View Alignment

This page shows all the targets hit by the same query that passed the project filter. Click a track to view the detailed alignment.

Legend
 Query
 Query hiting target  Query hiting target's complemental strand
 Query's complemental strand hiting target  Query's complemental strand hiting target's complemental strand

Alignment Overview

Query: NF8633_low_1 (Length: 987)

Name: NF8633_low_1
Description: NF8633
Algorithm: BLASTN 2.2.26 [Sep-21-2011]
Database: JCVI.Medtr.v4.20130313.fasta (1949 entries, 411831487 letters)


[»] NF8633_low_1
NF8633_low_1
[»] chr8 (1 HSPs)
chr8 (12-987)||(43867371-43868349)
[»] chr1 (1 HSPs)
chr1 (503-556)||(50056084-50056137)


Alignment Details
Target: chr8 (Bit Score: 880; Significance: 0; HSPs: 1)
Name: chr8
Description:

Target: chr8; HSP #1
Raw Score: 880; E-Value: 0
Query Start/End: Original strand, 12 - 987
Target Start/End: Original strand, 43867371 - 43868349
Alignment:
Q  12 gagaagaaagcaacctaaggagaggggacctcaaatagcagacattattgaattattatacatgtaacacaacaaatatgtcttactcaaaaatttaatg 111  Q
    |||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867371 gagatgaaagcaacctaaggagaggggacctcaaatagcagacattattgaattattatacatgtaacacaacaaatatgtcttactcaaaaatttaatg 43867470  T
Q  112 cacaaaccctaatgggtccataagaaatcctataattaaaaagacaaccaattagaattcagagaataagattaacttcaactctctagccaatcaacac 211  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867471 cacaaaccctaatgggtccataagaaatcctataattaaaaagacaaccaattagaattcagagaataagattaacttcaactctctagccaatcaacac 43867570  T
Q  212 taagatcataccaattggtgggtcccattaacctccattaatattcctgtagcaaattaccaaaagtgcatgggcagagagaagnnnnnnnn------gt 305  Q
    |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||               ||    
T  43867571 taagatcataccaattggtgggtcccattaacctccattaatattcctgtagcaaattaccaaaagtgcatgggcagagagaaaaaaaaaaaaaaaaagt 43867670  T
Q  306 acctactgacactagtgtgtctccttcatcacattgtctagtttcaacaaacacaaaccattaattgaatcannnnnnnnnngacataaaacaatatagt 405  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||          ||||||||||||||||||    
T  43867671 acctactgacactagtgtgtctccttcatcacattgtctagtttcaacaaacacaaaccattaattgaatcattttttt---gacataaaacaatatagt 43867767  T
Q  406 ttagttatattctatgattatagacatgaaaggtgatgcagatgcaggtgccttgggagccaagacagcaagagcatgtgatagctgtttaagaagaaga 505  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867768 ttagttatattctatgattatagacatgaaaggtgatgcagatgcaggtgccttgggagccaagacagcaagagcatgtgatagctgtttaagaagaaga 43867867  T
Q  506 gcacgttggttttgtgctgcagatgatgctttcctttgtcatggttgtgacaatttggttcactctgcaaatctattagcaagtagacacgaaagggttc 605  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867868 gcacgttggttttgtgctgcagatgatgctttcctttgtcatggttgtgacaatttggttcactctgcaaatctattagcaagtagacacgaaagggttc 43867967  T
Q  606 gccttcaaaccgcatctgctaaggtaacaacaacagcacaagcatggcacagtggattcacaaggaaagcaagaactccccgccacaacaaaaattcgtc 705  Q
    ||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43867968 gccttcaaaccgcgtctgctaaggtaacaacaacagcacaagcatggcacagtggattcacaaggaaagcaagaactccccgccacaacaaaaattcgtc 43868067  T
Q  706 gattcaacaacaacaacaacgtctcaaggaaaaagttctcttcaatactagttttcttccacttgttcctgaactcggaggtgaagaagaacaaggacaa 805  Q
    ||||||||||||||| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43868068 gattcaacaacaacagcaacgtctcaaggaaaaagttctcttcaatactagttttcttccacttgttcctgaactcggaggtgaagaagaacaaggacaa 43868167  T
Q  806 gaactacttgttgatattgacgaggctgatgaggagcagttgctgtgtcgtgtgccagttttcgatgccaacccttttgatttagagacttgtactgtga 905  Q
    |||||||||||||||||||| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43868168 gaactacttgttgatattgatgaggctgatgaggagcagttgctgtgtcgtgtgccagttttcgatgccaacccttttgatttagagacttgtactgtga 43868267  T
Q  906 aaaatgatgctgttgattttgaggaaatgtgtgacttggatagtttctgtgagtttgatgttgatcttgctgaatttgcagc 987  Q
    ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||    
T  43868268 aaaatgatgctgttgattttgaggaaatgtgtgacttggatagtttctgtgagtttgatgttgatcttgctgaatttgcagc 43868349  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]

Target: chr1 (Bit Score: 30; Significance: 0.0000004; HSPs: 1)
Name: chr1
Description:

Target: chr1; HSP #1
Raw Score: 30; E-Value: 0.0000004
Query Start/End: Original strand, 503 - 556
Target Start/End: Complemental strand, 50056137 - 50056084
Alignment:
Q  503 agagcacgttggttttgtgctgcagatgatgctttcctttgtcatggttgtgac 556  Q
    ||||||||||||| ||||||||| ||||||||||| || ||||| | |||||||    
T  50056137 agagcacgttggtattgtgctgctgatgatgcttttctctgtcaagcttgtgac 50056084  T

Back To: [ HSP Overview ] [ Target Overview ] [ Alignment Overview ]



© Oklahoma State University