View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8606_high_2 (Length: 417)

Name: NF8606_high_2
Description: NF8606
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8606_high_2
NF8606_high_2
[»] chr5 (6 HSPs)
chr5 (1-400)||(38965566-38965965)
chr5 (16-400)||(25761158-25761542)
chr5 (16-400)||(13850649-13851034)
chr5 (16-400)||(20236109-20236491)
chr5 (13-234)||(34833827-34834047)
chr5 (284-400)||(23352191-23352307)
[»] chr8 (5 HSPs)
chr8 (1-399)||(23710449-23710848)
chr8 (19-400)||(9173667-9174034)
chr8 (18-405)||(753988-754377)
chr8 (184-400)||(9710356-9710572)
chr8 (235-400)||(14822461-14822627)
[»] chr3 (3 HSPs)
chr3 (1-400)||(54586320-54586720)
chr3 (42-399)||(6162006-6162364)
chr3 (18-400)||(52972379-52972762)
[»] chr7 (3 HSPs)
chr7 (16-394)||(41257291-41257669)
chr7 (5-216)||(15889273-15889484)
chr7 (16-400)||(19215449-19215832)
[»] chr2 (5 HSPs)
chr2 (16-400)||(38619165-38619549)
chr2 (44-400)||(17312488-17312844)
chr2 (33-385)||(9635368-9635721)
chr2 (1-127)||(26262970-26263094)
chr2 (343-388)||(26262694-26262739)
[»] chr1 (4 HSPs)
chr1 (16-400)||(50515252-50515636)
chr1 (16-400)||(44713031-44713415)
chr1 (130-400)||(45910457-45910727)
chr1 (336-388)||(16768014-16768066)
[»] chr6 (2 HSPs)
chr6 (18-400)||(18459698-18460085)
chr6 (297-388)||(24133346-24133437)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 372; Significance: 0; HSPs: 6)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 372; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 38965965 - 38965566
Alignment:
Q  1 tttcgcatcgcttaaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaacc 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965965 tttcgcatcgcttaaagaaatttcaagtttcggtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattctggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaacc 38965866  T
Q  101 ggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatga 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965865 ggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatga 38965766  T
Q  201 acacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagtcagtacataccatatgac 300  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||    
T  38965765 acacagtttctgtactggtgtagtccggatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagtcagtacatatcatatgac 38965666  T
Q  301 atgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||    
T  38965665 atgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaattcagacgaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 38965566  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 158; E-Value: 6e-84
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 25761542 - 25761158
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||| ||||  || ||||| ||||||||| ||| ||||||||| | |||||| ||||| |||||||||||||||||| ||| |||    |||||    
T  25761542 agaaatttcatgttttggtcgtggtggtgggggatactcagatttggcattaccggaaccatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggaaacgcattagga 25761443  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  25761442 ggttcaatctcaggtggatcaacatttggggcatcaaccggaacaaccatatctgaaaacagtg-caggcatagtcagaaaatgaacacagtttttgtac 25761344  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| ||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  |||| ||| | | |  |||||||  || ||||||||| |||||||| |||||||||||||    
T  25761343 tggtgcagtccggatttcgaactccggaacgcatgaatccagtctggattgcatagtccggaaaggtacagtacatatcatatgacgtgatcaaaagaaa 25761244  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    || ||||||||||  ||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||| |||||||||||    
T  25761243 atagcctaaaaaatcaatggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcaaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 25761158  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 144; E-Value: 1e-75
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 13850649 - 13851034
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||| |||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||||    
T  13850649 agaaatttcaagttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccgaaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggcaacacattagga 13850748  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     ||| |||||||| ||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||  | ||| || || || ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  13850749 ggttaaatctcaggtggatcaacatttggggcatcaactggaacaaccatatctaaaaacaatg-catgcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 13850847  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| ||||| |||| |||| ||| |||  |||||||  ||| |||| | | |  |||||||  || ||||||| | |||||||| |||||||||| ||    
T  13850848 tggtgcagtccggattacgaactccggaaaccatgaatccagtgcggattgcatagtccggaaaggtacagtacaaatcatatgacgtgatcaaaaggaa 13850947  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggagg-aaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaa-tcccccttgatg 400  Q
    ||||||| |||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||| ||| || | ||||||||||||||||  |||||||||||    
T  13850948 atcgcct-aaaaacgaatgggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaacacccccttgatg 13851034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 20236109 - 20236491
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  ||| |||| |||||||||||||| |||||||| | ||||||| || | |||||||||||||||||| | || |||   |||||    
T  20236109 agaaatttcaagttttggtgatggtggtgggggattctcgtatttggcattaccggaataatacgcatcttcaagtaaaagaagccgcgacacattagga 20236208  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
      | |||| || | ||||| | |||||||||||||||||||| |||| |||  ||||| |||||| | |||||||||||||||||||| | ||| |||||    
T  20236209 gatccaatatctggtggattaacatttggggcatcaaccggagcaac-atatctgaaaacagtgc-aggcatagtcagaaaatgaacataatttatgtac 20236306  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagtc-agtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||| ||| ||||||||  ||| |||| |||    |||||| | |   | |||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  20236307 tggtgcagtccggatttcgaaatccggaacgcatgaatccagttcggatttcaaagtccggatctgaagattacatatcatatgacgtgatcaaaaggaa 20236406  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||| | ||| | |||||||||||||||||||||| || | ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  20236407 atcgcctaaaaa-caaatcggggaaggtttatatacacattaccttagcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 20236491  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 102; E-Value: 2e-50
Query Start/End: Original strand, 13 - 234
Target Start/End: Original strand, 34833827 - 34834047
Alignment:
Q  13 taaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgata 112  Q
    ||||||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| | |||||    ||    
T  34833827 taaagaaatttcaagttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcagcaacgcatta 34833926  T
Q  113 ggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctg 212  Q
    ||| ||||||||| || | |||||  |||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| || | |||||||||||||||||||||||||||    
T  34833927 ggaggttcaatcttaggtagatcaaaatttggggcatcaatcggaacaaccatatctgaaaacagtg-catgtatagtcagaaaatgaacacagtttctg 34834025  T
Q  213 tactagtgtagtccagatttcg 234  Q
    |||| ||| ||||  |||||||    
T  34834026 tactggtgcagtctggatttcg 34834047  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 65; E-Value: 2e-28
Query Start/End: Original strand, 284 - 400
Target Start/End: Original strand, 23352191 - 23352307
Alignment:
Q  284 agtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgat 383  Q
    |||||||| |||||||| |||||||||| |||| ||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||    
T  23352191 agtacatatcatatgacgtgatcaaaaggaaattgcctaaaaaacgaatggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgat 23352290  T
Q  384 gttaatcccccttgatg 400  Q
    ||||| | |||||||||    
T  23352291 gttaaccgcccttgatg 23352307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 208; Significance: 1e-114; HSPs: 5)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 208; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 1 - 399
Target Start/End: Original strand, 23710449 - 23710848
Alignment:
Q  1 tttcgcatcgcttaaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaacc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||| || ||||||||||||| ||||||||| | |||||||||| |||||||||||||||||||| |    
T  23710449 tttcgcatcgcctaaagaaatttcaagtttcggtggtagtggtgggggattctcagatttggcattcccggaatcatacacatcttcaagtaaaagaagc 23710548  T
Q  101 ggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatga 200  Q
    |||||||| ||| || ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||  | ||| ||||| || |||||||||||||||||    
T  23710549 ggcaacataatatgaggttcaatttcaggtggatcatcatttggggcatcaaccgaaacaaccatatctaaaaacagtgtcatgcatagtcagaaaatga 23710648  T
Q  201 acacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatga 299  Q
    ||| ||||| |||||| ||| |||| ||| |||||||||| ||| ||||||||| |||||| | ||| | ||| |||||  | ||||||||| |||||||    
T  23710649 acatagtttatgtactggtgcagtctagaattcgaaatccggaacgcatgaatgcagtccgaatttcatattctggaacgttacagtacatatcatatga 23710748  T
Q  300 catgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgat 399  Q
    | |||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  23710749 cgtgatcaaaaggaaatcgcctaaaaaacgaatgggggaaggtttatatacacattacctttgcattcagacgaaaatgatgatgttaaccccccttgat 23710848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 149; E-Value: 1e-78
Query Start/End: Original strand, 19 - 400
Target Start/End: Original strand, 9173667 - 9174034
Alignment:
Q  19 aatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatgt 118  Q
    ||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | ||||||||||||  |||||||||||||||||  |||||||   ||||||||    
T  9173667 aatttcaagttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgtatcttcaagtaaaagaagtggcaacacattaggatgt 9173766  T
Q  119 tcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactag 218  Q
    |||||||||| ||||||| ||||||||  |||||||||| ||||||||  ||||| ||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||| |    
T  9173767 tcaatctcaggtggatcaacatttgggatatcaaccggagcaaccatatctgaaaacagtg-caggcatagtcagaaaatgaacatagtttctgtactgg 9173865  T
Q  219 tgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagtcagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcg 318  Q
    || ||||  ||||| ||||||| ||| ||||||||  ||||||||         |||| |     |||||| | |||||||| ||||||||||||||||     
T  9173866 tgcagtctggattttgaaatccggaacgcatgaatccagtccgga---------ccggta----gagtacagatcatatgacgtgatcaaaagaaaatct 9173952  T
Q  319 cctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| || |||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  9173953 cctaaaaaacgaatgggggaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcaaaaatgatgatgttaaccccctttgatg 9174034  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 18 - 405
Target Start/End: Complemental strand, 754377 - 753988
Alignment:
Q  18 aaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcgga-tttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggat 116  Q
    |||||||||||||| || |||||  |||| |||||||| | ||||||| | |||||||||||  |||||||||||||||||| | ||||||  |||| |     
T  754377 aaatttcaagtttcggtagtggtgatgggagattctcgaaatttggcattcccggaatcatgtgcatcttcaagtaaaagaagcagcaacacaatagaag 754278  T
Q  117 gttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtact 216  Q
    ||||||||| || ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  | ||| || || || ||||||| |||||||||||||||||||||| ||    
T  754277 gttcaatcttaggtggatcagcatttggggcatcaaccggaacaaccatatctaaaaacattgacaggcatagttagaaaatgaacacagtttctgtgct 754178  T
Q  217 agtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaa 315  Q
     ||| | ||  |||||| |||||  ||| ||||||||| |||||||| ||| | ||| ||||| || ||||||| | |||||||  |||||||||| |||    
T  754177 ggtgcactctggatttcaaaatctggaacgcatgaatgcagtccggatttcatattctggaacggtacagtacagatcatatgaagtgatcaaaaggaaa 754078  T
Q  316 tcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatgtccat 405  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||  |||| ||| || ||||||||||||||| || ||||||||||| ||||    
T  754077 tcgcctaaaaaacgaatgggggaaggtttatatacacattatctttgcattcagtcaaaaatgatgatgtcaaccccccttgatggccat 753988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 184 - 400
Target Start/End: Original strand, 9710356 - 9710572
Alignment:
Q  184 gcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt- 282  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||  ||||||||| ||  ||| ||||||||  |||||||| | |||  |||| || |||     
T  9710356 gcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactggtgcagtctggatttcgaactctggaaagcatgaatccagtccggattgcgtagtccgaaaaagta 9710455  T
Q  283 cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatga 382  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| |||||| ||||||||||||||| |||| ||| || | ||||||||||    
T  9710456 cagtgcatatcatatgacatgatcaaaagaaaattgcctaaaaaatgaatgggggaagg-ttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatga 9710554  T
Q  383 tgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||| |||||||||||    
T  9710555 tgttaaccccccttgatg 9710572  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 235 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 14822627 - 14822461
Alignment:
Q  235 aaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagtc-agtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatg 333  Q
    ||||||| |||||||||||| |||||||| ||  ||||||||||   || |||||  | |||||||  |||| ||||| ||||||| |||||  ||||||    
T  14822627 aaatccaaaatgcatgaatgcagtccggatttaattttccggaatgttccagtacggatcatatgatgtgattaaaaggaaatcgcttaaaattcgaatg 14822528  T
Q  334 gaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    | |||||||||||||||||||||| |||  ||||||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  14822527 ggggaaggtttatatacacattacctttacatttagacaaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 14822461  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 185; Significance: 1e-100; HSPs: 3)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 185; E-Value: 1e-100
Query Start/End: Original strand, 1 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 54586720 - 54586320
Alignment:
Q  1 tttcgcatcgcttaaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaacc 100  Q
    ||||||||||| ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||||||||||||||||    
T  54586720 tttcgcatcgcctaaagaaatttcaagtttcggtggtggtggtgggggcttctcggatttggcatttcccgaattatgcacatcttcaagtaaaagaacc 54586621  T
Q  101 ggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatga 200  Q
    ||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| || ||| ||||| |||||||||||||    
T  54586620 ggcaacacgatatgatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataactgaaaacaatgcgaagcagagtcagaaaatga 54586521  T
Q  201 acacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccgga-acagtcagtacataccatatga 299  Q
    ||| | ||| |||||| |||| || | |||| | ||||||  ||   ||||||| ||||| |||||  |||| |||| | |  ||||||| | | |||||    
T  54586520 acataatttttgtactggtgttgttcggattactaaatcctaaacatatgaatgcagtcccgaatttatttttcggataaatccagtacagatcgtatga 54586421  T
Q  300 catgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgat 399  Q
    | |||||||||| |||| |||||||||||||||||  |||  |||||||||||| ||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  54586420 cgtgatcaaaaggaaattgcctaaaaaacgaatgggagaaattttatatacacactacctttgcattcagacgaaaatgatgatgttaaccccccttgat 54586321  T
Q  400 g 400  Q
    |    
T  54586320 g 54586320  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 42 - 399
Target Start/End: Original strand, 6162006 - 6162364
Alignment:
Q  42 gtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatt 141  Q
    ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||||||||||||||||| | ||||||  |||||| ||||| ||| || ||||||||||||    
T  6162006 gtgggggattctcggatttggcatttccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcagcaacacaataggaggttcattctgaggtggatcatcatt 6162105  T
Q  142 tggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatcca 241  Q
    | ||| |||||| ||||||||||| | ||||| |||||| ||| | ||||||||||||||||||||||||| ||| |||   ||| || | |||||||||    
T  6162106 taggggatcaacaggaacaaccatgactgaaaacagtgcgaagtagagtcagaaaatgaacacagtttctgcactggtgctctccggaatccgaaatcca 6162205  T
Q  242 gaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaag 340  Q
    ||| ||||||||| || ||||| ||    |||||||||||| || |  ||| ||||  || ||||||||||  ||||||||||||| ||| | | | |||    
T  6162206 gaacgcatgaatgcagaccggatttaacattccggaacagtacaatgaatatcatacaacgtgatcaaaagttaatcgcctaaaaatcgactagggaaag 6162305  T
Q  341 gtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgat 399  Q
    ||||||||||||||||| |||| ||| |||| |||||||||||||||| ||||||||||    
T  6162306 gtttatatacacattacctttgcattcagacgaaaatgatgatgttaaccccccttgat 6162364  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 134; E-Value: 1e-69
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 52972379 - 52972762
Alignment:
Q  18 aaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatg 117  Q
    |||||||||||||  |||| |||  |||||||||||||||||||||| | |||||||||||| ||||||||||||||||||  | |||||   |||||||    
T  52972379 aaatttcaagttttggtggcggtgatgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagagacaacacattaggatg 52972478  T
Q  118 ttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtacta 217  Q
    ||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||  ||||||||||  || || ||||| ||  |||||||||||||||||||||||||||||| |     
T  52972479 ttcaatctcaggtggatcaacatttggggcatcaaccaaaacaaccatatctgtaaacagtg-cagacatagtcagaaaatgaacacagtttctgtattg 52972577  T
Q  218 gtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaaca-gt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaa 315  Q
    ||| |||||||||||| |||||| ||| ||||||||  ||||| || ||     ||| ||||| ||  |||||| | |||||||| |||||||||  |||    
T  52972578 gtgcagtccagatttcaaaatccggaacgcatgaatccagtccagattttacagtcc-gaacatgtagagtacaaatcatatgacgtgatcaaaaagaaa 52972676  T
Q  316 tcgcctaaaaaacgaat-ggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    ||||||||||||||||| || |||||||||||| ||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  52972677 tcgcctaaaaaacgaatggggggaaggtttatacacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 52972762  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 176; Significance: 1e-94; HSPs: 3)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 176; E-Value: 1e-94
Query Start/End: Original strand, 16 - 394
Target Start/End: Original strand, 41257291 - 41257669
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| |||||||    |||||    
T  41257291 agaaatttcaagttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggcaacgcattagga 41257390  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| ||||| || ||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  41257391 ggttcaatctcaggtggatcaacatttggggcatcaatcggaacaaccatatctgaaaacagtg-caggcatagtcagaaaataaacacagtttctgtac 41257489  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||  | ||| || | | |  |||| ||  || ||||||||| |||||||| |||||||||| ||    
T  41257490 tggtgcagtccggatttcgaaatccagaacgcatgaatccaatccagattgcatagtccgaaaaggtacagtacatatcatatgacgtgatcaaaaggaa 41257589  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatccccc 394  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||||    
T  41257590 atcgcctaaaaaacgaatggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaacccccc 41257669  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 152; E-Value: 2e-80
Query Start/End: Original strand, 5 - 216
Target Start/End: Complemental strand, 15889484 - 15889273
Alignment:
Q  5 gcatcgcttaaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggca 104  Q
    ||||||| ||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||| |||||| |||||  |||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  15889484 gcatcgcctaaagaaatttcaagtttcagtggtagtggtgggggattctcgaatttggaaattcaagaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccagca 15889385  T
Q  105 acatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacac 204  Q
    |   ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||     
T  15889384 aagcgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataactgaaaacagtgccaagcttagtcagaaaatgaacat 15889285  T
Q  205 agtttctgtact 216  Q
    ||||||||||||    
T  15889284 agtttctgtact 15889273  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 150; E-Value: 4e-79
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 19215832 - 19215449
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||| ||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||     || ||    
T  19215832 agaaatttcatgttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggcaatgcattaaga 19215733  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |  ||||| |||||| | ||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  19215732 ggttcagtctcaggtggatcaacatttggggcatcaaccggaacaaccacatctgaaaacagtgc-aggcatagtcagaaaatga-cacagtttctgtac 19215635  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    |  || ||| ||||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||| | | |  ||| |||  || || |||| | |||||||| |||||||||||||    
T  19215634 tgatgcagttcagatttcgaactccggaacgcatgaatccagtccggattgcatagtcctgaaaggtacaatacagatcatatgacgtgatcaaaagaaa 19215535  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    || ||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  19215534 attgcctaaaaaactaatgggggaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 19215449  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 166; Significance: 1e-88; HSPs: 5)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 166; E-Value: 1e-88
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 38619549 - 38619165
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| | |||||||||||||||| |||||||    |||||    
T  38619549 agaaatttcaagttttggtggtggtggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcgtcttcaagtaaaagaagcggcaacgcattagga 38619450  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     |||||||||||| ||||||| |||||| |||||||| |||||||||||||  ||||| ||||  || ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  38619449 ggttcaatctcaggtggatcaacatttgaggcatcaatcggaacaaccatatctgaaaacagt-acaggcatagtcaaaaaatgaacacagtttctgtac 38619351  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| |||| ||||||||||||||| || ||||||||  |||||||| | | |  |||||||  || ||||||| | |||||||| |||||||||| ||    
T  38619350 tggtgcagtctagatttcgaaatccataacgcatgaatccagtccggattgcatagtccggaaaggtacagtacagatcatatgacgtgatcaaaaggaa 38619251  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||||| ||| | | |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  38619250 atcgcctaaaaaacaaattgggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 38619165  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 146; E-Value: 9e-77
Query Start/End: Original strand, 44 - 400
Target Start/End: Original strand, 17312488 - 17312844
Alignment:
Q  44 gggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatgttcaatctcagctggatcatcatttg 143  Q
    ||||| ||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||||   |||||||||||||||||| ||||||| ||||||    
T  17312488 gggggtttctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggcaacacattaggatgttcaatctcaggtggatcaacatttg 17312587  T
Q  144 gggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactagtgtagtccagatttcgaaatccaga 243  Q
    ||||||||||| |||||||||||  ||||| ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||   |    
T  17312588 gggcatcaaccagaacaaccatatctgaaaacagtg-caagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactggtgcagtccggatttcgaaatctgaa 17312686  T
Q  244 atgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggt 342  Q
    |  | ||||   ||| |||| |||    || ||| | ||  |||||| | |||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||  ||||||    
T  17312687 acacgtgaacccagttcggatttcagagtctggaccggtagagtacaaatcatatgacgtgatcaaaaggaaatcgcctaaaaaacgaatgggagaaggt 17312786  T
Q  343 ttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||| ||||||    
T  17312787 ttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccctttgatg 17312844  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 126; E-Value: 8e-65
Query Start/End: Original strand, 33 - 385
Target Start/End: Complemental strand, 9635721 - 9635368
Alignment:
Q  33 gtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatgttcaatctcagctgg 132  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||||| | |||||||||| |||    
T  9635721 gtggtggtggtgggggattctcggatttggcattttcggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacacaataggaggatcaatctcaggtgg 9635622  T
Q  133 atcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactagtgtagtccagattt 232  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||||||| ||||| |||||| ||||| | ||||||||||| |||||||| |||||| |||| || | ||||     
T  9635621 atcatcatttggggcatcaacaggaacaaccataactgaaaacagtgcgaagcagactcagaaaatgagcacagtttttgtactggtgttgttcggatta 9635522  T
Q  233 cgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaa 331  Q
      |||||   |||||||||||| ||||| || ||  |||| || |    | ||||||| | |||||||| |||||||||| ||| |||||||||  | ||    
T  9635521 aaaaatctgaaatgcatgaatgcagtccagattttatttttcgtattgctccagtacagatcatatgacgtgatcaaaaggaaagcgcctaaaattcaaa 9635422  T
Q  332 tggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgt 385  Q
    |   |||||||||||||||||||||  |||| | | |||  |||||||||||||    
T  9635421 taagggaaggtttatatacacattatctttgcactcagatgaaaatgatgatgt 9635368  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 40; E-Value: 0.0000000000002
Query Start/End: Original strand, 1 - 127
Target Start/End: Complemental strand, 26263094 - 26262970
Alignment:
Q  1 tttcgcatcgcttaaagaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaacc 100  Q
    ||||||||| | ||||||||| |||| |||| || |||||||  |||||| ||||| ||| ||| ||||||||||||  ||| |||||||| ||||||||    
T  26263094 tttcgcatctcctaaagaaatatcaactttcggtagtggtag--ggggatcctcggctttagcatttccggaatcatctacaacttcaagtgaaagaacc 26262997  T
Q  101 ggcaacatgataggatgttcaatctca 127  Q
    |||| |||  || || |||||||||||    
T  26262996 ggcagcatagtatgaggttcaatctca 26262970  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 343 - 388
Target Start/End: Complemental strand, 26262739 - 26262694
Alignment:
Q  343 ttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaa 388  Q
    ||||||||||||||| |||| ||| |||||||||||||| ||||||    
T  26262739 ttatatacacattacctttgcattcagacaaaaatgatgttgttaa 26262694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 162; Significance: 2e-86; HSPs: 4)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 162; E-Value: 2e-86
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Complemental strand, 50515636 - 50515252
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  |||||| | ||||||||||||||||||||||| | |||||||||||| |||||||||||||||||| ||||||     | | |    
T  50515636 agaaatttcaagttttggtggtgttggtgggggattctcggatttggcattaccggaatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcggcaatgcatttgaa 50515537  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     |||||||||||| ||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||| |||||||||||||||| |||||    
T  50515536 ggttcaatctcaggtggatcaacatttggggtatcaaccggaacaaccatatatgaaaacagtgc-atgcatagtcaaaaaatgaacacagtttttgtac 50515438  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||||||||| ||||||||| ||| ||| ||||||||  |||||||| | | |  |||||||  || ||||||| | |||||||| |||||||||| ||    
T  50515437 tggtgtagtccggatttcgaattccggaaagcatgaatccagtccggattgcatagtccggaaaggtacagtacagatcatatgacgtgatcaaaaggaa 50515338  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||||| ||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  50515337 atcgcctaaaaaacaaatggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 50515252  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 154; E-Value: 1e-81
Query Start/End: Original strand, 16 - 400
Target Start/End: Original strand, 44713031 - 44713415
Alignment:
Q  16 agaaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgatagga 115  Q
    |||||||||||||||  |||||||| ||||||||||||| ||| ||||| | ||| |||||||||||||||||||||||| ||  |||||||   |||||    
T  44713031 agaaatttcaagtttttgtggtggtggtgggggattctcagatatggcattaccgtaatcatgcacatcttcaagtaaaataagtggcaacacattagga 44713130  T
Q  116 tgttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtac 215  Q
     ||| |||||||  ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||  ||||| || || || |||||||||||||||||||||||||| |||||    
T  44713131 ggttgaatctcatgtggatcaacatttggggcatcaaccggaacaaccatatctgaaaacaatg-caggcatagtcagaaaatgaacacagtttttgtac 44713229  T
Q  216 tagtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaa 314  Q
    | ||| |||||  ||||| || ||| |||||||||||| |||||| || | | |  |||||||  || ||||||| | |||||||| |||||||||| ||    
T  44713230 tggtgcagtcctaatttctaactccggaatgcatgaatctagtccagattgcatagtccggaaaggtacagtacagatcatatgacgtgatcaaaaggaa 44713329  T
Q  315 atcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||| |||| ||| |  | |||||||||||||||| |||||||||||    
T  44713330 atcgcctaaaaaacgaatggggaaaggtttatatacacattacctttgcattcaaccgaaaatgatgatgttaaccccccttgatg 44713415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 116; E-Value: 7e-59
Query Start/End: Original strand, 130 - 400
Target Start/End: Original strand, 45910457 - 45910727
Alignment:
Q  130 tggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactagtgtagtccaga 229  Q
    ||||||| |||||||||||| ||||||||||||||||  ||||| |||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||  |    
T  45910457 tggatcaacatttggggcattaaccggaacaaccatatctgaaaacagtgc-aggcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtactggtgcagtccgaa 45910555  T
Q  230 tttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaacagt-cagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaac 328  Q
    ||||||| ||||||| ||||||||  |||||||| | | |  |||||||  || ||||||| | ||||||||||||||||||| ||||| |||||||||     
T  45910556 tttcgaactccagaacgcatgaatccagtccggattgcatagtccggaaaggtacagtacagatcatatgacatgatcaaaaggaaatcacctaaaaaat 45910655  T
Q  329 gaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    |||||| | |||||||||||| ||||||| |||| ||| || |||||||||||||| ||| |||||||||||    
T  45910656 gaatggggaaaggtttatatatacattacctttgcattcagtcaaaaatgatgatgctaaccccccttgatg 45910727  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 336 - 388
Target Start/End: Original strand, 16768014 - 16768066
Alignment:
Q  336 ggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaa 388  Q
    |||||||||||||||||||||| |||| ||| || | | ||||||||||||||    
T  16768014 ggaaggtttatatacacattacctttgcattcagtcgagaatgatgatgttaa 16768066  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 114; Significance: 1e-57; HSPs: 2)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 114; E-Value: 1e-57
Query Start/End: Original strand, 18 - 400
Target Start/End: Original strand, 18459698 - 18460085
Alignment:
Q  18 aaatttcaagtttcagtggtggtagtgggggattctcggatttggcaattccggaatcatgcacatcttcaagtaaaagaaccggcaacatgataggatg 117  Q
    |||||||||| ||  |||||||| ||||||||||| ||||||||||| |||||  ||||||| |||||||||||||||||| || |||||  |||||| |    
T  18459698 aaatttcaagatttggtggtggtggtgggggattcacggatttggcatttccgtcatcatgcgcatcttcaagtaaaagaagcgtcaacacaataggagg 18459797  T
Q  118 ttcaatctcagctggatcatcatttggggcatcaaccggaacaaccataattgaaatcagtgccaagcatagtcagaaaatgaacacagtttctgtacta 217  Q
    |||| ||| || ||||||||||| |||||||||||| ||||||||||| | ||||| |||||| ||||| ||||| || |||||||||||||||| |||     
T  18459798 ttcattctaaggtggatcatcatgtggggcatcaacaggaacaaccatgactgaaagcagtgcgaagcagagtcaaaagatgaacacagtttctgcactg 18459897  T
Q  218 gtgtagtccagatttcgaaatccagaatgcatgaatgtagtccggaattcgttttccggaac-agtcagtacataccatatgacatgatcaaaagaaaat 316  Q
    ||    |||  | ||| |||||| ||| ||||||||| |||||||| ||    |||| ||||   |||||||| | |||||||| |||||||||| ||||    
T  18459898 gttctatccgaaattcaaaatccggaacgcatgaatgcagtccggatttgaaattccagaacgtttcagtacagatcatatgacgtgatcaaaaggaaat 18459997  T
Q  317 cgcc-taaaaaacgaatggaggaaggt---ttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaatcccccttgatg 400  Q
    ||||  ||||||| ||||| |||||||   ||||||||||||||| |||| ||| || | |||||||||||||||| | |||||||||    
T  18459998 cgccaaaaaaaacaaatgggggaaggtttattatatacacattacctttgcattcagtcgaaaatgatgatgttaacctcccttgatg 18460085  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 52; E-Value: 1e-20
Query Start/End: Original strand, 297 - 388
Target Start/End: Original strand, 24133346 - 24133437
Alignment:
Q  297 tgacatgatcaaaagaaaatcgcctaaaaaacgaatggaggaaggtttatatacacattacatttgaatttagacaaaaatgatgatgttaa 388  Q
    ||||||||||||||| ||| |||||| ||| ||||||  |||||||||||||||||||||| |||||||| || | ||||||||||||||||    
T  24133346 tgacatgatcaaaaggaaagcgcctagaaatcgaatgagggaaggtttatatacacattacctttgaattcagtcgaaaatgatgatgttaa 24133437  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University