View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8591_low_1 (Length: 789)

Name: NF8591_low_1
Description: NF8591
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8591_low_1
NF8591_low_1
[»] chr3 (1 HSPs)
chr3 (17-772)||(43881895-43882650)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 740; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 740; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 772
Target Start/End: Original strand, 43881895 - 43882650
Alignment:
Q  17 gacatcaacacaaaccaaaatatgtagggatgagacaacgtaatttgcacttcagcataaacaatgtattatgtttgtttaccgtatgcagagaactact 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43881895 gacatcaacacaaaccaaaatatgtagggatgagacaacgtaatttgcacttcagcataaacaatgtattatgtttgtttaccgtatgcagagaactact 43881994  T
Q  117 gaagttttggcataaattgggagaaaaagttatcgtgttcataactgacagaaggaaaacaaggggggaaagaacaagaacatgaatattgaattcctat 216  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43881995 gaagttttggcataaattgggagaaaaagttatcgtgttcataactgacagaaggaaaacaaggggggaaagaacaagaacatgaatattgaattcctat 43882094  T
Q  217 tatttcatgccaaaagaattaacccaaagacctattttgatacaagaaatttgaaatagcaattatacaatatgtattatcatgtaccaaagttttgaaa 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43882095 tatttcatgccaaaagaattaacccaaagacctattttgatacaagaaatttgaaatagcaattatacaatatgtattatcatgtaccaaagttttgaaa 43882194  T
Q  317 gtgtaattgaatgagaatatatgattgtgcttacaattaaagacataagagtcagaagctacttacaccagttcgcattcgattgagtccaccgttactt 416  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  43882195 gtgtaattgaatgagaatatatgattgtgcgtacaattaaagacataagagtcagaagctacttacaccagttcgcatttgattgagtccaccgttactt 43882294  T
Q  417 ctaacagacagatagcgatcaaattgttggacacctgatgtagtaaaatgtagttatgaattagcacgagagacaaaaatctgtaaacaatgatagcaag 516  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  43882295 ctaacagacagatagcgatcaaattgttggacacctgatgtagtaaaatgtagttatgaattagcacgagagacaaaaatctctaaacaatgatagcaag 43882394  T
Q  517 gctatactatgctcgacaaacaaacatttacagactttcttttaatgactgaaacacaaaaccttgaataaaaacgagcaaaagtgagtgaaataagaaa 616  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43882395 gctatactatgctcgacaaacaaacatttacagactttcttttaatggctgaaacacaaaaccttgaataaaaacgagcaaaagtgagtgaaataagaaa 43882494  T
Q  617 attcaattctacaagaagctataacatgaacctttatatttcgcagttggcttgacacaagggtggaatccatgactgttaggagaaacccaaagttgtc 716  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43882495 attcaattctacaagaagctataacatgaacctttatatttcgcagttggcttgacacaagggtggaatccatgactgttaggagaaacccaaagttgtc 43882594  T
Q  717 cgtcgtccttgaacctaggtggctttggcacctgtaacaaatgcaacagttattga 772  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43882595 cgtcgtccttgaacctaggtggctttggcacctgtaacaaatgcaacagttattga 43882650  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University