View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8594_low_1 (Length: 636)
Name: NF8594_low_1
Description: NF8594
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8594_low_1 |
 | |
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Alignment Details
Target: chr6 (Bit Score: 362; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr6
Description:
Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 362; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 41 - 446
Target Start/End: Original strand, 5685696 - 5686099
Alignment:
| Q |
41 |
tgttgatacattattgctatgtttgtaattagtaatagatacaagaatattgttatcttagagattttctagtaattttttagtgtgtaatttctaccct |
140 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| |
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| T |
5685696 |
tgttgatacattattgctatgtttgtaattagtaatagatacaagaatattgttatcttagagattttctagtaatttttgagtgtgtaatttctaccct |
5685795 |
T |
|
| Q |
141 |
tagaattactctataaatgtactattatgaattatgagtgtgatatgaatattatttcaatacttgaacaaaagttgctgaagagcgaagactatatgtc |
240 |
Q |
| |
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| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |
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| T |
5685796 |
t-gaattgctctataaatgtactattatgaattatgagtgtgatatgaatattatttcaatacttgaacaaaagttgctgaagagtgaagactatatgtc |
5685894 |
T |
|
| Q |
241 |
tgggccaagttaatgagaaagaccaaatgcagaaatgtgtggaaatgtaagaatttagaaccataatccaaatgttttattaaagagtggtaaatttatg |
340 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | ||||| |
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|
| T |
5685895 |
tgggccaagttaatgagaaagaccaaatgcagaaatgtgtggaaatgtaagaatttagaaccataatccaaatgttttattaaagagtggtata-ttatg |
5685993 |
T |
|
| Q |
341 |
ttgtacaatgatagtgttactatgcatccatgtcaataatgaaagatgataattggaaatgagtggttttgatttatattggacaaaattgtaccatgtt |
440 |
Q |
| |
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|||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || |
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|
| T |
5685994 |
ttgtacaatgatagtgctactatgcatccatgtgaataatgaaagatgataattggaaatgagtggttttgatttatattggacaaaattgtaccatatt |
5686093 |
T |
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| Q |
441 |
ttatat |
446 |
Q |
| |
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|||||| |
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| T |
5686094 |
ttatat |
5686099 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 328; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 274 - 617
Target Start/End: Original strand, 5697709 - 5698052
Alignment:
| Q |
274 |
aatgtgtggaaatgtaagaatttagaaccataatccaaatgttttattaaagagtggtaaatttatgttgtacaatgatagtgttactatgcatccatgt |
373 |
Q |
| |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
5697709 |
aatgtgtggaaatgtaagaatttagaaccataatccaaatgttttattaaagagtggtaaatttatgttgtacaatgatagtgttactatgcatccatgt |
5697808 |
T |
|
| Q |
374 |
caataatgaaagatgataattggaaatgagtggttttgatttatattggacaaaattgtaccatgttttatatttagaagcacaaccttaatccttgata |
473 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
5697809 |
gaataatgaaagatgataattggaaatgagtggtttggatttatattggacaaaattgtaccatgttttatatttagaagcacaaccttaatccttgata |
5697908 |
T |
|
| Q |
474 |
ttgttgggaaataaatcattcccatattatatagttacttttaacatgtttggttatttcattcccacaatcattacattagcaccaccgtacaggggat |
573 |
Q |
| |
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| T |
5697909 |
ttgttgggaaataaatcattcccatattatatagttacttttaacatgtttggttatttcattcccacaatcattacactagcaccaccgtacaggggat |
5698008 |
T |
|
| Q |
574 |
actctacacttaggagtaacggcaatgctatattgattagatta |
617 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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| T |
5698009 |
actctatacttaggagtaacggcaatgctatattgattagatta |
5698052 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 82; E-Value: 2e-38
Query Start/End: Original strand, 456 - 617
Target Start/End: Original strand, 5686132 - 5686287
Alignment:
| Q |
456 |
caaccttaatccttgatattgttgggaaataaatcattcccatattatatagttacttttaacatgtttggttatttcattcccacaatcattacattag |
555 |
Q |
| |
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|||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||| || ||| |
|
|
| T |
5686132 |
caaccttaatcctttatattgttgggaaataaatcataccca---tatatagttacttttaacatgtttggtcctttcattcccacaattattgcactag |
5686228 |
T |
|
| Q |
556 |
caccaccgtacaggggatactctacacttaggagtaacggcaatgctatattgattagatta |
617 |
Q |
| |
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|||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
5686229 |
---gaccgtacaggatccactctacacttgggagtaacggcaatgctatattgattagatta |
5686287 |
T |
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