View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8629_low_3 (Length: 545)

Name: NF8629_low_3
Description: NF8629
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8629_low_3
NF8629_low_3
[»] chr4 (8 HSPs)
chr4 (72-532)||(5183768-5184229)
chr4 (71-525)||(5197174-5197629)
chr4 (71-532)||(5215312-5215774)
chr4 (71-532)||(4855142-4855602)
chr4 (71-532)||(5161485-5161949)
chr4 (71-532)||(4840640-4841096)
chr4 (71-525)||(5174433-5174882)
chr4 (434-475)||(7143688-7143729)


Alignment Details
Target: chr4 (Bit Score: 318; Significance: 1e-179; HSPs: 8)
Name: chr4
Description:

Target: chr4; HSP #1
Raw Score: 318; E-Value: 1e-179
Query Start/End: Original strand, 72 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 5184229 - 5183768
Alignment:
Q  72 tacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaact 171  Q
    |||| ||||||||||||| |||||||| |||||||||||||||| |||||||||| || |||||| |||||||||| |||||| ||||||||||||||||    
T  5184229 tacagtatccaaatattttagactccacataaagtttcaacaggaactatggacactcatcaatataatggaaaagatggaaagaatctacgcataaact 5184130  T
Q  172 tactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcca 271  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||| ||||||||||||||||||||||| || ||||||| | ||||||||||    
T  5184129 tactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcccaacacagttatgaaggccaatagtattgtaatataagatgttatgaaactcca 5184030  T
Q  272 a-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggagt 370  Q
    | |||||||||||||||||||  |||||| ||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||| ||||||    
T  5184029 ataaaatgttatcatgtccaccatggtttgcttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatttaggagt 5183930  T
Q  371 tgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacacat 470  Q
    ||||| || ||||||||||||||||||||||||| ||| ||||| |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||    
T  5183929 tgtccgcaaagaccgggattacctctgtagttgtactcatcaaagtttgcaaattgtcttgtgctaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacacat 5183830  T
Q  471 tgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaaattattg 532  Q
    ||||| ||  |||| ||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||| ||||||    
T  5183829 tgaagatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggaatcttaccactcaagttattg 5183768  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #2
Raw Score: 304; E-Value: 1e-171
Query Start/End: Original strand, 71 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 5197629 - 5197174
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    ||||||||| |||||||||||||||||| |||| ||||||||||| ||||||| || ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5197629 ttacaatatgcaaatatttgagactccacataatgtttcaacaggaactatggccactcttcaatacaatggaaaagttggaaagaatctacgcataaac 5197530  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 270  Q
    |||||||||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5197529 ttactgatgtaataaaaccaggccatgcgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 5197430  T
Q  271 aa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggag 369  Q
    || ||||||||||||||||||||   ||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| || |||||||||||||||||||||| | |||||    
T  5197429 aataaaatgttatcatgtccacaccagtttcctcttcttcattgtcattggattgggatgatggtggaggctcgacacgttcacactttcgactgaggag 5197330  T
Q  370 ttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacaca 469  Q
    | ||||||| |||| |||||||||||||||||| ||||| ||||| ||||||||||| | | | |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5197329 tggtccacaaagactgggattacctctgtagttatcctcatcaaagtttgcaaactggcctatactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacaca 5197230  T
Q  470 ttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaa 525  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  5197229 ttgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaa 5197174  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #3
Raw Score: 303; E-Value: 1e-170
Query Start/End: Original strand, 71 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 5215774 - 5215312
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||| ||  | ||||||||||||| |  |  |||| |||||||||||||||||| |||||||||| | |||||||||||    
T  5215774 ttacaatatccaaatatttgagacttcacttgaagtttcaacaggaataacagacactcttcaatacaatggaaacgttggaaaaattttacgcataaac 5215675  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5215674 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgacgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 5215575  T
Q  271 aa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggag 369  Q
    || |||||||||||||||||||  |||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||  |||||    
T  5215574 aataaaatgttatcatgtccaccatggtttccttttctccattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacacttttgatagaggag 5215475  T
Q  370 ttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacaca 469  Q
    | ||||||| ||||||||||||||||||||  ||||||| ||||||  | ||||||||| ||| |||||||||||||||||||  ||||||||||| |||    
T  5215474 tggtccacaaagaccgggattacctctgtaactgtcctcatcaaaacctccaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaagttgttgtatgataca 5215375  T
Q  470 ttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaaattattg 532  Q
    |||||||||||||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||    
T  5215374 ttgaaggttgataaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattg 5215312  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #4
Raw Score: 264; E-Value: 1e-147
Query Start/End: Original strand, 71 - 532
Target Start/End: Original strand, 4855142 - 4855602
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||| ||||||||||||||||||||| ||||| |||| |||||||||||||||||||||||||  |||  | ||||    
T  4855142 ttacaatacccaaatatttgagactccacataaagtttcaacaggtactacggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaagatacctacaaac 4855241  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 270  Q
    ||||| ||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||  ||||||||||||||||| || |||||||||||||||||||| |||||||||||    
T  4855242 ttactaatgtaataaaaccaggccaaacgccaacgtggattgatg--caacactgttatgaaggtcagtagtattgttatgtaagatggtgtgaaactcc 4855339  T
Q  271 aa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggag 369  Q
    || |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| | ||| |||||||||||| |  |||||    
T  4855340 aataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttggcaccttcacactttcggtcgaggag 4855439  T
Q  370 ttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacaca 469  Q
    | ||||||| ||| ||||||||||||||||| |||||||    ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  4855440 tggtccacaaagatcgggattacctctgtagctgtcctcaatgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacaca 4855539  T
Q  470 ttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaaattattg 532  Q
    |||||  ||  |||| ||||||||| ||||||||||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  4855540 ttgaatatttctaaagaggtcaacttggttagttcataaggtatcttaccactcaagttattg 4855602  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #5
Raw Score: 261; E-Value: 1e-145
Query Start/End: Original strand, 71 - 532
Target Start/End: Complemental strand, 5161949 - 5161485
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||  |||||||||||||||||||| | ||| |||||| |||||||||||||||||||||||    ||   ||||    
T  5161949 ttacaatatccaaatatttgagactccacgtaaagtttcaacaggtactacgtacactcttcagtacaatggaaaagttggaaaaaaaaatcgtgcaaac 5161850  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgt-gaaac-t 268  Q
    ||||| |||||||||||||| |||||||||||||| | |||||| ||||||||||||| ||||||||| | ||||||||||||||||||||| ||||| |    
T  5161849 ttactaatgtaataaaaccaagccatacgccaacgagcattgatacacaacactgttacgaaggccaacaatattgttatgtaagatgctgtagaaacct 5161750  T
Q  269 ccaa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaagg 367  Q
    |||| |||||||||||||||||||||| ||||||| ||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| ||||| |||||||||||| |  |||    
T  5161749 ccaataaaatgttatcatgtccacatttgtttcctcttcttcattgtcattggattgtgatgatggtgaagacttgacaccttcacactttcggtcgagg 5161650  T
Q  368 agttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgaca 467  Q
    |||  |||||| ||||||||||||||||||||| |||||||  | ||  |||||||||||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||    
T  5161649 agtgatccacaaagaccgggattacctctgtagctgtcctcaacgaaggttgcaaactgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgaca 5161550  T
Q  468 cattgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaaattattg 532  Q
    | |||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||| |||||||||||||| ||||||    
T  5161549 cgttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagctcataaggtatcttaccactcaagttattg 5161485  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #6
Raw Score: 260; E-Value: 1e-144
Query Start/End: Original strand, 71 - 532
Target Start/End: Original strand, 4840640 - 4841096
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    ||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||| |||      |||||||| |||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  4840640 ttacaatatccaaatattttagactccacataaagtttaaac------tatggacactctttaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 4840733  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 270  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| || | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  4840734 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggctaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 4840833  T
Q  271 aa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggag 369  Q
    || |||| ||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| ||||     
T  4840834 aataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgaggaa 4840933  T
Q  370 ttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacaca 469  Q
    | ||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||  ||||   | |||| |||| ||| ||||||||||||||||| || |||||||||||||||    
T  4840934 tggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagagaggttgttgtatgacaca 4841033  T
Q  470 ttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaaattattg 532  Q
    |||||| ||  ||||||| ||||||||||||||||||  || |||||||||||||| ||||||    
T  4841034 ttgaagatttctaaaaagttcaactgggttagttcatttggtatcttaccactcaagttattg 4841096  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #7
Raw Score: 257; E-Value: 1e-143
Query Start/End: Original strand, 71 - 525
Target Start/End: Complemental strand, 5174882 - 5174433
Alignment:
Q  71 ttacaatatccaaatatttgagactccaaataaagtttcaacaggtactatggacattcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 170  Q
    |||||||||||||||||||||||||||| ||||||||| |||      |||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174882 ttacaatatccaaatatttgagactccacataaagtttaaac------tatggacactcttcaatacaatggaaaagttggaaaaaatctacgcataaac 5174789  T
Q  171 ttactgatgtaataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaacactgttatgaaggccaatagtattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 270  Q
    |||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||| |||||||||| |||||| | |||||||||||||||||||||||||||||    
T  5174788 ttactgatataataaaaccaggccatacgccaacgtggattgatgcacaaaactgttatgagggccaacaatattgttatgtaagatgctgtgaaactcc 5174689  T
Q  271 aa-aaaatgttatcatgtccacattggtttccttttcttcattgtcattggattgtgatgaaggtgaagactcgacacgttcacactttcgattaaggag 369  Q
    || |||| ||||||||||||||  |||||||||||||| | | |||||||||||||||||| | ||||||||||||| |||||||||||||||| | ||     
T  5174688 aataaaaagttatcatgtccaccatggtttccttttctccgtcgtcattggattgtgatgatgctgaagactcgacatgttcacactttcgattgacgaa 5174589  T
Q  370 ttgtccacacagaccgggattacctctgtagttgtcctcgtcaaaatttgcaaactgtcttgtgctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacaca 469  Q
    | ||||||| ||||| ||||||||| ||||||| |||||  ||||   | |||| |||| ||| |||||||||||||||||||| |||||||||||||||    
T  5174588 tggtccacaaagaccaggattacctatgtagttttcctcaacaaagcctccaaattgtcctgtactaggtggtgttccagaaaggttgttgtatgacaca 5174489  T
Q  470 ttgaaggttgataaaaaggtcaactgggttagttcataaggaatcttaccactcaa 525  Q
    ||||||||||| |||||| | | ||||||||||||||  || ||||||||||||||    
T  5174488 ttgaaggttgacaaaaagtttagctgggttagttcattgggtatcttaccactcaa 5174433  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr4; HSP #8
Raw Score: 34; E-Value: 0.0000000008
Query Start/End: Original strand, 434 - 475
Target Start/End: Complemental strand, 7143729 - 7143688
Alignment:
Q  434 ctaggtggtgttccagaaagattgttgtatgacacattgaag 475  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||| ||||||||||||    
T  7143729 ctaggtggtgttccagaaaggttgttgtaagacacattgaag 7143688  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University