View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8581_low_1 (Length: 753)
Name: NF8581_low_1
Description: NF8581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8581_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 723; Significance: 0; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:
Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 723; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 742
Target Start/End: Original strand, 32853439 - 32854181
Alignment:
| Q |
1 |
gaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaacatgagaagaataattt |
100 |
Q |
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| T |
32853439 |
gaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaacatgagaagaataattt |
32853538 |
T |
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| Q |
101 |
ttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagatttttgatcattaatcatag |
200 |
Q |
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| T |
32853539 |
ttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagatttttgatcattaatcatag |
32853638 |
T |
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| Q |
201 |
tagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaacaatctctacttgaatg |
300 |
Q |
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| T |
32853639 |
tagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaacaatctctacttgaatg |
32853738 |
T |
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| Q |
301 |
gttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgc-aaataaagcaataagaattagaattacctcgtat |
399 |
Q |
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| T |
32853739 |
gttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaaataaagcaataagaattagaattacctcgtat |
32853838 |
T |
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| Q |
400 |
cctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttccttcttgccgcgagttg |
499 |
Q |
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| T |
32853839 |
cctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttccttcttgtcgcgagttg |
32853938 |
T |
|
| Q |
500 |
gaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaaggaacccatcaatt |
599 |
Q |
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| T |
32853939 |
gaactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaaggaacccatcagtt |
32854038 |
T |
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| Q |
600 |
catattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatattttctcaaccacttt |
699 |
Q |
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| T |
32854039 |
catattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatattttctcaaccacttt |
32854138 |
T |
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| Q |
700 |
cctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatgtcca |
742 |
Q |
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| T |
32854139 |
cctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatttcca |
32854181 |
T |
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[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 702; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 742
Target Start/End: Original strand, 37176575 - 37177316
Alignment:
| Q |
1 |
gaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaacatgagaagaataattt |
100 |
Q |
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| T |
37176575 |
gaattgtttgttgccttgactagtatgaactgctataaccccctttccttcaattttaacatgttttccatcaccaagttcaacatgagaagaataattt |
37176674 |
T |
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| Q |
101 |
ttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctgcagccactatctaaaaaccacatctcaccagatttttgatcattaatcatag |
200 |
Q |
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| T |
37176675 |
ttatttagctcttcaaatatggtttgattccctgttacatgattgctacaaccactatctaaaaaccacatctcaccagattttttatcattaatcatag |
37176774 |
T |
|
| Q |
201 |
tagagaataacttatttgcatcatcttctgcagaaaaattaattccctttattctttcatcatcttctttcttcttatgccaacaatctctacttgaatg |
300 |
Q |
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| T |
37176775 |
tagagaataacttatttgcatcatcttttgcagaaaaattaattccctttattctttcatcattttctttcttcttatgccaacaatctctacttgaatg |
37176874 |
T |
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| Q |
301 |
gttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaataaagcaataagaattagaattacctcgtatc |
400 |
Q |
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| T |
37176875 |
gttgggaattttgcatctagtacatctaaagcgacaatcttttgattcatgtccagattttttgcaaataaagcaataagaattagaattacctcgtatc |
37176974 |
T |
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| Q |
401 |
ctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctctgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttccttcttgccgcgagttgg |
500 |
Q |
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| T |
37176975 |
ctttctcctcctcttcctttgtatccataatgccttccatgacctatgttggaaggatgtccacgaaatgagtccccacttccttcttgtcgcgagttgg |
37177074 |
T |
|
| Q |
501 |
aactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaaggaacccatcaattc |
600 |
Q |
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| T |
37177075 |
aactccggatattcatctttgcttgaaaaacattctccaatggctgattgttgtatctattcactctttcctcatgagcttctaaggaacccatcaattt |
37177174 |
T |
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| Q |
601 |
atattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatattttctcaaccactttc |
700 |
Q |
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| T |
37177175 |
atattgtgagagttttgtgaggtcctttgtttcttcaataacagcaacaacatgttcaaatttttgtggaaggcttctcaatattttctcaaccactttc |
37177274 |
T |
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| Q |
701 |
ctttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatgtcca |
742 |
Q |
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| T |
37177275 |
ttttctggaacttgttctccacaacttttaatttgatttcca |
37177316 |
T |
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