View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8588_low_3 (Length: 506)

Name: NF8588_low_3
Description: NF8588
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8588_low_3
NF8588_low_3
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (21-492)||(10239281-10239752)
chr5 (23-489)||(10230504-10230970)
chr5 (21-492)||(10254853-10255324)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 468; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 468; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 21 - 492
Target Start/End: Complemental strand, 10239752 - 10239281
Alignment:
Q  21 taacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239752 taacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatc 10239653  T
Q  121 acaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctg 220  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239652 acaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctg 10239553  T
Q  221 gtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaa 320  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239552 gtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaa 10239453  T
Q  321 cacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatc 420  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  10239452 cacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaata 10239353  T
Q  421 ggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatgacggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 492  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10239352 ggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatgacggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 10239281  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 315; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 23 - 489
Target Start/End: Complemental strand, 10230970 - 10230504
Alignment:
Q  23 acggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatcac 122  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||| |||| |    
T  10230970 acggtgcttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggaccctaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgccattacaatctc 10230871  T
Q  123 aaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctggt 222  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||| ||  ||||||| || |||||||| |||||| |||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||    
T  10230870 aaacgggaaagccacactatgtagccgttatgtaaaaacctacaagtacaaaattgaaaacaaagctggtcaccaacttatcccaaacgtgttttctggt 10230771  T
Q  223 ttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaaca 322  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||||||||||| |||  |||||||||||||||| ||||||    
T  10230770 ttcaactcgcttattgctttagcggcacgtggatccgtggttgtagcacgggtgttaaccggtcagtataacccatctaacggcattggattggtcaaca 10230671  T
Q  323 caagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatcgg 422  Q
    ||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | |||||||||||||| ||||||||||| ||    
T  10230670 caagtttagctctgtttggtaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaagtcaaactaacaccaaacggtgacatccaaacaatggg 10230571  T
Q  423 ccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatgacggcgcatcctaaaattgactccgacaca 489  Q
    |||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||    
T  10230570 ccgttatgatttcaacggcaaactcttgatgagtatgacggcgcatcctaaaatagactctgacaca 10230504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 248; E-Value: 1e-137
Query Start/End: Original strand, 21 - 492
Target Start/End: Original strand, 10254853 - 10255324
Alignment:
Q  21 taacggtgtttacataagaaacggaccaaaccctcagttccttccacgtggaccttaccatctctttgacggtgacggcatgcttcatgctgttaaaatc 120  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||| ||||| |||||||| ||||||||||| ||  ||| ||||    
T  10254853 taacggtgtttacataagaaacggaccaaacccacagttccttccacgtggaccctaccacctcttcgacggtgatggcatgcttcacgccattacaatc 10254952  T
Q  121 acaaacggaaaagccacactatgtagccgttacgttcaaacctataaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaaattctcccaaacgtgttttctg 220  Q
     ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||    
T  10254953 tcaaacggaaaagctacactctgtagccgttacgttcaaacttacaaatacaaaatcgaaaacgaagctggttaccaacttatcccaaacgtgttttctg 10255052  T
Q  221 gtttcaactcgcttattggtttagcggcacgtggatccgtggctgtagcacgtgtgttaactggtcagtataatccaattaacggcattggattgatcaa 320  Q
    |||||||||||||||| | ||  || |||||||| || ||  | | |||||||||  || |||| || || |||||   |||||||||||| ||   |||    
T  10255053 gtttcaactcgcttatagcttctgctgcacgtggctctgtcaccgcagcacgtgtcatatctggacaatacaatccttctaacggcattggtttagccaa 10255152  T
Q  321 cacaagtttggctctgtttggcaaccgtctttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaaagttacaccaaacggtgatatccaaacaatc 420  Q
    ||||||||||||||||||||| |||   |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||||||||||||||     
T  10255153 cacaagtttggctctgtttggtaacaaactttttgctttaggagaatcagatcttccttatgaaatcaatcttacgccaaacggtgatatccaaacaatt 10255252  T
Q  421 ggccgttatgattttaacggcaaactcttcatgaatatgacggcgcatcctaaaattgactccgacacaggt 492  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||| |||||| || ||||| |||||||||  ||||||||||    
T  10255253 ggccgttatgattttaacggtaaactctccatgagtatgactgcacatccgaaaattgacggcgacacaggt 10255324  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University