View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8626_high_15 (Length: 239)

Name: NF8626_high_15
Description: NF8626
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8626_high_15
NF8626_high_15
[»] chr5 (7 HSPs)
chr5 (1-223)||(10048336-10048558)
chr5 (1-222)||(10872405-10872623)
chr5 (1-222)||(10877476-10877694)
chr5 (1-222)||(10882547-10882765)
chr5 (30-222)||(10867689-10867881)
chr5 (30-222)||(10886488-10886680)
chr5 (30-222)||(39677383-39677575)
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (59-222)||(30707490-30707653)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 215; Significance: 1e-118; HSPs: 7)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 215; E-Value: 1e-118
Query Start/End: Original strand, 1 - 223
Target Start/End: Complemental strand, 10048558 - 10048336
Alignment:
Q  1 tatttatctcacaattgtggttttgtcagctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgccca 100  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10048558 tatttatctcacaattgtggttttgtcagctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgccca 10048459  T
Q  101 gctgcaattgcagacataagtgagagctctcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactag 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  10048458 gctgcaattgcagacataagtgagagttctcctgcaagaactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactag 10048359  T
Q  201 cacccttaacaccaagtaaattc 223  Q
    |||||||||||||||||||||||    
T  10048358 cacccttaacaccaagtaaattc 10048336  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 10872405 - 10872623
Alignment:
Q  1 tatttatctcacaattgtggttttgtcagctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgccca 100  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  10872405 tatttacctcacaattgtggtattgtc---tcatgaagcaactttggtgacatctttattcgatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagctgcccg 10872501  T
Q  101 gctgcaattgcagacataagtgagagctctcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10872502 gctgcaattgcagacatgagtgagagctctcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactag 10872601  T
Q  201 cacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  10872602 ctcctttaacaccaagtaaatt 10872623  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 10877476 - 10877694
Alignment:
Q  1 tatttatctcacaattgtggttttgtcagctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgccca 100  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  10877476 tatttacctcacaattgtggtattgtc---tcatgaagcaactttggtgacatctttattcgatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagctgcccg 10877572  T
Q  101 gctgcaattgcagacataagtgagagctctcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10877573 gctgcaattgcagacatgagtgagagctctcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactag 10877672  T
Q  201 cacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  10877673 ctcctttaacaccaagtaaatt 10877694  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #4
Raw Score: 140; E-Value: 2e-73
Query Start/End: Original strand, 1 - 222
Target Start/End: Original strand, 10882547 - 10882765
Alignment:
Q  1 tatttatctcacaattgtggttttgtcagctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgccca 100  Q
    |||||| |||||||||||||| |||||   |||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || |||||||||||     
T  10882547 tatttacctcacaattgtggtattgtc---tcatgaagcaactttggtgacatctttattcgatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagctgcccg 10882643  T
Q  101 gctgcaattgcagacataagtgagagctctcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactag 200  Q
    ||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||    
T  10882644 gctgcaattgcagacatgagtgagagctctcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactag 10882743  T
Q  201 cacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    | || |||||||||||||||||    
T  10882744 ctcctttaacaccaagtaaatt 10882765  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #5
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 10867881 - 10867689
Alignment:
Q  30 ctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgcccagctgcaattgcagacataagtgagagctc 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10867881 ctcatgaagcaactttggtgacatctttatttgatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagttgcccggctgcaattgcagacatgagtgagagctc 10867782  T
Q  130 tcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactagcacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  10867781 tcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatt 10867689  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #6
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 222
Target Start/End: Original strand, 10886488 - 10886680
Alignment:
Q  30 ctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgcccagctgcaattgcagacataagtgagagctc 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||| ||||||||||||||||| |||||||||||    
T  10886488 ctcatgaagcaactttggtgacatctttatttgatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagttgcccggctgcaattgcagacatgagtgagagctc 10886587  T
Q  130 tcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactagcacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||| ||||||||||| || |||||||||||||||||    
T  10886588 tcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccagttgcctggaatttgctcctggagtctctttactagctcctttaacaccaagtaaatt 10886680  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #7
Raw Score: 129; E-Value: 7e-67
Query Start/End: Original strand, 30 - 222
Target Start/End: Complemental strand, 39677575 - 39677383
Alignment:
Q  30 ctcatgaagtaactttggtgacatctttactagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgcccagctgcaattgcagacataagtgagagctc 129  Q
    ||||||||| ||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||| || |||||||||||||||||||| ||||| |||||    
T  39677575 ctcatgaagcaactttggtgacatctttattagatctgttgtatttcatgtggcttttaacaagttgaccagctgcaattgcagacatgagtgaaagctc 39677476  T
Q  130 tcctgcaaggactgaaccggctacaatagttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactagcacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    |||||||||||||||||| ||||| |||||||||||||||||||| |||||||||||| | ||||||||||| |||||||| |||||||||||    
T  39677475 tcctgcaaggactgaaccagctactatagttgccaattgcctagagtttgctcctggactctctttactagctcccttaactccaagtaaatt 39677383  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 60; Significance: 1e-25; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 60; E-Value: 1e-25
Query Start/End: Original strand, 59 - 222
Target Start/End: Original strand, 30707490 - 30707653
Alignment:
Q  59 ctagatctattgtatttcatgtggctctttacaagctgcccagctgcaattgcagacataagtgagagctctcctgcaaggactgaaccggctacaatag 158  Q
    |||||||| || ||||||||||| ||||| || || || |||||||||||||||||||| ||||| ||||| || ||||| || ||||| ||||| || |    
T  30707490 ctagatctgttatatttcatgtgactcttaactagttgtccagctgcaattgcagacatgagtgatagctcgccggcaagtaccgaaccagctacgatgg 30707589  T
Q  159 ttgccaattgcctagaatttgctcctggagtttctttactagcacccttaacaccaagtaaatt 222  Q
    | |||||| |||||| |||||| ||||||| |||| |  | || ||||||||||||||||||||    
T  30707590 tggccaatagcctagcatttgcacctggagattctgtgttggcgcccttaacaccaagtaaatt 30707653  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University