View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8626_low_22 (Length: 235)

Name: NF8626_low_22
Description: NF8626
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8626_low_22
NF8626_low_22
[»] chr5 (3 HSPs)
chr5 (1-219)||(41721320-41721538)
chr5 (1-217)||(34354920-34355136)
chr5 (1-171)||(7778168-7778338)
[»] chr4 (5 HSPs)
chr4 (1-219)||(48699010-48699228)
chr4 (1-219)||(42268813-42269031)
chr4 (1-219)||(30947372-30947590)
chr4 (5-194)||(2001791-2001980)
chr4 (79-190)||(30165462-30165573)
[»] chr3 (2 HSPs)
chr3 (1-219)||(5820464-5820682)
chr3 (1-186)||(42587858-42588043)
[»] chr8 (2 HSPs)
chr8 (1-219)||(9441280-9441498)
chr8 (1-194)||(24595705-24595898)
[»] chr2 (2 HSPs)
chr2 (1-219)||(828389-828607)
chr2 (1-200)||(13842064-13842263)
[»] chr6 (4 HSPs)
chr6 (1-219)||(26978082-26978300)
chr6 (1-219)||(27875898-27876116)
chr6 (1-218)||(18148394-18148611)
chr6 (1-171)||(8565188-8565358)
[»] chr7 (1 HSPs)
chr7 (3-214)||(2324789-2324999)
[»] chr1 (2 HSPs)
chr1 (3-187)||(34972298-34972482)
chr1 (28-171)||(11926865-11927008)


Alignment Details
Target: chr5 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 3)
Name: chr5
Description:

Target: chr5; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 41721320 - 41721538
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  41721320 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 41721419  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  41721420 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 41721519  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  41721520 ggttgtcagacttactact 41721538  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #2
Raw Score: 205; E-Value: 1e-112
Query Start/End: Original strand, 1 - 217
Target Start/End: Original strand, 34354920 - 34355136
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  34354920 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 34355019  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  34355020 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 34355119  T
Q  201 ggttttcagacttacta 217  Q
    |||| ||||||||||||    
T  34355120 ggttgtcagacttacta 34355136  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr5; HSP #3
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 7778338 - 7778168
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||| || |||||||||||| |||| ||||  ||||||||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  7778338 catgaagatatgaaggacttacatagaaacaagacatgtgatcttgttgaactttcaaaaggtcaaaaagccattcgaaacaaatggatatacaagatca 7778239  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaa 171  Q
    || |||| || | |||| ||||||||| ||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||||| ||||||    
T  7778238 aatgtgagggtagtgatgaagtggaaccgtatcgtccaagaccggtggtaaaataatatgctcataaagaa 7778168  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 5)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 48699228 - 48699010
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  48699228 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 48699129  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  48699128 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 48699029  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  48699028 ggttgtcagacttactact 48699010  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 42268813 - 42269031
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  42268813 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 42268912  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  42268913 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaaggctggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 42269012  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  42269013 ggttgtcagacttactact 42269031  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 191; E-Value: 1e-104
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 30947590 - 30947372
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| | || ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||| |||||||    
T  30947590 catgaagaaatggaggccttacgtaagaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcgaaaagccattggaaacaaatgggtatataagatca 30947491  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  30947490 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 30947391  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  30947390 ggttgtcagacttactact 30947372  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 5 - 194
Target Start/End: Original strand, 2001791 - 2001980
Alignment:
Q  5 aagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaaacg 104  Q
    |||||||||| ||||| ||||| ||||| |  ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||||||    
T  2001791 aagaaatggaagccttacatagaaacaaaagttgggaacttgttcaacttcccaagggtcggaaagccatcgggaacaaatgggtatacaagatcaaacg 2001890  T
Q  105 tgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatatt 194  Q
     ||| | ||||||||||| ||||| |||||||||||| |||| || ||||| ||||||||||||||| ||||||| |||||||| |||||    
T  2001891 agatagtaatgatcaagtagaacgatatcgtgcaagattggtggttaaagggtatgctcagaaagaatgtattgatttcaatgaaatatt 2001980  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 48; E-Value: 1e-18
Query Start/End: Original strand, 79 - 190
Target Start/End: Original strand, 30165462 - 30165573
Alignment:
Q  79 aacaaatgggtatacaagatcaaacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattg 178  Q
    |||||||||||||||||||||| || |||||||||||| |||||||||   ||| ||||||||||  | || |||  ||||||||| |||||| ||||||    
T  30165462 aacaaatgggtatacaagatcacacatgatggcaatgaccaagtggaaatatattgtgcaagactaatggtcaaataatatgctcaaaaagaatgtattg 30165561  T
Q  179 acttcaatgaga 190  Q
    ||||| ||||||    
T  30165562 acttccatgaga 30165573  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3 (Bit Score: 207; Significance: 1e-113; HSPs: 2)
Name: chr3
Description:

Target: chr3; HSP #1
Raw Score: 207; E-Value: 1e-113
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 5820682 - 5820464
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5820682 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 5820583  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  5820582 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 5820483  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  5820482 ggttgtcagacttactact 5820464  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr3; HSP #2
Raw Score: 98; E-Value: 2e-48
Query Start/End: Original strand, 1 - 186
Target Start/End: Original strand, 42587858 - 42588043
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||| ||||||||||||||    
T  42587858 catgaagaaatggaagccttacatagaaacaaaacttgggaacttgttcaacttcccaagggtcggaaagccatcgggaacaaataggtatacaagatca 42587957  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaat 186  Q
    |||| ||| | ||||||||||| ||||| ||||||||||||||||| || ||||| |||||||| ||||||||||| || ||||||    
T  42587958 aacgagatagtaatgatcaagtagaacgatatcgtgcaagactggtggttaaagggtatgctcaaaaagaaggtatagatttcaat 42588043  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 9441498 - 9441280
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  9441498 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 9441399  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  9441398 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaaggctggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 9441299  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  9441298 ggttgtcagacttactact 9441280  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr8; HSP #2
Raw Score: 102; E-Value: 9e-51
Query Start/End: Original strand, 1 - 194
Target Start/End: Complemental strand, 24595898 - 24595705
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||| ||||| ||||| ||||| || ||||| |||||| ||||||| ||||||||||||||||| || ||||||||||||||||||||||    
T  24595898 catgaagaaatggaagccttacatagaaacaaaacttgggaacttgtttaacttcccaagggtcggaaagccatcgggaacaaatgggtatacaagatca 24595799  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatatt 194  Q
    |||| ||| | ||||||||| | ||||| ||||||||||||||||| || ||||| ||||||||||||||| |||| || |||||||| |||||    
T  24595798 aacgagatagtaatgatcaaatagaacgatatcgtgcaagactggtggttaaagggtatgctcagaaagaaagtatagatttcaatgaaatatt 24595705  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2 (Bit Score: 203; Significance: 1e-111; HSPs: 2)
Name: chr2
Description:

Target: chr2; HSP #1
Raw Score: 203; E-Value: 1e-111
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Original strand, 828389 - 828607
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  828389 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 828488  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  828489 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggaatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 828588  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  828589 ggttgtcagacttactact 828607  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr2; HSP #2
Raw Score: 88; E-Value: 2e-42
Query Start/End: Original strand, 1 - 200
Target Start/End: Complemental strand, 13842263 - 13842064
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||  | ||||| ||||| ||||||||| | || ||||||||||||| ||||| ||| ||| |||| | |||||||||| |||||||||| |    
T  13842263 catgaagaaattaaagccttacatagaaacaagacaagagatcttgttgaacttctaaaggctcgaaaatccatcgaaaacaaatggatatacaagataa 13842164  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    || ||||||| ||||||||||||  ||| |||||||||||| || |||| ||||||||| ||||||||  ||||||||| ||||||||||||||||||||    
T  13842163 aatgtgatggaaatgatcaagtgagacgatatcgtgcaagattgattgtcaaaggatatactcagaaaagaggtattgatttcaatgagatattttctct 13842064  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6 (Bit Score: 199; Significance: 1e-108; HSPs: 4)
Name: chr6
Description:

Target: chr6; HSP #1
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 26978300 - 26978082
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  26978300 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 26978201  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||     
T  26978200 aacgtaatggcaatgataaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctcc 26978101  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  26978100 ggttgtcagacttactact 26978082  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #2
Raw Score: 199; E-Value: 1e-108
Query Start/End: Original strand, 1 - 219
Target Start/End: Complemental strand, 27876116 - 27875898
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  27876116 catgaagaaatggaggccttacataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 27876017  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||      
T  27876016 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggaatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctac 27875917  T
Q  201 ggttttcagacttactact 219  Q
    |||| ||||||||||||||    
T  27875916 ggttgtcagacttactact 27875898  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #3
Raw Score: 90; E-Value: 1e-43
Query Start/End: Original strand, 1 - 218
Target Start/End: Complemental strand, 18148611 - 18148394
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||||||||||||| | || || ||||||||||||||||||||| ||||| |||||||||  |||| ||||||||| |||||   |||| ||||||    
T  18148611 catgaagaaatggaggccctacaaagaaacaagacatgggagcttgttaaactttcaaagggtcaaaaagacattggaaagaaatgaacatacgagatca 18148512  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctct 200  Q
    ||| |||| | ||||||| ||| ||||  |||||||||||||| |||| |||||||||| || ||| ||||||| ||||||| ||||||||||||||||     
T  18148511 aacatgattgtaatgatctagttgaacaatatcgtgcaagactagttgcaaaaggatattcttagacagaaggtgttgactttaatgagatattttctcc 18148412  T
Q  201 ggttttcagacttactac 218  Q
    |||| | ||||| |||||    
T  18148411 ggttgttagactcactac 18148394  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr6; HSP #4
Raw Score: 71; E-Value: 3e-32
Query Start/End: Original strand, 1 - 171
Target Start/End: Original strand, 8565188 - 8565358
Alignment:
Q  1 catgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatca 100  Q
    |||||||| ||| ||| ||| ||||| ||||||||||| |||||||||||||||||||| ||||  |||| |||| ||||||||||| ||||||||||||    
T  8565188 catgaagatatgaaggacttacatagaaacaagacatgtgagcttgttgaacttccaaaaggtcaaaaagtcattcgaaacaaatggatatacaagatca 8565287  T
Q  101 aacgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaa 171  Q
    || |||| ||   |||||||||| ||| ||||||| ||||||| || |||||   ||||||||||||||||    
T  8565288 aatgtgagggttgtgatcaagtgaaaccgtatcgtccaagactcgtggtaaattaatatgctcagaaagaa 8565358  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr7 (Bit Score: 132; Significance: 1e-68; HSPs: 1)
Name: chr7
Description:

Target: chr7; HSP #1
Raw Score: 132; E-Value: 1e-68
Query Start/End: Original strand, 3 - 214
Target Start/End: Complemental strand, 2324999 - 2324789
Alignment:
Q  3 tgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaaa 102  Q
    |||||||||||||||||| ||||| ||||||| | |||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||| || |||||||||||    
T  2324999 tgaagaaatggaggccttacatagaaacaagataggggaacttgttgaacttccaaagggacggaaagccattggaaacaaatggatagacaagatcaaa 2324900  T
Q  103 cgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatgagatattttctctgg 202  Q
    |||||||| |||||||||||||||||||||||| ||||| || | |||||||||||| ||||||||||||||||||||||  |||||||||||| || ||    
T  2324899 cgtgatggaaatgatcaagtggaacggtatcgttcaagattgatggtaaaaggatatactcagaaagaaggtattgactttgatgagatatttt-tccgg 2324801  T
Q  203 ttttcagactta 214  Q
    || |||||||||    
T  2324800 ttgtcagactta 2324789  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 89; Significance: 5e-43; HSPs: 2)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 89; E-Value: 5e-43
Query Start/End: Original strand, 3 - 187
Target Start/End: Original strand, 34972298 - 34972482
Alignment:
Q  3 tgaagaaatggaggccttgcataggaacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaaa 102  Q
    ||||||||| || |||||  ||||  ||||||||||  ||||||||||||||||||||||||| |||| |||| |||||||||||| || ||||||||||    
T  34972298 tgaagaaatagaagccttatatagatacaagacatgatagcttgttgaacttccaaagggtcgaaaagtcattagaaacaaatgggcatgcaagatcaaa 34972397  T
Q  103 cgtgatggcaatgatcaagtggaacggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaaggtattgacttcaatg 187  Q
    |||  || |||||||||||||||||  |||| |||||||||  | ||||||| ||||||||| ||||||||||||||||||||||    
T  34972398 cgtcgtgacaatgatcaagtggaacaatatcatgcaagactactggtaaaagtatatgctcataaagaaggtattgacttcaatg 34972482  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1; HSP #2
Raw Score: 84; E-Value: 5e-40
Query Start/End: Original strand, 28 - 171
Target Start/End: Complemental strand, 11927008 - 11926865
Alignment:
Q  28 aacaagacatgggagcttgttgaacttccaaagggtcggaaagccattggaaacaaatgggtatacaagatcaaacgtgatggcaatgatcaagtggaac 127  Q
    ||||||||||| |||||||||||||||||||| |||| |||||||||| ||||||||||| |||||||||||||| |||| || | ||||||||||||||    
T  11927008 aacaagacatgtgagcttgttgaacttccaaaaggtcagaaagccattcgaaacaaatggatatacaagatcaaatgtgagggtagtgatcaagtggaac 11926909  T
Q  128 ggtatcgtgcaagactggttgtaaaaggatatgctcagaaagaa 171  Q
     ||||||| |||||| ||| ||||||  ||||||||||||||||    
T  11926908 cgtatcgtccaagaccggtggtaaaataatatgctcagaaagaa 11926865  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University