View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8595_high_1 (Length: 750)

Name: NF8595_high_1
Description: NF8595
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8595_high_1
NF8595_high_1
[»] chr5 (1 HSPs)
chr5 (18-734)||(35309490-35310208)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 700; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 700; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 18 - 734
Target Start/End: Complemental strand, 35310208 - 35309490
Alignment:
Q  18 acatcaacaaattaagcaagtcatttctttttcttcatggtttggcattattgtattgtttcaccaaaatcaacgaatggttacatcaaatttgatatgt 117  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35310208 acatcaacaaattaagcaagtcatttctttttcttcatggtttggcattattgtattgtttcaccaaaatcaacgaatggttacatcaaatttgatatgt 35310109  T
Q  118 atgttgaagacaaagtcgacaaattctatccattgataaagattcatcataatataacaactatacggtcaattcctatttaaaattaccccacttgcta 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35310108 atgttgaagacaaagtcgacaaattctatccattgataaagattcatcataatataacaactatacggtcaattcctatttaaaattaccccacttgcta 35310009  T
Q  218 gctactacaatcaatttcatagtttcatttcatatatacctcccctaaattcatatatgcaattatgcattatacacaacttttcccaagtcaagggtta 317  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35310008 gctactacaatcaatttcatagtttcatttcatatatacctcccctaaattcatatatgcaattatgcattatacacaacttttcccaagtcaagggtta 35309909  T
Q  318 ggctacaccatattaatttcatgtgctagatacactactttattgtggatatctaataggtatcactttcaagctatgattctctagttcttccaagaag 417  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35309908 ggctacaccatattaatttcatgtgctagatacactactttattgtggatatctaataggtatcactttcaagctatgattctctagttcttccaagaag 35309809  T
Q  418 attccttccactgaattggactctcaagtctaattgattgacaccattcaccacctactaaacctatcattggtataaacatatatacttgaaattttag 517  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35309808 attccttccactgaattggactctcaagtctaattgattgacaccattcaccacctactaaacctatcattggtataaacatatatacttgaaattttag 35309709  T
Q  518 tcactctttgttgccatcatgtcattcaactcattaggtggagctgcttatagccagaattgtgcttaggaggtgtgagaataataggttgtgaaaaatc 617  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  35309708 tcactctttgttgccatcatgtcattcaactcattaggtggagctgcttatagccagaattgtgcttaggaggtgtgagaataataggttgtgaaaaatc 35309609  T
Q  618 aaatcattccaaaagtttaaaacatttttctatgcttgaaaaatgtgagttgaaatttaagtaatagcagtgaatcaaat--tcgcatcttatgtgaaat 715  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||    
T  35309608 aaatcattctaaaagtttaaaacatttttctatgcttgaataatgtgagttgaaatttaagtaatagcagtgaatcaaattatcgcatcttatgtgaaat 35309509  T
Q  716 gaagctggatactattaac 734  Q
    |||||||||||||||||||    
T  35309508 gaagctggatactattaac 35309490  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University