View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8607_low_4 (Length: 415)

Name: NF8607_low_4
Description: NF8607
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8607_low_4
NF8607_low_4
[»] chr3 (23 HSPs)
chr3 (14-399)||(55292322-55292707)
chr3 (14-358)||(54973244-54973589)
chr3 (14-358)||(54975854-54976199)
chr3 (14-358)||(54978464-54978809)
chr3 (14-399)||(10554262-10554638)
chr3 (163-399)||(16799640-16799876)
chr3 (163-353)||(603698-603885)
chr3 (163-353)||(15010208-15010395)
chr3 (163-341)||(54046607-54046782)
chr3 (163-354)||(10989622-10989812)
chr3 (163-399)||(2035036-2035263)
chr3 (163-399)||(2038543-2038770)
chr3 (163-399)||(2042284-2042511)
chr3 (163-399)||(14038017-14038244)
chr3 (163-399)||(14041485-14041712)
chr3 (163-399)||(18958736-18958963)
chr3 (200-356)||(39230602-39230756)
chr3 (293-399)||(6805873-6805982)
chr3 (283-344)||(10834231-10834292)
chr3 (293-326)||(9533379-9533412)
chr3 (370-399)||(54973230-54973259)
chr3 (370-399)||(54975840-54975869)
chr3 (370-399)||(54978450-54978479)
[»] chr6 (11 HSPs)
chr6 (14-399)||(8522749-8523135)
chr6 (17-399)||(15686021-15686392)
chr6 (163-399)||(2287966-2288202)
chr6 (163-399)||(15539104-15539340)
chr6 (163-399)||(16829638-16829865)
chr6 (163-399)||(16812618-16812845)
chr6 (163-399)||(16102183-16102410)
chr6 (163-399)||(12595797-12596024)
chr6 (216-399)||(29492595-29492770)
chr6 (283-347)||(23838104-23838168)
chr6 (368-399)||(1590542-1590573)
[»] chr5 (15 HSPs)
chr5 (14-399)||(29325138-29325524)
chr5 (14-399)||(26495703-26496089)
chr5 (163-399)||(4397549-4397776)
chr5 (163-356)||(22758711-22758903)
chr5 (164-399)||(26361136-26361361)
chr5 (239-393)||(23693304-23693450)
chr5 (267-399)||(16256088-16256213)
chr5 (267-399)||(22589885-22590010)
chr5 (267-399)||(22593440-22593565)
chr5 (267-399)||(22596995-22597120)
chr5 (271-399)||(16259725-16259846)
chr5 (264-399)||(43121017-43121144)
chr5 (264-399)||(43124550-43124677)
chr5 (264-320)||(22880138-22880195)
chr5 (53-126)||(27869316-27869390)
[»] chr4 (21 HSPs)
chr4 (14-399)||(41791489-41791875)
chr4 (14-399)||(14698535-14698919)
chr4 (14-399)||(4170843-4171227)
chr4 (16-399)||(53387620-53387997)
chr4 (14-399)||(16278008-16278385)
chr4 (163-356)||(56115656-56115848)
chr4 (163-399)||(286930-287157)
chr4 (163-399)||(15280136-15280362)
chr4 (163-399)||(28382664-28382891)
chr4 (163-399)||(47126878-47127105)
chr4 (163-399)||(16359344-16359572)
chr4 (193-399)||(33848748-33848945)
chr4 (163-399)||(10313555-10313782)
chr4 (264-399)||(31117185-31117312)
chr4 (264-399)||(55502880-55503007)
chr4 (77-160)||(21189768-21189851)
chr4 (283-344)||(24047427-24047488)
chr4 (352-399)||(9388310-9388357)
chr4 (331-399)||(15242314-15242382)
chr4 (302-360)||(15448273-15448331)
chr4 (302-344)||(15990201-15990242)
[»] chr2 (14 HSPs)
chr2 (14-399)||(21241573-21241959)
chr2 (17-399)||(21239026-21239409)
chr2 (14-399)||(24504520-24504906)
chr2 (16-399)||(20591005-20591388)
chr2 (14-358)||(31506024-31506368)
chr2 (15-358)||(31503458-31503801)
chr2 (163-356)||(28348947-28349139)
chr2 (163-353)||(12627942-12628129)
chr2 (163-399)||(41684815-41685042)
chr2 (163-355)||(44620806-44620995)
chr2 (193-399)||(23339249-23339446)
chr2 (264-399)||(31755778-31755905)
chr2 (283-344)||(21073620-21073681)
chr2 (283-347)||(9241856-9241920)
[»] chr7 (24 HSPs)
chr7 (14-399)||(16006235-16006621)
chr7 (14-399)||(21743203-21743587)
chr7 (14-399)||(8776180-8776563)
chr7 (16-399)||(17505687-17506064)
chr7 (16-399)||(17547150-17547527)
chr7 (161-399)||(38828065-38828302)
chr7 (163-358)||(35366101-35366293)
chr7 (163-399)||(13395517-13395744)
chr7 (163-399)||(48785153-48785380)
chr7 (193-355)||(21065238-21065400)
chr7 (163-355)||(13733586-13733774)
chr7 (161-320)||(4993397-4993555)
chr7 (264-399)||(124324-124451)
chr7 (293-399)||(709467-709573)
chr7 (293-399)||(41055512-41055615)
chr7 (293-344)||(14421882-14421933)
chr7 (293-344)||(47975822-47975873)
chr7 (283-344)||(11661204-11661265)
chr7 (293-399)||(16462073-16462176)
chr7 (302-393)||(12755568-12755659)
chr7 (302-399)||(44190789-44190889)
chr7 (302-359)||(14416355-14416412)
chr7 (302-359)||(39431767-39431824)
chr7 (299-347)||(147595-147643)
[»] scaffold0525 (2 HSPs)
scaffold0525 (14-399)||(8988-9374)
scaffold0525 (200-399)||(10963-11154)
[»] chr8 (16 HSPs)
chr8 (14-399)||(45134823-45135209)
chr8 (14-399)||(6608172-6608556)
chr8 (14-358)||(7300980-7301322)
chr8 (14-164)||(21415144-21415294)
chr8 (163-356)||(363828-364020)
chr8 (163-399)||(24707859-24708087)
chr8 (163-356)||(44431901-44432093)
chr8 (200-356)||(22059479-22059633)
chr8 (163-355)||(22145439-22145628)
chr8 (215-399)||(17795238-17795413)
chr8 (267-399)||(17614759-17614884)
chr8 (163-320)||(28853862-28854018)
chr8 (163-279)||(10829505-10829619)
chr8 (370-399)||(7301307-7301336)
chr8 (302-359)||(18024576-18024633)
chr8 (299-347)||(27941716-27941764)
[»] chr1 (16 HSPs)
chr1 (14-358)||(20579321-20579668)
chr1 (161-399)||(2333021-2333258)
chr1 (163-356)||(294075-294267)
chr1 (163-399)||(20631156-20631383)
chr1 (163-399)||(37358312-37358538)
chr1 (200-399)||(36181415-36181606)
chr1 (200-341)||(24087311-24087449)
chr1 (264-355)||(14432505-14432595)
chr1 (267-399)||(22900406-22900531)
chr1 (193-320)||(296431-296558)
chr1 (163-399)||(45307131-45307357)
chr1 (283-344)||(28312446-28312507)
chr1 (293-344)||(20438131-20438182)
chr1 (302-356)||(16400803-16400857)
chr1 (370-399)||(20579307-20579336)
chr1 (370-399)||(20587000-20587029)
[»] scaffold0395 (1 HSPs)
scaffold0395 (163-356)||(8548-8740)
[»] scaffold0586 (1 HSPs)
scaffold0586 (14-160)||(1911-2057)
[»] scaffold0109 (1 HSPs)
scaffold0109 (164-356)||(2379-2570)
[»] scaffold0003 (1 HSPs)
scaffold0003 (163-356)||(137815-138007)
[»] scaffold0023 (1 HSPs)
scaffold0023 (164-324)||(162355-162515)
[»] scaffold0021 (1 HSPs)
scaffold0021 (200-355)||(134057-134209)
[»] scaffold0131 (1 HSPs)
scaffold0131 (215-399)||(1540-1716)
[»] scaffold0141 (1 HSPs)
scaffold0141 (264-399)||(33007-33134)
[»] scaffold0049 (1 HSPs)
scaffold0049 (264-399)||(81678-81805)
[»] scaffold0019 (1 HSPs)
scaffold0019 (283-329)||(132864-132910)
[»] scaffold0337 (1 HSPs)
scaffold0337 (283-344)||(9847-9908)
[»] scaffold0026 (1 HSPs)
scaffold0026 (293-344)||(21170-21221)
[»] scaffold0070 (1 HSPs)
scaffold0070 (302-356)||(8193-8247)
[»] scaffold0453 (1 HSPs)
scaffold0453 (305-399)||(3131-3222)


Alignment Details
Target: chr3 (Bit Score: 358; Significance: 0; HSPs: 23)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 358; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 55292322 - 55292707
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292322 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 55292421  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  55292422 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 55292521  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292522 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 55292621  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  55292622 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 55292707  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 54973589 - 54973244
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54973589 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54973490  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54973489 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54973390  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973389 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54973290  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54973289 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54973244  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #3
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 54976199 - 54975854
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54976199 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54976100  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54976099 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54976000  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975999 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54975900  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54975899 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54975854  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #4
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 54978809 - 54978464
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  54978809 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 54978710  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  54978709 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 54978610  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978609 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 54978510  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  54978509 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 54978464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #5
Raw Score: 301; E-Value: 1e-169
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10554638 - 10554262
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554638 cagagaggatgtttataatgtttattgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 10554539  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||    
T  10554538 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatggataa 10554439  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10554438 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 10554339  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  10554338 ggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 10554262  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #6
Raw Score: 201; E-Value: 1e-109
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16799876 - 16799640
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||||||||||||  || ||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  16799876 tgttgttgttgattgaatatgatttgatgttgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 16799777  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799776 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttaaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 16799677  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16799676 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16799640  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #7
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 353
Target Start/End: Original strand, 603698 - 603885
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || ||||||  ||||||||| ||| ||||||||||| || |||| ||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  603698 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgattgcaggtttatgcttaactgcattcaattagaatatataaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 603795  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  603796 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 603885  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 353
Target Start/End: Original strand, 15010208 - 15010395
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| |||     
T  15010208 tgttgttgttgattgattatgattgt-tgatgattgatggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttga 15010305  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  15010306 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 15010395  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #9
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 54046782 - 54046607
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   || ||||||||||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  54046782 tgttgttgttgattgattatgattgt-tgatgattgttggtttatgcttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 54046685  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  54046684 gagttgtcgttctaagtaacggagtcatagtttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 54046607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #10
Raw Score: 93; E-Value: 4e-45
Query Start/End: Original strand, 163 - 354
Target Start/End: Original strand, 10989622 - 10989812
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |||||||||||| ||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  10989622 tgttgctgttgattgagtatgattgt-tgctgattgttgatttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 10989720  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgtt 354  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||    
T  10989721 caagttgtcgttctaagtaaaggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgtt 10989812  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #11
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 2035036 - 2035263
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2035036 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2035133  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2035134 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2035226  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2035227 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2035263  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #12
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 2038543 - 2038770
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2038543 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2038640  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2038641 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2038733  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2038734 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2038770  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #13
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 2042284 - 2042511
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  2042284 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 2042381  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  2042382 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 2042474  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  2042475 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 2042511  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #14
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 14038244 - 14038017
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14038244 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14038147  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14038146 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14038054  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14038053 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14038017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #15
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 14041712 - 14041485
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  14041712 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 14041615  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  14041614 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 14041522  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14041521 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14041485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #16
Raw Score: 82; E-Value: 1e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 18958963 - 18958736
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || |||| | ||| |||| | ||| ||||||||||| || | ||||| ||||||||||  |||||||| | ||    
T  18958963 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgatcgctggattatacttaattgcattcaattagaatgtacaatatgttggttcgagttgtaag-tggc 18958866  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  18958865 gagttgtcgttctaagtaacgtagttataggttgttgatgttgatctagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 18958773  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  18958772 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 18958736  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #17
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 200 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 39230756 - 39230602
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  39230756 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 39230658  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  39230657 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 39230602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 399
Target Start/End: Original strand, 6805873 - 6805982
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt---tacctatattgtcgttgtcgtagttgagtt 389  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||| ||| ||| |||| |||||   |  ||| ||||||||||  || | ||||||    
T  6805873 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcatagttgttgtcgtcgttgtcgttgtctacattgtcgttgatgttgctgagtt 6805972  T
Q  390 gtatgttgat 399  Q
    ||||||||||    
T  6805973 gtatgttgat 6805982  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #19
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Original strand, 10834231 - 10834292
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| || ||||||||||| |||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  10834231 ggagtcttaagttgttgatgtcgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 10834292  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #20
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 326
Target Start/End: Complemental strand, 9533412 - 9533379
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtca 326  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  9533412 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtca 9533379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #21
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 54973259 - 54973230
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54973259 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54973230  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 54975869 - 54975840
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54975869 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54975840  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 54978479 - 54978450
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  54978479 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 54978450  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 343; Significance: 0; HSPs: 11)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 343; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8523135 - 8522749
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  8523135 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 8523036  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  8523035 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 8522936  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522935 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 8522836  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8522835 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8522749  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 284; E-Value: 1e-159
Query Start/End: Original strand, 17 - 399
Target Start/End: Original strand, 15686021 - 15686392
Alignment:
Q  17 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 116  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15686021 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggatatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 15686120  T
Q  117 gtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatg 216  Q
    |||||||||||||||||| | ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||     |||||||||||||||||||||||||| |    
T  15686121 gtatatgatggttattattgctgttgtctcgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatttg-----ctgctgattgttggtttatgcataaacg 15686215  T
Q  217 cattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggg 316  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  15686216 cattcaattggattatacaagatgttggtgccggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcctaggttgttgatgttgaccaagttggg 15686315  T
Q  317 gagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||      | ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15686316 gagtaagtcataagttattatgcacag------ttgttgtagttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 15686392  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 209; E-Value: 1e-114
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 2287966 - 2288202
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||    
T  2287966 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttggtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttgattcaggttgtaaggttgc 2288065  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288066 aagttgacgttctaagtaacggagtcataggttgttggtgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 2288165  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  2288166 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 2288202  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 193; E-Value: 1e-105
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 15539340 - 15539104
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||||||||||||  ||||||||||| |||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  15539340 tgttgctgttgattgaatatgatttgatgctgattgttagtttatgcataaatgcattccatgggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 15539241  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539240 aagttgtcgttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgacgaagttggggagtaagtgataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttac 15539141  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  15539140 ctatgttgtcgttgtcgtagttgtgttgtatgttgat 15539104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #5
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16829865 - 16829638
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  16829865 tgttgatgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16829768  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| |||||||      ||||||||||| |    
T  16829767 tagttgtcgttataagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtgat-agttattgtgcacag------tcgttgttgttgc 16829675  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16829674 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16829638  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #6
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16812845 - 16812618
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   || ||| ||||||||||| | ||| || |||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  16812845 tgttgttgttgattgattatgattgt-tgatgaatgttggtttatacttaactgtattcaattagaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 16812748  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||||      |||||||| ||| |    
T  16812747 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcaca------atcgttgtcgttgc 16812655  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  16812654 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttttatgatgat 16812618  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16102410 - 16102183
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  16102410 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 16102313  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  16102312 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 16102220  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16102219 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16102183  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #8
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 12596024 - 12595797
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  ||||||| |  | |||||| | ||    
T  12596024 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggtccgagctgtaag-tggc 12595927  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  12595926 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 12595834  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||||||||||||||||||| |||||| ||||    
T  12595833 ctatgttgtcgttgtcgtagttgaggtgtatgctgat 12595797  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #9
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 216 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 29492770 - 29492595
Alignment:
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    |||||||||| || |||||||| ||| ||||| ||||||||| |||  || ||||||| ||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||||    
T  29492770 gcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgggttgtaag-ttgtgagatgtcgttataagtaacggagtcataagttgttgacgttgaccaagttgg 29492672  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| |||| | ||| ||| ||||| |||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  29492671 ggagtgagtcgt-agtcattgtgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 29492595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #10
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 23838168 - 23838104
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 347  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  23838168 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 23838104  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #11
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 368 - 399
Target Start/End: Original strand, 1590542 - 1590573
Alignment:
Q  368 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  1590542 ttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 1590573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 15)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 29325138 - 29325524
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  29325138 cagagaggatgtctgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 29325237  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  29325238 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 29325337  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325338 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 29325437  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  29325438 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 29325524  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 335; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 26496089 - 26495703
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||     
T  26496089 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgtaagatgttgatatgagtcctactc 26495990  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  26495989 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 26495890  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  26495889 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 26495790  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26495789 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 26495703  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 98; E-Value: 4e-48
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4397776 - 4397549
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||| ||||||||| ||||||||| |||     
T  4397776 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattcgaatatacaaggtgttggttcgggttgtaag-ttgt 4397679  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  4397678 gagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 4397586  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4397585 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 4397549  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Original strand, 22758711 - 22758903
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||||| |||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  22758711 tgttgctattgattgagtatgattgt-tgctgattgctggtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 22758809  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  22758810 caagttgtcgttctaagtaatggagtcaaaggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 22758903  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 164 - 399
Target Start/End: Original strand, 26361136 - 26361361
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgca 263  Q
    ||||||||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||      
T  26361136 gttgctgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtg 26361232  T
Q  264 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacc 363  Q
    |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| || ||||||| ||||| |||||| ||||||      ||    
T  26361233 agttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagttat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------cc 26361325  T
Q  364 tatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||| ||||||||| ||||||||||||||||| ||||    
T  26361326 tatgttgtcgttgccgtagttgagttgtatgctgat 26361361  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 76; E-Value: 5e-35
Query Start/End: Original strand, 239 - 393
Target Start/End: Complemental strand, 23693450 - 23693304
Alignment:
Q  239 tgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatg 338  Q
    |||||||||  |||||||| | || |||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||    
T  23693450 tgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacaaagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattatg 23693353  T
Q  339 cacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 393  Q
    ||| |||||| ||||||      |||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  23693352 cacggtcgttgtcgttg------cctatattgtcgctgtcgtagttgagttgtat 23693304  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Original strand, 16256088 - 16256213
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  16256088 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 16256180  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16256181 gttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16256213  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #8
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Original strand, 22589885 - 22590010
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  22589885 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 22589977  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22589978 gttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22590010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Original strand, 22593440 - 22593565
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  22593440 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 22593532  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22593533 gttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22593565  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #10
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Original strand, 22596995 - 22597120
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  22596995 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 22597087  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22597088 gttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22597120  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 271 - 399
Target Start/End: Original strand, 16259725 - 16259846
Alignment:
Q  271 gttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattg 370  Q
    |||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| |||    
T  16259725 gttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttg 16259817  T
Q  371 tcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16259818 tcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16259846  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43121144 - 43121017
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || ||    
T  43121144 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcac 43121054  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43121053 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 43121017  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #13
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 43124677 - 43124550
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || ||    
T  43124677 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcac 43124587  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  43124586 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 43124550  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #14
Raw Score: 46; E-Value: 4e-17
Query Start/End: Original strand, 264 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 22880195 - 22880138
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22880195 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 22880138  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #15
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 53 - 126
Target Start/End: Original strand, 27869316 - 27869390
Alignment:
Q  53 gttgatgaa-caaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatg 126  Q
    ||||||||| |||| | ||| ||| |||||||| |||||||||||||||||||||   |||||||||||||||||    
T  27869316 gttgatgaatcaaaagtggaaataattatatatcatgaaagatgttgatatgagttacacttgttgtatatgatg 27869390  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 21)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41791875 - 41791489
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41791875 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 41791776  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  41791775 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 41791676  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||    
T  41791675 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaggt 41791576  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41791575 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 41791489  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 14698919 - 14698535
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  14698919 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 14698821  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  14698820 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 14698721  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  14698720 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 14698621  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  14698620 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 14698535  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 314; E-Value: 1e-177
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 4171227 - 4170843
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||    
T  4171227 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaaaatgttgatatgagtcctactt 4171129  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  4171128 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 4171029  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  4171028 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 4170929  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  4170928 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 4170843  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 289; E-Value: 1e-162
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Original strand, 53387620 - 53387997
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387620 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 53387719  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||  ||    
T  53387720 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatgcat 53387819  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||||||||| |||||||||    
T  53387820 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagaggatgttgatgttggccaagttgg 53387919  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||| | ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  53387920 ggagtgagtcataagttattatgcacagtcgatgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 53387997  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 265; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 16278008 - 16278385
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  16278008 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgtttatatgagtcctactt 16278107  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    |||||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  16278108 gttgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 16278207  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcg-ttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16278208 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 16278307  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||| ||   | |||||||||||| ||     |||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  16278308 tggggagtgag---tgagttattatgca-ag-----atcgttgtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatgctgat 16278385  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Original strand, 56115656 - 56115848
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  56115656 tgttgctgttgattgagtatgattgt-tgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 56115754  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  56115755 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 56115848  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 287157 - 286930
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  287157 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 287060  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  287059 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 286967  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  286966 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 286930  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 15280136 - 15280362
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  15280136 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 15280232  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  15280233 gagttgtcgttataagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 15280325  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  15280326 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 15280362  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 28382891 - 28382664
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  28382891 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 28382794  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  28382793 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 28382701  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  28382700 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 28382664  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #10
Raw Score: 86; E-Value: 6e-41
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 47126878 - 47127105
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  47126878 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 47126975  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  47126976 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggagagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 47127068  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  47127069 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 47127105  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16359572 - 16359344
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgt--tggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    |||||||||| ||||| ||||||| | || ||| || ||| |||| | ||| ||||||||||| || ||||| || |||  |||||| ||||||||| ||    
T  16359572 tgttgctgttaattgattatgatt-attgatgaatgatggcttatacttaactgcattcaattagaatataccaggtgtgttggttc-ggttgtaag-tt 16359476  T
Q  261 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 360  Q
    |  |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||         
T  16359475 gtgagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg----- 16359382  T
Q  361 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  16359381 -cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 16359344  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #12
Raw Score: 71; E-Value: 5e-32
Query Start/End: Original strand, 193 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 33848945 - 33848748
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcata 291  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  33848945 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 33848847  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| |||| |||||||||||||||||||    
T  33848846 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgttgttgtcgtagttgagttgt 33848756  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #13
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 10313782 - 10313555
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||| |||  |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||   ||||||| | |     
T  10313782 tgttgctgttgattgattatg-tttgttaatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttctaattgtaag-tggt 10313685  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||| |||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||| ||||||||| ||| |      ||||||||||| |    
T  10313684 gagttgtcgttctaagcaacgaagtcataggttgttgatgttgaccaagttgaggagtgagtcat-agttattatacacgg------tcgttgttgttgc 10313592  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||||| |||||||||||| ||||||| ||||    
T  10313591 ctatgttgtcgctgtcgtagttgaattgtatgctgat 10313555  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #14
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Original strand, 31117185 - 31117312
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || ||    
T  31117185 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcac 31117275  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  31117276 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 31117312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #15
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Original strand, 55502880 - 55503007
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || ||    
T  55502880 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcac 55502970  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  55502971 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 55503007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #16
Raw Score: 44; E-Value: 6e-16
Query Start/End: Original strand, 77 - 160
Target Start/End: Original strand, 21189768 - 21189851
Alignment:
Q  77 ttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattatta 160  Q
    |||||| ||||||||||||||||||| |||  |||||||||||||||||| ||||||| |||| || |  ||||||||||||||    
T  21189768 ttatatgttatgaaagatgttgatatcagttatacttgttgtatatgatgattattattgttggtgacttgctgcttattatta 21189851  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #17
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Original strand, 24047427 - 24047488
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  24047427 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 24047488  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #18
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 352 - 399
Target Start/End: Original strand, 9388310 - 9388357
Alignment:
Q  352 gttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9388310 gttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 9388357  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 331 - 399
Target Start/End: Original strand, 15242314 - 15242382
Alignment:
Q  331 ttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||| ||| ||| ||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  15242314 ttatgatgcaaagttgttgtcgttgtcgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttatatgctgat 15242382  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #20
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 360
Target Start/End: Original strand, 15448273 - 15448331
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 360  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | |||||||||    
T  15448273 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgttgtt 15448331  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 15990242 - 15990201
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| ||||||||||||||    
T  15990242 gttgaccaagttgtggagtaagtcataa-ttattatgcacagt 15990201  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 339; Significance: 0; HSPs: 14)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 339; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 21241573 - 21241959
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  21241573 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 21241672  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  21241673 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 21241772  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||    
T  21241773 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagt 21241872  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21241873 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 21241959  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 336; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 17 - 399
Target Start/End: Original strand, 21239026 - 21239409
Alignment:
Q  17 agaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgtt 116  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||    
T  21239026 agaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactcgtt 21239125  T
Q  117 gtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||    
T  21239126 gtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataaat 21239225  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||    
T  21239226 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgatgaccaagttgg 21239325  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21239326 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 21239409  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #3
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 24504906 - 24504520
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  24504906 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgatgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 24504807  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  24504806 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 24504707  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||    
T  24504706 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagt 24504607  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24504606 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 24504520  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #4
Raw Score: 296; E-Value: 1e-166
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Original strand, 20591005 - 20591388
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  20591005 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagattttgatatgagtcctacttgt 20591104  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||    
T  20591105 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataaat 20591204  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591205 gcattcaattggattatacaagatgttggtttaggttgtaaggctgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 20591304  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    |    |  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20591305 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgaaaatgaaaaagttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20591388  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #5
Raw Score: 269; E-Value: 1e-150
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 31506368 - 31506024
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31506368 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctactt 31506269  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  31506268 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 31506169  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    |||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  31506168 atgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 31506069  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31506068 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31506024  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #6
Raw Score: 268; E-Value: 1e-149
Query Start/End: Original strand, 15 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 31503801 - 31503458
Alignment:
Q  15 agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttg 114  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  31503801 agagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaatatgttgatatgagtcctacttg 31503702  T
Q  115 ttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaa 214  Q
    |||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| |||||||| |    
T  31503701 ttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcataca 31503602  T
Q  215 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttg 314  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  31503601 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagttg 31503502  T
Q  315 gggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  31503501 gggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 31503458  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #7
Raw Score: 107; E-Value: 2e-53
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 28349139 - 28348947
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 261  Q
    ||||||||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||| | ||||    
T  28349139 tgttgctgttgattgaatatgattgt-tgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtagaagttg 28349041  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  28349040 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 28348947  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #8
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 353
Target Start/End: Original strand, 12627942 - 12628129
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| ||  ||||||| |||||||||  |||||||| ||||    
T  12627942 tgttgttgttgattgattatgattgt-tgatgattgctggtttatgcttaactgcattcaattagaacatacaaggtgttggttcgagttgtaag-ttgc 12628039  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgt 353  Q
     |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||    
T  12628040 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgt 12628129  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #9
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 41684815 - 41685042
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| | ||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  41684815 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactacattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 41684912  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||| ||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  41684913 gagttgtcgttctaggtaacggagtcataggttgttgacgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 41685005  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  41685006 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 41685042  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #10
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 163 - 355
Target Start/End: Complemental strand, 44620995 - 44620806
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  44620995 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 44620898  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  44620897 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 44620806  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #11
Raw Score: 67; E-Value: 1e-29
Query Start/End: Original strand, 193 - 399
Target Start/End: Original strand, 23339249 - 23339446
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcata 291  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  23339249 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 23339347  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgt 391  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| |||| | |||||||||||||||||    
T  23339348 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgttgctgtcgtagttgagttgt 23339438  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #12
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 31755905 - 31755778
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || ||    
T  31755905 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcac 31755815  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||  ||||||||||||||||||||| ||||    
T  31755814 ctatgttgttattgtcgtagttgagttgtatgctgat 31755778  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #13
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Original strand, 21073620 - 21073681
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21073620 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21073681  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #14
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 283 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 9241920 - 9241856
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 347  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  9241920 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 9241856  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 331; Significance: 0; HSPs: 24)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 331; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16006621 - 16006235
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  16006621 cagagaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagataattatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 16006522  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  16006521 gttgtatatgatggttattattgttgtagtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 16006422  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  16006421 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataagttgttgatgttgaccaagt 16006322  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  16006321 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 16006235  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 21743203 - 21743587
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  21743203 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaa-tgaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 21743301  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  21743302 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 21743401  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  21743402 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 21743501  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  21743502 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 21743587  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 307; E-Value: 1e-173
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 8776563 - 8776180
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||     
T  8776563 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttaatatgagtcctactc 8776464  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| ||   |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  8776463 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcataa 8776366  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776365 atgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 8776266  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  8776265 ggggagtaagtcataagttattattcacagtcgttgtcgttgttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8776180  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Original strand, 17505687 - 17506064
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505687 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17505786  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||    
T  17505787 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17505886  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  17505887 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17505986  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17505987 ggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 17506064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #5
Raw Score: 297; E-Value: 1e-167
Query Start/End: Original strand, 16 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17547527 - 17547150
Alignment:
Q  16 gagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 115  Q
    ||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547527 gagagaatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctacttgt 17547428  T
Q  116 tgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaat 215  Q
    |||||||||||||||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||| ||    
T  17547427 tgtatatgatggttattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgctgttgattgaatatgatttgctactgattgttggtgtatgcatacat 17547328  T
Q  216 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttgg 315  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  17547327 gcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcagagggtgttgatgttgaccaagttgg 17547228  T
Q  316 ggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17547227 ggagtgagtcataagttattctgcacagtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 17547150  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #6
Raw Score: 135; E-Value: 3e-70
Query Start/End: Original strand, 161 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 38828302 - 38828065
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||  |||||| || |||||| ||||||  ||||||||||| || |||||||| ||| |||||  ||||||| |||    
T  38828302 tatgttgctattgattgaatatgatttgttgctgactgctggtttgtgcatagctgcattcaattagaatatacaaggtgtgggttcgagttgtaaagtt 38828203  T
Q  261 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||  ||||| | ||||| |||    
T  38828202 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccatcgttgtggttgtcgtt 38828104  T
Q  361 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     || || ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  38828103 gcccatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 38828065  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #7
Raw Score: 108; E-Value: 4e-54
Query Start/End: Original strand, 163 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 35366293 - 35366101
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    ||||||||||||||||||||||||   || |||||| |||||||||| ||| ||||||||||| || |||||||| |||||||||  |||||||| ||      
T  35366293 tgttgctgttgattgaatatgattgt-tgatgattgctggtttatgcttaattgcattcaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaagttttg 35366195  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  35366194 a-gttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 35366101  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #8
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 13395517 - 13395744
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  13395517 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 13395614  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  13395615 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 13395707  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  13395708 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 13395744  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #9
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 48785380 - 48785153
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  48785380 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 48785283  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  48785282 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 48785190  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  48785189 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 48785153  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #10
Raw Score: 84; E-Value: 9e-40
Query Start/End: Original strand, 193 - 355
Target Start/End: Original strand, 21065238 - 21065400
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 291  Q
    |||||| || ||| ||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  21065238 tgattgctgatttgtgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgcgttgtaaaagttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcata 21065337  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| ||||||    
T  21065338 ggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttg 21065400  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #11
Raw Score: 81; E-Value: 5e-38
Query Start/End: Original strand, 163 - 355
Target Start/End: Original strand, 13733586 - 13733774
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  13733586 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 13733682  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  13733683 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 13733774  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #12
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 161 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 4993555 - 4993397
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    |||||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| |     
T  4993555 tatgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgatggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tg 4993458  T
Q  261 gcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    || |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4993457 gcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 4993397  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #13
Raw Score: 60; E-Value: 2e-25
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Original strand, 124324 - 124451
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | ||||||||||||||      |||||||| || ||    
T  124324 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcaca------atcgttgtcgtcac 124414  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  124415 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 124451  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #14
Raw Score: 43; E-Value: 0.000000000000003
Query Start/End: Original strand, 293 - 399
Target Start/End: Original strand, 709467 - 709573
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 392  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| | ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  709467 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgttgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 709566  T
Q  393 tgttgat 399  Q
    |||||||    
T  709567 tgttgat 709573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #15
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 293 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 41055615 - 41055512
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 392  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| |||   ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  41055615 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtt---gttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgatgagttgta 41055519  T
Q  393 tgttgat 399  Q
    |||||||    
T  41055518 tgttgat 41055512  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #16
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 14421933 - 14421882
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  14421933 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 14421882  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #17
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 344
Target Start/End: Original strand, 47975822 - 47975873
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  47975822 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 47975873  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #18
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 11661265 - 11661204
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttatt-atgcacagt 344  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| |||||||||    
T  11661265 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcata-gttatttatgcacagt 11661204  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #19
Raw Score: 33; E-Value: 0.000000002
Query Start/End: Original strand, 293 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 16462176 - 16462073
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgta 392  Q
    ||||||||| |||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| |||   ||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||    
T  16462176 gttgttgatattgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtt---gttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgta 16462080  T
Q  393 tgttgat 399  Q
    |||||||    
T  16462079 tgttgat 16462073  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #20
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 302 - 393
Target Start/End: Original strand, 12755568 - 12755659
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtat 393  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| || |||| |||  |||  |||||||||  || ||||||||||||    
T  12755568 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcattgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgttgagttgtat 12755659  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #21
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 399
Target Start/End: Original strand, 44190789 - 44190889
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcaca---gtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttga 398  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||   |||||| ||||||| |||  |||  |||||||||  || | |||||||||||||||    
T  44190789 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgtcgttgtcgttgtcgttgtctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttga 44190888  T
Q  399 t 399  Q
    |    
T  44190889 t 44190889  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #22
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 359
Target Start/End: Original strand, 14416355 - 14416412
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 359  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  14416355 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 14416412  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #23
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 359
Target Start/End: Original strand, 39431767 - 39431824
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 359  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  39431767 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 39431824  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7; HSP #24
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 299 - 347
Target Start/End: Complemental strand, 147643 - 147595
Alignment:
Q  299 gatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 347  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  147643 gatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 147595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 2)
Name: scaffold0525
Description:

Target: scaffold0525; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 9374 - 8988
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||  ||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9374 cagagaggatgttggtaaggtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 9275  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||  ||||||||||||||||||||||||    
T  9274 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattgttatatgttgttgttgaattgaatatgattcgctgctgattgttggtttatgcata 9175  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| ||    
T  9174 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaactgagtcataggttgttgatgttgaccatgt 9075  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9074 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 8988  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0525; HSP #2
Raw Score: 85; E-Value: 2e-40
Query Start/End: Original strand, 200 - 399
Target Start/End: Original strand, 10963 - 11154
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10963 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 11061  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||| |      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  11062 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgtcg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 11154  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 319; Significance: 1e-180; HSPs: 16)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 319; E-Value: 1e-180
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 45134823 - 45135209
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  45134823 cagaaaggatgtttgtaatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 45134922  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcata 212  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||    
T  45134923 gttgtatatgatggttattattgttgttgtctcgctgcttattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgcata 45135022  T
Q  213 aatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 312  Q
    |||||||||||||| ||||||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135023 aatgcattcaattgaattatacaagatgttggttcaagtggtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagt 45135122  T
Q  313 tggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||  ||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  45135123 tgggaagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctacgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 45135209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 306; E-Value: 1e-172
Query Start/End: Original strand, 14 - 399
Target Start/End: Original strand, 6608172 - 6608556
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||  |||| |||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||    
T  6608172 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaac-gaggggatagttatataatatgaaagatgttgatatgagtcctactt 6608270  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||| |||||||  |||||||| |||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||| ||||||||     
T  6608271 gttgtatatgatgattattattattgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttgttgattgaatatgatttgctgctgattgttggtgtatgcatac 6608370  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  6608371 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcatagattgttgatgttgaccaagtt 6608470  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  6608471 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgttgttgttgcctatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatgctgat 6608556  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #3
Raw Score: 266; E-Value: 1e-148
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Original strand, 7300980 - 7301322
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    ||||||||| |||| |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  7300980 cagagaggacgtttgtaatgtttaatgacatcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactc 7301079  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataa 213  Q
    ||||||||||||||||||||| || |||||| |||||||| ||||||||||||| ||   |||||||||||||| ||| |||||||||||||||||||||    
T  7301080 gttgtatatgatggttattatggtcgttgtctcgctgcttgttattatatgttgttga--attgaatatgatttgctgttgattgttggtttatgcataa 7301177  T
Q  214 atgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    |||||||||||| |||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  7301178 atgcattcaattagattatacaagatgttagttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttggccaagtt 7301277  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||    
T  7301278 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttgtcgtagttg 7301322  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #4
Raw Score: 99; E-Value: 1e-48
Query Start/End: Original strand, 14 - 164
Target Start/End: Original strand, 21415144 - 21415294
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  21415144 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 21415243  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattatatg 164  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||||||    
T  21415244 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattattatatg 21415294  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #5
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 364020 - 363828
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    |||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  364020 tgttgctgttgattgagtatgattgt-tgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 363922  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  363921 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 363828  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #6
Raw Score: 91; E-Value: 6e-44
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Original strand, 24707859 - 24708087
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaat-atgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttg 261  Q
    |||||||||||||||||| ||||||   || ||| || |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||    
T  24707859 tgttgctgttgattgaattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttcgggttgtaag-ttg 24707956  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 361  Q
      ||||||| || |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |      |||||||||||     
T  24707957 tgagttgtcattataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacgg------tcgttgttgttg 24708049  T
Q  362 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  24708050 cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 24708087  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #7
Raw Score: 79; E-Value: 8e-37
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 44432093 - 44431901
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||| |||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  44432093 tgttgttgttgattgagtatgattgt-tgctgattgatggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 44431995  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||| ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| | ||| |||||||    
T  44431994 caagttgtcgttctaaataacggagtcatatgttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacaattgttgtcgttgt 44431901  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #8
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 200 - 356
Target Start/End: Original strand, 22059479 - 22059633
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| |||| |||||  |||| ||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  22059479 tggtttatacttaactgcattcaattagattgtacaatgtgttagttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 22059577  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| |||||||    
T  22059578 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttgt 22059633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #9
Raw Score: 77; E-Value: 1e-35
Query Start/End: Original strand, 163 - 355
Target Start/End: Original strand, 22145439 - 22145628
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  22145439 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 22145536  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  22145537 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 22145628  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #10
Raw Score: 69; E-Value: 8e-31
Query Start/End: Original strand, 215 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17795413 - 17795238
Alignment:
Q  215 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 313  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  17795413 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagtt 17795315  T
Q  314 ggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| ||| ||||| |||||| |||||||||||||||||||||||||    
T  17795314 ggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttgcctatgttgtcgctgtcgtagttgagttgtatgttgat 17795238  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #11
Raw Score: 62; E-Value: 1e-26
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 17614884 - 17614759
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  17614884 tgtcattctaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 17614792  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     |||||||||||||||| |||||||||| ||||    
T  17614791 gttgtcgttgtcgtagtcgagttgtatgctgat 17614759  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #12
Raw Score: 55; E-Value: 2e-22
Query Start/End: Original strand, 163 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 28854018 - 28853862
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| |||||||| || || | |||||  |||||||||| |||||||| | ||    
T  28854018 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaattgcattcagttagaatgtacaatgtgttggttcaagttgtaag-tggc 28853921  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
      ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  28853920 gggttgtcgtttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagt 28853862  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #13
Raw Score: 41; E-Value: 0.00000000000004
Query Start/End: Original strand, 163 - 279
Target Start/End: Original strand, 10829505 - 10829619
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || |||||| |||||||||||||| | ||  ||||| || |||||||| |||||||||  ||||||| |||||    
T  10829505 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgattgctggtttatgcataactacaaacaattagaatatacaaggtgttggttcgagttgtaa-gttgc 10829602  T
Q  263 aagttgtcgttctaagt 279  Q
     ||||||||||||||||    
T  10829603 gagttgtcgttctaagt 10829619  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #14
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Original strand, 7301307 - 7301336
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  7301307 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 7301336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 302 - 359
Target Start/End: Original strand, 18024576 - 18024633
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgt 359  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||| |||||    
T  18024576 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgtcgttgt 18024633  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #16
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 299 - 347
Target Start/End: Original strand, 27941716 - 27941764
Alignment:
Q  299 gatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgt 347  Q
    |||||||||||||||| ||||||||| |||| |  ||||||||||||||    
T  27941716 gatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagtcgt 27941764  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 255; Significance: 1e-142; HSPs: 16)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 255; E-Value: 1e-142
Query Start/End: Original strand, 14 - 358
Target Start/End: Complemental strand, 20579668 - 20579321
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||     
T  20579668 cagagaggatgtttgtagtgtttaatgacgtcgacttaggtcgatgaacaaatgaggagatagttatatgttatgaaagatgttgatatgagtcctactc 20579569  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattattat---atgttgctgttga-ttgaatatgatttactgctgattgttggtttatgc 209  Q
    ||||||||||||||||||||| ||||| ||| |||| |||||||||||   |||||| |||||| ||||||||||||| |||||||||||||||||||||    
T  20579568 gttgtatatgatggttattattgttgt-gtctcgctacttattattattatatgttgttgttgaattgaatatgatttgctgctgattgttggtttatgc 20579470  T
Q  210 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgacca 309  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||    
T  20579469 ataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcgggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagccataggttgttgatgttggcca 20579370  T
Q  310 agttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttg 358  Q
    |||||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |||| ||||    
T  20579369 agttggggagtaagtcataagttactatgcacagtcgttgtcgtagttg 20579321  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 127; E-Value: 2e-65
Query Start/End: Original strand, 161 - 399
Target Start/End: Original strand, 2333021 - 2333258
Alignment:
Q  161 tatgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt 260  Q
    ||||||||| ||||||||||||| |||  |||||| || |||||| ||||||| ||||||||||| || |||||||| |||  ||||  ||||||| |||    
T  2333021 tatgttgctattgattgaatatgttttgttgctgactgctggtttgtgcataactgcattcaattagaatatacaaggtgtgagttcgagttgtaaagtt 2333120  T
Q  261 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtt 360  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| | ||||| |||    
T  2333121 gcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcaccgtcgttgtggttgtcgtt 2333219  T
Q  361 acctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     |  || ||||||||||||||||| ||||||||| ||||    
T  2333220 gcacatgttgtcgttgtcgtagttaagttgtatgctgat 2333258  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #3
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 294267 - 294075
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgta-aggttg 261  Q
    |||||||||| |||||||||||||   ||||||||| | |||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| |||  ||||  |||||| | ||||    
T  294267 tgttgctgttaattgaatatgattgt-tgctgattgctagtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaagttcgagttgtagaagttg 294169  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  294168 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 294075  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #4
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20631383 - 20631156
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  20631383 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 20631286  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |    
T  20631285 gagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------c 20631193  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  20631192 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 20631156  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #5
Raw Score: 90; E-Value: 2e-43
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 37358538 - 37358312
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   || ||| || |||||||| | ||| |||||||| || || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||     
T  37358538 tgttgctgttgattgattatgattgt-tgatgaatgctggtttatacttaactgcattcagttagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgt 37358442  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
     |||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||      |    
T  37358441 gagttgtcgttataagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg------c 37358349  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  37358348 ctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 37358312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #6
Raw Score: 89; E-Value: 9e-43
Query Start/End: Original strand, 200 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 36181606 - 36181415
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  36181606 tggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 36181508  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  36181507 atgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 36181415  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #7
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 200 - 341
Target Start/End: Complemental strand, 24087449 - 24087311
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||||| ||| | ||||||||| || |||||||| |||||||  || ||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  24087449 tggtttatgcttaactacattcaattagaatatacaaggtgttggtcgag-ttgtaag-ttgcgagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 24087352  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcac 341  Q
    |||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||    
T  24087351 atgttgaccaagttggggagtatgtcat-agttattatgcac 24087311  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #8
Raw Score: 68; E-Value: 3e-30
Query Start/End: Original strand, 264 - 355
Target Start/End: Original strand, 14432505 - 14432595
Alignment:
Q  264 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||    
T  14432505 agttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgatcaagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg 14432595  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #9
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 267 - 399
Target Start/End: Original strand, 22900406 - 22900531
Alignment:
Q  267 tgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctat 366  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||| | ||||||||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      |||||    
T  22900406 tgtcgttccaagtaacggagtcataggtggttgatgttgatcgagttggggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctat 22900498  T
Q  367 attgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
     ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  22900499 gttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 22900531  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #10
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 193 - 320
Target Start/End: Complemental strand, 296558 - 296431
Alignment:
Q  193 tgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcata 291  Q
    |||| |||||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || |||||||||| ||||||||||||||||||    
T  296558 tgatcgttggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgtttctaagtaacggagtcata 296460  T
Q  292 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 320  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||    
T  296459 ggttgttgatgttgaccaagttggggagt 296431  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #11
Raw Score: 61; E-Value: 5e-26
Query Start/End: Original strand, 163 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 45307357 - 45307131
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgc 262  Q
    |||||||||||||||| |||||||   |  |||| | |||||||| | ||| ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | ||    
T  45307357 tgttgctgttgattgattatgattgt-taatgatcgctggtttatacttaactgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggc 45307260  T
Q  263 aagttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgtta 361  Q
     |||||||||| | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| |||     
T  45307259 gagttgtcgtttccaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgttg 45307169  T
Q  362 cctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||| |||| | |||||||||||||||||||| ||||    
T  45307168 cctatgttgttgctgtcgtagttgagttgtatgctgat 45307131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #12
Raw Score: 38; E-Value: 0.000000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 28312507 - 28312446
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  28312507 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 28312446  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #13
Raw Score: 36; E-Value: 0.00000000004
Query Start/End: Original strand, 293 - 344
Target Start/End: Original strand, 20438131 - 20438182
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||||||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  20438131 gttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 20438182  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #14
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 16400857 - 16400803
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    ||||||||||||| | |||||||||||| |  ||||||||||||||| |||||||    
T  16400857 gttgaccaagttgtgaagtaagtcataattatttatgcacagtcgttgtcgttgt 16400803  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #15
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20579336 - 20579307
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20579336 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20579307  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #16
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000001
Query Start/End: Original strand, 370 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 20587029 - 20587000
Alignment:
Q  370 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||    
T  20587029 gtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 20587000  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0395 (Bit Score: 103; Significance: 4e-51; HSPs: 1)
Name: scaffold0395
Description:

Target: scaffold0395; HSP #1
Raw Score: 103; E-Value: 4e-51
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Original strand, 8548 - 8740
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttg 261  Q
    ||||| ||||||||||||||||||   ||||||||| |||||||||| ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  ||||    
T  8548 tgttgttgttgattgaatatgattgt-tgctgattgctggtttatgcttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttg 8646  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  8647 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 8740  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0586 (Bit Score: 95; Significance: 2e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0586
Description:

Target: scaffold0586; HSP #1
Raw Score: 95; E-Value: 2e-46
Query Start/End: Original strand, 14 - 160
Target Start/End: Complemental strand, 2057 - 1911
Alignment:
Q  14 cagagaggatgtttataatgtttaatgacgtcgacttaggttgatgaacaaatgaggagatagttatatattatgaaagatgttgatatgagtcctactt 113  Q
    |||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||| ||| || |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||  |||||    
T  2057 cagagaggatgtatataatgtttaatgacgtcgatttaagttaataaacaaatgaggagatagttaaatattatgaaagatgttgatatgagttatactt 1958  T
Q  114 gttgtatatgatggttattatcgttgttgtcccgctgcttattatta 160  Q
    ||||||||||||| ||||||| ||||||| |  ||||||||||||||    
T  1957 gttgtatatgatgattattattgttgttgacttgctgcttattatta 1911  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0109 (Bit Score: 94; Significance: 9e-46; HSPs: 1)
Name: scaffold0109
Description:

Target: scaffold0109; HSP #1
Raw Score: 94; E-Value: 9e-46
Query Start/End: Original strand, 164 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 2570 - 2379
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 262  Q
    ||||||||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  2570 gttgctgttgattgagtatgattgt-tgctgattgctggtttatgtttaactacattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 2472  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  2471 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 2379  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0003 (Bit Score: 87; Significance: 1e-41; HSPs: 1)
Name: scaffold0003
Description:

Target: scaffold0003; HSP #1
Raw Score: 87; E-Value: 1e-41
Query Start/End: Original strand, 163 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 138007 - 137815
Alignment:
Q  163 tgttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggtt-g 261  Q
    |||||||||||||||| |||||||   ||||||||| |||||||||  ||| | ||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  || |    
T  138007 tgttgctgttgattgagtatgattgt-tgctgattgctggtttatgtttaacttcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaatttg 137909  T
Q  262 caagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    |||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||| ||| |||||||    
T  137908 caagttgtcgttctaagtaatggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcat-agttattatgcacagttgttgtcgttgt 137815  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0023 (Bit Score: 78; Significance: 3e-36; HSPs: 1)
Name: scaffold0023
Description:

Target: scaffold0023; HSP #1
Raw Score: 78; E-Value: 3e-36
Query Start/End: Original strand, 164 - 324
Target Start/End: Complemental strand, 162515 - 162355
Alignment:
Q  164 gttgctgttgattgaatatgatttactgctgattgttggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaag-gttgc 262  Q
    ||||||||||||||| |||||||   ||||||||| | |||||||  ||| ||||||| ||| || || ||||| ||| |||||  |||||||  |||||    
T  162515 gttgctgttgattgattatgattgt-tgctgattgctagtttatgtttaactgcattccattagaatacacaaggtgtaggttcgagttgtaaaagttgc 162417  T
Q  263 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 324  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  162416 aagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagt 162355  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0021 (Bit Score: 72; Significance: 1e-32; HSPs: 1)
Name: scaffold0021
Description:

Target: scaffold0021; HSP #1
Raw Score: 72; E-Value: 1e-32
Query Start/End: Original strand, 200 - 355
Target Start/End: Original strand, 134057 - 134209
Alignment:
Q  200 tggtttatgcataaatgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttg 299  Q
    |||||||| | ||| ||||||||||| || |||||||  ||||||||| ||||||||| |||  |||||||||| |||| ||||||||||||||||||||    
T  134057 tggtttatacttaactgcattcaattagaatatacaatgtgttggttc-ggttgtaag-ttgtgagttgtcgttataagaaacggagtcataggttgttg 134154  T
Q  300 atgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttg 355  Q
    ||||||||||||||||||||| |||||| ||||||| ||||| |||||| ||||||    
T  134155 atgttgaccaagttggggagtgagtcat-agttattgtgcacggtcgttgtcgttg 134209  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0131 (Bit Score: 66; Significance: 5e-29; HSPs: 1)
Name: scaffold0131
Description:

Target: scaffold0131; HSP #1
Raw Score: 66; E-Value: 5e-29
Query Start/End: Original strand, 215 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 1716 - 1540
Alignment:
Q  215 tgcattcaattggattatacaagatgttggttcaggttgtaaggttgcaagttgtcgttctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttg 314  Q
    ||||||||||| || | |||||  |||||||||  |||||||| | || ||||||||||||||||||||||||| ||||| | ||||||||| | ||||     
T  1716 tgcattcaattagaatgtacaatgtgttggttcgagttgtaag-tggcgagttgtcgttctaagtaacggagtcttaggtgggtgatgttgatcgagttt 1618  T
Q  315 gggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||| |||||| ||||||||||||| |||||| ||||||      ||||| ||||||||||||||||||||||||||| ||||    
T  1617 gggagtgagtcat-agttattatgcacggtcgttgtcgttg------cctatgttgtcgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 1540  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0141 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0141
Description:

Target: scaffold0141; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 33134 - 33007
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || ||    
T  33134 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcac 33044  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  33043 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 33007  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0049 (Bit Score: 56; Significance: 4e-23; HSPs: 1)
Name: scaffold0049
Description:

Target: scaffold0049; HSP #1
Raw Score: 56; E-Value: 4e-23
Query Start/End: Original strand, 264 - 399
Target Start/End: Original strand, 81678 - 81805
Alignment:
Q  264 agttgtcgtt-ctaagtaacggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttac 362  Q
    |||||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||   | |||||||||||||       |||||||| || ||    
T  81678 agttgtcgtttctaagtaacagagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtgag---tgagttattatgcac------gatcgttgtcgtcac 81768  T
Q  363 ctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||| |||| |||||||||||||||||||||| ||||    
T  81769 ctatgttgttgttgtcgtagttgagttgtatgctgat 81805  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0019 (Bit Score: 35; Significance: 0.0000000002; HSPs: 1)
Name: scaffold0019
Description:

Target: scaffold0019; HSP #1
Raw Score: 35; E-Value: 0.0000000002
Query Start/End: Original strand, 283 - 329
Target Start/End: Complemental strand, 132910 - 132864
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataa 329  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||||||||    
T  132910 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagtcataa 132864  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0337 (Bit Score: 34; Significance: 0.0000000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0337
Description:

Target: scaffold0337; HSP #1
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000006
Query Start/End: Original strand, 283 - 344
Target Start/End: Original strand, 9847 - 9908
Alignment:
Q  283 ggagtcataggttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| || |||||||||||||||||||||| ||||||||| |||| |  |||||||||||    
T  9847 ggagtcttaagttgttgatgttgaccaagttgtggagtaagttataattatttatgcacagt 9908  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0026 (Bit Score: 32; Significance: 0.000000009; HSPs: 1)
Name: scaffold0026
Description:

Target: scaffold0026; HSP #1
Raw Score: 32; E-Value: 0.000000009
Query Start/End: Original strand, 293 - 344
Target Start/End: Complemental strand, 21221 - 21170
Alignment:
Q  293 gttgttgatgttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagt 344  Q
    |||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| |  |||||||||||    
T  21221 gttgttaatgttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagt 21170  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0070 (Bit Score: 31; Significance: 0.00000004; HSPs: 1)
Name: scaffold0070
Description:

Target: scaffold0070; HSP #1
Raw Score: 31; E-Value: 0.00000004
Query Start/End: Original strand, 302 - 356
Target Start/End: Complemental strand, 8247 - 8193
Alignment:
Q  302 gttgaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgt 356  Q
    ||||||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||| |||||||    
T  8247 gttgaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttgtcgttgt 8193  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: scaffold0453 (Bit Score: 29; Significance: 0.0000006; HSPs: 1)
Name: scaffold0453
Description:

Target: scaffold0453; HSP #1
Raw Score: 29; E-Value: 0.0000006
Query Start/End: Original strand, 305 - 399
Target Start/End: Complemental strand, 3222 - 3131
Alignment:
Q  305 gaccaagttggggagtaagtcataagttattatgcacagtcgttatcgttgttgttacctatattgtcgttgtcgtagttgagttgtatgttgat 399  Q
    |||||||||| |||||||||||||| |  ||||||||||| ||||| || |||||   |||  |||||||||  || | ||||||||||||||||    
T  3222 gaccaagttgtggagtaagtcataattatttatgcacagttgttattgtcgttgt---ctacgttgtcgttgatgttgctgagttgtatgttgat 3131  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University