View Alignment
This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.
| Legend |
| | Query |
| | Query hiting target |
| Query hiting target's complemental strand |
| | Query's complemental strand hiting target |
| Query's complemental strand hiting target's complemental strand |
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Alignment Overview
Query: NF8620_1 (Length: 608)
Name: NF8620_1
Description: NF8620
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)
| [»] NF8620_1 |
 | |
|
Alignment Details
Target: chr7 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 4)
Name: chr7
Description:
Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 14813165 - 14812581
Alignment:
| Q |
1 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
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| T |
14813165 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
14813066 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccgtaagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaa |
200 |
Q |
| |
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|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14813065 |
gattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaa |
14812966 |
T |
|
| Q |
201 |
ttctctttcttgacaatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatct |
300 |
Q |
| |
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| T |
14812965 |
ctctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatct |
14812866 |
T |
|
| Q |
301 |
ctatgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtat |
400 |
Q |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
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| T |
14812865 |
c--tgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatat |
14812768 |
T |
|
| Q |
401 |
gatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
500 |
Q |
| |
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| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812767 |
g--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
14812670 |
T |
|
| Q |
501 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
589 |
Q |
| |
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||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14812669 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
14812581 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #2
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Complemental strand, 15260160 - 15259576
Alignment:
| Q |
1 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
100 |
Q |
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|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
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|
| T |
15260160 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctacggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
15260061 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccgtaagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaa |
200 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15260060 |
gattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaa |
15259961 |
T |
|
| Q |
201 |
ttctctttcttgacaatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatct |
300 |
Q |
| |
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|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
15259960 |
ctctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatct |
15259861 |
T |
|
| Q |
301 |
ctatgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtat |
400 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
15259860 |
c--tgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatat |
15259763 |
T |
|
| Q |
401 |
gatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
500 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259762 |
g--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
15259665 |
T |
|
| Q |
501 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
589 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| ||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
15259664 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
15259576 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14749996 - 14749959
Alignment:
| Q |
140 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
177 |
Q |
| |
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||||||| ||||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
14749996 |
aaggagactattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
14749959 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr7; HSP #4
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 177
Target Start/End: Complemental strand, 14757915 - 14757878
Alignment:
| Q |
140 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
177 |
Q |
| |
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|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
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|
| T |
14757915 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
14757878 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5 (Bit Score: 511; Significance: 0; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:
Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 511; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 1 - 589
Target Start/End: Original strand, 17521015 - 17521599
Alignment:
| Q |
1 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
100 |
Q |
| |
|
|||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521015 |
tgagttccaaaagttaagtgaatattgtgattgtggcgattatctatggaaagctgagaatcatttgattaaaggattgattagagtgaaccactacttg |
17521114 |
T |
|
| Q |
101 |
gattccgtaagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaa |
200 |
Q |
| |
|
|||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521115 |
gattccataagtcaaaagaagatttataatgcaatgtacaaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccggatagaaaattcttggttagtaa |
17521214 |
T |
|
| Q |
201 |
ttctctttcttgacaatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactccttacaatacagaaagtagtgaatct |
300 |
Q |
| |
|
|||||||||| | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
17521215 |
ctctctttcttaataatagatatgaagatttgagaaacttgtaccagattttctctacatatcctaatggactctttacaatacagaaagtagcgaatct |
17521314 |
T |
|
| Q |
301 |
ctatgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataagtat |
400 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| |
|
|
| T |
17521315 |
c--tgttagaaacacaggtgaaaagtttgtaaaagatccaaaaaggttaaaggatcctatgatttttgttcaagaacttttggacatgaaagataaatat |
17521412 |
T |
|
| Q |
401 |
gatatagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
500 |
Q |
| |
|
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17521413 |
g--atagtatattaaacttggcatttaatcatgatgaagaattccatggagtgctggactcatcatttgagtacattattaacttgaatcacaatttgcc |
17521510 |
T |
|
| Q |
501 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaacgaagtagtgtggaaattattcttgacaaggtgatgatgt |
589 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||||||||||||||||| |||||| |
|
|
| T |
17521511 |
agagtttctttcgtcgttcttggatgtcaaattaaggaaaggtttcgaaggaaatagtgaggaaattattcttgacaaggtggtgatgt |
17521599 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 37; E-Value: 0.00000000001
Query Start/End: Original strand, 140 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 17621964 - 17621904
Alignment:
| Q |
140 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatccacataggaaattcttggttagtaa |
200 |
Q |
| |
|
||||||||||||||||| ||||||||||||||||||| || | ||||||| ||||||||| |
|
|
| T |
17621964 |
aaggagattattgaaaatgacatgcttagattaatccatatggaaaattctgggttagtaa |
17621904 |
T |
|
Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000002
Query Start/End: Original strand, 140 - 177
Target Start/End: Original strand, 17570620 - 17570657
Alignment:
| Q |
140 |
aaggagattattgaaaaccacatgcttagattaatcca |
177 |
Q |
| |
|
|||||||| |||||||| |||||||||||||||||||| |
|
|
| T |
17570620 |
aaggagatgattgaaaatcacatgcttagattaatcca |
17570657 |
T |
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Back To:
[ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]
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