View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8581_low_3 (Length: 662)

Name: NF8581_low_3
Description: NF8581
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8581_low_3
NF8581_low_3
[»] chr2 (1 HSPs)
chr2 (1-646)||(42672453-42673103)


Alignment Details
Target: chr2 (Bit Score: 594; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 594; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 646
Target Start/End: Original strand, 42672453 - 42673103
Alignment:
Q  1 gccacttaatattgattaagaacaaattaaagttgcaaatttacataattagttacattacaggttacagctatcaaatttaagcatatatattttacat 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672453 gccacttaatattgattaagaacaaattaaagttgcaaatttacataattagttacattacaggttacagctatcaaatttaagcatatatattttacat 42672552  T
Q  101 gcttctgaaaagttaattaagctcattcttatataagcgtagaagaaaccaaaaaacatatgtctcttaatggtattcttgcataataaattaatgttga 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672553 gcttctgaaaagttaattaagctcattcttatataagcttagaagaaaccaaaaaacatatgtctcttaatggtattcttgcataataaattaatgttga 42672652  T
Q  201 atgcaggaaatttaaagatgtagatgtgccaacaagtttagtgaagtctctaccagagacttgcacggtgcatattatatcaagaggaaaagtccagagt 300  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672653 atgcaggaaatttaaagatgtagatgtgccaacaagtttagtgaagtctctaccagagacttgcacggtgcatattatatcaagaggaaaagtccagagt 42672752  T
Q  301 attcaagcaacagctccttcccaaaccattactatttctagtccaaagccagattatttgaccaaagacttaaacaggtaaatatataagacttagatat 400  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42672753 attcaagcaacagctccttcccaaaccattactatttctagtccaaagccagattatttgaccaaagacttaaacaggtaaatatataagacttagatat 42672852  T
Q  401 gttttcattctctataaaatacagctgcatcatatttagttcttacaaaaaatattcgtcgatgtttagtccctaatttagtgattcattatgc-----a 495  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||     |    
T  42672853 gttttcattctctataaaatacagctgcatcatatttagttcttacaaaaaatattcgttgatgtttagtccctaatttagtgattcattatgcacgtta 42672952  T
Q  496 cgtttgatcagaaaatcactcaataaaatacggaggcgcttaagcagcgatggtggatcctttggtcnnnnnnnggatccaagaataggatcaagatgta 595  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||       |||| |||||||||||||||||||||    
T  42672953 cgtttgatcagaaaatcactcaataaaataaggaggcgcttaagcagcgatggtggatcctttggtcaaaaaaaggatgcaagaataggatcaagatgta 42673052  T
Q  596 tgtcccaaagagagacttatccacggaggatatccctatcagatgacaacc 646  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42673053 tgtcccaaagagagacttatccacggaggatatccctatcagatgacaacc 42673103  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University