaatttcattgctcatcaatttgaatgtct 5090316  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000001; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000001
Query Start/End: Original strand, 296 - 354
Target Start/End: Original strand, 3280414 - 3280472
Alignment:
Q  296 ggaatgggaaagacaacacttgcaagagaagtttataattccatagctgatcaatttga 354  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||||    
T  3280414 ggaatgggtaagacaactcttgcaagagcagtttataatttcattgctaatcaatttga 3280472  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University