View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8606A_low_214 (Length: 244)

Name: NF8606A_low_214
Description: NF8606A
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8606A_low_214
NF8606A_low_214
[»] chr8 (22 HSPs)
chr8 (10-217)||(38550204-38550411)
chr8 (10-217)||(20982838-20983045)
chr8 (15-208)||(39833695-39833887)
chr8 (10-217)||(27472509-27472708)
chr8 (10-172)||(6102581-6102738)
chr8 (62-230)||(21580080-21580242)
chr8 (44-230)||(39936914-39937095)
chr8 (83-217)||(13428328-13428462)
chr8 (41-230)||(24713188-24713371)
chr8 (88-217)||(1323366-1323495)
chr8 (73-207)||(41681004-41681133)
chr8 (10-85)||(18760481-18760556)
chr8 (62-170)||(29763740-29763846)
chr8 (10-72)||(1327238-1327300)
chr8 (128-230)||(19127977-19128073)
chr8 (13-137)||(21415296-21415421)
chr8 (128-230)||(18760397-18760493)
chr8 (44-85)||(19128061-19128102)
chr8 (10-72)||(42560358-42560419)
chr8 (74-172)||(2418971-2419066)
chr8 (175-233)||(983677-983734)
chr8 (74-122)||(35026960-35027008)
[»] scaffold0116 (1 HSPs)
scaffold0116 (13-217)||(44000-44204)
[»] chr6 (26 HSPs)
chr6 (13-217)||(25956837-25957041)
chr6 (10-204)||(27850891-27851076)
chr6 (44-230)||(18708467-18708648)
chr6 (39-230)||(17318969-17319155)
chr6 (73-226)||(20734329-20734477)
chr6 (16-102)||(19399687-19399773)
chr6 (44-153)||(23151170-23151279)
chr6 (67-172)||(27323545-27323649)
chr6 (70-167)||(31733740-31733836)
chr6 (10-79)||(31630740-31630809)
chr6 (145-230)||(19444250-19444331)
chr6 (44-116)||(28708550-28708622)
chr6 (145-230)||(16133640-16133721)
chr6 (144-230)||(23017094-23017175)
chr6 (41-124)||(31733829-31733911)
chr6 (193-230)||(27326767-27326804)
chr6 (193-230)||(27387507-27387544)
chr6 (74-172)||(20136594-20136691)
chr6 (74-172)||(22196178-22196275)
chr6 (74-172)||(23528201-23528298)
chr6 (10-52)||(20734278-20734320)
chr6 (10-72)||(34297100-34297161)
chr6 (42-111)||(19829807-19829875)
chr6 (180-208)||(18822102-18822130)
chr6 (178-230)||(27333399-27333450)
chr6 (178-230)||(27394139-27394190)
[»] chr4 (22 HSPs)
chr4 (10-217)||(15099050-15099256)
chr4 (10-217)||(361956-362154)
chr4 (71-217)||(19857283-19857429)
chr4 (44-230)||(19609291-19609472)
chr4 (44-230)||(35812341-35812522)
chr4 (70-208)||(15869019-15869160)
chr4 (71-230)||(15042058-15042213)
chr4 (71-230)||(15112211-15112366)
chr4 (117-230)||(46642579-46642691)
chr4 (62-230)||(33185919-33186081)
chr4 (72-208)||(32851053-32851192)
chr4 (128-217)||(13844304-13844393)
chr4 (62-172)||(10357362-10357471)
chr4 (137-230)||(3484988-3485077)
chr4 (13-124)||(630980-631091)
chr4 (41-147)||(10357285-10357391)
chr4 (19-124)||(14185097-14185201)
chr4 (109-208)||(3514883-3514985)
chr4 (13-124)||(15868915-15869026)
chr4 (13-86)||(32851218-32851291)
chr4 (10-73)||(13844384-13844447)
chr4 (12-73)||(46642679-46642740)
[»] chr1 (20 HSPs)
chr1 (10-217)||(28194662-28194869)
chr1 (10-217)||(46382768-46382975)
chr1 (15-217)||(41305814-41306007)
chr1 (10-217)||(43542819-43543018)
chr1 (10-217)||(43697075-43697281)
chr1 (10-217)||(35981901-35982099)
chr1 (44-230)||(48300830-48301011)
chr1 (62-230)||(51274461-51274623)
chr1 (56-230)||(20587697-20587866)
chr1 (56-230)||(20592235-20592404)
chr1 (74-230)||(20634508-20634659)
chr1 (118-206)||(20636617-20636705)
chr1 (128-230)||(35088484-35088580)
chr1 (137-230)||(14238498-14238587)
chr1 (145-228)||(13528762-13528841)
chr1 (68-172)||(41227622-41227725)
chr1 (34-136)||(11809380-11809482)
chr1 (10-73)||(20636694-20636756)
chr1 (34-136)||(23073052-23073154)
chr1 (74-172)||(16381109-16381203)
[»] scaffold0810 (1 HSPs)
scaffold0810 (10-217)||(2746-2953)
[»] chr7 (27 HSPs)
chr7 (10-217)||(6170316-6170522)
chr7 (10-217)||(9389910-9390116)
chr7 (10-217)||(17232330-17232529)
chr7 (10-217)||(37727758-37727957)
chr7 (10-217)||(45847853-45848043)
chr7 (10-186)||(14270257-14270428)
chr7 (44-230)||(8852069-8852250)
chr7 (13-230)||(36686084-36686285)
chr7 (10-189)||(8468173-8468335)
chr7 (44-230)||(11066435-11066616)
chr7 (50-230)||(32434499-32434674)
chr7 (51-230)||(59303-59477)
chr7 (62-230)||(30821129-30821291)
chr7 (63-230)||(38480054-38480215)
chr7 (75-233)||(48811865-48812018)
chr7 (53-230)||(13150458-13150621)
chr7 (75-230)||(46386997-46387147)
chr7 (44-172)||(12128068-12128195)
chr7 (44-172)||(12371299-12371426)
chr7 (128-230)||(18875861-18875957)
chr7 (44-116)||(11392030-11392102)
chr7 (13-70)||(18302016-18302073)
chr7 (137-230)||(20619252-20619340)
chr7 (75-172)||(18075463-18075559)
chr7 (71-168)||(14183560-14183653)
chr7 (10-72)||(15213659-15213720)
chr7 (178-230)||(47831597-47831648)
[»] chr3 (40 HSPs)
chr3 (10-205)||(1465624-1465818)
chr3 (10-217)||(49389883-49390090)
chr3 (10-208)||(18440060-18440258)
chr3 (12-230)||(12269266-12269476)
chr3 (13-217)||(20630313-20630509)
chr3 (44-230)||(40806963-40807144)
chr3 (13-230)||(15447831-15448032)
chr3 (49-230)||(22307492-22307668)
chr3 (44-230)||(17538074-17538255)
chr3 (44-229)||(30175418-30175598)
chr3 (13-230)||(31224788-31224989)
chr3 (41-230)||(41173220-41173404)
chr3 (41-233)||(5214882-5215068)
chr3 (62-230)||(17519827-17519990)
chr3 (62-230)||(17534689-17534852)
chr3 (13-233)||(31415223-31415422)
chr3 (56-223)||(13516368-13516529)
chr3 (13-164)||(14500888-14501039)
chr3 (75-230)||(40811778-40811928)
chr3 (41-230)||(5206503-5206688)
chr3 (70-208)||(23413557-23413698)
chr3 (70-208)||(45796839-45796980)
chr3 (16-102)||(49970089-49970175)
chr3 (41-230)||(14507871-14508054)
chr3 (56-226)||(15932371-15932535)
chr3 (141-230)||(13026636-13026721)
chr3 (56-166)||(17693155-17693264)
chr3 (141-230)||(13031725-13031810)
chr3 (136-208)||(19485261-19485332)
chr3 (13-119)||(45796978-45797084)
chr3 (44-116)||(5841857-5841929)
chr3 (145-228)||(17548519-17548598)
chr3 (13-69)||(12852575-12852631)
chr3 (145-230)||(17044063-17044143)
chr3 (13-124)||(23413454-23413564)
chr3 (75-129)||(17519784-17519838)
chr3 (75-129)||(17534646-17534700)
chr3 (64-121)||(52466418-52466475)
chr3 (10-72)||(11912881-11912942)
chr3 (178-230)||(14234274-14234325)
[»] scaffold0035 (1 HSPs)
scaffold0035 (27-217)||(106266-106456)
[»] scaffold1137 (1 HSPs)
scaffold1137 (10-178)||(2505-2672)
[»] scaffold0009 (1 HSPs)
scaffold0009 (10-175)||(84991-85156)
[»] chr2 (23 HSPs)
chr2 (10-230)||(6576180-6576395)
chr2 (44-230)||(24781744-24781925)
chr2 (48-230)||(22689647-22689824)
chr2 (48-230)||(22694243-22694420)
chr2 (44-230)||(5032228-5032409)
chr2 (44-230)||(24436020-24436192)
chr2 (62-230)||(9974892-9975055)
chr2 (74-230)||(24883429-24883580)
chr2 (62-172)||(22500860-22500968)
chr2 (62-172)||(22508794-22508902)
chr2 (62-172)||(24865643-24865751)
chr2 (141-230)||(26896277-26896362)
chr2 (114-230)||(7672421-7672532)
chr2 (75-172)||(20915126-20915222)
chr2 (25-124)||(21367914-21368012)
chr2 (145-228)||(6478254-6478333)
chr2 (157-230)||(356982-357051)
chr2 (56-147)||(9975026-9975116)
chr2 (175-230)||(24865791-24865846)
chr2 (175-230)||(19202169-19202224)
chr2 (191-230)||(20913058-20913097)
chr2 (175-230)||(23969686-23969741)
chr2 (34-124)||(5985197-5985286)
[»] scaffold0045 (1 HSPs)
scaffold0045 (44-217)||(46923-47095)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (41-230)||(145754-145938)
[»] chr5 (16 HSPs)
chr5 (10-217)||(21741746-21741961)
chr5 (10-217)||(5889388-5889579)
chr5 (14-189)||(29915290-29915457)
chr5 (73-230)||(12122404-12122556)
chr5 (62-230)||(17875031-17875193)
chr5 (62-230)||(21555253-21555415)
chr5 (62-230)||(21557918-21558080)
chr5 (62-230)||(31454895-31455056)
chr5 (62-230)||(31455508-31455669)
chr5 (128-230)||(19920682-19920778)
chr5 (34-172)||(25250739-25250875)
chr5 (34-172)||(25314524-25314660)
chr5 (73-131)||(30615667-30615725)
chr5 (175-230)||(21309019-21309074)
chr5 (74-172)||(25743647-25743744)
chr5 (10-72)||(36460130-36460191)
[»] scaffold1792 (2 HSPs)
scaffold1792 (70-208)||(106-243)
scaffold1792 (10-124)||(236-349)
[»] scaffold0230 (3 HSPs)
scaffold0230 (70-208)||(23657-23794)
scaffold0230 (114-208)||(20770-20864)
scaffold0230 (10-124)||(23551-23664)
[»] scaffold0071 (1 HSPs)
scaffold0071 (13-230)||(14157-14358)
[»] scaffold0375 (1 HSPs)
scaffold0375 (44-230)||(9206-9387)
[»] scaffold0004 (1 HSPs)
scaffold0004 (10-136)||(362787-362913)
[»] scaffold0509 (1 HSPs)
scaffold0509 (55-229)||(9673-9842)
[»] scaffold0064 (1 HSPs)
scaffold0064 (41-230)||(57767-57951)
[»] scaffold1351 (1 HSPs)
scaffold1351 (62-230)||(1383-1545)
[»] scaffold0134 (1 HSPs)
scaffold0134 (44-230)||(10130-10311)
[»] scaffold0080 (1 HSPs)
scaffold0080 (44-230)||(59457-59638)
[»] scaffold0061 (1 HSPs)
scaffold0061 (66-219)||(19320-19469)
[»] scaffold0235 (4 HSPs)
scaffold0235 (70-208)||(13234-13375)
scaffold0235 (70-203)||(24940-25076)
scaffold0235 (13-119)||(13373-13479)
scaffold0235 (13-119)||(25074-25180)
[»] scaffold0001 (1 HSPs)
scaffold0001 (74-230)||(76718-76869)
[»] scaffold0507 (2 HSPs)
scaffold0507 (72-226)||(2768-2917)
scaffold0507 (182-226)||(2942-2986)
[»] scaffold0075 (2 HSPs)
scaffold0075 (70-208)||(8605-8746)
scaffold0075 (13-124)||(8500-8612)
[»] scaffold0737 (4 HSPs)
scaffold0737 (73-230)||(6560-6712)
scaffold0737 (41-147)||(5562-5667)
scaffold0737 (63-129)||(5639-5705)
scaffold0737 (66-129)||(5751-5814)
[»] scaffold0098 (1 HSPs)
scaffold0098 (80-208)||(34821-34952)
[»] scaffold0371 (1 HSPs)
scaffold0371 (44-230)||(2892-3064)
[»] scaffold0077 (1 HSPs)
scaffold0077 (137-230)||(33427-33516)
[»] scaffold0716 (1 HSPs)
scaffold0716 (109-208)||(4570-4672)
[»] scaffold0384 (1 HSPs)
scaffold0384 (44-119)||(8290-8365)
[»] scaffold1633 (1 HSPs)
scaffold1633 (137-230)||(285-374)
[»] scaffold0546 (1 HSPs)
scaffold0546 (137-230)||(10872-10961)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (137-230)||(863-952)
[»] scaffold0036 (1 HSPs)
scaffold0036 (128-233)||(78299-78398)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (62-172)||(10766-10874)
[»] scaffold0679 (1 HSPs)
scaffold0679 (44-116)||(2581-2653)
[»] scaffold0188 (1 HSPs)
scaffold0188 (145-230)||(605-686)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (21-230)||(95298-95502)
[»] scaffold0029 (1 HSPs)
scaffold0029 (70-208)||(74523-74656)
[»] scaffold0632 (1 HSPs)
scaffold0632 (41-149)||(263-368)
[»] scaffold0142 (1 HSPs)
scaffold0142 (13-69)||(7855-7911)
[»] scaffold0124 (1 HSPs)
scaffold0124 (13-69)||(24860-24916)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (13-137)||(1780-1905)
[»] scaffold0117 (1 HSPs)
scaffold0117 (145-225)||(41193-41269)
[»] scaffold0639 (1 HSPs)
scaffold0639 (71-124)||(7585-7638)
[»] scaffold0047 (1 HSPs)
scaffold0047 (137-230)||(78053-78141)
[»] scaffold0815 (1 HSPs)
scaffold0815 (13-52)||(463-502)
[»] scaffold0599 (2 HSPs)
scaffold0599 (10-72)||(157-218)
scaffold0599 (10-72)||(4575-4636)
[»] scaffold0278 (1 HSPs)
scaffold0278 (197-230)||(5440-5473)
[»] scaffold0621 (2 HSPs)
scaffold0621 (178-230)||(1911-1962)
scaffold0621 (178-230)||(6328-6379)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 164; Significance: 9e-88; HSPs: 22)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 164; E-Value: 9e-88
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 38550204 - 38550411
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  38550204 tggtgttgtcttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 38550303  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  38550304 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatacttatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 38550403  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  38550404 taatatgt 38550411  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 20982838 - 20983045
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||| || ||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  20982838 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgttaatgtttgtttaaattgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 20982937  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  20982938 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgaaagcttgatgctctgtaatgtatatttataca 20983037  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  20983038 taatatgt 20983045  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 5e-77
Query Start/End: Original strand, 15 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 39833887 - 39833695
Alignment:
Q  15 ttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataaga 114  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  39833887 ttgccttgctgatgtgatgtattaatatcatgaagat-ctaatgttgatctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataaga 39833789  T
Q  115 gatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  39833788 gatgtctaagttgttgagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgatggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 39833695  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 27472509 - 27472708
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  27472509 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 27472608  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||||||||||        |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||     
T  27472609 taagagatgtc--------taagttgttaagatgttgagtctattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatatatatttataca 27472700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 114; E-Value: 6e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 172
Target Start/End: Original strand, 6102581 - 6102738
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6102581 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 6102680  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    || ||||||    || | |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  6102681 tatgagatg----agttcttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 6102738  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 104; E-Value: 6e-52
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 21580080 - 21580242
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  21580080 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatact 21580177  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21580178 catttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 21580242  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 39936914 - 39937095
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  39936914 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagtcgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagat 39937012  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||| ||||||||    ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  39937013 gttgagtcca-tgcatacttatttaagt----tgagggcttgatgccctctaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 39937095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 83 - 217
Target Start/End: Original strand, 13428328 - 13428462
Alignment:
Q  83 agatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggct 182  Q
    |||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||||||| |    
T  13428328 agatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattacatactcatttacgttgggtgagggtt 13428427  T
Q  183 tgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    ||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13428428 tgatgctctgtaatgtatatttatacataatatgt 13428462  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24713371 - 24713188
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||||||||||||| ||||||| ||    
T  24713371 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattgaagtcatatgagatgtctaagctgtttaagttgt-aa 24713274  T
Q  140 gatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    || ||||||||| | ||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24713273 gacgttgagtccct-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgctctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 24713188  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 88 - 217
Target Start/End: Original strand, 1323366 - 1323495
Alignment:
Q  88 ttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatg 187  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||| ||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||    
T  1323366 ttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttaagtacattgcatattcatttacgtcgggtgagggcttgatg 1323465  T
Q  188 ctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    || |||||||||||||||||| || |||||    
T  1323466 ctctgtaatgtatatttatacataatatgt 1323495  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 73 - 207
Target Start/End: Original strand, 41681004 - 41681133
Alignment:
Q  73 ttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  41681004 ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatatctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt-- 41681100  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttata 207  Q
       |||||||||||||  |||||||||||||||||    
T  41681101 --cgagggcttgatgccctgtaatgtatatttata 41681133  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 68; E-Value: 2e-30
Query Start/End: Original strand, 10 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 18760556 - 18760481
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaaga 85  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  18760556 tggtgatgccttgctattgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaaga 18760481  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 62 - 170
Target Start/End: Original strand, 29763740 - 29763846
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| ||||||| |||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  29763740 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattgaagtcatatgagatgtttaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatact 29763837  T
Q  162 catttaagt 170  Q
    |||||||||    
T  29763838 catttaagt 29763846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 1327238 - 1327300
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  1327238 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgt 1327300  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 128 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19128073 - 19127977
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  19128073 ttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttg 19127980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 137
Target Start/End: Original strand, 21415296 - 21415421
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaag-atgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcat- 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| || |||| ||||||| |||| ||| |||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||     
T  21415296 tgttgccttgctgttgtgaagtaataatgtcattaagaattctaa-gttggtcaaagtcgttcaagtcgtaagatgttgatccaagttattggagtcata 21415394  T
Q  111 aagagatgtctaagctgttaagttgtt 137  Q
    ||||||||||||||  |||||| ||||    
T  21415395 aagagatgtctaagtcgttaagatgtt 21415421  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 128 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 18760493 - 18760397
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||  |||||||||||||||||    |||||||||||   |||||||||||||||||| | |||||||| |||||||    
T  18760493 ttaagttgt-aagacgttgagtccata-catactcatttaagttg----agggcttgatgtcctgtaatgtatatttatacatgttatgttgggggcttg 18760400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #18
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 44 - 85
Target Start/End: Complemental strand, 19128102 - 19128061
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaaga 85  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19128102 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaaga 19128061  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #19
Raw Score: 35; E-Value: 0.00000000009
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 42560358 - 42560419
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  42560358 tggtgttaccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 42560419  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #20
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Original strand, 2418971 - 2419066
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||   | ||||||| | || |||||||| ||||||||||||||   |||||||||||| ||||||    
T  2418971 taagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcat---atatgtctacgttgtttaagttg-taagatgttgagtctcatgcatactcattcaagttg 2419066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 233
Target Start/End: Original strand, 983677 - 983734
Alignment:
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatgtcc 233  Q
    ||||||||||||||  || || ||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  983677 tgagggcttgatgccatggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatgtcc 983734  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #22
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 74 - 122
Target Start/End: Original strand, 35026960 - 35027008
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtcta 122  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| ||  |||||||||    
T  35026960 taagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcgtataagatgtcta 35027008  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0116 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 1)
Name: scaffold0116
Description:

Target: scaffold0116; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Original strand, 44000 - 44204
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  44000 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtcataa 44099  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  44100 gagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataa 44199  T
Q  213 tatgt 217  Q
    |||||    
T  44200 tatgt 44204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 161; Significance: 6e-86; HSPs: 26)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 161; E-Value: 6e-86
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Original strand, 25956837 - 25957041
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  25956837 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtcataa 25956936  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  25956937 gagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataa 25957036  T
Q  213 tatgt 217  Q
    |||||    
T  25957037 tatgt 25957041  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 204
Target Start/End: Complemental strand, 27851076 - 27850891
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  27851076 tggtgttgccttactgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttggtccaaattattggagtca 27850986  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatattt 204  Q
    || |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  |||||||||||||||||||| | ||||||||||||    
T  27850985 tacgagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtcaattgcatactcgtttacattgggtgagggcttgatgctctataatgtatattt 27850891  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 18708648 - 18708467
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  18708648 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 18708550  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  ||||||||| |||||||| |||||||||||||||||||||    
T  18708549 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtacatttatacatattatgttgagggcttgatg 18708467  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 39 - 230
Target Start/End: Original strand, 17318969 - 17319155
Alignment:
Q  39 atatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgtt 137  Q
    |||||||||||  ||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |    
T  17318969 atatcattaagtagcatatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-t 17319067  T
Q  138 aagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||| |||||||||| || ||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  17319068 aagacgttgagtcca-tgtatactcatttaagt----tgagggcttgatgcaatgtaatgtatatttatatatattatgttgagggcttgatg 17319155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 73 - 226
Target Start/End: Original strand, 20734329 - 20734477
Alignment:
Q  73 ttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  20734329 ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatatctaagttgttaag-tcataagatgttgagtccattgcatactcatttaagt-- 20734425  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggctt 226  Q
      |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  20734426 --tgagggtttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggctt 20734477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Complemental strand, 19399773 - 19399687
Alignment:
Q  16 tgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattatt 102  Q
    ||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  19399773 tgccttgcttttgtgatgtattattatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaagtatt 19399687  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 44 - 153
Target Start/End: Original strand, 23151170 - 23151279
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||| |||| |||||     
T  23151170 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagtcgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttatgttg-taagac 23151268  T
Q  143 gttgagtccat 153  Q
    |||||||||||    
T  23151269 gttgagtccat 23151279  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 67 - 172
Target Start/End: Original strand, 27323545 - 27323649
Alignment:
Q  67 agttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatt 165  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||| | |||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||    
T  27323545 agttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggcgtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagatgttgagtcca-tgcatactcatt 27323642  T
Q  166 taagttg 172  Q
    |||||||    
T  27323643 taagttg 27323649  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 70 - 167
Target Start/End: Complemental strand, 31733836 - 31733740
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcattta 167  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| ||||||||||||||    
T  31733836 tgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatactcattta 31733740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 54; E-Value: 4e-22
Query Start/End: Original strand, 10 - 79
Target Start/End: Original strand, 31630740 - 31630809
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagtt 79  Q
    |||||||| |||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  31630740 tggtgttgtcttgttgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagtt 31630809  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 230
Target Start/End: Original strand, 19444250 - 19444331
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  19444250 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 19444331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #12
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 28708622 - 28708550
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagaga 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  28708622 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaaattgtaagattttgatccaaattattggagtcatatgaga 28708550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #13
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 230
Target Start/End: Original strand, 16133640 - 16133721
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  16133640 tgagttcattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 16133721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 144 - 230
Target Start/End: Original strand, 23017094 - 23017175
Alignment:
Q  144 ttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  23017094 ttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 23017175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #15
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 41 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 31733911 - 31733829
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaag 124  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  31733911 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgttaaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtttaag 31733829  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #16
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 230
Target Start/End: Original strand, 27326767 - 27326804
Alignment:
Q  193 taatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27326767 taatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 27326804  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #17
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000003
Query Start/End: Original strand, 193 - 230
Target Start/End: Original strand, 27387507 - 27387544
Alignment:
Q  193 taatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  27387507 taatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 27387544  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #18
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 20136691 - 20136594
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| | || ||||||||  ||||||| | | ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  20136691 taagatgtaagatgttgttccaaaatgttggagtcatataagatgtcgatgttgtctaagttgt-aagatgttgagtccat-gcatactcatttaagttg 20136594  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #19
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Original strand, 22196178 - 22196275
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||| |||||||| ||| |||||| | || ||||||||  ||||||| | | ||| |||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  22196178 taagatgtaagatgttgttccaaaatgttggagtcatataagatgtcgatgttgtctaagttgt-aagatgttgagtccat-gcatactcatttaagttg 22196275  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Original strand, 23528201 - 23528298
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||  ||||||  | | ||| |||||||| |||||||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23528201 taagatgtaagatgttgatccaaactattggagtcatataagatgttcatgatgtctaagttgt-aagatgttgagttcat-gcatactcatttaagttg 23528298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 52
Target Start/End: Original strand, 20734278 - 20734320
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatg 52  Q
    |||||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  20734278 tggtgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatg 20734320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #22
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Original strand, 34297100 - 34297161
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    ||||||| |||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||  ||||||||    
T  34297100 tggtgtttccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttgggataagttgt 34297161  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 42 - 111
Target Start/End: Original strand, 19829807 - 19829875
Alignment:
Q  42 tcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcata 111  Q
    |||||||| ||| | ||||||||||||||||  |||||||||||| ||| |||||| |||| ||||||||    
T  19829807 tcattaagttgcaagtgttggtctaagttgta-aagttgtaagatgttgttccaaagtattggagtcata 19829875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 180 - 208
Target Start/End: Original strand, 18822102 - 18822130
Alignment:
Q  180 gcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  18822102 gcttgatgctttgtaatgtatatttatac 18822130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #25
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Original strand, 27333399 - 27333450
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27333399 gggcttgatgctctggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 27333450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #26
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Original strand, 27394139 - 27394190
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  27394139 gggcttgatgctctggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 27394190  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 156; Significance: 5e-83; HSPs: 22)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 156; E-Value: 5e-83
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 15099256 - 15099050
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  15099256 tggtgttgccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattagagtca 15099158  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  15099157 taagagctgtctaagttgttaagttgttaaaatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 15099058  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  15099057 taatatgt 15099050  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 362154 - 361956
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  362154 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 362064  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  362063 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatattgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 361964  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 71 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 19857429 - 19857283
Alignment:
Q  71 gtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagt 170  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| ||    
T  19857429 gtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagtagttaagatgttgaggccattgcatactcatttacgt 19857330  T
Q  171 tgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  19857329 tgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataatatgt 19857283  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19609472 - 19609291
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||| || |||||     
T  19609472 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagctg-taagac 19609374  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||| ||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  19609373 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgaggacttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 19609291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 35812341 - 35812522
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  35812341 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgaaagatattgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 35812439  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| ||| |||||||||||||||||    
T  35812440 gttgactcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatatatatttatacatatcatgttgagggcttgatg 35812522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 3e-44
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Original strand, 15869019 - 15869160
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-ttaa 168  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||     
T  15869019 tgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaggatgttgagtccattgcatactcataatac 15869118  T
Q  169 gt--tgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    ||  |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  15869119 gtgatgggggagggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 15869160  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 71 - 230
Target Start/End: Original strand, 15042058 - 15042213
Alignment:
Q  71 gtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt--aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaa 168  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15042058 gtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaa 15042155  T
Q  169 gttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15042156 gttg----agggcttgatgccttgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 15042213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 71 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 15112366 - 15112211
Alignment:
Q  71 gtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt--aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaa 168  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||  ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||    
T  15112366 gtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaa 15112269  T
Q  169 gttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||    |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  15112268 gttg----agggcttgatgccttgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 15112211  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 86; E-Value: 3e-41
Query Start/End: Original strand, 117 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 46642691 - 46642579
Alignment:
Q  117 tgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatg 216  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||||| |||||||    
T  46642691 tgtctaagttgttaagttgttaagatgttgaatc-attgcatactcatttaagttgggtgagggtttgatgctctgtaatgtatatttatacatattatg 46642593  T
Q  217 ttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||    
T  46642592 ttgagggcttgatg 46642579  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 33186081 - 33185919
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| ||| |  ||||| |||||||||||| |||||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  33186081 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaatcattggtatcatatgagatgtctaagttgttaagtcgt-aagatgttgagtccattgcatact 33185984  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    |||||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| |||| |||||||||    
T  33185983 catttaagt----tgagggcttgatgtcctgtaatgtatatttatacatattatattgaaggcttgatg 33185919  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 72 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 32851192 - 32851053
Alignment:
Q  72 tttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc---atttaa 168  Q
    ||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| ||||||| |||||||||||||||||||| ||   || | |    
T  32851192 tttaatttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaggttgttaggatgttgagtccattgcatattcataatatga 32851093  T
Q  169 gttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    | |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  32851092 gatgggggagggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 32851053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 128 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 13844393 - 13844304
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  13844393 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataatatgt 13844304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 72; E-Value: 7e-33
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 10357362 - 10357471
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatac 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||||||||| |||||||    
T  10357362 gtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagatgttgagtcca-tgcatac 10357459  T
Q  161 tcatttaagttg 172  Q
    ||||||||||||    
T  10357460 tcatttaagttg 10357471  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 65; E-Value: 1e-28
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3485077 - 3484988
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| ||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  3485077 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggtttgatgccttgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 3484988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 13 - 124
Target Start/End: Original strand, 630980 - 631091
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | || |||| ||||| ||||||||     
T  630980 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatatcgacccaatttattggagtcatat 631079  T
Q  113 gagatgtctaag 124  Q
    ||||||| ||||    
T  631080 gagatgtttaag 631091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 64; E-Value: 4e-28
Query Start/End: Original strand, 41 - 147
Target Start/End: Original strand, 10357285 - 10357391
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||    
T  10357285 atcattaagttgcatatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taa 10357383  T
Q  140 gatgttga 147  Q
    ||||||||    
T  10357384 gatgttga 10357391  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 62; E-Value: 7e-27
Query Start/End: Original strand, 19 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 14185201 - 14185097
Alignment:
Q  19 cttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatg 118  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||| || | |||||||| ||||||    
T  14185201 cttgttgttgtgacgtattaatatcattaaggtgctaatgttggtctaagttgcttaagttgtaagatgttgatccaaacta-tcgagtcatatgagatg 14185103  T
Q  119 tctaag 124  Q
    | ||||    
T  14185102 tttaag 14185097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 3514985 - 3514883
Alignment:
Q  109 ataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-tta--agttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatattta 205  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |||| |||||||||||| | |||||||||||||||    
T  3514985 ataagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcataatacgagatgggagagggcttgatgatctgtaatgtatattta 3514886  T
Q  206 tac 208  Q
    |||    
T  3514885 tac 3514883  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 13 - 124
Target Start/End: Original strand, 15868915 - 15869026
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| | || |||| |||||| |||  |||| ||||| ||||||||     
T  15868915 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgcttgagttataagatgttggcccaatttattggagtcatat 15869014  T
Q  113 gagatgtctaag 124  Q
    ||||||| ||||    
T  15869015 gagatgtttaag 15869026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 86
Target Start/End: Complemental strand, 32851291 - 32851218
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagat 86  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| ||||||    
T  32851291 tgttgccttgctgatgtgatatattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagat 32851218  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 13844447 - 13844384
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtt 73  Q
    ||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||| ||||| |||||||||    
T  13844447 tggtgttgccttgttgatgtgatgtattaatatcattaagatgttaatattggtttaagttgtt 13844384  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #22
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 12 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 46642740 - 46642679
Alignment:
Q  12 gtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtt 73  Q
    |||||||||||| || ||| |||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||    
T  46642740 gtgttgccttgccgtcgtggtgtattaatatcattaaggtgctaatgtttgtctaagttgtt 46642679  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 152; Significance: 1e-80; HSPs: 20)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 152; E-Value: 1e-80
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 28194662 - 28194869
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| || |||||||| ||||||    
T  28194662 tggtgttgccttgctgaggtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtctaaattattggagtca 28194761  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  28194762 taagagatgtctaagttgttaagttgtttagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 28194861  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  28194862 taatatgt 28194869  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 46382768 - 46382975
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||| ||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  46382768 tggtgttgccatgctgatgtaatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttttttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 46382867  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||| |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  46382868 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatattgagtctattgcatactcatttacgttgggtgagggtttgatgctctgtaatgtatatttataca 46382967  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  46382968 taatatgt 46382975  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 15 - 217
Target Start/End: Original strand, 41305814 - 41306007
Alignment:
Q  15 ttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataaga 114  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  41305814 ttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataaga 41305904  T
Q  115 gatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttatta 214  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || ||    
T  41305905 gatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataata 41306004  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 135; E-Value: 2e-70
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43543018 - 43542819
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||    
T  43543018 tggtgttgccttgctgatgtcatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttgtaagatgttgaaccaaattattggagtca 43542919  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  43542918 taagagatgtc--------taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagagcttgatgctctgtaatgtatatttataca 43542827  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 43697281 - 43697075
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||||| ||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  43697281 tggtgttaccttgttgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt-taagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtca 43697183  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||| |||||||||| | ||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||     
T  43697182 taagtgatgtctaagtttttaagttgttaagatgttgagtttattgcatactcatttacgttgggtgagggtttgatgctctgtaatgtatatttataca 43697083  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  43697082 taatatgt 43697075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 127; E-Value: 1e-65
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 35981901 - 35982099
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  35981901 tggtgttgccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 35981999  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||| |        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||     
T  35982000 taagagatgcc--------taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtttatttataca 35982091  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 48301011 - 48300830
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagat 142  Q
    |||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| | || ||||||| |||||    
T  48301011 attaggatgttaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagttgtttaagttttttaagttgt-aagat 48300913  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||     |||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  48300912 tttgagtccat-gcatactcatttaagttt----agggcttgatgccttgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 48300830  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 51274461 - 51274623
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  51274461 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtctattgcatact 51274558  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  51274559 catttaagt----tgagggcttgatgccctgcaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 51274623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 20587866 - 20587697
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccatt 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |    
T  20587866 atgttggtctaagttgtttaagctgtaagatgttgatccaaattataggagtcatattaaatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-t 20587769  T
Q  155 gcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20587768 gcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatataatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 20587697  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 56 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 20592404 - 20592235
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccatt 154  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||  ||||||||  | ||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |    
T  20592404 atgttggtctaagttgtttaagctgtaagatgttgatccaaattataggagtcatattaaatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-t 20592307  T
Q  155 gcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||  | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20592306 gcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatataatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 20592235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 74 - 230
Target Start/End: Original strand, 20634508 - 20634659
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||||||||| || |||||||||||||||||      
T  20634508 taagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagatgttgagtaca-tgcatactcatttaagt-- 20634603  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
      ||||||||||||||  | ||||||||||||||||  ||||||||||||| ||||||    
T  20634604 --tgagggcttgatgccctataatgtatatttatacaaattatgttgagggtttgatg 20634659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 73; E-Value: 2e-33
Query Start/End: Original strand, 118 - 206
Target Start/End: Complemental strand, 20636705 - 20636617
Alignment:
Q  118 gtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttat 206  Q
    ||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  20636705 gtctaagttgttaagtcgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttat 20636617  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 35088580 - 35088484
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  35088580 ttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgctctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttg 35088487  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Original strand, 14238498 - 14238587
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| ||||||||    
T  14238498 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggtttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagagcttgatg 14238587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 145 - 228
Target Start/End: Original strand, 13528762 - 13528841
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  13528762 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttga 13528841  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 68 - 172
Target Start/End: Original strand, 41227622 - 41227725
Alignment:
Q  68 gttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcattt 166  Q
    ||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || ||||||||  || | |||||||||| |||||||||||||    
T  41227622 gttgtctaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-caacacgttgagtcca-tgcatactcattt 41227719  T
Q  167 aagttg 172  Q
    ||||||    
T  41227720 aagttg 41227725  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #17
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 34 - 136
Target Start/End: Original strand, 11809380 - 11809482
Alignment:
Q  34 tattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taag 132  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  11809380 tattaatatcattaagttgcaagtgttggtctaagttacg-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtgtaagttgtctaag 11809478  T
Q  133 ttgt 136  Q
    ||||    
T  11809479 ttgt 11809482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #18
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 10 - 73
Target Start/End: Complemental strand, 20636756 - 20636694
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtt 73  Q
    |||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||    
T  20636756 tggtgttgccctgttgttgtgatgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtctaagttgtt 20636694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #19
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 23073154 - 23073052
Alignment:
Q  34 tattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taag 132  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||    ||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| ||| ||||    
T  23073154 tattaatatcattaagttgcaagtgttggtctaagttaca-aagttctaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtttaagttgtctaag 23073056  T
Q  133 ttgt 136  Q
    ||||    
T  23073055 ttgt 23073052  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 16381203 - 16381109
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||| |||||||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||| | | |  |||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||    
T  16381203 taagatgtaagatgttgatccaaattattggaatcataaga--tgtcgatgtttctaagttgt-aagatgttgagtcca-tgcatactcatttatgttg 16381109  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0810 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 1)
Name: scaffold0810
Description:

Target: scaffold0810; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 2953 - 2746
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||| ||| || |||||||| ||||||    
T  2953 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttttttaagttataagatgttggtctaaattattggagtca 2854  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  2853 taagagatgtctaagttgttaagtttttaagatgttgagtgcattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 2754  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  2753 taatatgt 2746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 27)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 6170316 - 6170522
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||| || ||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  6170316 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagttgctaatgttggt-taagttgtttaagttatatgatgttggtccaaattattggagtca 6170414  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||     
T  6170415 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctataatgtatatttataca 6170514  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  6170515 taatatgt 6170522  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 9389910 - 9390116
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||    
T  9389910 tggtgttgccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgtgggtctaagttgtttaagttgtaaaatgttgatccaaattattggagtca 9390008  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  9390009 taagagatgtctaagttgttaagctgttaagatattgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 9390108  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  9390109 taatatgt 9390116  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 139; E-Value: 7e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 17232529 - 17232330
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||    
T  17232529 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttgagttgtttaagttgtaaggtgttgatccaaattattggagtca 17232430  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  17232429 taagagatgtc--------taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctatgtaatgtatatttataca 17232338  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 131; E-Value: 4e-68
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 37727758 - 37727957
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  37727758 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtca 37727857  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    || ||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  37727858 tatgagatgtc--------taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagagcttgatgctctgtaatgtatatttataca 37727949  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 115; E-Value: 2e-58
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 45847853 - 45848043
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  45847853 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 45847943  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    |||||||||||||||        ||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  45847944 taagagatgtctaag--------ttgttaagatgctgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 45848035  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 112; E-Value: 1e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 186
Target Start/End: Original strand, 14270257 - 14270428
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  14270257 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 14270347  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaag----ttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgat 186  Q
    ||||||||||||||| |||||||    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  14270348 taagagatgtctaagttgttaagtcaattgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgat 14270428  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 8852069 - 8852250
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  8852069 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 8852167  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
     ||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||    
T  8852168 attgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattattttgagggcttgatg 8852250  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Original strand, 36686084 - 36686285
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||          ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  36686084 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatg----------tctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatat 36686172  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  36686173 gagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatat 36686267  T
Q  213 tatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||| ||||||    
T  36686268 tatgttgagggtttgatg 36686285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 189
Target Start/End: Complemental strand, 8468335 - 8468173
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||         |||||||||||||| |||||||||||||||  |||||    
T  8468335 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggt---------ttaagttgtaagatgttgatccaaattattgaagtca 8468245  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgct 189  Q
    |||||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  8468244 taagagatgtctaag--------ttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgct 8468173  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 11066616 - 11066435
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  11066616 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 11066518  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||    |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  11066517 gttgagtcca-tgcatactcttttaagt----tgagggtttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 11066435  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 97; E-Value: 9e-48
Query Start/End: Original strand, 50 - 230
Target Start/End: Original strand, 32434499 - 32434674
Alignment:
Q  50 atgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagatgttgag 148  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||    
T  32434499 atgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattatttgagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aagacgttgag 32434597  T
Q  149 tccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| |||||||||||||||||     ||| ||||||| | | |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  32434598 tccat-gcatactcatttaagttt----aggtcttgatgttctttaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 32434674  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 51 - 230
Target Start/End: Original strand, 59303 - 59477
Alignment:
Q  51 tgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagt 149  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||    
T  59303 tgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagt 59401  T
Q  150 ccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||| ||||| |||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||| ||| ||||||    
T  59402 cca-tgcatgctcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgtgggattgatg 59477  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 30821129 - 30821291
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  30821129 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatact 30821226  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    |||||||||||||   |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  30821227 catttaagt----tgagggcttgatgtcatgtaatgtatatttttacatattatgttgagggcttgatg 30821291  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 63 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 38480215 - 38480054
Alignment:
Q  63 tctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc 162  Q
    ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||| ||||| |||||||||||    
T  38480215 tctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgtagagtctattgcatactc 38480118  T
Q  163 atttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||    |||||| |||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||| ||||||||||    
T  38480117 atttaagt----tgagggtttgatgccatgtaatatatatttatacatattatgttgggggcttgatg 38480054  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 82; E-Value: 8e-39
Query Start/End: Original strand, 75 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 48812018 - 48811865
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttggg 174  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  48812018 aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatatctaagttgttaagtcgt-aagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg-- 48811922  T
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatgtcc 233  Q
      || | |||||||  |||||||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||    
T  48811921 --agagtttgatgccctgtaatgtatatttataaatatcatgttgagggcttgatgtcc 48811865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 53 - 230
Target Start/End: Original strand, 13150458 - 13150621
Alignment:
Q  53 ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtcca 152  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||| |||||||| ||||| |||||| |||         |||| ||||||||||    
T  13150458 ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatctaaattatttgagtcatatgagatttctaagttgt---------aagacgttgagtcca 13150548  T
Q  153 ttgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    | ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13150549 t-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 13150621  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 80; E-Value: 1e-37
Query Start/End: Original strand, 75 - 230
Target Start/End: Original strand, 46386997 - 46387147
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgg 173  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  46386997 aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg- 46387093  T
Q  174 gtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
       ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  46387094 ---agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 46387147  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 44 - 172
Target Start/End: Original strand, 12128068 - 12128195
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  12128068 attaggatgctaatgttggtcgaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 12128166  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  12128167 gttgagtcca-tgcatactcatttaagttg 12128195  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 70; E-Value: 1e-31
Query Start/End: Original strand, 44 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 12371426 - 12371299
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  12371426 attaggatgctaatgttagtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 12371328  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
     ||||||||| |||||||||||| ||||||    
T  12371327 attgagtcca-tgcatactcattcaagttg 12371299  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 58; E-Value: 2e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 230
Target Start/End: Original strand, 18875861 - 18875957
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  18875861 ttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccttgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttg 18875954  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 116
Target Start/End: Original strand, 11392030 - 11392102
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagaga 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  11392030 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaaattgtaagattttgatccaaattattggagtcatatgaga 11392102  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 70
Target Start/End: Complemental strand, 18302073 - 18302016
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagtt 70  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  18302073 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtt 18302016  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 20619340 - 20619252
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| ||||||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20619340 taagacgttgagtccat-gcatactcattcaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 20619252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000001
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Original strand, 18075463 - 18075559
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||||| ||||| ||||||||| ||||||||  |||| |||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  18075463 aagttgtaagatgttgattcaaattatttgagtcatataagatatctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatactcatttaagttg 18075559  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #25
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 71 - 168
Target Start/End: Original strand, 14183560 - 14183653
Alignment:
Q  71 gtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaa 168  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||  |   |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  14183560 gtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagttatatgagatgtctttg--tttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatactcatttaa 14183653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #26
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 15213720 - 15213659
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  15213720 tggtgttgccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 15213659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #27
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 47831648 - 47831597
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||| || ||| ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  47831648 gggcttgatgccttttaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 47831597  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 148; Significance: 3e-78; HSPs: 40)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 148; E-Value: 3e-78
Query Start/End: Original strand, 10 - 205
Target Start/End: Original strand, 1465624 - 1465818
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||  ||||||  ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  1465624 tggtgttgccttgtggttgtggcgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 1465722  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatattta 205  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  1465723 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatattta 1465818  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 144; E-Value: 8e-76
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 49389883 - 49390090
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  49389883 tggtgttgccttgctgatgtgatgtgttaatatcattaagatgttaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtca 49389982  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||| |||||||||  |||||||||| ||||||||||||||||||     
T  49389983 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagttcattgcatactcatttacgttgggtgacagcttgatgctctgtaatgtatatttataca 49390082  T
Q  210 tattatgt 217  Q
    || |||||    
T  49390083 taatatgt 49390090  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 10 - 208
Target Start/End: Original strand, 18440060 - 18440258
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||| |||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||| ||||||||||| ||||||    
T  18440060 tggtgttgtcttgctgaggtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttataagatgttggtccaaattattggagtca 18440159  T
Q  110 taagag-atgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  18440160 taagagaatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgaggg-ttgatgctctgtaatgtatatttatac 18440258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 12 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 12269476 - 12269266
Alignment:
Q  12 gtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcata 111  Q
    |||||||||||| || ||| | |||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| | ||||||||||||||| ||||||||    
T  12269476 gtgttgccttgcagtcgtggtctattaatatcattaaggtgctaatgttagtataagttgtttaagttgtaaggtgttgatccaaattattggagtcata 12269377  T
Q  112 agagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatactta 211  Q
     ||||||||||||        ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||| ||    
T  12269376 tgagatgtctaag--------ttgttaagatgttgagtccattgcatacttatttaagttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtacatttatacata 12269285  T
Q  212 ttatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||||||||||    
T  12269284 ttatgttgagggcttgatg 12269266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 128; E-Value: 3e-66
Query Start/End: Original strand, 13 - 217
Target Start/End: Original strand, 20630313 - 20630509
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||    
T  20630313 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgtttgtttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataa 20630412  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    ||||||||        ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||| |||||||||||||||||| ||     
T  20630413 gagatgtc--------taagttggtaagatgttgagtccattgcatactcatttacattaggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataa 20630504  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 40807144 - 40806963
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  40807144 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 40807046  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40807045 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 40806963  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Original strand, 15447831 - 15448032
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||          ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  15447831 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatg----------tctaagttgtt-aagttgtaagatattgatccaaattattggagtcatat 15447919  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  15447920 gagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatat 15448014  T
Q  213 tatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||    
T  15448015 tatgttgagggcttgatg 15448032  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 49 - 230
Target Start/End: Original strand, 22307492 - 22307668
Alignment:
Q  49 gatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttga 147  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||    
T  22307492 gatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttga 22307590  T
Q  148 gtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| |||||||||||| ||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  22307591 gtcca-tgcatactcattcaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 22307668  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17538255 - 17538074
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  17538255 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgaaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 17538157  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||| |||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17538156 gttgactcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 17538074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 44 - 229
Target Start/End: Original strand, 30175418 - 30175598
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  30175418 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagat 30175516  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgat 229  Q
     ||||||||| ||| |||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||| | ||||||||||||||||||||    
T  30175517 tttgagtcca-tgcttactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatccatattatgttgagggcttgat 30175598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Original strand, 31224788 - 31224989
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||||| |          ||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  31224788 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatgtt----------taagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatat 31224876  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||| ||||  |||||||||||||||||| |||    
T  31224877 gagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggcttaatgccctgtaatgtatatttatacatat 31224971  T
Q  213 tatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||    
T  31224972 tatgttgagggcttgatg 31224989  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Original strand, 41173220 - 41173404
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||    
T  41173220 atcattaagttgcatatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taa 41173318  T
Q  140 gatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    || |||||||||| |||||||||||||| ||    |||||||| |||||  ||||||||||||||||||  ||||||||||||||||||||    
T  41173319 gacgttgagtcca-tgcatactcatttacgt----tgagggctagatgccatgtaatgtatatttatacacattatgttgagggcttgatg 41173404  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 41 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 5215068 - 5214882
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  5215068 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgttaaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aa 5214971  T
Q  140 gatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatgtcc 233  Q
    |  ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  5214970 gtcgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatgtcc 5214882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 17519827 - 17519990
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatac 160  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  17519827 gtctaagttgtttaagttataagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatac 17519924  T
Q  161 tcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17519925 tcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 17519990  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 93; E-Value: 2e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 17534689 - 17534852
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatac 160  Q
    |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  17534689 gtctaagttgtttaagttataagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatac 17534786  T
Q  161 tcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17534787 tcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 17534852  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 13 - 233
Target Start/End: Complemental strand, 31415422 - 31415223
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||          ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  31415422 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatg----------tctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatat 31415334  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||         ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  31415333 gagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatt---------tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatat 31415244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 56 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 13516529 - 13516368
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattg 155  Q
    ||||||||| |||||||  |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13516529 atgttggtcaaagttgtc-aagttgtaagattttgatccaaattattggagtcatatgagatgtccaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattg 13516432  T
Q  156 catactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgaggg 223  Q
    |||||| ||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  13516431 catacttatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgaggg 13516368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 13 - 164
Target Start/End: Complemental strand, 14501039 - 14500888
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||  |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | |  |||| ||||| |||||||||    
T  14501039 tgttgccttgctaatgtgatatattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgtcggcccaatttattggagtcataa 14500940  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat 164  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  14500939 gagatgtctaagttgttaagtttttaggatgttgagtccattgcatattcat 14500888  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 75 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 40811928 - 40811778
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgg 173  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  40811928 aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg- 40811832  T
Q  174 gtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
       ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  40811831 ---agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 40811778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 83; E-Value: 2e-39
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Original strand, 5206503 - 5206688
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagtt-gtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgtta 138  Q
    ||||||||| |||  || |||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| | || ||||||| |    
T  5206503 atcattaagttgcatatattggtctaagttgtttaaatttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttttttaagttgt-a 5206601  T
Q  139 agatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||| ||| ||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5206602 agacgttaagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 5206688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Original strand, 23413557 - 23413698
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc---attt 166  Q
    ||||||||||||| ||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||| || |||||||||||||||||||| ||   || |    
T  23413557 tgtttaagttgtatgatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgctaggatgttgagtccattgcatattcataatct 23413656  T
Q  167 aagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
     || |||| |||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  23413657 gagatgggggagggcttgatgctctataatgtatatttatac 23413698  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 76; E-Value: 3e-35
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 45796980 - 45796839
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc---attt 166  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||| |||||||| |||||| ||||||||||||| ||   || |    
T  45796980 tgtttaatttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgtttagttgttaggatgttaagtccattgcatattcataatct 45796881  T
Q  167 aagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
     || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  45796880 gagatgggggagggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 45796839  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 16 - 102
Target Start/End: Original strand, 49970089 - 49970175
Alignment:
Q  16 tgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattatt 102  Q
    ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  49970089 tgccttgctgttgtgatgtattattatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaagtatt 49970175  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #24
Raw Score: 74; E-Value: 5e-34
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 14508054 - 14507871
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||  ||||||||| ||||||||  |||| | |||| |||| ||||||| ||    
T  14508054 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgttaaagttgtaagatgttgaatcaaattattggagtcatataagatatttaagttgtttaagttgt-aa 14507957  T
Q  140 gatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    || ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  14507956 gacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 14507871  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #25
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 56 - 226
Target Start/End: Original strand, 15932371 - 15932535
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccatt 154  Q
    ||||||||| ||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||| |||| || |||||||| ||| | ||||||| || |    
T  15932371 atgttggtc-aagttgtttaaattgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtttaagttgtttaagttg-taacacgttgagt-caat 15932467  T
Q  155 gcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggctt 226  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  15932468 gcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatattgagggctt 15932535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #26
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 141 - 230
Target Start/End: Original strand, 13026636 - 13026721
Alignment:
Q  141 atgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  13026636 atgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 13026721  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #27
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 56 - 166
Target Start/End: Complemental strand, 17693264 - 17693155
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccatt 154  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||| ||||||||||| |    
T  17693264 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttaatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagttgttgagtcca-t 17693167  T
Q  155 gcatactcattt 166  Q
    ||| ||||||||    
T  17693166 gcacactcattt 17693155  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #28
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 141 - 230
Target Start/End: Original strand, 13031725 - 13031810
Alignment:
Q  141 atgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  13031725 atgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatgttatgttgagggcttgatg 13031810  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #29
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 136 - 208
Target Start/End: Original strand, 19485261 - 19485332
Alignment:
Q  136 ttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  19485261 ttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgaggg-ttgatgctctgtaatgtatatttatac 19485332  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #30
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 45797084 - 45796978
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | |  |||| ||||| ||||||||     
T  45797084 tgttgccttgctgatgtgatatattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgtcggcccaatttattggagtcatat 45796985  T
Q  113 gagatgt 119  Q
    |||||||    
T  45796984 gagatgt 45796978  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #31
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 116
Target Start/End: Complemental strand, 5841929 - 5841857
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagaga 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  5841929 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaaattgtaagattttgatccaaattattggagtcatatgaga 5841857  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #32
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 145 - 228
Target Start/End: Original strand, 17548519 - 17548598
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  17548519 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatctatatttatacatattatgttgagggcttga 17548598  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #33
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 12852575 - 12852631
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagt 69  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  12852575 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagt 12852631  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #34
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 145 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17044143 - 17044063
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17044143 tgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 17044063  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #35
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 13 - 124
Target Start/End: Original strand, 23413454 - 23413564
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||  ||| |||| |||||| | |  |||||||||| |||||||      
T  23413454 tgttgtcttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgtt-gtttaagtcatttgagttataagatgtcggcccaaattattggagtcattt 23413552  T
Q  113 gagatgtctaag 124  Q
    ||||||| ||||    
T  23413553 gagatgtttaag 23413564  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #36
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 129
Target Start/End: Original strand, 17519784 - 17519838
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  17519784 aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtt 17519838  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #37
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 75 - 129
Target Start/End: Original strand, 17534646 - 17534700
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt 129  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||    
T  17534646 aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtt 17534700  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #38
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000001
Query Start/End: Original strand, 64 - 121
Target Start/End: Original strand, 52466418 - 52466475
Alignment:
Q  64 ctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtct 121  Q
    ||||| |||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||    
T  52466418 ctaagctgttcaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtct 52466475  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #39
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 11912942 - 11912881
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  11912942 tggtgttgccttgcggttgtgacatattaatttcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 11912881  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #40
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 14234325 - 14234274
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||| || || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  14234325 gggcttgatgctctggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 14234274  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0035 (Bit Score: 143; Significance: 3e-75; HSPs: 1)
Name: scaffold0035
Description:

Target: scaffold0035; HSP #1
Raw Score: 143; E-Value: 3e-75
Query Start/End: Original strand, 27 - 217
Target Start/End: Complemental strand, 106456 - 106266
Alignment:
Q  27 tgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagct 126  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||| |    
T  106456 tgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaagttattggagtcataagagatgtctaagtt 106357  T
Q  127 gttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||| | |||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  106356 gttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttaggtgagagtttgatgctctgtaatgtatatttatacataatatgt 106266  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1137 (Bit Score: 133; Significance: 3e-69; HSPs: 1)
Name: scaffold1137
Description:

Target: scaffold1137; HSP #1
Raw Score: 133; E-Value: 3e-69
Query Start/End: Original strand, 10 - 178
Target Start/End: Original strand, 2505 - 2672
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||| ||||||| ||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  2505 tggtgttgccttgcggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 2603  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgag 178  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  2604 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgag 2672  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0009 (Bit Score: 130; Significance: 2e-67; HSPs: 1)
Name: scaffold0009
Description:

Target: scaffold0009; HSP #1
Raw Score: 130; E-Value: 2e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 175
Target Start/End: Complemental strand, 85156 - 84991
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  85156 tggtgttgccttgctgatttgatgtattaatatcattaatatgctaatgttggtttaagttgtttaagttttaagatgttgatccaaattattggagtca 85057  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggt 175  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  85056 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggt 84991  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 129; Significance: 7e-67; HSPs: 23)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 10 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6576395 - 6576180
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||| ||||||||| |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||    
T  6576395 tggtgctgccttgctattgtgatgtaataatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtca 6576296  T
Q  110 taagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    || |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||     
T  6576295 tatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttataa 6576202  T
Q  209 ttattatgttgagggcttgatg 230  Q
     |||||||||| ||||||||||    
T  6576201 atattatgttgggggcttgatg 6576180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 24781744 - 24781925
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  24781744 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 24781842  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||| ||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24781843 gttgagtcca-tgcatactcatttatgt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 24781925  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22689824 - 22689647
Alignment:
Q  48 agatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  22689824 agatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattatttgagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttg 22689726  T
Q  147 agtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  22689725 agtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagagtttgatg 22689647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 103; E-Value: 2e-51
Query Start/End: Original strand, 48 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 22694420 - 22694243
Alignment:
Q  48 agatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttg 146  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||    
T  22694420 agatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattatttgagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttg 22694322  T
Q  147 agtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||    
T  22694321 agtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagagtttgatg 22694243  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 5032228 - 5032409
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagct-gttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| |  |||||||| |||||     
T  5032228 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgaggtgtttaagttatttaagttg-taagac 5032326  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  5032327 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 5032409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24436192 - 24436020
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatg 143  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||         |||||||    
T  24436192 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttg---------taagatg 24436102  T
Q  144 ttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||    ||| ||||| ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24436101 ttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgaaggcttaatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 24436020  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 9975055 - 9974892
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatac 160  Q
    ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  |||||||  ||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||    
T  9975055 gtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattgaagtcatataagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatac 9974958  T
Q  161 tcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
     |||||||||    ||||||||||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9974957 ccatttaagt----tgagggcttgatgccctggaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 9974892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 74 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 24883580 - 24883429
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| |||| ||||||||||| ||||||| ||||||||||    
T  24883580 taagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactaatttaagttg 24883483  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
        ||||||||||||  |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  24883482 ----agggcttgatgccctgtaatgtatatttttacatattatgttgagggcttgatg 24883429  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22500968 - 22500860
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  22500968 gtctaagttgtt-aagttgtaagatattgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtctattgcatact 22500871  T
Q  162 catttaagttg 172  Q
    |||||||||||    
T  22500870 catttaagttg 22500860  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 22508902 - 22508794
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||| ||||||||||    
T  22508902 gtctaagttgtt-aagttgtaagatattgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtctattgcatact 22508805  T
Q  162 catttaagttg 172  Q
    |||||||||||    
T  22508804 catttaagttg 22508794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 59; E-Value: 4e-25
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Original strand, 24865643 - 24865751
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| | |||||||| |||||| |||||||||    
T  24865643 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagttatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgtcgagtccgttgcatact 24865740  T
Q  162 catttaagttg 172  Q
    ||| |||||||    
T  24865741 catgtaagttg 24865751  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 141 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 26896362 - 26896277
Alignment:
Q  141 atgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  26896362 atgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggattgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 26896277  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 3e-23
Query Start/End: Original strand, 114 - 230
Target Start/End: Original strand, 7672421 - 7672532
Alignment:
Q  114 agatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttatt 213  Q
    ||||||||||| |||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||  ||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||    
T  7672421 agatgtctaagttgttaagtcgt-aagatgtcgagtccattgcatactcatggaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatatt 7672515  T
Q  214 atgttgagggcttgatg 230  Q
    | |||||||||||||||    
T  7672516 acgttgagggcttgatg 7672532  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 75 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 20915222 - 20915126
Alignment:
Q  75 aagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||||| ||| || ||| |||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||    
T  20915222 aagttgtaagatgttgttctaaagtattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgaatccattgcatgctcatttaagttg 20915126  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #15
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 25 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 21368012 - 21367914
Alignment:
Q  25 gttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaag 124  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||  | | |||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||| ||| ||||||||    
T  21368012 gttgtgatttattaatatcattaagatgcaaacgttggtctaagaag-taaagttgtaagatgttgttccaaattattggagtcatatgagttgtctaag 21367914  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #16
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 145 - 228
Target Start/End: Original strand, 6478254 - 6478333
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttga 228  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||  |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||    
T  6478254 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggtttgatgccctgtaatgtatatttatgcatattatgttgagggcttga 6478333  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #17
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 157 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 357051 - 356982
Alignment:
Q  157 atactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  357051 atactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 356982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #18
Raw Score: 45; E-Value: 9e-17
Query Start/End: Original strand, 56 - 147
Target Start/End: Complemental strand, 9975116 - 9975026
Alignment:
Q  56 atgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttga 147  Q
    ||||||||| || ||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||||    
T  9975116 atgttggtcaaa-ttgttaaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagatgttga 9975026  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #19
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 175 - 230
Target Start/End: Original strand, 24865791 - 24865846
Alignment:
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  24865791 tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 24865846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #20
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 175 - 230
Target Start/End: Original strand, 19202169 - 19202224
Alignment:
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  19202169 tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatatatattatgttgagggcttgatg 19202224  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #21
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 191 - 230
Target Start/End: Original strand, 20913058 - 20913097
Alignment:
Q  191 tgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20913058 tgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 20913097  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #22
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 175 - 230
Target Start/End: Original strand, 23969686 - 23969741
Alignment:
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||  ||||||||||||||||||  |||||||  |||||||||||    
T  23969686 tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacaaattatgtgtagggcttgatg 23969741  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #23
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 34 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 5985286 - 5985197
Alignment:
Q  34 tattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaag 124  Q
    |||||||||||||||| ||| | ||||||||||||||| | |||||||||| | ||| |||||  |||| ||||||||  || ||||||||    
T  5985286 tattaatatcattaagttgcaagtgttggtctaagttg-taaagttgtaagttgttgttccaagatattggagtcatataagttgtctaag 5985197  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0045 (Bit Score: 122; Significance: 1e-62; HSPs: 1)
Name: scaffold0045
Description:

Target: scaffold0045; HSP #1
Raw Score: 122; E-Value: 1e-62
Query Start/End: Original strand, 44 - 217
Target Start/End: Original strand, 46923 - 47095
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatg 143  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| |||||||||||| || |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||| |||    
T  46923 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttataagatgttgatccaaattgttggagtcatatgagatgtctaagttgttaagttg-taaaatg 47021  T
Q  144 ttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| || |||||    
T  47022 ttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttatacataatatgt 47095  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 117; Significance: 1e-59; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 117; E-Value: 1e-59
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 145938 - 145754
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaag 140  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||| ||| ||||    
T  145938 atcattaagttgcatatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaaattg-taag 145840  T
Q  141 atgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  145839 atgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggtttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 145754  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 113; Significance: 2e-57; HSPs: 16)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 113; E-Value: 2e-57
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 21741746 - 21741961
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaag---------ttgtttaagttgtaagatcttgatccaaatta 100  Q
    |||||||||||| | ||||||| ||||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||         ||||||||||| |||||| |||  ||||||||    
T  21741746 tggtgttgccttacggttgtgacgtattaatatcatgaagat-ctaatgttggtttaagttgtttaagttgtttaagttataagatgttggcccaaatta 21741844  T
Q  101 ttagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtat 200  Q
    || ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||    
T  21741845 ttggagtcataagagatgtctaagttgttaaattgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtat 21741944  T
Q  201 atttatacttattatgt 217  Q
    |||||||| || |||||    
T  21741945 atttatacataatatgt 21741961  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 10 - 217
Target Start/End: Original strand, 5889388 - 5889579
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||                | ||||||||||| ||||||    
T  5889388 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttgatttaagatgtt----------------ggtccaaattattggagtca 5889471  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatact 209  Q
    ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||     
T  5889472 taagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctgtaatgtatatttataca 5889571  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 111; E-Value: 4e-56
Query Start/End: Original strand, 14 - 189
Target Start/End: Original strand, 29915290 - 29915457
Alignment:
Q  14 gttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataag 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||  | |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||    
T  29915290 gttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgtttatttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataag 29915389  T
Q  114 agatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgct 189  Q
    |||||||        ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||| ||||||||||||||    
T  29915390 agatgtc--------taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgatgggcgagggcttgatgct 29915457  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 105; E-Value: 1e-52
Query Start/End: Original strand, 73 - 230
Target Start/End: Original strand, 12122404 - 12122556
Alignment:
Q  73 ttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  12122404 ttaagttgtaagatgttgatccaaattatttgagtcatatgagatgtctaagttgttaagttg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt-- 12122500  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
      ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  12122501 --tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 12122556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 17875193 - 17875031
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||  ||||||||||| |||||||| || |||||| |||||||||||||||||    
T  17875193 gtctaagttgtt-aagttgtaagatattgatccaaattattggagtcatataagatgtctaagttgttaagtcgt-aagatgctgagtccattgcatact 17875096  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  17875095 catttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 17875031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 21555253 - 21555415
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | |||||||||||||||||||||||||    
T  21555253 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatact 21555350  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    |||||||||||| |  |||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||    
T  21555351 catttaagt----tgagggcttgataccctgtaatgtatatttatatatattatgttgagggcttgatg 21555415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 96; E-Value: 3e-47
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Original strand, 21557918 - 21558080
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||  |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||    
T  21557918 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtccaacttgttaagtcgtta-gatgttgagtccattgcatact 21558015  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21558016 catttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 21558080  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31455056 - 31454895
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||| || ||||||||    
T  31455056 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagttca-tgcatact 31454960  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31454959 catttaagt----tgagggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 31454895  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 31455669 - 31455508
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||| ||||||||| |||||||| |||||||||||| |||||||| || |||||||||||| ||| |||||||    
T  31455669 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatacaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagtcgt-aagatgttgagttcat-gcatact 31455573  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31455572 catttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 31455508  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 46; E-Value: 2e-17
Query Start/End: Original strand, 128 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 19920778 - 19920682
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    |||||||||||   |||||||||||||||||| |||||| |||||||||||    
T  19920778 ttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgtcatgtaatgtatatttatacatattattttgagggcttg 19920685  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 172
Target Start/End: Original strand, 25250739 - 25250875
Alignment:
Q  34 tattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taag 132  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||| |||||  |||| ||||||||  || |||  ||| ||| ||||    
T  25250739 tattaatatcattaagttgcaaatgttggtctaagttg-taaagttgtaagttgttgttccaagatattggagtcatataagttgttgaagttgtctaag 25250837  T
Q  133 ttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  25250838 ttg-taagttgttgagtcca-tgcatactcatataagttg 25250875  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 40; E-Value: 0.00000000000009
Query Start/End: Original strand, 34 - 172
Target Start/End: Original strand, 25314524 - 25314660
Alignment:
Q  34 tattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgt-taag 132  Q
    |||||||||||||||| ||| ||||||||||||||||| | |||||||||| | ||| |||||  |||| ||||||||  || |||  ||| ||| ||||    
T  25314524 tattaatatcattaagttgcaaatgttggtctaagttg-taaagttgtaagttgttgttccaagatattggagtcatataagttgttgaagttgtctaag 25314622  T
Q  133 ttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||| |||| ||||||||||| ||||||||||| |||||||    
T  25314623 ttg-taagttgttgagtcca-tgcatactcatataagttg 25314660  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 39; E-Value: 0.0000000000004
Query Start/End: Original strand, 73 - 131
Target Start/End: Complemental strand, 30615725 - 30615667
Alignment:
Q  73 ttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaa 131  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||| || |||||||||||| ||||||    
T  30615725 ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcgtatgagatgtctaagttgttaa 30615667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000002
Query Start/End: Original strand, 175 - 230
Target Start/End: Original strand, 21309019 - 21309074
Alignment:
Q  175 tgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||| |||||||  || ||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  21309019 tgagggtttgatgccctgaaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 21309074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 74 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 25743744 - 25743647
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    |||| |||||||| |  |||||||||||| |||||||| |||||||  | | || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||||    
T  25743744 taagatgtaagatgtcaatccaaattattggagtcatatgagatgttcacgttgtttaagttg-taagaagttgagtcca-tgcatactcatttaagttg 25743647  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #16
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 36460191 - 36460130
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||| ||||| |||||||  |||||||||||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  36460191 tggtgttgtcttgcggttgtgacatattaatatcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 36460130  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1792 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 2)
Name: scaffold1792
Description:

Target: scaffold1792; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 243 - 106
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaag 169  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  243 tgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacg 144  T
Q  170 ttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  143 ttgggtga-ggcttgacgctctgtaatgtatatttatac 106  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1792; HSP #2
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 124
Target Start/End: Complemental strand, 349 - 236
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||    
T  349 tggtgttgcct-gctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgttggtccaatttattggagtca 251  T
Q  110 taagagatgtctaag 124  Q
    || ||||||| ||||    
T  250 tatgagatgtttaag 236  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230 (Bit Score: 107; Significance: 9e-54; HSPs: 3)
Name: scaffold0230
Description:

Target: scaffold0230; HSP #1
Raw Score: 107; E-Value: 9e-54
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Original strand, 23657 - 23794
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaag 169  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |    
T  23657 tgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacg 23756  T
Q  170 ttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    |||||||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  23757 ttgggtga-ggcttgacgctctgtaatgtatatttatac 23794  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230; HSP #2
Raw Score: 75; E-Value: 1e-34
Query Start/End: Original strand, 114 - 208
Target Start/End: Original strand, 20770 - 20864
Alignment:
Q  114 agatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    ||||||| ||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| | ||||||||||||||||    
T  20770 agatgtcaaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttacgttgggtgagggcttgatgctctataatgtatatttatac 20864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0230; HSP #3
Raw Score: 63; E-Value: 2e-27
Query Start/End: Original strand, 10 - 124
Target Start/End: Original strand, 23551 - 23664
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    ||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| ||| ||||| ||||| ||||||    
T  23551 tggtgttgcct-gctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgttggtccaatttattggagtca 23649  T
Q  110 taagagatgtctaag 124  Q
    || ||||||| ||||    
T  23650 tatgagatgtttaag 23664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0071 (Bit Score: 106; Significance: 4e-53; HSPs: 1)
Name: scaffold0071
Description:

Target: scaffold0071; HSP #1
Raw Score: 106; E-Value: 4e-53
Query Start/End: Original strand, 13 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 14358 - 14157
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||| ||||||||||          ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  14358 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaataccattaagatg----------tctaagttgtt-aagttgtaagattttgatccaaattattggagtcatat 14270  T
Q  113 gagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttat 212  Q
    |||||||||||| |||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||    
T  14269 gagatgtctaagttgttaagtcg-taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatat 14175  T
Q  213 tatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||    
T  14174 tatgttgagggcttgatg 14157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0375 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0375
Description:

Target: scaffold0375; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 9206 - 9387
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagct-gttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||| ||| |||| |  |||||||| |||||     
T  9206 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgaggtgtttaagttatttaagttg-taagac 9304  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    ||||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  9305 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 9387  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0004 (Bit Score: 99; Significance: 6e-49; HSPs: 1)
Name: scaffold0004
Description:

Target: scaffold0004; HSP #1
Raw Score: 99; E-Value: 6e-49
Query Start/End: Original strand, 10 - 136
Target Start/End: Complemental strand, 362913 - 362787
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtca 109  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| || |||    
T  362913 tggtgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggattca 362814  T
Q  110 taagagatgtctaagctgttaagttgt 136  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||||    
T  362813 taagagatgtctaagttgtaaagttgt 362787  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0509 (Bit Score: 95; Significance: 1e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0509
Description:

Target: scaffold0509; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 1e-46
Query Start/End: Original strand, 55 - 229
Target Start/End: Original strand, 9673 - 9842
Alignment:
Q  55 aatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccat 153  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||||||     
T  9673 aatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca- 9770  T
Q  154 tgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgat 229  Q
    |||||||||||||||||    |||||||||||||   | |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  9771 tgcatactcatttaagt----tgagggcttgatggcctataatgtatatttatacatattatgttgagggcttgat 9842  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0064 (Bit Score: 94; Significance: 5e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0064
Description:

Target: scaffold0064; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 5e-46
Query Start/End: Original strand, 41 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 57951 - 57767
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| | |||||||| |||||||||||| |||| ||||||| ||    
T  57951 atcattaagttgcatatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattactggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttgt-aa 57853  T
Q  140 gatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||  |||||||||| |||||||||||||||||     ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  57852 gacattgagtccat-gcatactcatttaagtta----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 57767  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1351 (Bit Score: 92; Significance: 8e-45; HSPs: 1)
Name: scaffold1351
Description:

Target: scaffold1351; HSP #1
Raw Score: 92; E-Value: 8e-45
Query Start/End: Original strand, 62 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1545 - 1383
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||| |||||||| || ||||||| ||||| ||||||||||    
T  1545 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagttatatgagatgtctaagttgttaagtcgt-aagatgtcgagtctattgcatact 1448  T
Q  162 catttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||| |||||||    ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  1447 catgtaagttg----agggcttgatgctctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 1383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0134 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0134
Description:

Target: scaffold0134; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 10130 - 10311
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||  ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| |||||     
T  10130 attaggatgctaatgttggcctaagttgtttaagtcgtaagacgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagac 10228  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| |||||||||||||||||    | || |||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||    
T  10229 gttgagtcca-tgcatactcatttaagt----taagagcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgaaggcttgatg 10311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0080 (Bit Score: 87; Significance: 8e-42; HSPs: 1)
Name: scaffold0080
Description:

Target: scaffold0080; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 8e-42
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Original strand, 59457 - 59638
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagat 142  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||||    
T  59457 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgcaagatgttgatccaaattattgaagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagat 59555  T
Q  143 gttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||| ||||||||||||||| |    ||||| ||||||||  |||||| ||||||||||| ||| ||||||||| |||||||    
T  59556 gttgagtcca-tgcatactcatttaatt----tgaggacttgatgccctgtaatatatatttatacatatcatgttgaggacttgatg 59638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0061 (Bit Score: 85; Significance: 1e-40; HSPs: 1)
Name: scaffold0061
Description:

Target: scaffold0061; HSP #1
Raw Score: 85; E-Value: 1e-40
Query Start/End: Original strand, 66 - 219
Target Start/End: Original strand, 19320 - 19469
Alignment:
Q  66 aagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatt 165  Q
    |||||||| |||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  19320 aagttgttcaagtcgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatt 19419  T
Q  166 taagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttg 219  Q
    |||||    |||||| ||| |||  | ||||||||| |||||| ||||||||||    
T  19420 taagt----tgagggtttgttgccctataatgtatagttatacatattatgttg 19469  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235 (Bit Score: 84; Significance: 5e-40; HSPs: 4)
Name: scaffold0235
Description:

Target: scaffold0235; HSP #1
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 13375 - 13234
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc---attt 166  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||   || |    
T  13375 tgtttaatttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaggatgttgagtccattgcatattcataatat 13276  T
Q  167 aagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
     || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  13275 gagatgggggagggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 13234  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235; HSP #2
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 70 - 203
Target Start/End: Complemental strand, 25076 - 24940
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactc---attt 166  Q
    ||||||| ||||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||   || |    
T  25076 tgtttaatttgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaggatgttgagtccattgcacattcataatct 24977  T
Q  167 aagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatt 203  Q
     || |||| || ||||||||||| |||||||||||||    
T  24976 gagatgggggacggcttgatgctctgtaatgtatatt 24940  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235; HSP #3
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 13479 - 13373
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | |  |||| ||||| ||||||||     
T  13479 tgttgccttgctgatctgatatattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgtcggcccaatttattggagtcatat 13380  T
Q  113 gagatgt 119  Q
    |||||||    
T  13379 gagatgt 13373  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0235; HSP #4
Raw Score: 51; E-Value: 2e-20
Query Start/End: Original strand, 13 - 119
Target Start/End: Complemental strand, 25180 - 25074
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataa 112  Q
    ||||||||||||| | |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||| |||||| | |  |||| ||||| ||||||||     
T  25180 tgttgccttgctgatctgatatattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagtcgtttgagttataagatgtcggcccaatttattggagtcatat 25081  T
Q  113 gagatgt 119  Q
    |||||||    
T  25080 gagatgt 25074  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0001 (Bit Score: 81; Significance: 3e-38; HSPs: 1)
Name: scaffold0001
Description:

Target: scaffold0001; HSP #1
Raw Score: 81; E-Value: 3e-38
Query Start/End: Original strand, 74 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 76869 - 76718
Alignment:
Q  74 taagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt-aagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg 172  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||| ||| |||| ||||||| |||| ||||||| ||| ||||||||||||||||||    
T  76869 taagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtcaaagttgtttaagttgt-aagacgttgagtgcat-gcatactcatttaagttg 76772  T
Q  173 ggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
        ||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  76771 ----agggcttgatgctctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 76718  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0507 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0507
Description:

Target: scaffold0507; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 72 - 226
Target Start/End: Original strand, 2768 - 2917
Alignment:
Q  72 tttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagt 170  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| |||||||||| |||||||||||||||||    
T  2768 tttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagtcca-tgcatactcatttaagt 2865  T
Q  171 tgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggctt 226  Q
        |||||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2866 ----tgagggtttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggctt 2917  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0507; HSP #2
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000001
Query Start/End: Original strand, 182 - 226
Target Start/End: Original strand, 2942 - 2986
Alignment:
Q  182 ttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggctt 226  Q
    |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||    
T  2942 ttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggctt 2986  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075 (Bit Score: 79; Significance: 5e-37; HSPs: 2)
Name: scaffold0075
Description:

Target: scaffold0075; HSP #1
Raw Score: 79; E-Value: 5e-37
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Original strand, 8605 - 8746
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-tta- 167  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||  | ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||  ||     
T  8605 tgtttaagttgtaatatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaaattattaagttgttaggatgttgagtccattgcatactcataatac 8704  T
Q  168 -agttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
     || |||| |||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  8705 gagatgggggagggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 8746  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0075; HSP #2
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 124
Target Start/End: Original strand, 8500 - 8612
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaag-ttgtaagatcttgatccaaattattagagtcata 111  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| | |||||  ||| || || |||||| | |  |||| ||||||||||||||    
T  8500 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttgatttaagtcatttgagtttataagatgtcggcccaatttattagagtcata 8599  T
Q  112 agagatgtctaag 124  Q
     ||||||| ||||    
T  8600 tgagatgtttaag 8612  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737 (Bit Score: 78; Significance: 2e-36; HSPs: 4)
Name: scaffold0737
Description:

Target: scaffold0737; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 2e-36
Query Start/End: Original strand, 73 - 230
Target Start/End: Original strand, 6560 - 6712
Alignment:
Q  73 ttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagtt 171  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||||||| || |||||||| ||||| ||||||| || |||||||||||||||||     
T  6560 ttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaagttgtttaagttg-taagacgttgagttca-tgcatactcatttaagt- 6656  T
Q  172 gggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
       ||||||||||||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  6657 ---tgagggcttgatgccctgtaatatatatttatacatattatgttgagggcttgatg 6712  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 41 - 147
Target Start/End: Original strand, 5562 - 5667
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctg-ttaagttgttaa 139  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| || |||||||| |||    
T  5562 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatctctaagttgtttaagttg-taa 5659  T
Q  140 gatgttga 147  Q
    ||||||||    
T  5660 gatgttga 5667  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737; HSP #3
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 63 - 129
Target Start/End: Original strand, 5639 - 5705
Alignment:
Q  63 tctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt 129  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||    
T  5639 tctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattgcagtcatatgagatgtctaagttgtt 5705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0737; HSP #4
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 66 - 129
Target Start/End: Original strand, 5751 - 5814
Alignment:
Q  66 aagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgtt 129  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||||||||||||  ||||||| |||||||||||| ||||    
T  5751 aagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattgcagtcatatgagatgtctaagttgtt 5814  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0098 (Bit Score: 77; Significance: 7e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0098
Description:

Target: scaffold0098; HSP #1
Raw Score: 77; E-Value: 7e-36
Query Start/End: Original strand, 80 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 34952 - 34821
Alignment:
Q  80 gtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-tta--agttgggtg 176  Q
    ||||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||  || |||| |    
T  34952 gtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtctaagttgttaagttgttaggatgttgagtccattgcatattcataatacgagatggggg 34853  T
Q  177 agggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  34852 agggcttgatgctctgtaatgtatatttatac 34821  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0371 (Bit Score: 69; Significance: 4e-31; HSPs: 1)
Name: scaffold0371
Description:

Target: scaffold0371; HSP #1
Raw Score: 69; E-Value: 4e-31
Query Start/End: Original strand, 44 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 3064 - 2892
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatg 143  Q
    |||| |||||||||||| ||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||        | |||||||| ||||| |    
T  3064 attaggatgctaatgtttgtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagat--------ttttaagttg-taagacg 2974  T
Q  144 ttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||| |||||||| ||||||||    |||||||||  |||  |||||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  2973 ttgagtcca-tgcatactaatttaagt----tgagggcttcctgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggtttgatg 2892  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0077 (Bit Score: 61; Significance: 3e-26; HSPs: 1)
Name: scaffold0077
Description:

Target: scaffold0077; HSP #1
Raw Score: 61; E-Value: 3e-26
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 33516 - 33427
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| |||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  33516 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggattgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 33427  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0716 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0716
Description:

Target: scaffold0716; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 109 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 4672 - 4570
Alignment:
Q  109 ataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-tta--agttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatattta 205  Q
    |||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||  ||  || |||| |||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4672 ataagagatgtctaagttattaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcataatacgagatgggagagggcttgatgctctgtaatgtatattta 4573  T
Q  206 tac 208  Q
    |||    
T  4572 tac 4570  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0384 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: scaffold0384
Description:

Target: scaffold0384; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 44 - 119
Target Start/End: Original strand, 8290 - 8365
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgt 119  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |||||||    
T  8290 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgt 8365  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold1633 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold1633
Description:

Target: scaffold1633; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 374 - 285
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  ||||||||||| |||||| |||||||||||||||||||||    
T  374 taagatgttaagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtataattatacatattatgttgagggcttgatg 285  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0546 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0546
Description:

Target: scaffold0546; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 10961 - 10872
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||| || ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  10961 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttg----agggtttaatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 10872  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Original strand, 863 - 952
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||    |||||| || ||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  863 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagt----tgagggtttaatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttgatg 952  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0036 (Bit Score: 57; Significance: 6e-24; HSPs: 1)
Name: scaffold0036
Description:

Target: scaffold0036; HSP #1
Raw Score: 57; E-Value: 6e-24
Query Start/End: Original strand, 128 - 233
Target Start/End: Original strand, 78299 - 78398
Alignment:
Q  128 ttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttg 227  Q
    ||||||||| |||| ||||||||||| ||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  78299 ttaagttgt-aagacgttgagtccat-gcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctgtaatgtatatttatacatattatgttgagggcttg 78392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 55; Significance: 1e-22; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 55; E-Value: 1e-22
Query Start/End: Original strand, 62 - 172
Target Start/End: Complemental strand, 10874 - 10766
Alignment:
Q  62 gtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatact 161  Q
    |||||||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||| ||| ||| ||| |||| | |||||| || ||||||||||||||||||||||||    
T  10874 gtctaagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagttatatgaggtgtataagttattaagtcgt-aagatgttgagtccattgcatact 10777  T
Q  162 catttaagttg 172  Q
    |||||| ||||    
T  10776 catttaggttg 10766  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0679 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0679
Description:

Target: scaffold0679; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 44 - 116
Target Start/End: Original strand, 2581 - 2653
Alignment:
Q  44 attaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagaga 116  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||    
T  2581 attaggatgctaatgttggtctaagttgtttaaattgtaagattttgatccaaattattggagtcatatgaga 2653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0188 (Bit Score: 53; Significance: 2e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0188
Description:

Target: scaffold0188; HSP #1
Raw Score: 53; E-Value: 2e-21
Query Start/End: Original strand, 145 - 230
Target Start/End: Original strand, 605 - 686
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  |||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||    
T  605 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccatgtaatgtatatttatacatattatgttgagggctagatg 686  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 52; Significance: 6e-21; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 52; E-Value: 6e-21
Query Start/End: Original strand, 21 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 95502 - 95298
Alignment:
Q  21 tgctgttgtgatgtattaatat-cattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgt 119  Q
    |||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||   |||| ||||||| ||| ||||| ||||| ||||||||  || |||    
T  95502 tgctgttgtgat-tattaatattcattaagatgcaaatgttggtctaagttgca-aagtcgtaagatgttgttccaagttattggagtcatataagttgt 95405  T
Q  120 ctaagct-gt-taagttgttaagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgt 217  Q
      ||| | || |||||||| ||| |||||||||||| ||||||||||| ||||||    ||||||||||||| |  |||||||||| |||| ||||| ||    
T  95404 tcaagtttgtctaagttgt-aagttgttgagtccat-gcatactcattaaagttg----agggcttgatgctctagaatgtatattcatacatattacgt 95311  T
Q  218 tgagggcttgatg 230  Q
    |||||||||||||    
T  95310 tgagggcttgatg 95298  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0029 (Bit Score: 50; Significance: 1e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0029
Description:

Target: scaffold0029; HSP #1
Raw Score: 50; E-Value: 1e-19
Query Start/End: Original strand, 70 - 208
Target Start/End: Complemental strand, 74656 - 74523
Alignment:
Q  70 tgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaagatgttgagtccattgcatactcat-tta- 167  Q
    ||||||| | ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||||||        |||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  ||     
T  74656 tgtttaattcgtaagatgttgatccaaattattggagtcataagagatgtc--------taagttgttaggatgttgagtccattgcatattcataatac 74565  T
Q  168 -agttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatac 208  Q
     || |||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||    
T  74564 gagatgggggagggtttgatgctctgtaatgtatatttatac 74523  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0632 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0632
Description:

Target: scaffold0632; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 41 - 149
Target Start/End: Complemental strand, 368 - 263
Alignment:
Q  41 atcattaagatgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaagctgttaagttgttaag 140  Q
    ||||||||| |||  ||||||||| |||||||| |||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||| |||||| |||||||| | ||||    
T  368 atcattaagttgcatatgttggtc-aagttgtt-aagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatatctaagttgttaagtcg-taag 272  T
Q  141 atgttgagt 149  Q
    |||||||||    
T  271 atgttgagt 263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0142 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0142
Description:

Target: scaffold0142; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 7855 - 7911
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagt 69  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  7855 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagt 7911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0124 (Bit Score: 49; Significance: 4e-19; HSPs: 1)
Name: scaffold0124
Description:

Target: scaffold0124; HSP #1
Raw Score: 49; E-Value: 4e-19
Query Start/End: Original strand, 13 - 69
Target Start/End: Original strand, 24860 - 24916
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagt 69  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  24860 tgttgccttgctgatgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtttaagt 24916  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 47; Significance: 6e-18; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 47; E-Value: 6e-18
Query Start/End: Original strand, 13 - 137
Target Start/End: Complemental strand, 1905 - 1780
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaag-atgctaatgttggtctaagttgtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcat- 110  Q
    ||||||||||||||||||| ||| |||| |||||||| || |||| ||||||| |||| ||| |||| ||||||| ||||||||| ||||| |||||||     
T  1905 tgttgccttgctgttgtgaagtaataatgtcattaagaattctaa-gttggtcaaagtcgttcaagtcgtaagatgttgatccaagttattggagtcata 1807  T
Q  111 aagagatgtctaagctgttaagttgtt 137  Q
    ||||| |||||||| ||||||| ||||    
T  1806 aagagttgtctaagttgttaagatgtt 1780  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0117 (Bit Score: 44; Significance: 4e-16; HSPs: 1)
Name: scaffold0117
Description:

Target: scaffold0117; HSP #1
Raw Score: 44; E-Value: 4e-16
Query Start/End: Original strand, 145 - 225
Target Start/End: Original strand, 41193 - 41269
Alignment:
Q  145 tgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggct 225  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||    ||||||||||||  | |||||||||||||||| ||||||||| ||||||    
T  41193 tgagtccattgcatactcatttaagttg----agggcttgatgccctataatgtatatttatacatattatgttaagggct 41269  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0639 (Bit Score: 42; Significance: 0.000000000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0639
Description:

Target: scaffold0639; HSP #1
Raw Score: 42; E-Value: 0.000000000000006
Query Start/End: Original strand, 71 - 124
Target Start/End: Original strand, 7585 - 7638
Alignment:
Q  71 gtttaagttgtaagatcttgatccaaattattagagtcataagagatgtctaag 124  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7585 gtttaagttgtaagatgttgatccaaattattggagtcatatgagatgtctaag 7638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0047 (Bit Score: 41; Significance: 0.00000000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0047
Description:

Target: scaffold0047; HSP #1
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000002
Query Start/End: Original strand, 137 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 78141 - 78053
Alignment:
Q  137 taagatgttgagtccattgcatactcatttaagttgggtgagggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    |||| |||||||||||| |||| |||||||||||||    ||||||| ||||  |||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  78141 taagttgttgagtccat-gcatcctcatttaagttg----agggcttaatgccctgtaatctatatttatacatattatgttgagggcttgatg 78053  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0815 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000005; HSPs: 1)
Name: scaffold0815
Description:

Target: scaffold0815; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000005
Query Start/End: Original strand, 13 - 52
Target Start/End: Complemental strand, 502 - 463
Alignment:
Q  13 tgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatg 52  Q
    ||||| ||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  502 tgttgtcttgctgttgtgatgaattaatatcattaagatg 463  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000002; HSPs: 2)
Name: scaffold0599
Description:

Target: scaffold0599; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 218 - 157
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  218 tggtgttgccttgcggttgtgacatattaatttcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 157  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0599; HSP #2
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000002
Query Start/End: Original strand, 10 - 72
Target Start/End: Complemental strand, 4636 - 4575
Alignment:
Q  10 tggtgttgccttgctgttgtgatgtattaatatcattaagatgctaatgttggtctaagttgt 72  Q
    |||||||||||||| |||||||  ||||||| |||| ||||| ||||||||||| ||||||||    
T  4636 tggtgttgccttgcggttgtgacatattaatttcatgaagat-ctaatgttggtataagttgt 4575  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0278 (Bit Score: 30; Significance: 0.00000008; HSPs: 1)
Name: scaffold0278
Description:

Target: scaffold0278; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.00000008
Query Start/End: Original strand, 197 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 5473 - 5440
Alignment:
Q  197 gtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||||    
T  5473 gtatattaatacttattatgttgagggcttgatg 5440  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0621 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000003; HSPs: 2)
Name: scaffold0621
Description:

Target: scaffold0621; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 1962 - 1911
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  1962 gggcttgatgccttggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0621; HSP #2
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000003
Query Start/End: Original strand, 178 - 230
Target Start/End: Complemental strand, 6379 - 6328
Alignment:
Q  178 gggcttgatgctttgtaatgtatatttatacttattatgttgagggcttgatg 230  Q
    ||||||||||| ||| || ||||||| |||||||||| |||||||||||||||    
T  6379 gggcttgatgccttggaa-gtatattaatacttattacgttgagggcttgatg 6328  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University