View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8580_low_40 (Length: 265)

Name: NF8580_low_40
Description: NF8580
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8580_low_40
NF8580_low_40
[»] chr1 (9 HSPs)
chr1 (1-248)||(3300127-3300374)
chr1 (1-248)||(43044393-43044640)
chr1 (1-248)||(43067351-43067598)
chr1 (1-248)||(43083237-43083484)
chr1 (1-248)||(43077228-43077475)
chr1 (1-248)||(45984333-45984580)
chr1 (1-248)||(38138500-38138747)
chr1 (1-248)||(7891592-7891839)
chr1 (1-149)||(50911834-50911982)
[»] chr4 (2 HSPs)
chr4 (1-248)||(4230858-4231105)
chr4 (114-248)||(19965195-19965329)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (1-242)||(7520368-7520609)
chr6 (1-242)||(7529905-7530146)
[»] chr8 (3 HSPs)
chr8 (1-246)||(4619082-4619327)
chr8 (99-248)||(4296931-4297080)
chr8 (1-224)||(4788124-4788347)
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (1-248)||(16348540-16348787)
[»] chr2 (4 HSPs)
chr2 (1-248)||(33860227-33860474)
chr2 (94-149)||(34690326-34690381)
chr2 (94-149)||(34712738-34712793)
chr2 (199-249)||(16231772-16231822)


Alignment Details
Target: chr1 (Bit Score: 244; Significance: 1e-135; HSPs: 9)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 244; E-Value: 1e-135
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 3300127 - 3300374
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300127 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 3300226  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  3300227 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcataatgatcacttgaga 3300326  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  3300327 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 3300374  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 43044393 - 43044640
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43044393 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaa 43044492  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43044493 gctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttgaga 43044592  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43044593 tgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggc 43044640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 43067598 - 43067351
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43067598 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaa 43067499  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  43067498 gctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcattatgatcacttgaga 43067399  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43067398 tgtaaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggagtttgaggc 43067351  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 220; E-Value: 1e-121
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 43083237 - 43083484
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||    
T  43083237 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaatctccttaccagaacgcctatcaatcttagtaacaa 43083336  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43083337 gctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 43083436  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||||    
T  43083437 tgtaaagttagcagcttccttggctgggtcatccttggagtttgaggc 43083484  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 43077475 - 43077228
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||| ||||||||||| | |||||||| || | ||||||||||| |||||||| |||||||    
T  43077475 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccattcatcaggaatttgggcttcgtctcaatcaccataccagaacgcctatcaatcttggtaacaa 43077376  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||||| |||| ||||||  ||||||| |||||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||  ||||||||    
T  43077375 gctcatcaaacttgacaagaatgtggaaggtgtggcagtgaagaacaggtgcatagccattttcaatcttgccagggtgattcatgacgacgacttgaga 43077276  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||| |||||    
T  43077275 tgtaaagttagcggcctccttggctgggtcatccatggagttagaggc 43077228  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 116; E-Value: 4e-59
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 45984580 - 45984333
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||  || |||| |||||||||||| ||||||| ||||  ||||||| |||||||| ||| | || ||    
T  45984580 ttggtgggaatcatcttaataataccagtatcaccactcatcaaaaatttgggctccctctcaatttcctcaccagaacacctgtcaaccttggaaataa 45984481  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |  |||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||  ||||    
T  45984480 gctcagcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtgtagccatttcgaatctggccagggtgattcgtaatgataacaagaga 45984381  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||| ||| |||||    || |||||| ||| ||||||||||||    
T  45984380 tgtaaagtgagcggcctctaccgctgggtcaccctcggagtttgaggc 45984333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 3e-54
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 38138747 - 38138500
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| || |||   ||||||  |||||||| ||| |||||||    
T  38138747 ttggtgggaatcatcttaacaacaccagcatcaccattcttcaagaatttgggctccttctcgatttccaaaccagaaaacctgtcaaacttggtaacaa 38138648  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||| |||||| ||||||| || |||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||  |||| ||||||  |||||| ||||||| ||  | ||    
T  38138647 gcttagcaaacttgacaggaacgtgggaggtgtggcagtccagaataggtgtatagccattttgaatccggccagtttgattcgtgatgataacacggga 38138548  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||||||| ||||||    
T  38138547 tgtaaatttagcagcctccgtggctgggtcatgcttggagtctgaggc 38138500  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 7891839 - 7891592
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||  ||      || |  |||||||| |||  ||||||    
T  7891839 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcgccattcttcaagaatttgggctccttctcaaattcaacattagtattcctgtcaaacttgctaacaa 7891740  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||  ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||| | ||||||||||| |||||||||||| ||||||| |||||| || |||||    
T  7891739 gcttggcaaacttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcgagaataggtgtatagccatttctaatctggccaggatgattcaagatgataacatgaga 7891640  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||| | |||||||||| | || ||| ||  |||||||||||||||    
T  7891639 tgtaaattcagcagcctccatagctgggccacgcttggagtttgaggc 7891592  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 1 - 149
Target Start/End: Original strand, 50911834 - 50911982
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||| ||||| |||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||     | || ||||  || |||| |||||||    
T  50911834 ttggtgggaatcatctcaataacaccagcgtcaccattcttcaagaatttgggctccttctcaatttccacaaaataatgcctaacattcttggtaacaa 50911933  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacagg 149  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| ||| |||||||| | |||||||||    
T  50911934 gcttagcaaacttgacagcaatgttggacgtgtggcaatgaagaacagg 50911982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 192; Significance: 1e-104; HSPs: 2)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 192; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 4230858 - 4231105
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||| |||||| ||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  4230858 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatctccattcttcaggaatttaggctccttctcgatctccttaccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 4230957  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    |||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  4230958 gctcagcaaacttgactgcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcataaccatttccaatctggccagggtgattcatgataatcacctgaga 4231057  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    ||| |||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||    
T  4231058 tgtgaagttagcagcctccttggctgggtcatccttggtgtttgaggc 4231105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000002
Query Start/End: Original strand, 114 - 248
Target Start/End: Complemental strand, 19965329 - 19965195
Alignment:
Q  114 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgagatgtaaagttagca 213  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||||| ||  ||||  ||||||||  ||  | ||||| |  | ||||||||||| |||     
T  19965329 gacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggtgtatagccagtttgaatcatgccagggtcctttgtaatgataagataagatgtaaagtcagcg 19965230  T
Q  214 gcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    ||| || |||| |||||||  ||||||||||||||    
T  19965229 gcccccatggctgggtcattgttggagtttgaggc 19965195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 142; Significance: 1e-74; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 142; E-Value: 1e-74
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 7520609 - 7520368
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7520609 ttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccgttcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatcttggtaacaa 7520510  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  7520509 gttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgagcactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatgatgatgacttggga 7520410  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtt 242  Q
     || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  7520409 agtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagtt 7520368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 138; E-Value: 3e-72
Query Start/End: Original strand, 1 - 242
Target Start/End: Complemental strand, 7530146 - 7529905
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||| |||||||    
T  7530146 ttggtgggaaccatcttaatgataccagcatcaccattcttcaagaacttgggctccttctcaatctccttaccagatcgcctgtcaatcttggtaacaa 7530047  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    | |||||||| || ||||||||||| ||||||||||| || || || || ||||| |||||||||||||| |||||||| ||||||||||| ||||| ||    
T  7530046 gttcagcaaacttcacagcaatgtgagaggtgtggcaatcgagcactggtgcatatccatttccaatctgtccagggtggttcatgatgatgacttggga 7529947  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtt 242  Q
     || ||||| ||||| ||||| ||||||||||||||||||||    
T  7529946 agtgaagttggcagcttcctttgcagggtcatccttggagtt 7529905  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 3)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 1 - 246
Target Start/End: Original strand, 4619082 - 4619327
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||| |||||||||||| ||||||||  |||| ||||||| |||||||||||| |  | ||    
T  4619082 ttggtgggaatcatcttaataatgccagcatcaccattcttcaggaatttgggctcattctcaattaccttaccagaacacctgtcaatcttggctagaa 4619181  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgat--cacttga 198  Q
    ||| | |||| ||||||||| |||||||||||||||| | ||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||  ||| |||    
T  4619182 gcttatcaaacttgacagcagtgtgggaggtgtggcaatgaagaacaggtgtatagccatttccaatctggccagggtgattcctgatgataacacatga 4619281  T
Q  199 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgag 246  Q
    ||||  |||||| | ||||||||||| ||||||| |||||||||||||    
T  4619282 gatg--aagttatctgcctccttggctgggtcatgcttggagtttgag 4619327  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 99 - 248
Target Start/End: Original strand, 4296931 - 4297080
Alignment:
Q  99 aagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttga 198  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| | | ||||||||| |||||||||  ||||||| || |||    
T  4296931 aagctcagcaaatttgacaggaatgtgggaggtgtggcagtgaagaataggtgtatagccttcttcaatctggctagggtgatttgtgatgataacatga 4297030  T
Q  199 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||||| ||   |||||||||| |||||||||| || |||||||||    
T  4297031 gatgtaaagtgagtgacctccttggctgggtcatcctcggggtttgaggc 4297080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 64; E-Value: 5e-28
Query Start/End: Original strand, 1 - 224
Target Start/End: Complemental strand, 4788347 - 4788124
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||| ||||| ||||| |||| ||||||| ||||||||||||   |||  || ||||||  |||  |||||| |  |||||| |||   || ||    
T  4788347 ttggtgggaaccatctcaataagaccatcatcaccattcttcaagaatgcaggcctctcctcaattacctaaccagaatgattgtcaaccttgcaaataa 4788248  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||||| |||||| ||||||||| |||||||||||||||| ||||| ||| | |||||| ||| ||||||| |||||||||||  ||||||| || |||||    
T  4788247 gctcatcaaattcgacagcaatttgggaggtgtggcagtgaagaataggcgtatagcctttttcaatctgtccagggtgatttgtgatgataacatgaga 4788148  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggc 224  Q
    |||||||| | | |||||||||||    
T  4788147 tgtaaagtaatcggcctccttggc 4788124  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 112; Significance: 1e-56; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 16348540 - 16348787
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||| |||||| ||| ||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||   ||| ||||||  |||||| | ||| | || ||    
T  16348540 ttggtgggaatcatctgaataatgccaccatcacctttcttcaagaatttgggctccttcacaattatcttgccagaaaacctgtctaccttggcaagaa 16348639  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||| | ||| || ||| |||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||    
T  16348640 gcttagcaaacttgacagcaatgtaggaggtgtggcagttaagaacaggtgtataacccttttcaatttggccagggtgattcgtgatgataacttgaga 16348739  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    ||||||||||   ||||||||||| |||| || |||||||||||||||    
T  16348740 tgtaaagttaatggcctccttggctgggtgatgcttggagtttgaggc 16348787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 4)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 1 - 248
Target Start/End: Original strand, 33860227 - 33860474
Alignment:
Q  1 ttggtgggaatcatcttaataataccagcatcaccgttcttcaagaatttgggctccttctcaatctcctttccagaacgcctgtcaatcttagtaacaa 100  Q
    |||||||||||||||||||||  | ||||||||||  ||||||||||||  |||||||||||||| ||||| ||| ||  || ||||| ||| | || ||    
T  33860227 ttggtgggaatcatcttaatagcagcagcatcaccactcttcaagaattcaggctccttctcaatttccttaccataaaaccagtcaaccttggcaataa 33860326  T
Q  101 gctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacaggggcatagccatttccaatctggccagggtgattcatgatgatcacttgaga 200  Q
    ||||| ||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||| | | |||| |||| |||| ||||||||| |||  ||||||| ||||||||    
T  33860327 gctcaacaaacatgacagcaacgtgggaggtgtggcagtcaagaataggtgtaaagccttttctaatcaggccagggtcatttgtgatgataacttgaga 33860426  T
Q  201 tgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggc 248  Q
    |||||||| ||| || ||| |||| |||| |||  |||||| ||||||    
T  33860427 tgtaaagtgagcggcttccgtggctgggtgatcgatggagtctgaggc 33860474  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 149
Target Start/End: Original strand, 34690326 - 34690381
Alignment:
Q  94 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacagg 149  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  34690326 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacagg 34690381  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 94 - 149
Target Start/End: Original strand, 34712738 - 34712793
Alignment:
Q  94 gtaacaagctcagcaaatttgacagcaatgtgggaggtgtggcagtcaagaacagg 149  Q
    |||||||||| |||||| ||||||||| ||||||||| |||||||||||| |||||    
T  34712738 gtaacaagcttagcaaacttgacagcagtgtgggaggcgtggcagtcaaggacagg 34712793  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 199 - 249
Target Start/End: Original strand, 16231772 - 16231822
Alignment:
Q  199 gatgtaaagttagcagcctccttggcagggtcatccttggagtttgaggct 249  Q
    |||||||| |||||||||||| |||| || ||||||| |||||||||||||    
T  16231772 gatgtaaatttagcagcctccatggctggttcatcctcggagtttgaggct 16231822  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University